View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: Tnk392-LTR4-TNT-insertion-4 (Length: 568)

Name: Tnk392-LTR4-TNT-insertion-4
Description: Tnk392-LTR4
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] Tnk392-LTR4-TNT-insertion-4
Tnk392-LTR4-TNT-insertion-4
[»] scaffold0525 (1 HSPs)
scaffold0525 (8-416)||(6394-6800)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (8-416)||(41831866-41832272)
chr7 (8-203)||(34512293-34512485)
chr7 (68-236)||(7734751-7734919)
chr7 (307-405)||(7734548-7734645)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (8-410)||(21255886-21256286)
chr5 (8-292)||(35305088-35305374)
chr5 (307-418)||(35305430-35305540)
chr5 (11-86)||(41949908-41949980)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (8-395)||(24038740-24039125)
chr2 (8-381)||(31269933-31270304)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (8-381)||(7275616-7275984)
chr8 (8-409)||(26174691-26175083)
chr8 (80-295)||(4677270-4677489)
chr8 (352-419)||(4677201-4677268)
chr8 (311-378)||(29865095-29865164)
[»] scaffold1412 (1 HSPs)
scaffold1412 (8-381)||(256-625)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (8-381)||(145115-145484)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (8-381)||(6823528-6823896)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (8-295)||(9906289-9906572)
chr1 (13-295)||(18703500-18703783)
chr1 (307-419)||(18703837-18703949)
chr1 (9-99)||(35267973-35268063)
chr1 (307-383)||(9906628-9906705)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (8-263)||(42657275-42657527)
chr3 (8-95)||(10745186-10745273)
chr3 (8-86)||(4606961-4607036)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (16-295)||(5444117-5444397)
chr4 (309-381)||(5443995-5444067)
chr4 (10-95)||(11814703-11814788)
chr4 (13-98)||(55850254-55850339)


Alignment Details
Target: scaffold0525 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0525
Description:

Target: scaffold0525; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 416
Target Start/End: Original strand, 6394 - 6800
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaagga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
6394 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcatgacaaaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagtaagga 6493  T
108 tatctaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaa-gaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaa 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
6494 tatccaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcataccaa 6593  T
207 aggtacaatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgtcctccaatgccaagccgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatagatc 306  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||       
6594 aggtaccatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgccctccaatgccgagctgagacaagaaaaatcaaatgcaagccaatag--- 6690  T
307 agatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaaaacccatgcttccaataatgaagct 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6691 agatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaaaacccatgcttccaataatgaagct 6790  T
407 aaaacaaatc 416  Q
    ||| ||||||    
6791 aaaccaaatc 6800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 41832272 - 41831866
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaagga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
41832272 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccatttatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagtaagga 41832173  T
108 tatctaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaa-gaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaa 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
41832172 tatccaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcataccaa 41832073  T
207 aggtacaatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgtcctccaatgccaagccgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatagatc 306  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||       
41832072 aggtaccatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgccctccaatgccgagctgagacaagaaaaatcaaatgcaagccaatag--- 41831976  T
307 agatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaaaacccatgcttccaataatgaagct 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
41831975 agatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgtattcaaaccataggccaaaacccatgcttccaataatgaagct 41831876  T
407 aaaacaaatc 416  Q
    ||| ||||||    
41831875 aaaccaaatc 41831866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 34512485 - 34512293
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaagga 107  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
34512485 ccttggacagaagcacaacg---cttaaccattcatgacagaagcttattaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaacaagga 34512389  T
108 tatctaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaagaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacac 203  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
34512388 tatccaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaagaagtgcaaggaagggccaaagtctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacac 34512293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 68 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 7734919 - 7734751
Alignment:
68 aaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaaggatatctaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaag-aagtgcaagaaagggccaaagttta 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  || |||||| |||| || || | ||    
7734919 aaccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaa-caatgatatccaaaatcaatgatgatatccaagagaaaaacaattgcaaggaaggccccaaatcta 7734821  T
167 ccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaaaggtacaatgaagcaacaagaccaaggttc 236  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
7734820 caatggaaggagatcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaagacctaggttc 7734751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 307 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 7734645 - 7734548
Alignment:
307 agatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaaaacccatgcttccaataatgaagc 405  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
7734645 agatgcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccatagaaaaccaatccatgtggatgcactcaaa-tagaggccaaaaccaatgcttccaacaatgaagc 7734548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 21256286 - 21255886
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaagga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
21256286 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccatttatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagtaagga 21256187  T
108 tatctaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaa-gaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaa 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
21256186 tatccaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaa 21256087  T
