View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: Tnk88-28-LTR4-TNT-insertion-11 (Length: 669)

Name: Tnk88-28-LTR4-TNT-insertion-11
Description: Tnk88-28-LTR4
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] Tnk88-28-LTR4-TNT-insertion-11
Tnk88-28-LTR4-TNT-insertion-11
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (9-659)||(24216480-24217130)
chr4 (113-659)||(16841613-16842162)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (117-659)||(37391698-37392240)
chr5 (59-659)||(37697607-37698210)
chr5 (54-659)||(37712439-37713041)
chr5 (54-659)||(37824710-37825312)
chr5 (54-659)||(37533915-37534523)
chr5 (54-659)||(37436522-37437118)
chr5 (54-659)||(37640687-37641295)
chr5 (59-659)||(37595144-37595747)
chr5 (64-659)||(37381072-37381670)
chr5 (87-388)||(37399817-37400124)
chr5 (114-610)||(37429616-37430125)
chr5 (54-388)||(37703483-37703823)
chr5 (436-659)||(37703862-37704085)
chr5 (210-658)||(37412053-37412503)
chr5 (436-659)||(37399564-37399787)
chr5 (64-163)||(37412512-37412611)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (54-388)||(14553853-14554193)
chr3 (436-659)||(14554226-14554449)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 619; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 619; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 24217130 - 24216480
Alignment:
Q  9 gatgaaggaacaaatccatcaaatttgcaccccgtaagggataagtgagcaagaaacttcaactgaccaatagagtatggaatttcacctgagaaaccag 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24217130 gatgaaggaacaaatccatcaaatttgcaccccgtaagggataagtgagcaagaaacttcaactgaccaatagagtatgaaatttcacctgagaaaccag 24217031  T
Q  109 agaaagagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacgttggaagtttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24217030 agaaagagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacgttggaaatttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatt 24216931  T
Q  209 tggtaaagagaggatgttacttgacatatttccttgcaatccagtggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcaaagagctc 308  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24216930 tggtaaagagaggatgtcacttgacatatttccttgcaatccagtggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcaaagagctc 24216831  T
Q  309 tctctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagtttgagtt 408  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24216830 tctctgattgaagatatgtccactccattcaggtaaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagtttgagtt 24216731  T
Q  409 tttgttccaccggccagtaataactattaagatcaagtgacactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaacagcttga 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24216730 tttgttccaccggccagtaataacttttaagatcaagtgacactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccagtaaggtaacagcttga 24216631  T
Q  509 taaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatcccaacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtcta 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24216630 taaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatcccaacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtcta 24216531  T
Q  609 agcttgaagatagtacaatttggatgtaactcacctttcagattgttgcaa 659  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24216530 agcttgaagatagtgcaatttggatgtaactcacctttcagattgttgcaa 24216480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 113 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 16842162 - 16841613
Alignment:
Q  113 agagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacgttggaagtttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatttggt 212  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||      
T  16842162 agagaggtacaagtaccttagaggagtgctccagttggattttggaagttgaccactaaggtcttgattatgtgacaaatctagtctttgaagatttgac 16842063  T
Q  213 aaagagaggatgttacttgacatatttccttgcaatccagtggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttag------caaagagc 306  Q
    |||||||| |||| |||| ||| |||||||||||| ||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||      ||||||||    
T  16842062 aaagagagtatgtcacttaacaaatttccttgcaaaccagtgtttgctagatgaagagaaaccaaagaggatgacaaattgtttagcattgacaaagagc 16841963  T
Q  307 tctctctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagtttgag 406  Q
    ||||||  |||||||||| || ||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||| |     
T  16841962 tctctccaattgaagacatgttcactccatttagataaagatcccttaatttagtagcattatgaatgagtttcttccaagtgaacgaattgagtttcaa 16841863  T
Q  407 t---ttttgttccaccggccagtaataactattaagatcaagtgacactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaacag 503  Q
    |     || |||   ||      | ||||   |||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||| | |||| ||||    
T  16841862 tcccactttttcgtacg------agtaaccgctaagatcaagagatactaattttgacaaatgagagattgtggagtgaatgtcaccattgaggtcacag 16841769  T
Q  504 cttgataaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatcccaacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggt 603  Q
      ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||| | ||| |||| | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16841768 tatgatagatttagatgtgtgatattcactaaatcgctaataccaataggcattgaagacccagaaaaattattaaaagccaagttgagttgttgaaggt 16841669  T
Q  604 gtctaagcttgaagatagtacaatttggatgtaactcacctttcagattgttgcaa 659  Q
    |||| | || || |||||| | ||| |||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  16841668 gtcttaactggaggatagtgctattgggatgtaattcacctttcaaattgttgcaa 16841613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 117 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 37392240 - 37391698
