View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: SO6103A-LTR4-TNT-insertion-5 (Length: 649)

Name: SO6103A-LTR4-TNT-insertion-5
Description: SO6103A-LTR4
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] SO6103A-LTR4-TNT-insertion-5
SO6103A-LTR4-TNT-insertion-5
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (10-639)||(10046097-10046726)
chr5 (48-536)||(10873302-10873790)
chr5 (48-536)||(10878373-10878861)
chr5 (48-536)||(10883444-10883932)
chr5 (48-536)||(10866515-10867003)
chr5 (48-536)||(39676079-39676567)
chr5 (48-541)||(10887357-10887850)
chr5 (192-398)||(37948119-37948325)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (192-400)||(30709477-30709685)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 606; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 639
Target Start/End: Original strand, 10046097 - 10046726
Alignment:
Q  10 aagttgttccggcgaatttgccggcaccggtgctactttccatggaagatgacgaggttgtccgtgcggtggtaaccggtacaattccgtcatactcgct 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10046097 aagttgttccggcgaatttgccggcaccggtgctactttccatggaagatgacgaggttgtccgtgcggtggtaaccggtacaattccgtcatactcgct 10046196  T
Q  110 tgaatcaaaactcggagattgcaaacgtgcggcggcgatacgtaaccaagcggtggagagagttaccggaaagtcactctcgggtttaccaatggaaggt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10046197 tgaatcaaaactcggagattgcaaacgtgcggcggcgatacgtaaccaagcggtggagagagttaccggaaagtcactctcgggtttaccaatggaaggt 10046296  T
Q  210 tttgattatgattcgatattaggacagtgttgtgagatgccgataggatttgttcagattccggtgggagttgccggacctttgttgcttgatgggaaag 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10046297 tttgattatgattcgatattaggacagtgttgtgagatgccgataggatttgttcagattccggtgggagttgccggacctttgttgcttgatgggaaag 10046396  T
Q  310 agtacacggtgccgatggcaacgacggaaggttgtttggttgcaagtactaatagaggttgtaaagctatttatgtttccggtggtgcttccgcggttgt 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10046397 agtacacggtgccgatggcaacgacggaaggttgtttggttgcaagtactaatagaggttgtaaagctatttatgtttccggtggtgcttccgcggttgt 10046496  T
Q  410 cctccgtgatggcatgaccagagcccccgtcgtaagattcaactccgctaaaagagcttctcagttaaagnnnnnnnnagaagatcctcaaaattttgat 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  10046497 cctccgtgatggcatgaccagagcccccgtcgtaagattcaactccgctaaaagagcttctcagttaaagttttttttagaagatcctcaaaattttgat 10046596  T
Q  510 tccctctctcacactttcaacaagtaattttctacttacttttaaattattaccagtgtaaacgtgtcatgttaacacgtaaactcttatattgagtgtc 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10046597 tccctctctcacactttcaacaagtaattttctacttacttttaaattattaccagtgtaaacgtgtcatgttaacacgtaaactcttatattgagtgtc 10046696  T
Q  610 tgcgtgttaatgctttatagatttttatta 639  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10046697 tgcgtgttaatgctttatagatttttatta 10046726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 48 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 10873790 - 10873302
Alignment:
Q  48 tccatggaagatgacgaggttgtccgtgcggtggtaaccggtacaattccgtcatactcgcttgaatcaaaactcggagattgcaaacgtgcggcggcga 147  Q
    ||||||||||| || ||||||||| |||| |||||  | ||  ||||||| || |||||||||||||| || || |||||||||  |||||| ||    |    
T  10873790 tccatggaagacgaggaggttgtcagtgcagtggtgtcaggatcaattccatcttactcgcttgaatccaagcttggagattgccgacgtgcagcaaata 10873691  T
Q  148 tacgtaaccaagcggtggagagagttaccggaaagtcactctcgggtttaccaatggaaggttttgattatgattcgatattaggacagtgttgtgagat 247  Q
    |  | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  10873690 ttaggaaccaagccgtggagagagttaccggaaggtcacttgaaggtttaccgatggaaggttttgattacgattctatattaggacagtgttgcgagat 10873591  T
Q  248 gccgataggatttgttcagattccggtgggagttgccggacctttgttgcttgatgggaaagagtacacggtgccgatggcaacgacggaaggttgtttg 347  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  10873590 gcccatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgacgggaatgagtacacggtgcccatggcaacaaccgaaggttgtttg 10873491  T