207 aggtacaatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgtcctccaatgccaagccgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatagatc 306  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       
21256086 aggtaccatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatag--- 21255990  T
307 agatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaaaacccatgcttccaataatgaagct 406  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
21255989 tgatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaaaaccaatgcttccaatgctgaagct 21255890  T
407 aaaa 410  Q
    ||||    
21255889 aaaa 21255886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 8 - 292
Target Start/End: Original strand, 35305088 - 35305374
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaagga 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||| || ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||    
35305088 ccttggacagaagcacaacaacgcttaactattcatgacggaagcatatcaacatgtcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaaatacaagga 35305187  T
108 tatctaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaagaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaaa 207  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
35305188 tatccaaaatcaatgatgatatccaaagaaaaagaagtgcaaggaagggtcaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaa 35305287  T
208 ggtacaatgaagcaacaagaccaaggttccaa-agtta-aaaaagagatgtcctccaatgccaagccgagacaagaaaaaccaaatg 292  Q
    |||||  ||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| || |||||||||    
35305288 ggtaccctgaagcaacaagatcaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgtcgagccgagacaaaaagaaccaaatg 35305374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 307 - 418
Target Start/End: Original strand, 35305430 - 35305540
Alignment:
307 agatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaaaacccatgcttccaataatgaagct 406  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||| |||||||||| |||||||||    
35305430 agatgcatagccatgcaatgtgtcttcaaaccatagaaaaccaatccatgtggatgcactcaaa-tagaggccaaaaccaatgcttccaacaatgaagct 35305528  T
407 aaaacaaatcca 418  Q
     ||||| |||||    
35305529 caaacatatcca 35305540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 11 - 86
Target Start/End: Original strand, 41949908 - 41949980
Alignment:
11 tggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagc 86  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||   ||||||  |||||||||||||| ||||||||    
41949908 tggatagaagcacaacaacgcttaaccatccatgacagaagc---acaacaaggcttaaccatcatggacagaagc 41949980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 8 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 24039125 - 24038740
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaagga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
24039125 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccatttatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagtaagga 24039026  T
108 tatctaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaa-gaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaa 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24039025 tatccaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaa 24038926  T
207 aggtacaatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgtcctccaatgccaagccgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatagatc 306  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||       
24038925 aggtaccatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgccctccaatgccgagctgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatag--- 24038829  T
307 agatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaaaacccatgcttcca 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
24038828 agatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccaaagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggtcaaaacccatgcttcca 24038740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 8 - 381
Target Start/End: Original strand, 31269933 - 31270304
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaagga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
31269933 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattaatgacaaaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagtaagga 31270032  T
108 tatctaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaa-gaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaa 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
31270033 tatccaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactacacaccaa 31270132  T
207 aggtacaatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgtcctccaatgccaagccgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatagatc 306  Q
    |||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |       
31270133 aggtaccataaagcaacaaaaacaaggttccaaagttaaaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatcg--- 31270229  T
307 agatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaa 381  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
31270230 agatgcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccacgttgatgcattcaaaccataggccaa 31270304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 8 - 381
Target Start/End: Original strand, 7275616 - 7275984
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaagga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
7275616 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagtaagga 7275715  T
108 tatctaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaagaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaaa 207  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
7275716 tatctaaaatcaatgatgatctccaaaagaaaa--agtgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacatcaaa 7275813  T
208 ggtacaatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgtcctccaatgccaagccgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatagatca 307  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |    
7275814 ggtaccatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgcgctccaatgccgagccgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatag---a 7275910  T
308 gatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaa 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7275911 gatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaa 7275984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 8 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 26175083 - 26174691
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagag-caagg 106  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||  ||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| |  |||||    
26175083 ccttggacagaagcacaacg---cttaaccattcatgacgaaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaaaacaagaaaaaacaagg 26174987  T
107 atatctaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaagaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaa 206  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||     ||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
26174986 atatccaaaatcaatgatgatatccaaaagaa-----gtgcaaggaagggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacgtcacaccaa 26174892  T
