View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: Tnk443-LTR4-TNT-insertion-8 (Length: 515)

Name: Tnk443-LTR4-TNT-insertion-8
Description: Tnk443-LTR4
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] Tnk443-LTR4-TNT-insertion-8
Tnk443-LTR4-TNT-insertion-8
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (10-501)||(37626379-37626867)
chr2 (10-289)||(37617997-37618276)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 501
Target Start/End: Original strand, 37626379 - 37626867
Alignment:
Q  10 tcccacaccttagtcctgaagtaggtaggaacattgccaaatccttaacacttccaaagcacctaagaatggcaaggttagaagcaaggaactatatgga 109  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37626379 tcccacaccttagtcctgaaataggtaggaacattgccaaatccttaacacttccaaagcacctaagaatggcaaggttagaagcaaggaactatatgga 37626478  T
Q  110 agaatatagcaaaggaagtaaccaaatacctgctcttctggaattggcaaagttagactctgatatggttcagtcattacaccaaagagaattaacagaa 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37626479 agaatatagcaaaggaagtaaccaaatacctgctcttctggaattggcaaagttagactctgatatggttcagtcattacaccaaagagaattaacagaa 37626578  T
Q  210 atctgcaggtgactttatgctcaagattacactataatagaaaattgaattaagtgtgtattgaatggattggttgcattgtatcatcgtatcagtgacc 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  37626579 atctgcaggtgactttatgctcaagattacactataataaaaaattgaattaagtgtgtattgaatggattggttgcattgcatcctcgtatcagtgacc 37626678  T
Q  310 agtgattgtttgatcaaggtcatctgacagtatttgtgattgaaaaaataaaatttgcttgatttctacaccgtccgacctttatccacaatggtcacca 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  37626679 agtgattgtttgatcaaggtcatctgacagtatttgagatt-taaaaattaaatttgcttgatttctacaccgtccgacctttatc--caatggtcacca 37626775  T
Q  410 atgtgctgaatgtagaaatgcaagaaatttgtgactgcaccaaatttgaatccgtattgaatactatatcacactaccaaaaagttgaatta 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37626776 atgtgctgaatgtagaaatgcaagaaatttgtgactgcaccaaatttgaatccgtattgaatactatatcacactaccaaaaagttgaatta 37626867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 10 - 289
Target Start/End: Original strand, 37617997 - 37618276
Alignment:
Q  10 tcccacaccttagtcctgaagtaggtaggaacattgccaaatccttaacacttccaaagcacctaagaatggcaaggttagaagcaaggaactatatgga 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37617997 tcccacaccttagtcctgaagtgggtaggaacattgccaaatccttaacacttccaaagcacctaagaatggcaaggttagaagcaaggaactatatgga 37618096  T
Q  110 agaatatagcaaaggaagtaaccaaatacctgctcttctggaattggcaaagttagactctgatatggttcagtcattacaccaaagagaattaacagaa 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37618097 agaatatagcaaaggaagtaaccaaatacctgctcttctggaattggcaaagttagactctgatatggttcagtcattacaccaaagagaattagcagaa 37618196  T
Q  210 atctgcaggtgactttatgctcaagattacactataatagaaaattgaattaagtgtgtattgaatggattggttgcatt 289  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37618197 atatgcaggtgactttatgctcaagattacactataataaaaaattgaattaagtgtgtattggatggattggttgcatt 37618276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University