Q  348 gttgcaagtactaatagaggttgtaaagctatttatgtttccggtggtgcttccgcggttgtcctccgtgatggcatgaccagagcccccgtcgtaagat 447  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||    
T  10873490 gttgcaagcaccaatagaggctgtaaagctatttatgtttccggtggtgcttccgccgttgtcctccgtgacggaatgacccgagccccagtcgtaagat 10873391  T
Q  448 tcaactccgctaaaagagcttctcagttaaagnnnnnnnnagaagatcctcaaaattttgattccctctctcacactttcaacaagtaa 536  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10873390 tcaactccgccaaaagagcttctcagttgaaattctttttagaagatcctcaaaattttgattccctctctcacactttcaacaagtaa 10873302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 48 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 10878861 - 10878373
Alignment:
Q  48 tccatggaagatgacgaggttgtccgtgcggtggtaaccggtacaattccgtcatactcgcttgaatcaaaactcggagattgcaaacgtgcggcggcga 147  Q
    ||||||||||| || ||||||||| |||| |||||  | ||  ||||||| || |||||||||||||| || || |||||||||  |||||| ||    |    
T  10878861 tccatggaagacgaggaggttgtcagtgcagtggtgtcaggatcaattccatcttactcgcttgaatccaagcttggagattgccgacgtgcagcaaata 10878762  T
Q  148 tacgtaaccaagcggtggagagagttaccggaaagtcactctcgggtttaccaatggaaggttttgattatgattcgatattaggacagtgttgtgagat 247  Q
    |  | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  10878761 ttaggaaccaagccgtggagagagttaccggaaggtcacttgaaggtttaccgatggaaggttttgattacgattctatattaggacagtgttgcgagat 10878662  T
Q  248 gccgataggatttgttcagattccggtgggagttgccggacctttgttgcttgatgggaaagagtacacggtgccgatggcaacgacggaaggttgtttg 347  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  10878661 gcccatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgacgggaatgagtacacggtgcccatggcaacaaccgaaggttgtttg 10878562  T
Q  348 gttgcaagtactaatagaggttgtaaagctatttatgtttccggtggtgcttccgcggttgtcctccgtgatggcatgaccagagcccccgtcgtaagat 447  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||    
T  10878561 gttgcaagcaccaatagaggctgtaaagctatttatgtttccggtggtgcttccgccgttgtcctccgtgacggaatgacccgagccccagtcgtaagat 10878462  T
Q  448 tcaactccgctaaaagagcttctcagttaaagnnnnnnnnagaagatcctcaaaattttgattccctctctcacactttcaacaagtaa 536  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10878461 tcaactccgccaaaagagcttctcagttgaaattctttttagaagatcctcaaaattttgattccctctctcacactttcaacaagtaa 10878373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 48 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 10883932 - 10883444
Alignment:
Q  48 tccatggaagatgacgaggttgtccgtgcggtggtaaccggtacaattccgtcatactcgcttgaatcaaaactcggagattgcaaacgtgcggcggcga 147  Q
    ||||||||||| || ||||||||| |||| |||||  | ||  ||||||| || |||||||||||||| || || |||||||||  |||||| ||    |    
T  10883932 tccatggaagacgaggaggttgtcagtgcagtggtgtcaggatcaattccatcttactcgcttgaatccaagcttggagattgccgacgtgcagcaaata 10883833  T
Q  148 tacgtaaccaagcggtggagagagttaccggaaagtcactctcgggtttaccaatggaaggttttgattatgattcgatattaggacagtgttgtgagat 247  Q
    |  | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  10883832 ttaggaaccaagccgtggagagagttaccggaaggtcacttgaaggtttaccgatggaaggttttgattacgattctatattaggacagtgttgcgagat 10883733  T
Q  248 gccgataggatttgttcagattccggtgggagttgccggacctttgttgcttgatgggaaagagtacacggtgccgatggcaacgacggaaggttgtttg 347  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  10883732 gcccatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgacgggaatgagtacacggtgcccatggcaacaaccgaaggttgtttg 10883633  T
Q  348 gttgcaagtactaatagaggttgtaaagctatttatgtttccggtggtgcttccgcggttgtcctccgtgatggcatgaccagagcccccgtcgtaagat 447  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||    
T  10883632 gttgcaagcaccaatagaggctgtaaagctatttatgtttccggtggtgcttccgccgttgtcctccgtgacggaatgacccgagccccagtcgtaagat 10883533  T