207 aggtacaatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaa-aaaagagatgtcctccaatgccaagccgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatagat 305  Q
    |||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
26174891 aggtaccatgaagtgacaagaccaaggttccaaagataagaaaagagatgccctccgatgctgagccgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaataga- 26174793  T
306 cagatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaaaacccatgcttccaataatgaagc 405  Q
      |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||    
26174792 --gatgcatagccatgtgatatgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccatagaccgaaaccaatgcttccaataatgaagc 26174695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 80 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 4677489 - 4677270
Alignment:
80 cagaagcacaagacaagaagagcaaggatatctaaaa-tcaatgatgatatccaaaagaaaa-gaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaagga 177  Q
    ||||||||||||| ||  ||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||    
4677489 cagaagcacaagaaaaagagaacaaggatatccaaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaaatctacaatggaagga 4677390  T
178 ggtcatatgttgaacaaactgcacaccaaaggtacaatgaagcaacaagaccaaggttccaa-agtta-aaaaagagatgtcctccaatgccaagccgag 275  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||| |||||||    
4677389 ggtcatatgttgaataaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaagaccaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgag 4677290  T
276 acaagaaaaaccaaatgcaa 295  Q
    |||| || ||||||||||||    
4677289 acaaaaagaaccaaatgcaa 4677270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 352 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 4677268 - 4677201
Alignment:
352 ccatgttgatgcattcaaaccataggccaaaacccatgcttccaataatgaagctaaaacaaatccaa 419  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
4677268 ccatgttgttgcattcaaaccataggccaaaaccaatgcctccaataatgaagctaaaacaaatccaa 4677201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 311 - 378
Target Start/End: Original strand, 29865095 - 29865164
Alignment:
311 gcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttga--tgcattcaaaccataggc 378  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| | |||||||||||  ||| ||||||||||||||    
29865095 gcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccataagaaaaatatccatgttgatgtgccttcaaaccataggc 29865164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1412 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: scaffold1412
Description:

Target: scaffold1412; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 8 - 381
Target Start/End: Original strand, 256 - 625
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaagga 107  Q
    |||||||||||||||||| |   ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
256 ccttggacagaagcacaatg---cttaaccattcatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaacaagga 352  T
108 tatctaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaa--gaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacacca 205  Q
    |||| || | |||||||||||||||||| ||||  |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
353 tatccaacaacaatgatgatatccaaaaaaaaaaagaagcgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacacca 452  T
206 aaggtacaatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgtcctccaatgccaagccgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatagat 305  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||      
453 aaggtaccatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgccctccaatgccgagccaagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatag-- 550  T
306 cagatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaa 381  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
551 -agatgcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccacgttgatgcattcaaaccataggccaa 625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 8 - 381
Target Start/End: Original strand, 145115 - 145484
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaagga 107  Q
    |||||||||||||||||| |   ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
145115 ccttggacagaagcacaatg---cttaaccattcatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaacaagga 145211  T
108 tatctaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaa--gaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacacca 205  Q
    |||| || | |||||||||||||||||| ||||  |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
145212 tatccaacaacaatgatgatatccaaaaaaaaaaagaagcgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacacca 145311  T
206 aaggtacaatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgtcctccaatgccaagccgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatagat 305  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||      
145312 aaggtaccatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgccctccaatgccgagccaagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatag-- 145409  T
306 cagatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaa 381  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
145410 -agatgcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccacgttgatgcattcaaaccataggccaa 145484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 8 - 381
Target Start/End: Original strand, 6823528 - 6823896
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaagga 107  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
6823528 ccttggacagaagcacaacg---cttaaccattcatgccagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaacaagga 6823624  T
108 tatctaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaa-gaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaa 206  Q
    |||| || | ||||||||||||| |||| |||| |||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6823625 tatccaacaacaatgatgatatctaaaaaaaaaagaagcgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaa 6823724  T
207 aggtacaatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgtcctccaatgccaagccgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatagatc 306  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       
6823725 agataccatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaagaaaaaccaaatgcaagccaatag--- 6823821  T
307 agatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaa 381  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
6823822 agatgcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccacgttgatgcattcaaaccataggccaa 6823896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 8 - 295
Target Start/End: Original strand, 9906289 - 9906572
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaagga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
9906289 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccatttatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagtaagga 9906388  T
108 tatctaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaagaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaaa 207  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9906389 tatccaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaa--agtgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaaa 9906486  T
