View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: Solexa-NF5840-1 (Length: 295)

Name: Solexa-NF5840-1
Description: NF5840
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] Solexa-NF5840-1
Solexa-NF5840-1
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (67-295)||(8394766-8394994)
chr2 (67-295)||(8412455-8412683)
chr2 (67-295)||(8434553-8434781)
chr2 (70-295)||(8406335-8406560)
chr2 (70-295)||(8395012-8395237)
chr2 (67-282)||(8431496-8431706)
chr2 (89-225)||(8417746-8417882)
chr2 (89-225)||(8375339-8375475)
chr2 (89-225)||(8439628-8439764)
chr2 (82-201)||(8368812-8368931)
chr2 (82-201)||(8400479-8400598)
chr2 (82-201)||(8422056-8422175)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 67 - 295
Target Start/End: Original strand, 8394766 - 8394994
Alignment:
Q  67 ttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacgacgtaacaactggaataat 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8394766 ttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataat 8394865  T
Q  167 cttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatga 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8394866 cttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatga 8394965  T
Q  267 aactgtcctctgctcttttattctctgct 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8394966 aactgtcctctgctcttttattctctgct 8394994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 67 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 8412683 - 8412455
Alignment:
Q  67 ttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacgacgtaacaactggaataat 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8412683 ttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataat 8412584  T
Q  167 cttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatga 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8412583 cttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatga 8412484  T
Q  267 aactgtcctctgctcttttattctctgct 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8412483 aactgtcctctgctcttttattctctgct 8412455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 67 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 8434781 - 8434553
Alignment:
Q  67 ttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacgacgtaacaactggaataat 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8434781 ttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataat 8434682  T
Q  167 cttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatga 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8434681 cttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatga 8434582  T
Q  267 aactgtcctctgctcttttattctctgct 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8434581 aactgtcctctgctcttttattctctgct 8434553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 70 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 8406560 - 8406335
Alignment:
Q  70 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacgacgtaacaactggaataatctt 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8406560 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 8406461  T
Q  170 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 269  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406460 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 8406361  T
Q  270 tgtcctctgctcttttattctctgct 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  8406360 tgtcctctgctcttttattctctgct 8406335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 70 - 295
Target Start/End: Original strand, 8395012 - 8395237
Alignment:
Q  70 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacgacgtaacaactggaataatctt 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8395012 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 8395111  T
Q  170 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 269  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8395112 ctattaaactcaataaaaatgattactctcactgctacaaccatgtctggagttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 8395211  T
Q  270 tgtcctctgctcttttattctctgct 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  8395212 tgtcctctgctcttttattctctgct 8395237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 67 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 8431706 - 8431496
Alignment:
Q  67 ttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacgacgtaacaactggaataat 166  Q
    |||||| || ||| ||||||||||  |||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  8431706 ttctaaagccacaattcaactcta--cagttttagaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacg---taacaactggaataat 8431612  T
Q  167 cttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatga 266  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||    
T  8431611 cttcttttgaactcaataaacatgattactctcactgctaagactatgtctggtgttgcagctgtcacaagtggggaagttgcaccacttttggctctga 8431512  T
Q  267 aactgtcctctgctct 282  Q
    |||| || ||||||||    
T  8431511 aactatcttctgctct 8431496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 89 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 8417882 - 8417746
Alignment:
Q  89 tatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacgacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaata 188  Q
    |||||||||||||||| ||| |  |||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||| | |||||| || || || || || |    
T  8417882 tatgcagtcttggaagttgtttctgacagaattgaaatgcatcacaacatttgtgaactacgtaacaattggaacactcttctcttgaattccatcaaca 8417783  T
Q  189 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8417782 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtcttgc 8417746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 89 - 225
Target Start/End: Original strand, 8375339 - 8375475
Alignment:
Q  89 tatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacgacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaata 188  Q
    |||||| |||||||||| || |  || ||| | ||||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||| | |||||| || ||||| || || |    
T  8375339 tatgcaatcttggaagcagtttctgatagagttgaaatgcatcaaaacattggcgaacagcgtaacaattggaacactcttctcttgaactccatcaaca 8375438  T
Q  189 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 225  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8375439 tgattactcttactgctacaaccatgtctggtgttgc 8375475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 89 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 8439764 - 8439628
Alignment:
Q  89 tatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacgacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaata 188  Q
    |||||| |||||||||| || |  || ||| | ||||||||||| |||||||||||||  |||| ||| ||||| | |||||| || ||||| || || |    
T  8439764 tatgcaatcttggaagcagtttctgatagagttgaaatgcatcaaaacattggcgaacagcgtagcaattggaacactcttctcttgaactccatcaaca 8439665  T
Q  189 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 225  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8439664 tgattactcttactgctacaaccatgtctggtgttgc 8439628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 82 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 8368931 - 8368812
Alignment:
Q  82 tcaactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacgacgtaacaactggaataatcttctattaaactca 181  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  | || |||||||  ||||||||||||||     
T  8368931 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8368832  T
Q  182 ataaatatgattactctcac 201  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  8368831 atcaacatgatcactctcac 8368812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 82 - 201
Target Start/End: Original strand, 8400479 - 8400598
Alignment:
Q  82 tcaactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacgacgtaacaactggaataatcttctattaaactca 181  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  | || |||||||  ||||||||||||||     
T  8400479 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8400578  T
Q  182 ataaatatgattactctcac 201  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  8400579 atcaacatgatcactctcac 8400598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 82 - 201
Target Start/End: Original strand, 8422056 - 8422175
Alignment:
Q  82 tcaactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacgacgtaacaactggaataatcttctattaaactca 181  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  | || |||||||  ||||||||||||||     
T  8422056 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8422155  T
Q  182 ataaatatgattactctcac 201  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  8422156 atcaacatgatcactctcac 8422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University