Q  448 tcaactccgctaaaagagcttctcagttaaagnnnnnnnnagaagatcctcaaaattttgattccctctctcacactttcaacaagtaa 536  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10883532 tcaactccgccaaaagagcttctcagttgaaattctttttagaagatcctcaaaattttgattccctctctcacactttcaacaagtaa 10883444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 48 - 536
Target Start/End: Original strand, 10866515 - 10867003
Alignment:
Q  48 tccatggaagatgacgaggttgtccgtgcggtggtaaccggtacaattccgtcatactcgcttgaatcaaaactcggagattgcaaacgtgcggcggcga 147  Q
    ||||||||||| || ||||||||| |||| |||||  | ||  ||||||| || |||||||||||||| || || |||||||||  |||||| ||    |    
T  10866515 tccatggaagacgaggaggttgtcagtgcagtggtgtcaggatcaattccatcttactcgcttgaatccaagcttggagattgccgacgtgcagcaaata 10866614  T
Q  148 tacgtaaccaagcggtggagagagttaccggaaagtcactctcgggtttaccaatggaaggttttgattatgattcgatattaggacagtgttgtgagat 247  Q
    |  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    |||||||| |||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  10866615 ttaggaaccaagcggtggagagagttaccggaaggtcacttgaaggtttaccgatggaaggttttgactacaattctatattaggacagtgttgcgagat 10866714  T
Q  248 gccgataggatttgttcagattccggtgggagttgccggacctttgttgcttgatgggaaagagtacacggtgccgatggcaacgacggaaggttgtttg 347  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  10866715 gccgatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgacgggaatgagtacacggtgcccatggcaacaaccgaaggttgtttg 10866814  T
Q  348 gttgcaagtactaatagaggttgtaaagctatttatgtttccggtggtgcttccgcggttgtcctccgtgatggcatgaccagagcccccgtcgtaagat 447  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||    
T  10866815 gttgcaagcaccaatagaggctgtaaagctatttatgtttccggtggggcttccgcggttgtgctccgcgacggaatgaccagagcccccgttgtaagat 10866914  T
Q  448 tcaactccgctaaaagagcttctcagttaaagnnnnnnnnagaagatcctcaaaattttgattccctctctcacactttcaacaagtaa 536  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||||| ||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10866915 tcaactctgccaaaagagcttcccagttgaaattctttttagaagatcctcaaaattttgattccctctctcacactttcaacaagtaa 10867003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 48 - 536
Target Start/End: Original strand, 39676079 - 39676567
Alignment:
Q  48 tccatggaagatgacgaggttgtccgtgcggtggtaaccggtacaattccgtcatactcgcttgaatcaaaactcggagattgcaaacgtgcggcggcga 147  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||| |||||  | ||  ||||||| || |||||||||||||| || || |||||||||  |||||| || | ||    
T  39676079 tccatggaagatgaggaggttgttggtgcagtggtgtctggatcaattccatcttactcgcttgaatcgaagcttggagattgccgacgtgctgctgtga 39676178  T
Q  148 tacgtaaccaagcggtggagagagttaccggaaagtcactctcgggtttaccaatggaaggttttgattatgattcgatattaggacagtgttgtgagat 247  Q
    |  | |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  39676179 ttaggaaccaagctgtggagagagttactggaaggtcacttgaaggtttaccaatggaaggttttgattatgattctatattaggacaatgttgcgagat 39676278  T
Q  248 gccgataggatttgttcagattccggtgggagttgccggacctttgttgcttgatgggaaagagtacacggtgccgatggcaacgacggaaggttgtttg 347  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||     
T  39676279 gccaatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgatggtaaagaatacaccgtgccaatggcaaccactgaaggttgttta 39676378  T
Q  348 gttgcaagtactaatagaggttgtaaagctatttatgtttccggtggtgcttccgcggttgtcctccgtgatggcatgaccagagcccccgtcgtaagat 447  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  39676379 gttgcaagtaccaacagaggttgtaaagctatttatgtttctggtggtgcttcggcagttgtccttcgtgatggaatgaccagagctcctgtcgtaagat 39676478  T