Alignment:
Q  117 aggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacgttggaagtttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatttggtaaag 216  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||| | ||| || | |||   ||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  37392240 aggtccaagtaccttagaggagtgctccagtttgattttggaagtttaccgctaagttcattatt---tgacaaatctagtctttgaagattaggtaaag 37392144  T
Q  217 agaggatgttacttgacatatttccttgcaatccagtggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagca------aagagctctc 310  Q
    ||||||||  |||||||| |||||||||||| ||| |   | |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||      ||||||||||    
T  37392143 agaggatggcacttgacaaatttccttgcaacccaatttctcctagcctaagagaaaccaaagaggatgacacattctttagcatagacaaagagctctc 37392044  T
Q  311 tctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagtttgagtttt 410  Q
    ||| || ||| |||  ||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||  |||||||||| |    
T  37392043 tctaatggaatacatatccactctattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtcaatgtatcaagtttgagttgt 37391944  T
Q  411 tgttccaccggccagtaataactattaagatcaagtgacactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaacagcttgata 510  Q
    |||||||   ||| |||||  |||   ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||    
T  37391943 tgttccaagtgccggtaattgcta---agatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggagggaatattaccactgaggtaacaatttgata 37391847  T
Q  511 aatttagatatgtgagattcactagatcaccaatcccaacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaag 610  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| | |||||  ||| || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  37391846 gatttagatatgtgagattcactaaatcaccaataccaacatgcaatgaagacccaaaaaaaaaatttaaagacaagttgagttgttgaaggtgtctaag 37391747  T
Q  611 cttgaagatagtacaatttggatgtaactcacctttcagattgttgcaa 659  Q
    ||  |||||||| | ||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  37391746 ctgaaagatagtgctattgggatgtaaatcaccattcaaattgttgcaa 37391698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 59 - 659
Target Start/End: Original strand, 37697607 - 37698210
Alignment:
Q  59 aagaaacttcaactgaccaatagagtatggaatttcacctgagaaaccagagaaagagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacgttgga 158  Q
    |||| ||||||| ||||| || || || |||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  37697607 aagatacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagtgtaagagaggtctaagtaccttagaggagtgctccagttggactttgga 37697706  T
Q  159 agtttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatttggtaaagagaggatgttacttgacatatttccttgcaatccagtggatg 258  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||  |||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  |||||  |     
T  37697707 agttgaccactaaggttttgattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttc 37697806  T
Q  259 ctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttag------caaagagctctctctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagctccct 352  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||| |||||||||| ||||||||||| || ||||||||| || | ||| |||||    
T  37697807 gtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaatgagctctctccgattgaagacatgttcactccattaagatgaagatccct 37697906  T
Q  353 taaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagtttgagtttttgttccaccggccagtaataactattaagatcaagtgacact 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   ||||||||| | |     ||   |   ||||   |||||  ||||||||||||| |||    
T  37697907 taaattagtagcattatgaatgagtttcttccaaatgaatgaattgagtttcaatcccacttgttcgtaccag---taactgctaagatcaagtgatact 37698003  T
Q  453 agttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaacagcttgataaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatcccaacat 552  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||  |||||| |||||||| |||||| ||||||| ||| || |  |||| |     
T  37698004 aattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccattgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccgacaccaatag 37698103  T
Q  553 gcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgaagatagtacaatttggatgtaactcacctttcagatt 652  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||| |||||||| |||||||||| |||    
T  37698104 gtattgaagaccaagaaaaattattaaaagccaaattaagttgttgaaggcgtctaagctggaagatagtgctattgggatgtaattcacctttcaaatt 37698203  T
Q  653 gttgcaa 659  Q
    |||||||    
T  37698204 gttgcaa 37698210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 54 - 659
Target Start/End: Original strand, 37712439 - 37713041
Alignment:
Q  54 tgagcaagaaacttcaactgaccaatagagtatggaatttcacctgagaaaccagagaaagagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacg 153  Q
    |||| |||| ||||||| ||||| || || || |||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  37712439 tgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgaaaaagcagaggaagagaggaccaagtaccttagaggagtgctccagttggact 37712538  T
Q  154 ttggaagtttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatttggtaaagagaggatgttacttgacatatttccttgcaatccagt 253  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||  |||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||    
T  37712539 ttggaagttgaccactaaggttttgattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagt 37712638  T
