View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9995_low_1 (Length: 891)

Name: NF9995_low_1
Description: NF9995
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9995_low_1
NF9995_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (6-870)||(51689673-51690539)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 751; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 751; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 870
Target Start/End: Complemental strand, 51690539 - 51689673
Alignment:
Q  6 aataacaggaacatcaatagtatggatactattgcaatggaatgcgcacctgaaagtccgtcagaagccctctaatagaaagcattagcaagcaaaagtt 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  51690539 aataacaggaacatcaatagtatggatgctattgcaatggaatgcgcacctgaaagtccgctcgaagccctctaatagaaagcattagcaagcaagagtt 51690440  T
Q  106 atgggacgcacgcgcaatgtgaattgtattatattagactgcgttaggagaacaaagagacgatgctctaatatctcatccttgtccttttacttcgttt 205  Q
    |||||| | | | ||||||||||||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51690439 atgggatgaaagtgcaatgtgaattgtactatattagaatgtgttaggaaaacaaagagacgttgctctaatatctcatccttgtccttttacttcgttt 51690340  T
Q  206 caagcgtaattctagttgttagaattcaagcttttgctacccattgctggtttacaaaattgatggcattgtgtttcctttttggatgcaatgggtttat 305  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51690339 caagagtaattcaagttgttagaattcaaacttttgctacccattgctggtttacaaaattgatggcattgtgtttcctttttggatgcaatgggtttat 51690240  T
Q  306 ccattcaaaatacaagtcatttttgggtttgtatga--aatacaaagcattaagaatggacgatttattcatataagcatgtcatggagtaatgcttgaa 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  51690239 ccattcaaaatacaagtcatttttgggtttgtatgagaaatacaaagcattaagaatggacgatttattcatataagcatgtcatggagtaatgcttcaa 51690140  T
Q  404 tgatcattatgtgacagttatgttcgttttctttagaagacaaacttgcatcaattatctctgaactgatatattgttttcgagtcaatattggggtcag 503  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51690139 tgataattatgtgacagttatgttcgttttctttagaagacaaacttgcatcaattatttctgaactgatatattgttttcgagtcaatattggggtcag 51690040  T
Q  504 aataacatattctgcaatatccagagacaaactcgacccctagtgcggagtgacctgaccacaacatttcgttacctgctaaccataaccatttttgttg 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51690039 aataacatattctgcaatatccagagacaaactcgacccctagtgcggagtgacctgaccacaacatttcgttacctgctaaccataaccatttttgttg 51689940  T
Q  604 ttatatattagagagtatttgaattcgaatctaaaggaagtcaactatctaatactccaaagaaaacactgcatccagcctggctactctgctagtgaat 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51689939 ttatatattagagagtatttgaattcgaatataaaggaagtcaactatctaatactccaaagaaaacactgcatccagcctggctactctgctagtgaat 51689840  T
Q  704 tgaaggcacttccatttaaaaggaaacattttgtttaaaacattgaactaagaacaaccatacaaatgagattgcaagcctttggtttatgagttatttc 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51689839 tgaaggcacttccatttaaaaggaaacattttgtttaaaacattgaactaagaacaaccatacaaatgagattgcaagcctttggtttatgagttatttc 51689740  T
Q  804 acttgtatattgttcaacatcaannnnnnnatccaatgtaaaattataactcacgtttaatgcatca 870  Q
    |||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51689739 acttgtatattgttcaacatcaatttttttatccaatgtaaaattataactcacgtttaatgcatca 51689673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University