View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: Tnk367-LTR4-TNT-insertion-4 (Length: 796)

Name: Tnk367-LTR4-TNT-insertion-4
Description: Tnk367-LTR4
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] Tnk367-LTR4-TNT-insertion-4
Tnk367-LTR4-TNT-insertion-4
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-785)||(10049575-10050350)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 785
Target Start/End: Original strand, 10049575 - 10050350
Alignment:
Q  16 gtggtactgctactgtctgattaacattgattttgaaattgaaaattcagatgggagtcactcctacaagttccgtcagcaggagaagcacattggtaat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10049575 gtggtactgctactgtctgattaacattgattttgaaattgaaatttcagatgggagtcactcctacaagttccgtcagcaggagaagcacattggtaat 10049674  T
Q  116 ttttcacattgct--aactatatcctaatatattgcgagattcacaataaattttaatagattccacacacagttatggaaatgaatttgatgtggtaag 213  Q
    ||||||||| |||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10049675 ttttcacat-gctgtatctatatcctaatatattgtgagattcacaataaattttaatagattccacacacagttatggaaatgaatttgatgtggtaag 10049773  T
Q  214 tgaccgcacagttaatgcttttgagtttttgatttgtgtgagtcatcaatcttttatcaaatgccttagattgactagagttattgaatgccctaaatct 313  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  10049774 tgaccacacagttaatgcttttgagtttttgatttgtgtgagtcatcaatcttttatcaaatgccttggattgacaagagttattgaatgccctaaatat 10049873  T
Q  314 agatctgacaattatatatgtacatggtaaaccttattgcttatgcaaaattctatat-------aaatgtaatttcttcttttttattgcttagctatg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10049874 agatctgacaattatatatgtacatggtaaaccttattgcttatgcaaaattctatattctatataaatgtaatttcttgttttttattgcttagctatg 10049973  T
Q  407 atgcgaattggtacgcaatagatacctaaaatttatccaaccattgactgattcattcttatacaatgtatatttcacatattgtgttacatgcattatg 506  Q
    |||| |||| |  ||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10049974 atgcaaattcg--cgatttagatacctagaatttatccaaccattgactgattcattcttatacaatatatatttcacataatgtgttacatgcattatg 10050071  T
Q  507 tgcagctttagcactagtagacttgtaaagtttttgatgttgcaactattttataatatgttctatcagattggatgcgcattggtgctttttcctttga 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10050072 tgcagctttagcactagtagacttgtaaagtttttgatgttgtaactattttataatatgttctatcagattggatgcgcattggtgctttttcctttga 10050171  T
Q  607 ttcttcagtagccctcctgacagagagactgaattttccgggggagttaaagaaagaagaaagcatggaaatgatgttgaagactcacggttgttgcttt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10050172 ttcttcagtagccctcctgacagagagactgaattttccgggggagttaaagaaagaagaaagcatggaaatgatgttgaagactcacggttgttgcttt 10050271  T
Q  707 ctggacaacattaaacccggaatctggattgctggtactctccagttatctttgactatataactatcattgatatcaa 785  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10050272 ctggacaacattaaacccggaatctggattgctggtactctccagtgatctttgactatataactatcattgatatcaa 10050350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University