View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9991_low_17 (Length: 294)

Name: NF9991_low_17
Description: NF9991
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9991_low_17
NF9991_low_17
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (11-275)||(6002604-6002868)
chr6 (11-273)||(8839349-8839613)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (9-273)||(24522073-24522338)
chr4 (18-125)||(36755778-36755885)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-273)||(27286685-27286949)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (11-273)||(19377803-19378066)
chr2 (15-275)||(36204411-36204672)
chr2 (11-273)||(18746879-18747142)
chr2 (11-263)||(25410831-25411084)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (43-273)||(9120869-9121100)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Original strand, 6002604 - 6002868
Alignment:
Q  11 cacagaaacaatttaagatccatcaactccctgtaaaaacagcaacaagctctgcacgactctatcgagaccatgagtccaacatcagatagataaaatg 110  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6002604 cacagaaacaattcaagatccattaactctctgtaaaaacagcaacaagctctgcacgactctatcgagaccatgagtccaacatcagatagataaaatg 6002703  T
Q  111 atgaagattttaaaacagtccaaaatcaatcatgaaatcgatacggatattaaggcggcaactgtttagaggaggcaaaccttaaccttgacacctacag 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6002704 atgaagattttaaaacagtccaaaatcaatcatgaaatcgatacggatattaaggcggcaactgtttagaggaggcaaaccttaatcttgacacctacag 6002803  T
Q  211 atctcaacagatctggataatgatcagagagtcaaaacatcggaacgcccaccttgaatcgatta 275  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||    
T  6002804 atctcaacagatctgaataatgatcagagagtcaaaacaccggaacgcccaccttaaatcaatta 6002868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 11 - 273
Target Start/End: Original strand, 8839349 - 8839613
Alignment:
Q  11 cacagaaacaatttaagatccatcaactccctgtaaaaacagcaacaagctctgcacgactctatcgagaccatgagtccaacatcagatagataaaatg 110  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  8839349 cacagaaacaattcaagatccatcaactccctgcaaaaacagcaacaaactctacacgactctttcgagctcatgagtccaacatcagacagatacaatg 8839448  T
Q  111 atgaagattttaaaacagtccaaaatcaatcatg-aaatcgatacggatattaaggcggcaactgtttagaggaggcaaaccttaacctt-gacacctac 208  Q
    |||| | |||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||| |    
T  8839449 atgagggttttaaaacagttcgaaataaatcatgaaaatcgatatggatattaaggcggcggctgtttggagaaggcaaaccttaatcttagacacctgc 8839548  T
Q  209 agatctcaacagatctggataatgatcagagagtcaaaacatcggaacgcccaccttgaatcgat 273  Q
    | ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||    
T  8839549 aaatctcaacagaccgagataatgatcagagagtcaaaacatcggaacgtctacctcgaatcgat 8839613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 146; Significance: 6e-77; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 9 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 24522338 - 24522073
Alignment:
Q  9 agcacagaaacaatttaagatccatcaactccctgtaaaaacagcaacaagctctgcacgactctatcgagaccatgagtccaacatcagatagataaaa 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||   |||||| | ||||| ||    
T  24522338 agcacagaaacaattcaagatccatcaactccctgtaaaaacagaaacaagttctacacgactctttcgagcccatgagtgacacatcaaacagatagaa 24522239  T
Q  109 tgatgaagattttaaaacagtccaaaatcaatcatgaaa-tcgatacggatattaaggcggcaactgtttagaggaggcaaaccttaaccttgacaccta 207  Q
    |||||| |||||||||||| ||| |||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||     
T  24522238 tgatgaggattttaaaacaatccgaaatcaataatgaaaattgatacgaatattaaggcggcaactgttcggaggaggcaaaccttaatctcgacacctg 24522139  T