Q  254 ggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttag------caaagagctctctctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagc 347  Q
    |  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||| ||||||| || |||   || ||  |||||     
T  37712639 gtctcgtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacatgttcacattatccaaataaagt 37712738  T
Q  348 tcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagtttgagtttttgttccaccggccagtaataactattaagatcaagtg 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| ||||| |       ||||||   ||    | ||||  ||||||||||||    
T  37712739 tcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtcaatggatttagtttca------attccacatccc---caaaactgctaagatcaagtg 37712829  T
Q  448 acactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaacagcttgataaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatccc 547  Q
    | |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||  |||||| |||||||| |||||| ||||||| ||| ||||  ||    
T  37712830 atactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccattgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacacc 37712929  T
Q  548 aacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgaagatagtacaatttggatgtaactcacctttc 647  Q
    || | ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| || | ||| |||||||| ||||||||     
T  37712930 aataggcattgaagaccaagaaaaatgattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcacctttt 37713029  T
Q  648 agattgttgcaa 659  Q
    ||||||||||||    
T  37713030 agattgttgcaa 37713041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 54 - 659
Target Start/End: Original strand, 37824710 - 37825312
Alignment:
Q  54 tgagcaagaaacttcaactgaccaatagagtatggaatttcacctgagaaaccagagaaagagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacg 153  Q
    |||| |||| ||||||| ||||| || || || |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  37824710 tgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgaaaaagcagaggaagagaggtccaagtaccttagaggagtgctccagttggact 37824809  T
Q  154 ttggaagtttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatttggtaaagagaggatgttacttgacatatttccttgcaatccagt 253  Q
    ||||||||| ||||| |||||  |||||  |||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||    
T  37824810 ttggaagttgaccactaaggttatgattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagt 37824909  T
Q  254 ggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttag------caaagagctctctctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagc 347  Q
    |  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||| |||||||||| ||||||||||| || ||||||||| || | |||     
T  37824910 gtttcgtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaatgagctctctccgattgaagacatgttcactccattaagatgaaga 37825009  T
Q  348 tcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagtttgagtttttgttccaccggccagtaataactattaagatcaagtg 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   ||||||||| |       | ||||  |||||   |  ||  | ||||||||||    
T  37825010 tcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccaaatgaatgaattgagtttca------atcccacgtgccag---tttctgctgagatcaagtg 37825100  T
Q  448 acactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaacagcttgataaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatccc 547  Q
    | |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||  |||||| |||||||| |||||| ||||||| ||| ||||  ||    
T  37825101 atactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccattgaggtaacattttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacacc 37825200  T
Q  548 aacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgaagatagtacaatttggatgtaactcacctttc 647  Q
    || | ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| || | ||| |||||||| ||||||||     
T  37825201 aataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcacctttt 37825300  T
Q  648 agattgttgcaa 659  Q
    ||||||||||||    
T  37825301 agattgttgcaa 37825312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 54 - 659
Target Start/End: Original strand, 37533915 - 37534523
Alignment:
Q  54 tgagcaagaaacttcaactgaccaatagagtatggaatttcacctgagaaaccagagaaagagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacg 153  Q
    |||| |||| ||||||| ||||| || || || |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  37533915 tgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgaaaaagcagagaaagagaggaccaagtaccttagaggagtgctccagttggact 37534014  T
Q  154 ttggaagtttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatttggtaaagagaggatgttacttgacatatttccttgcaatccagt 253  Q
    ||||||||| ||||| |||||  | ||| ||||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||    
T  37534015 ttggaagttgaccactaaggttatcattagatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagt 37534114  T
Q  254 ggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttag------caaagagctctctctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagc 347  Q
       || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||| ||||||| || |||   || ||  |||||     
T  37534115 ttctgatagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacatgttcacattatccaaataaagt 37534214  T
Q  348 tcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagtttgagtttttgttccaccggccagtaataactattaagatcaagtg 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   ||||||||| | |     |||  | | ||||   |||||  ||||||||||||    
T  37534215 tcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccaaatgaacgaattgagtttcaatcccacttctgcggaccag---taactgctaagatcaagtg 37534311  T