208 ggtacaatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgtcctccaatgccaagccgagacaagaaaaaccaaatgcaa 295  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||    
9906487 ggtaccatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgccctccaatgccgagctgagacaag--aaaccaaatgcaa 9906572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 13 - 295
Target Start/End: Original strand, 18703500 - 18703783
Alignment:
13 gacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaaggatatct 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||     
18703500 gacagaagcacaacgacgcttaaccattcatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaaacacaagacaagaagagtaaagatatcc 18703599  T
113 aaaatcaatgatgatatccaaaagaaaa-gaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaaaggta 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
18703600 aaaatcaatgatgatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaagtctacaatggaatgaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaagata 18703699  T
212 caatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgtcctccaatgccaagccgagacaagaaaaaccaaatgcaa 295  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
18703700 ccatgaagcaacaagaccaaggttccaaagataaaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaagaaaaaccaaatgcaa 18703783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 307 - 419
Target Start/End: Original strand, 18703837 - 18703949
Alignment:
307 agatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaaaacccatgcttccaataatgaagct 406  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||    
18703837 agatgcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccataaaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaaaaccaatgcctctaataatgaagct 18703936  T
407 aaaacaaatccaa 419  Q
    |||||||||||||    
18703937 aaaacaaatccaa 18703949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 9 - 99
Target Start/End: Original strand, 35267973 - 35268063
Alignment:
9 cttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaag 99  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
35267973 cttggatagaagcacaacaacgcttaaccattcatgacagaagcttatcaacatggcttaaccatcatgaacagaagcacaacacaagaag 35268063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 307 - 383
Target Start/End: Original strand, 9906628 - 9906705
Alignment:
307 agatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccataga-aaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaaaa 383  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
9906628 agatgcatagccatgtgatatgtcttcaaaccatagagaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccaaaggccaaaa 9906705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 167; Significance: 4e-89; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 8 - 263
Target Start/End: Original strand, 42657275 - 42657527
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaagga 107  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||    
42657275 ccttggacagaagcacaacg---cttaaccattcatgacagaagcctatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagtacaagacaagaaaa-caagga 42657370  T
108 tatctaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaa-gaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaa 206  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
42657371 tatccaaaatcaatgatgatatccaaaacaaaaagaagtgctaggaagggccaaagtttacgatggaaggaggtcatatgttgatcaaacttcacaccaa 42657470  T
207 aggtacaatgaagcaacaagaccaaggttccaaagttaaaaaagagatgtcctccaa 263  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
42657471 aggtaccatgaagcaacaagaccaaggttccaaagataaaaaagagatgccctccaa 42657527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 8 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 10745273 - 10745186
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaa 95  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
10745273 ccttggatagaagcacaacaacacttaaccattcatgacagaagcttatcaacatggcttaaccatcatgaacagaatcacaatacaa 10745186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 4607036 - 4606961
Alignment:
8 ccttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagc 86  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||| | ||||||   ||||||  |||||||||||||| ||||||||    
4607036 ccttggccagaagcacaacaacgcttaaccatccatgatagaagc---acaacaaggcttaaccatcatggacagaagc 4606961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 139; Significance: 2e-72; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 5444397 - 5444117
Alignment:
16 agaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagcaaggatatctaaa 115  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||| || ||||| || |||||| ||| | |||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| |||    
5444397 agaagcacaataacgcttaaccattcatgacggaagcgtatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcagaagacaagaaaa-caaggatatccaaa 5444299  T
116 atcaatgatgatatccaaaagaaaa-gaagtgcaagaaagggccaaagtttaccatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaaaggtacaa 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | | | |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || |    
5444298 atcaatgatgatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaaatcttcaatggaaggagatcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggcacca 5444199  T
215 tgaagcaacaagaccaaggttccaa-agtta-aaaaagagatgtcctccaatgccaagccgagacaagaaaaaccaaatgcaa 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||    
5444198 tgaagcaacaagaccaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagtcgagacaa-aataaccaaatgcaa 5444117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 309 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 5444067 - 5443995
Alignment:
309 atgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaa 381  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5444067 atgcatggccatgtgatgtgtcttcaaaccatagaaaacaaatccatgttgatgcattcaaaccataggccaa 5443995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 10 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 11814788 - 11814703
Alignment:
10 ttggacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaa 95  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||  |||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
11814788 ttggacagaagcacaacaacgccaaaccattcatgacgaaagcctatcaacatggcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaa 11814703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 98
Target Start/End: Original strand, 55850254 - 55850339
Alignment:
13 gacagaagcacaacgacgcttaaccattcataacagaagcttaacaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaa 98  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||| |  ||||| || ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
55850254 gacagaagctcaacaacgcttaaccattcatgatggaagcatatcaacatgtcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaa 55850339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University