Q  208 cagatctcaacagatctggataatgatcagagagtcaaaacatcggaacgcccaccttgaatcgat 273  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||    
T  24522138 tagatctcaacagacctggataatgatcagagagtcaaaacatcggaactcctacctcgaatcgat 24522073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 36755885 - 36755778
Alignment:
Q  18 acaatttaagatccatcaactccctgtaaaaacagcaacaagctctgcacgactctatcgagaccatgagtccaacatcagatagataaaatgatgaaga 117  Q
    |||||| |||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||| || || ||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||    
T  36755885 acaattcaagatccatcaacttcatgcaaaaatagcaacaagctctacatgaatctttcgagcccatgagtccaacatcataaagataaaatgatgatga 36755786  T
Q  118 ttttaaaa 125  Q
    ||| ||||    
T  36755785 tttcaaaa 36755778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 11 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 27286949 - 27286685
Alignment:
Q  11 cacagaaacaatttaagatccatcaactccctgtaaaaacagcaacaagctctgcacgactctatcgagaccatgagtccaacatcagatagataaaatg 110  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| | ||| ||||    
T  27286949 cacagaaacaattcaagatccatcaactccctgcaaaaacagcaacaagctttacacgactctttcgagcccatcagtccaacatcagacatatagaatg 27286850  T
Q  111 atgaagatttt-aaaacagtccaaaatcaatcatgaaa-tcgatacggatattaaggcggcaactgtttagaggaggcaaaccttaaccttgacacctac 208  Q
    |||  |||||| ||||| |||  ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||| |    
T  27286849 atgtggatttttaaaactgtctgaaatcaatcattaaaatcgatacgaatattaaggcggcaactgttcggaggaggcaaaccttaatcttgatacctgc 27286750  T
Q  209 agatctcaacagatctggataatgatcagagagtcaaaacatcggaacgcccaccttgaatcgat 273  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||    
T  27286749 agatctcaacagacctggataatgatcagagagtcaaaacatcgaaacgcctacctcgaatcgat 27286685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 144; Significance: 9e-76; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 11 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 19378066 - 19377803
Alignment:
Q  11 cacagaaacaatttaagatccatcaactccctgtaaaaacagcaacaagctctgcacgactctatcgagaccatgagtccaacatcagatagataaaatg 110  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  19378066 cacaaaaacaattcaagatccatcaactccctgcaaaaacagcaacaagctctacacgactctttcgagcccatgagtccaacatcaaatagataaaacg 19377967  T
Q  111 atgaagattttaaaacagtccaaaatcaatca-tgaaatcgatacggatattaaggcggcaactgtttagaggaggcaaaccttaaccttgacacctaca 209  Q
    |||| ||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||| || |||||||||||| || |||||  ||| ||| ||||| ||| |||||||||| ||    
T  19377966 atgaggattttaaagcagtccgaaatcaatcacggaaatcgaaacagatattaaggcgacatctgttcggagaagggaaaccataatcttgacacctgca 19377867  T
Q  210 gatctcaacagatctggataatgatcagagagtcaaaacatcggaacgcccaccttgaatcgat 273  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||    
T  19377866 gatctcaacagacctggataatgatcagagagtcaaaacatcaaaacgcctacctcgaatcgat 19377803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 275
Target Start/End: Original strand, 36204411 - 36204672
Alignment:
Q  15 gaaacaatttaagatccatcaactccctgtaaaaacagcaacaagctctgcacgactctatcgagaccatgagtccaacatcagatagataaaatgatga 114  Q
    |||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  36204411 gaaataattcaagattcatcaactccctgcaaaaacaacaacaagctctacacgactctttcgagcccatgagtccaacatcagacaaatagaatgatga 36204510  T
Q  115 agattttaaaacagtccaaaatcaatcatg-aaatcgatacggatattaaggcggcaactgtttagaggaggcaaaccttaaccttgacacctacagatc 213  Q