Q  448 acactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaacagcttgataaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatccc 547  Q
    | |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| | ||  ||||| |||||||| |||||| ||||||| ||| ||||  ||    
T  37534312 atactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtcagagtatgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacacc 37534411  T
Q  548 aacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgaagatagtacaatttggatgtaactcacctttc 647  Q
    || | | ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| || | ||| |||||||| ||||||||     
T  37534412 aataggtattgaagaccaagaaaaatgattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcacctttt 37534511  T
Q  648 agattgttgcaa 659  Q
    ||||||||||||    
T  37534512 agattgttgcaa 37534523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 54 - 659
Target Start/End: Original strand, 37436522 - 37437118
Alignment:
Q  54 tgagcaagaaacttcaactgaccaatagagtatggaatttcacctgagaaaccagagaaagagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacg 153  Q
    |||| |||| ||||||| ||||| || || || |||||||||||||||||| |||| |||  ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  37436522 tgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggttcaagtaccttagaggagtgctccagttggact 37436621  T
Q  154 ttggaagtttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatttggtaaagagaggatgttacttgacatatttccttgcaatccagt 253  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||  |||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||   |||    
T  37436622 ttggaagttgaccactaaggttttgattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactgagt 37436721  T
Q  254 ggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattcttta------gcaaagagctctctctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagc 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||       ||||||||||||||  ||||||||||  | |||||||||||| | ||||    
T  37436722 ggatgctagactaagagaaaccaaagaagatgacaaattcgttaacaacgacaaagagctctctccaattgaagacattttcactccattcagatgaagc 37436821  T
Q  348 tcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagtttgagtttttgttccaccggccagtaataactattaagatcaagtg 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||            ||||||  |   | | |||| | ||||||||||| |    
T  37436822 tcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgcgaatggattga------------gttccaaag---aatcataattgttaagatcaaggg 37436906  T
Q  448 acactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaacagcttgataaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatccc 547  Q
    | |||| ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||  |||||  ||||||| |||||| ||||||| ||||| ||| ||    
T  37436907 atactaattttgacaaatgagagattttggaaggaatattaccactgaggtcacagtatgataggtttagatgtgtgagtttcactaaatcactaatacc 37437006  T
Q  548 aacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgaagatagtacaatttggatgtaactcacctttc 647  Q
    || | | |||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| || | ||| |||||||| |||||||||    
T  37437007 aataggtattgaagactcagaaaaatgattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcacctttc 37437106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 54 - 659
Target Start/End: Original strand, 37640687 - 37641295
Alignment:
Q  54 tgagcaagaaacttcaactgaccaatagagtatggaatttcacctgagaaaccagagaaagagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacg 153  Q
    |||| |||| ||||||| ||||| || || || |||||||||||||||||| |||| |||  ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  37640687 tgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggttcaagtaccttagaggagtgctccagttggact 37640786  T
Q  154 ttggaagtttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatttggtaaagagaggatgttacttgacatatttccttgcaatccagt 253  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||  |||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||    
T  37640787 ttggaagttgaccactaaggttttgattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagt 37640886  T
Q  254 ggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagca------aagagctctctctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagc 347  Q
       |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||  | || |||||||  ||||| | |||||  | ||||    
T  37640887 ttttcgtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctccgtaatggaagacatatccacactattcaaatgaagc 37640986  T
Q  348 tcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagtttgagtttttgttccaccggccagtaataactattaagatcaagtg 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   ||||||||| | |     ||   | | |||||||   ||  ||||||||||||    
T  37640987 tcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccaaatgaatgaattgagtttcaatcccacttgttcggaccagtaa---ctgctaagatcaagtg 37641083  T
Q  448 acactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaacagcttgataaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatccc 547  Q
    | |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||  |||||| |||||||| |||||| ||||||| ||| ||||  ||    
T  37641084 atactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccattgaggtaacattttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacacc 37641183  T
Q  548 aacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgaagatagtacaatttggatgtaactcacctttc 647  Q
    || | ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||  ||||| || | ||| |||||||| ||||||||     
T  37641184 aataggcattgaagacaaagaaaaattattaaaagccaagttgagttggtgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcacctttt 37641283  T