Q  448 tcaactccgctaaaagagcttctcagttaaagnnnnnnnnagaagatcctcaaaattttgattccctctctcacactttcaacaagtaa 536  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||          |||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  39676479 tcaactccgctaaaagagcttctcagttgaaattctttttggaagatcctctaaattttgattccatctctcatacattcaacaagtaa 39676567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 48 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 10887850 - 10887357
Alignment:
Q  48 tccatggaagatgacgaggttgtccgtgcggtggtaaccggtacaattccgtcatactcgcttgaatcaaaactcggagattgcaaacgtgcggcggcga 147  Q
    ||||||||||| || ||||||||| |||| |||||| | ||  ||||||| || ||||| ||||| || || ||||||||||||   ||||| ||   ||    
T  10887850 tccatggaagacgaagaggttgtcggtgcagtggtatcgggatcaattccttcttactcccttgagtcgaagctcggagattgccgtcgtgcagcaaaga 10887751  T
Q  148 tacgtaaccaagcggtggagagagttaccggaaagtcactctcgggtttaccaatggaaggttttgattatgattcgatattaggacagtgttgtgagat 247  Q
    |  | |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||    |||||||| ||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  10887750 ttaggaaccaagcagtggagagggttaccggaaggtcacttgaaggtttaccgatgaaaggttttgactacgattctatattaggacagtgttgcgagat 10887651  T
Q  248 gccgataggatttgttcagattccggtgggagttgccggacctttgttgcttgatgggaaagagtacacggtgccgatggcaacgacggaaggttgtttg 347  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  10887650 gccgatagggtttgttcaaattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgacgggaatgaatacacggtgcccatggcaacaaccgaaggttgtttg 10887551  T
Q  348 gttgcaagtactaatagaggttgtaaagctatttatgtttccggtggtgcttccgcggttgtcctccgtgatggcatgaccagagcccccgtcgtaagat 447  Q
    |||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||    
T  10887550 gttgcaagcaccaacagaggctgtaaagctatttatgtttccggaggtgcttccgctgttgtgctccgcgacggaatgaccagagcccccgttgtaagat 10887451  T
Q  448 tcaactccgctaaaagagcttctcagttaaagnnnnnnnnagaagatcctcaaaattttgattccctctctcacactttcaacaagtaattttc 541  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10887450 tcaactccgccaaaagagcttctcagttgaaattctttttagaagatcctcaaaattttgattccctctctcacactttcaacaagtaattttc 10887357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 192 - 398
Target Start/End: Original strand, 37948119 - 37948325
Alignment:
Q  192 ggtttaccaatggaaggttttgattatgattcgatattaggacagtgttgtgagatgccgataggatttgttcagattccggtgggagttgccggacctt 291  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||| ||  |||| ||||| ||||||||||| |||||| |||| | | |||| ||||||||||| || || ||||| |    
T  37948119 ggtttaccattagaaggatttgattacgaagcgattttagggcagtgttgtgaaatgccggtagggtatattcaaattccggtgggtgtggcgggaccat 37948218  T
Q  292 tgttgcttgatgggaaagagtacacggtgccgatggcaacgacggaaggttgtttggttgcaagtactaatagaggttgtaaagctatttatgtttccgg 391  Q
    ||||| | |||||    || ||||| || || ||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  37948219 tgttgttggatggatttgaatacactgttccaatggcgactacagaagggtgtttggttgctagtactaatagagggtgtaaagctatatatgtttctgg 37948318  T
Q  392 tggtgct 398  Q
    |||||||    
T  37948319 tggtgct 37948325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 192 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 30709685 - 30709477
Alignment:
Q  192 ggtttaccaatggaaggttttgattatgattcgatattaggacagtgttgtgagatgccgataggatttgttcagattccggtgggagttgccggacctt 291  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| || ||      
T  30709685 ggtttaccgttggaaggttttgattacgattcgatattgggacagtgttgtgagatgccgatagggtttgttcaaattccggttggtgttgcgggtccac 30709586  T
Q  292 tgttgcttgatgggaaagagtacacggtgccgatggcaacgacggaaggttgtttggttgcaagtactaatagaggttgtaaagctatttatgtttccgg 391  Q
    ||||| | |||||    |||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||    
T  30709585 tgttgttagatggagttgagtacactgtgcccatggctaccactgaagggtgtcttgttgcaagtactaatagagggtgtaaagctattcatgtttctgg 30709486  T
Q  392 tggtgcttc 400  Q
    ||| |||||    
T  30709485 tggagcttc 30709477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University