View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9995_low_2 (Length: 637)

Name: NF9995_low_2
Description: NF9995
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9995_low_2
NF9995_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-621)||(37810239-37810859)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-621)||(52352099-52352728)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-376)||(17199198-17199562)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 37810859 - 37810239
Alignment:
Q  1 tgagtaatttacataaggtactagggactgaagcaactcaagatcccacccggcttgaaaaggaagtacgtaatgcagctgctgagcgtgggcaggctca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  37810859 tgagtaatttacataaggtactagggactgaagcaactcaagatcccacccggcttgaaaaggaagtacgtaatgcagctgccgagcgtgagcaggctca 37810760  T
Q  101 catagataggaatattgcacgcaagcttactcctgctgagctgcgtgagaagaaggaaaggaaattgtttgatgacccaaatacattggacacacttgtc 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37810759 catagataggaatattgcacacaagcttactcctgctgagctgcgtgagaagaaggaaaggaagttgtttgatgacccaaatacattggacacacttgtc 37810660  T
Q  201 tcactttacagggtaaatgacctttctcatcacaaagcccgctttagagtttatgctaatgctcaagaaaatcgtttgactggatgtgcggtgattcgtg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37810659 tcactttacagggtaaatgacctttctcatcacaaagcccgctttagagtttatgctaatgctcaagaaaatcgtttgactggatgtgcggtgatttgtg 37810560  T
Q  301 atggtattagcgttgtcgttgttgaaggtggaagcaagtcaattaagaggtatgggaaacttatgcttagacgtattaaatggtgtgatgtttcaaaaga 400  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37810559 atggtattagcgttgtcgtggttgaaggtggaagcaagtcaattaagaggtatgggaaacttatgcttagacgtattaaatggcgtgatgtttcaaaaga 37810460  T
Q  401 gatagaagataatgaagattcaggctatgcctataaatgtgttctggtgtggcaaggaaatgttgccaaatcgagcttcaataggttcagtgttcattac 500  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37810459 gaaagaagataatgaagattcaggcgatgccaataaatgtgttctggtgtggcaaggaagtgttgccaaatcgagcttcaataggttcagtgttcatgac 37810360  T
Q  501 tgcatcactgaagcagctgctcgtaaagtttttgtggatgctggggttcctcattattgggaccaagctgtcaactatacagatgatgatgctgtttgaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37810359 tgcatcactgaagcagctgctcgtaaagtttttgtggatgctggggttcttcattattggtaccaagctgtcaactatacagatgatgatgctgtttgaa 37810260  T
Q  601 ttgtcctctaatgtttttggt 621  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  37810259 ttgtcctctaatgtttttggt 37810239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 457; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 52352728 - 52352099
Alignment:
Q  1 tgagtaatttacataaggtactagggactgaagcaactcaagatcccacccggcttgaaaaggaagtacgtaatgcagctgctgagcgtgggcaggctca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  52352728 tgagtaatttacataaggtactagggactgaagcaactcaagatcccacccggcttgaaaaggaagtacgtaatgctgctgctgagcgtgagcaggctca 52352629  T
Q  101 catagataggaatattgcacgcaagcttactcctgctgagctgcgtgagaagaaggaaaggaaattgtttgatgacccaaatacattggacacacttgtc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  52352628 catagataggaatattgcacgcaagcttactcctgctgagctgcgtgagaagaaagaaaggaagctctttgatgacccaaattcattggacacacttgtc 52352529  T
Q  201 tcactttacagggtaaatgacctttctcatcacaaagcccgctttagagtttatgctaatgctcaagaaaatcgtttgactggatgtgcggtgattcgtg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  52352528 tcactttacagggtaaatgacctctctcatcccaaggcccgctttagagttgatgttaatgctcaagaaaatcgtttgactggatgtgctgtgatttgtg 52352429  T
Q  301 atggtattagcgttgtcgttgttgaaggtggaagcaagtcaattaagaggtatgggaaacttatgcttagacgtattaaatggtgtgatgtttcaaaaga 400  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| | ||||||||||||||    
T  52352428 atggtattagcgttgttgtggttgaaggtggaagcaagtcaattaagaggtatgggaaacttatgcttagacgcatcaattggagcgatgtttcaaaaga 52352329  T
Q  401 gatagaagataatgaagattcaggctat-----gcct----ataaatgtgttctggtgtggcaaggaaatgttgccaaatcgagcttcaataggttcagt 491  Q
    || ||||||| |||| ||||||| | ||     ||||    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52352328 gaaagaagatgatgaggattcagacgatgaaaagcctgcgaataaatgtgttctggtgtggcaaggaagtgttgccaaatcgagcttcaataggttcagt 52352229  T
Q  492 gttcattactgcatcactgaagcagctgctcgtaaagtttttgtggatgctggggttcctcattattgggaccaagctgtcaactatacagatgatgatg 591  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||    
T  52352228 gttcatgactgcatcactgaagcagctgctcgtaaagtgtttgtggatgctggggttcctcattattgggaccaagctgtcaactatacggaggacgatg 52352129  T
Q  592 ctgtttgaattgtcctctaatgtttttggt 621  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  52352128 ctgtttgaattgtcttctagtgtttttggt 52352099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 17199562 - 17199198
Alignment:
Q  1 tgagtaatttacataaggtactagggactgaagcaactcaagatcccacccggcttgaaaaggaagtacgtaatgcagctgctgagcgtgggcaggctca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  17199562 tgagtaatttacataaggtactagggacagaagcgactcaagatcccacccggcttgaaaaggaagtacgtaatgcaactgctgagcgtgagcaggctca 17199463  T
Q  101 catagataggaatattgcacgcaagcttactcctgctgagctgcgtgagaagaaggaaaggaaattgtttgatgacccaaatacattggacacacttgtc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17199462 catagataggaatattgcacgcaagcttactcctgctgagctgcgcgagaagaagaaaaggaaactgtttgatgagccaaatacattggacacacttgtc 17199363  T
Q  201 tcactttacagggtaaatgacctttctcatcacaaagcccgctttagagtttatgctaatgctcaagaaaatcgtttgactggatgtgcggtgattcgtg 300  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  17199362 tcactttacagggtaaatggcctctctcatcccaatgcccgctttagagt---------tgctcaagaaaatcgtttgactggatgtgcggtaatttgtg 17199272  T
Q  301 atggtattagcgttgtcgttgttgaaggtggaagcaagtcaattaagaggtatgggaaacttatgcttagacgtat 376  Q
    |||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||| |||||    
T  17199271 atggcattagcattgttgtggttgaaggtggaagcaagtcaattaagag--ataggaaacttatgcttagccgtat 17199198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University