Q  648 agattgttgcaa 659  Q
    ||||||||||||    
T  37641284 agattgttgcaa 37641295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 59 - 659
Target Start/End: Original strand, 37595144 - 37595747
Alignment:
Q  59 aagaaacttcaactgaccaatagagtatggaatttcacctgagaaaccagagaaagagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacgttgga 158  Q
    |||| ||||||| ||||| || || || |||||||||||||| ||| |||| |||  ||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  37595144 aagatacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgaaaaagcagataaacggaggttcaagtaccttagaggagtgctcaagttggactttgga 37595243  T
Q  159 agtttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatttggtaaagagaggatgttacttgacatatttccttgcaatccagtggatg 258  Q
    |||| ||||| |||||  | |||  |||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||  |     
T  37595244 agttgaccactaaggttatcattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttc 37595343  T
Q  259 ctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagca------aagagctctctctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagctccct 352  Q
     ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||      ||||||||||  | || |||||||  ||||| | |||||  | |||||||||    
T  37595344 gtagaagaagagaaaccaaagaggatgaaaaattctttagcatggacaaagagctctccgtaatggaagacatatccacactattcaaatgaagctccct 37595443  T
Q  353 taaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagtttgagtttttgttccaccggccagtaataactattaagatcaagtgacact 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    |||||||| | |     |||  | | |||||||   ||  ||||||||||||| |||    
T  37595444 taaattagtagcattatgaatgagtttcttccaaatgaatgacttgagtttcaatcccacttcttcggaccagtaa---ctgctaagatcaagtgatact 37595540  T
Q  453 agttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaacagcttgataaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatcccaacat 552  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||   ||||| |||||||| |||||| ||||||| ||| ||||  |||| |     
T  37595541 aattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatatgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaatag 37595640  T
Q  553 gcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgaagatagtacaatttggatgtaactcacctttcagatt 652  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| || | ||| |||||||| |||||||| |||||    
T  37595641 gcattgaagactcagaaaaattattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcacctttaagatt 37595740  T
Q  653 gttgcaa 659  Q
    |||||||    
T  37595741 gttgcaa 37595747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 64 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 37381670 - 37381072
Alignment:
Q  64 acttcaactgaccaatagagtatggaatttcacctgagaaaccagagaaagagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacgttggaagttt 163  Q
    |||||||||| || || || || ||||||||||||||||||   | |  |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||  | |||||||     
T  37381670 acttcaactggcctatggaataaggaatttcacctgagaaaggggtgcgagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggatttcggaagttg 37381571  T
Q  164 accacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatttggtaaagagaggatgttacttgacatatttccttgcaatccagtggatgctaga 263  Q
    ||  |  || | || ||| ||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||   | |||||    
T  37381570 actgctcagatatttattagatgataaatctagtgtttggagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtttctcctaga 37381471  T
Q  264 ctaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagca------aagagctctctctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagctcccttaaat 357  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||| |||| || || |||| || ||| | |   |   |||||||||||||||    
T  37381470 ccaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcatagataaagagctcgctctaatagaggacatgttcacacaacctaaagaaagctcccttaaat 37381371  T
Q  358 tagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagtttgagtttttgttccaccggccagt---aataactattaagatcaagtgacactag 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||| | |       |||   |||| |   |||||||  | ||||||||||| ||||     
T  37381370 tagtagcattatgaatgagtttcttccatgtcaatggattgagtttcaatc------ccatatgccaatcataataactgctgagatcaagtgatactaa 37381277  T
Q  455 ttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaacagcttgataaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatcccaacatgc 554  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||  ||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||| | |||||||    
T  37381276 ttttgacaaatgagagattgtggagggaatattaccaccgagggaacagtgtgatagatttagatgtgtgagattcactaaatcatcaatactaacatgc 37381177  T
Q  555 attgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgaagatagtacaatttggatgtaactcacctttcagattgt 654  Q
    | | |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||| |||||||| ||||| |||||||||     
T  37381176 aataaagacccagaaaaattattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtctaagctggaagattgtgctattgggatgtaattcaccattcagattgc 37381077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 153; E-Value: 9e-81
Query Start/End: Original strand, 87 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 37400124 - 37399817
Alignment:
Q  87 ggaatttcacctgagaaaccagagaaagagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacgttggaagtttaccacgaaggtcttgattcgatg 186  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||  |||    
