View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: Tnk88-40-LTR4-TNT-insertion-9 (Length: 779)

Name: Tnk88-40-LTR4-TNT-insertion-9
Description: Tnk88-40-LTR4
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] Tnk88-40-LTR4-TNT-insertion-9
Tnk88-40-LTR4-TNT-insertion-9
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-779)||(8795404-8796174)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 731; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 731; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 8796174 - 8795404
Alignment:
Q  9 gttcctaatacttgctaccaaaggtgcccttaactcatgcgttttttgtctaaaaataaaggtagatggtgatgtatagtagtacatatatatttcattg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8796174 gttcctaatacttgctaccaaaggtgcccttaactcatgcgttttttgtctaaaaataaaggtagatggtgatgtatagtagtacatatatatttcattg 8796075  T
Q  109 gtgttggtgcattgaaggaacttaactatataggtatcttgttaaattcgtcttttcttttgtgtgtgcttgatagtattgtttttatgggaactataag 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8796074 gtgttggtgcattgaaggaacttaactatataggtatcttgttaaattcgtcttttcttgtgtgtgtgcttgatagtattgtttttatgggaactataag 8795975  T
Q  209 acttgcatcatcacacatatagctttttcttaaaatttcccttttgatgaggtcacaaaaactctcagatttcactggcttttgtagtgttcttaatata 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8795974 acttgcatcatcacacatatagctttttcttaaaatttcccttttgatgaggtcacagaaactctcagatttcactggcttttgtagtgttcttaatata 8795875  T
Q  309 ttaacattattaaagaatctactttgtaatgaatccaaaatttggaggacttcggaacaggaagattggtgggtgaatttaggttttgtaaataataacc 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8795874 ttaacattattaaagaatctactttgtaatgaatccaaaaattggaggacttcggaacaggaagattggtgggtgaatttaggttttgtaaataataacc 8795775  T
Q  409 aatgaattagggtttcttctgcacttgttcccagaagtggtaattgcgaggtatatactcacaagtttctttcctaattggagtgcaaaatgcagatagt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8795774 aatgaattagggtttcttctgcacttgttcccagaagtggtaattgcgaggtatatactcacaagtttctttcctaattggagtgcaaaatgcagatagt 8795675  T
Q  509 agagtagctccaaagagctgaagtactttcctggggacaagtgcaaagtggattttagatttatgatatggatcaattaacatgnnnnnnnntcttgcaa 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||    
T  8795674 agagtagctccaaagagctgaagtactttcctggggacaagtgcaaagtggattttagatttatgatatggatcaattaacatggaaaaaaatcttgcaa 8795575  T
Q  609 agttgattggatttgattaatgacctaaaaaagagattaagctatgatgtgttagtaggtccttaagaataatgatgaatttgattgatttgttctcttg 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8795574 agttgattggatttgattaatgacctaaaaaagagattaagctatgatgtgttagtaggtccttaagaataatgatgaatttgattgatttgttctcttg 8795475  T
Q  709 cttctttttctcatttgtctcatcaaggttccgtgtaaacactactccctatagatggaatatattattaa 779  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8795474 cttctttttctcatttgtctcatcaaggttccgtgtaaacactactccctatagatggaatattttattaa 8795404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University