View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: SO5844A-LTR4-TNT-insertion-7 (Length: 804)

Name: SO5844A-LTR4-TNT-insertion-7
Description: SO5844A-LTR4
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] SO5844A-LTR4-TNT-insertion-7
SO5844A-LTR4-TNT-insertion-7
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-804)||(43128813-43129609)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 797; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 797; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 43129609 - 43128813
Alignment:
Q  8 cgacgagcccgattccttgattgttttgaagcccgatgaaagcgagaaaaaggccgataccagcggaggagcttattctaacgggctttggaacgagttt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43129609 cgacgagcccgattccttgattgttttgaagcccgatgaaagcgagaaaaaggccgataccagcggaggagcttattctaacgggctttggaacgagttt 43129510  T
Q  108 agcgagttttgctcgtagaccgactgatgaaatgagtaagaagaacattccttcaatgaaaactgctgcgagtgcgctttggtaggagatagtgccggaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43129509 agcgagttttgctcgtagaccgactgatgaaatgagtaagaagaacattccttcaatgaaaactgctgcgagtgcgctttggtaggagatagtgccggaa 43129410  T
Q  208 ccgtgaaagcccacgacggtgtaagcgaagtaagcgtttgagcccatacctggagcaaggcctaatgggagattagcaaaagcacccatgatgaagcaac 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43129409 ccgtgaaagcccacgacggtgtaagcgaagtaagcgtttgagcccatacctggagcaaggcctaatgggagattagcaaaagcacccatgatgaagcaac 43129310  T
Q  308 caatgagggaagaagccacggttgcgacgatcaagtcttttcgggttttatcaagacaagcggcgtagcccgggttaacaggggcaaatttgcatgagat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43129309 caatgagggaagaagccacggttgcgacgatcaagtcttttcgggttttatcaagacaagcggcgtagcccgggttaacaggggcaaatttgcatgagat 43129210  T
Q  408 atcaggctgaatgagatgaaatgatgggccggtacagtttgaggtagagatggatgggtttgaacagagaggaacacaatcggaaacagagcatgtgccg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43129209 atcaggctgaatgagatgaaatgatgggccggtacagtttgaggtagagatggatgggtttgaacagagaggaacacaatcggaaacagagcatgtgccg 43129110  T
Q  508 ccggaatcagttagaatggaggcgttgacggcgaggatgtaagccatggtgaggaaagtggcggttccggcacggagttcagtggtgaaagtggagttac 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43129109 ccggaatcagttagaatggaggcgttgacggcgaggatgtaagccatggtgaggaaagtggcggttccggcacggagttcagtggtgaaagtggagttac 43129010  T
Q  608 gttgggagagtttaaaatattttcctactctagttttcgccacataggagttgaaacgagagatgggttttgtgtgggcttggtgggctggaagtggggg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43129009 gttgggagagtttaaaatattttcctactctagttttcgccacataggagttgaaacgagagatgggttttgtgtgggcttggtgggctggaagtggggg 43128910  T
Q  708 cctttgaggttgagtttgaccctccatctccatttgagtatgcagttttatatatgttgggttgatgtgttaaggtttatataggatttttgtggat 804  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43128909 cctttgaggttgagtttgaccctccatctccatttgagtatgcagttttatatatgttgggttgatgtgttaaggtttatataggatttttgtggat 43128813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University