T  37400124 ggaatttcacctgaaaaagcagaggaagagaggaccaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttttgattaaatg 37400025  T
Q  187 acaaatctagtttttgaagatttggtaaagagaggatgttacttgacatatttccttgcaatccagtggatgctagactaagagaaaccaaagaggatga 286  Q
    ||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||   || |||||||||||||||||||||||||||    
T  37400024 acaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagtttctgatagactaagagaaaccaaagaggatga 37399925  T
Q  287 caaattctttag------caaagagctctctctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttc 380  Q
    ||||||||||||      |||||||||||||||||  ||||||| || |||   |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37399924 caaattctttagcattgacaaagagctctctctgagggaagacatgttcacaatattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttc 37399825  T
Q  381 ttccatgt 388  Q
    ||||||||    
T  37399824 ttccatgt 37399817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 148; E-Value: 9e-78
Query Start/End: Original strand, 114 - 610
Target Start/End: Original strand, 37429616 - 37430125
Alignment:
Q  114 gagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacgttggaagtttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatttggta 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| |||||| | |||  | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37429616 gagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttggta 37429715  T
Q  214 aagagaggatgtta----cttgacatatttccttgcaatccagtggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttag------caaag 303  Q
    |||||||||||| |    ||||  | |||| ||||||| ||||||  || ||||  |||||  ||||||||||| || |||||| ||||      |||||    
T  37429716 aagagaggatgtcactagcttggaaaattttcttgcaagccagtgattgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaag 37429815  T
Q  304 agctctctctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagttt 403  Q
    | |||||||||||| |||| |  |||||   |||||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |   ||||     
T  37429816 atctctctctgattaaagatatatccacagtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttccatgtgagtggaccaagttc 37429915  T
Q  404 gagtttttgttccaccggccagta---ataactattaagatcaagtgacactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaa 500  Q
    |||||| |||||||    ||||||   ||||||  ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |       
T  37429916 gagtttctgttccatgttccagtaactataactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaggaaatattaccactaatgccg 37430015  T
Q  501 cagcttgataaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatcccaacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaa 600  Q
      | |||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||   |||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  37430016 gtgtttgatagatttagatgtgtgagcttcactagatcaccaataccagcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaa 37430115  T
Q  601 ggtgtctaag 610  Q
    ||||| ||||    
T  37430116 ggtgtttaag 37430125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 54 - 388
Target Start/End: Original strand, 37703483 - 37703823
Alignment:
Q  54 tgagcaagaaacttcaactgaccaatagagtatggaatttcacctgagaaaccagagaaagagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacg 153  Q
    |||| |||| ||||||| ||||| || || || |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||      
T  37703483 tgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgaaaaagcagaggaagagaggttcaagtatcttagaggagagctccagttggatt 37703582  T
Q  154 ttggaagtttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatttggtaaagagaggatgttacttgacatatttccttgcaatccagt 253  Q
    ||||||||| ||||| |||||  | |||  |||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||    
T  37703583 ttggaagttgaccactaaggttataattgaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagt 37703682  T
Q  254 ggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttag------caaagagctctctctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagc 347  Q
       || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||| ||||||||  | || |||||||  ||||| | |||||  | ||||    
T  37703683 ttctgatagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaatgagctctccgtaatggaagacatatccacactattcaaatgaagc 37703782  T
Q  348 tcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgt 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37703783 tcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgt 37703823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 436 - 659
Target Start/End: Original strand, 37703862 - 37704085
Alignment:
Q  436 taagatcaagtgacactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaacagcttgataaatttagatatgtgagattcactag 535  Q
    ||||||||||||| | || ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  | |||| |||   |||||||||||||| ||||||||||||||     
T  37703862 taagatcaagtgatattaattttgacaaatgagagattgtggagggagtattacccttgaggtgacaaaatgataaatttagatgtgtgagattcactaa 37703961  T
Q  536 atcaccaatcccaacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgaagatagtacaatttggatgt 635  Q
    ||| ||||| |||| | |||||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | ||| || |||    
T  37703962 atcgccaataccaataggcattgaagatccagaaaaatgattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgtagattgtgctattaggttgt 37704061  T
Q  636 aactcacctttcagattgttgcaa 659  Q
    || |||||||||||||||||||||    
T  37704062 aattcacctttcagattgttgcaa 37704085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 210 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 37412503 - 37412053
Alignment:
