View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: Tnk88-26-LTR4-TNT-insertion-9 (Length: 741)

Name: Tnk88-26-LTR4-TNT-insertion-9
Description: Tnk88-26-LTR4
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] Tnk88-26-LTR4-TNT-insertion-9
Tnk88-26-LTR4-TNT-insertion-9
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-731)||(44806630-44807354)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 674; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 674; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 731
Target Start/End: Original strand, 44806630 - 44807354
Alignment:
Q  8 tggagagccttcttggtggtttagcactggaagatctgtccttgccagagaattcaaggacacctacactttggcttacattgggaatacttcttcctct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44806630 tggagagccttcttggtggtttagcactggaagatctgtccttgccagagaattcaaggacacctacactttggcttacattgggaatacttcttcctct 44806729  T
Q  108 gaaaatgtaaataagattattttaacctgtactctacttcattatgaggcacacaatcaattaaaatacacttgtttcaaactgtcttacgaggaggcat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44806730 gaaaatgtaaataagattattttaacctgtactctacttcattatgaggcacacaatcaattaaaatacacttgtttcaaactgtcttacgaggaggcat 44806829  T
Q  208 ggtaaacaatgaagcaattaaaaagtactcactcaattttcaaatttaattcaggctatggtgaataagtaagataagttttacataacgcaaatgcaat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44806830 ggtaaacaatgaagcaattaaaaagtattcactcaattttcaaatttaattcaggctatggtgaataagtaagataagttttacataacgcaaatgcaat 44806929  T
Q  308 tagatcaataaatttcactattagatcaaatgagatatgtaacagatttatcgatcttatggtgaaaaacagatttgtgcatgatgcagaactagtctac 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44806930 tagatcaataaatttcactattagatcaaatgagatatgtaacagatttatcgatcttatggtgaaaaacagatttgtgcatgatgcagaactagtctac 44807029  T
Q  408 ctgttcacattaaacaaactataggcaaatgcgaacatatgtacatgttagtaaactaaatgtagaaatattatttctgaattcatgtactg-aaaaggt 506  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44807030 ttgttcacattaaacaaactataggcaaatgcgaacatatgtacatgttagtaaactaaatgtagaaatattatttctgaattcatgtactgaaaaaggt 44807129  T
Q  507 ttaaaaattacatttttcaacctaaagctcttatttttagattccttaacatgtatctttggcacaagttagcaggatttttaacataaagtttttagtt 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44807130 ttaaaaattacatttttcaacctaaagctcttatttttagattccttaacaagtatctttggcacaagttagcaggatttttaacataaagtttttagtt 44807229  T
Q  607 taatattataaaaataaacaaatatgaattaaattaagcatatctaatactatccttcttacatgaattttcannnnnnnnngtttattatgttgaaaat 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||    
T  44807230 taatattataaaaataaacaaatatgaattaaattaagcatatctaatactatccttcttacatgaattttcatttttttttgtttattatgttgaaaat 44807329  T
Q  707 ctaagggaagcgaatagtgtaatta 731  Q
    |||||||||||||||| ||||||||    
T  44807330 ctaagggaagcgaataatgtaatta 44807354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University