     |||||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||||||| | ||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||| || |||    
T  36204511 ggattttaaaacagtccgaaatcaatcacgaaaaacgatacggatattaatgtggcagttgttcggaggaggcaaaccttaatcttgacacctgcaaatc 36204610  T
Q  214 tcaacagatctggataatgatcagagagtcaaaacatcggaacgcccaccttgaatcgatta 275  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  36204611 tcaacagatctggacagtgatcagagagtcaaaacatcggaacgcctacctcgaatcgatta 36204672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 11 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 18747142 - 18746879
Alignment:
Q  11 cacagaaacaatttaagatccatcaactccctgtaaaaacagcaacaagctctgcacgactctatcgagaccatgagtccaacatcagatagataaaatg 110  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||    
T  18747142 cacataaacaattcaagatccatcaactccatgcaaaaatagcaacaagttctacacgactctttcgagcccatgagtccaacatcagacagaaagaatg 18747043  T
Q  111 atgaagattttaaaacagtccaaaatcaatcatg-aaatcgatacggatattaaggcggcaactgtttagaggaggcaaaccttaaccttgacacctaca 209  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |  |    
T  18747042 atgaggaatttaaaacagtccaaaatcaatcatgaaaattgatacggatattaatgcgacaactgttctgaggaggcaaaccttaatcttgacacatgta 18746943  T
Q  210 gatctcaacagatctggataatgatcagagagtcaaaacatcggaacgcccaccttgaatcgat 273  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||  |||||| |||  ||||||||    
T  18746942 gatctcaacagacctggataatgatcagatagtcaaaatatcataacgcctaccacgaatcgat 18746879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 11 - 263
Target Start/End: Original strand, 25410831 - 25411084
Alignment:
Q  11 cacagaaacaatttaagatccatcaactccctgtaaaaacagcaacaagctctgcacgactctatcgagaccatgagtccaacatcagatagataaaatg 110  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| ||||| ||  || |||||||| ||| | ||||||||    
T  25410831 cacagaaacaattcaaaatccatcaactccctgcaaaaacagcaacaagctctacatgactctttcgagccctggaatccaacattagacatataaaatg 25410930  T
Q  111 atgaagattttaaaacagtccaaaatcaatcatgaaa-tcgatacggatattaaggcggcaactgtttagaggaggcaaaccttaaccttgacacctaca 209  Q
    | || ||||| ||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||| |||| |||  ||| ||||||||| ||||||||||| ||  |    
T  25410931 acgaggatttcaaatcagtccaaaatcaatcacgaaaattgatacggatattaaggcgacaacagttcggagaaggcaaaccataaccttgacatctgta 25411030  T
Q  210 gatctcaacagatctggataatgatcagagagtcaaaacatcggaacgcccacc 263  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25411031 gatctcaacagatctgggcaatgatcagagagtcaaaacatcggaacgtccacc 25411084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 43 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 9121100 - 9120869
Alignment:
Q  43 gtaaaaacagcaacaagctctgcacgactctatcgagaccatgagtccaacatcagatagataaaatgatgaagattttaaaacagtccaaaatcaatca 142  Q
    |||||||||  |||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||  |||||| | | ||| |||||||| |||||||||||| ||| |||||||| |    
T  9121100 gtaaaaacataaacaagttctacacgactctttcgagcccatgagtcacacatcaaacatatagaatgatgaggattttaaaacaatccgaaatcaataa 9121001  T
Q  143 tgaaa-tcgatacggatattaaggcggcaactgtttagaggaggcaaaccttaaccttgacacctacagatctcaacagatctggataatgatcagagag 241  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||   |||||||||| |  |||||| |||||||||||    
T  9121000 tgaaaattgatacggatattaaggcggcaactgttcagaggaggcaaaccttaatctcgatacctgttgatctcaacaaacatggatattgatcagagag 9120901  T
Q  242 tcaaaacatcggaacgcccaccttgaatcgat 273  Q
    |||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  9120900 tcaaaacatcggaacgcctacctcaaatcgat 9120869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University