Q  210 ggtaaagagaggatgttacttgacatatttccttgcaatccagtggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagca------aag 303  Q
    ||||||||| | |||| |||||  | |||||||||||| | ||||    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||      |||    
T  37412503 ggtaaagagggaatgtcacttgctaaatttccttgcaaactagtgttccctagactaagagagaccagagaggatgacaaattctttagcagcgacaaag 37412404  T
Q  304 agctctctctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagttt 403  Q
    |  |||||||||| |||||||  || || | |||||| | |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||  ||  |||||    
T  37412403 aattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacattatgaatgagttccttccatgtgaagggatcaagttt 37412304  T
Q  404 gagtttttgttccaccggccagtaataactattaagatcaagtgacactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaacag 503  Q
    ||||||||| ||||     |||| |   ||  ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| | | |    |  |    
T  37412303 gagtttttgatccatgtatcagtta---ctgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaatattacaaatgattccagtg 37412207  T
Q  504 cttgataaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatcccaacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggt 603  Q
     |||||||||| |||| |||||||||||| | ||||| |||  || ||||||  |||||||   |||||| |||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  37412206 tttgataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacctgaaaaaatcattaaaagcca-gttgagtcgttgaaggt 37412108  T
Q  604 gtctaagcttgaagatagtacaatttggatgtaactcacctttcagattgttgca 658  Q
    || |||| ||||||||||| | |||  ||||||| |||||||| |||||||||||    
T  37412107 gtttaagtttgaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgca 37412053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 436 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 37399787 - 37399564
Alignment:
Q  436 taagatcaagtgacactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaacagcttgataaatttagatatgtgagattcactag 535  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | |||| |||   ||||  |||||||| |||||| |||||||     
T  37399787 taagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccattgaggttacaatatgatgtatttagatgtgtgagtttcactaa 37399688  T
Q  536 atcaccaatcccaacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgaagatagtacaatttggatgt 635  Q
    ||| ||||  |||| | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||  | | ||| ||||||    
T  37399687 atctccaacaccaataggcattgaagacccagaaaaattattaaaagccaaattaagttgttgaaggtgtctaagctgaaagatgatgctattgggatgt 37399588  T
Q  636 aactcacctttcagattgttgcaa 659  Q
    || |||||||| || |||||||||    
T  37399587 aattcaccttttagtttgttgcaa 37399564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 64 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 37412611 - 37412512
Alignment:
Q  64 acttcaactgaccaatagagtatggaatttcacctgagaaaccagagaaagagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacgttggaagttt 163  Q
    ||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||  ||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  37412611 acttcaactgacctatggaataaggaatttcacctgagaaaaaagttaaagagagatccaagtaccttagaggagtgctccagttgaacattggaagttt 37412512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 54 - 388
Target Start/End: Original strand, 14553853 - 14554193
Alignment:
Q  54 tgagcaagaaacttcaactgaccaatagagtatggaatttcacctgagaaaccagagaaagagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacg 153  Q
    |||| |||| ||||||| ||||| || || || |||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||      
T  14553853 tgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagagtaatggaggtacaagtaccttagaggagtactccagttggatt 14553952  T
Q  154 ttggaagtttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatttggtaaagagaggatgttacttgacatatttccttgcaatccagt 253  Q
    ||||||||| ||||| |||  | | |||   |  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||| || ||    
T  14553953 ttggaagttgaccactaagaccatcattacctaccaaatctagtttttgaagatttggcaaagagagtatgtcacttgacaaatttccttgcaacccggt 14554052  T
Q  254 ggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttag------caaagagctctctctgattgaagacaggtccactccattcaggtaaagc 347  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||| |||||     
T  14554053 gtttgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacatgttcactccattcagataaaga 14554152  T
Q  348 tcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgt 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14554153 tcccttaaattagtagcattatgaatgagtttattccatgt 14554193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 436 - 659
Target Start/End: Original strand, 14554226 - 14554449
Alignment:
Q  436 taagatcaagtgacactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccactaaggtaacagcttgataaatttagatatgtgagattcactag 535  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||||   |||| |||||||     
T  14554226 taagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactaaggtaacaattggatatatttagatgcatgagtttcactaa 14554325  T
Q  536 atcaccaatcccaacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgaagatagtacaatttggatgt 635  Q
    ||| ||||| |||| | |||||||||||| | ||| || |||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||    
T  14554326 atcgccaataccaagaggcattgaagacccaaaaatatcattaaaagctaggttgagttgttgaaggtgtctaagctggaagatagtgctattaggatgt 14554425  T
Q  636 aactcacctttcagattgttgcaa 659  Q
    || ||||| |||| ||||||||||    
T  14554426 aattcaccattcaaattgttgcaa 14554449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University