View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: F9281-LTR4-TNT-insertion-2 (Length: 597)

Name: F9281-LTR4-TNT-insertion-2
Description: F9281-LTR4
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] F9281-LTR4-TNT-insertion-2
F9281-LTR4-TNT-insertion-2
[»] scaffold0510 (2 HSPs)
scaffold0510 (351-587)||(6938-7174)
scaffold0510 (205-267)||(7258-7320)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (9-210)||(46081414-46081615)
chr7 (351-587)||(8190934-8191171)
chr7 (351-587)||(14289658-14289894)
chr7 (351-587)||(1942575-1942812)
chr7 (351-587)||(48351520-48351757)
chr7 (354-587)||(10831516-10831753)
chr7 (354-587)||(11025308-11025545)
chr7 (354-587)||(10860207-10860444)
chr7 (354-534)||(15942527-15942708)
chr7 (351-524)||(1946960-1947132)
chr7 (205-267)||(1942441-1942503)
chr7 (205-267)||(1947210-1947272)
chr7 (205-267)||(8191256-8191318)
chr7 (201-267)||(14289509-14289574)
chr7 (201-267)||(48351839-48351904)
chr7 (526-587)||(15943243-15943304)
chr7 (201-267)||(10860542-10860607)
chr7 (554-587)||(1946928-1946961)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (351-587)||(41303577-41303813)
chr1 (351-587)||(45017729-45017966)
chr1 (351-587)||(39057745-39057981)
chr1 (201-267)||(45017582-45017647)
chr1 (205-267)||(41303897-41303959)
chr1 (211-267)||(39058053-39058109)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (351-587)||(8011357-8011594)
chr8 (201-267)||(8011676-8011741)
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (351-587)||(34650748-34650985)
chr6 (351-587)||(4024694-4024931)
chr6 (351-587)||(7067741-7067978)
chr6 (351-587)||(4736362-4736599)
chr6 (351-587)||(4716577-4716814)
chr6 (354-587)||(21260577-21260810)
chr6 (354-587)||(10805311-10805548)
chr6 (201-267)||(4025017-4025082)
chr6 (201-267)||(4716896-4716961)
chr6 (201-267)||(4736683-4736748)
chr6 (205-267)||(7068060-7068122)
chr6 (201-267)||(34650601-34650666)
chr6 (201-267)||(21260938-21261003)
chr6 (216-267)||(14120863-14120914)
chr6 (211-267)||(10805635-10805689)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (351-587)||(2159559-2159796)
chr2 (351-587)||(34839293-34839530)
chr2 (201-267)||(2159412-2159477)
chr2 (201-267)||(34839612-34839677)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (354-587)||(22315756-22315991)
chr5 (351-587)||(2961893-2962130)
chr5 (351-587)||(29975907-29976144)
chr5 (351-587)||(30020498-30020735)
chr5 (201-267)||(2961746-2961811)
chr5 (201-267)||(29975760-29975825)
chr5 (201-267)||(30020817-30020882)
chr5 (232-267)||(22315643-22315678)
[»] scaffold0053 (4 HSPs)
scaffold0053 (351-587)||(51638-51875)
scaffold0053 (354-587)||(66711-66944)
scaffold0053 (201-267)||(51491-51556)
scaffold0053 (201-267)||(66557-66623)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (351-587)||(9575042-9575279)
chr3 (211-267)||(9575367-9575423)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (499-587)||(2949954-2950042)
chr4 (424-569)||(665671-665814)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (499-569)||(204068-204139)


Alignment Details
Target: scaffold0510 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 2)
Name: scaffold0510
Description:

Target: scaffold0510; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 7174 - 6938
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatga-catctacctttttctccccaacttgaataaaaaca 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7174 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaatttacttgacaaatgatgaacatctacctttt-ctccccaacttgaataaaaaca 7076  T
Q  450 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcag 549  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7075 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaaggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcaa 6976  T
Q  550 caaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6975 caaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 6938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0510; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 205 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 7320 - 7258
Alignment:
Q  205 aattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7320 aattccctaaacaaacccttggtgtttaaacatgatattccttgatcttgacaacttattcta 7258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 9 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 46081615 - 46081414
Alignment:
Q  9 cactgtcaccgtgaacaaagataaacggtaattaacaagttcctattaaccttaatcatgcttagttaagaaaatagtagaaggtttaatttacctgtaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46081615 cactgtcaccgtgaacaaagataaacggtaattaacaagttcctattaaccttaatcatgcttagttaagaaaatagtagaaggtttaatttacctgtaa 46081516  T
Q  109 gcggcgtttgatcaaatgaatagattgagctatagctgaggcatgactcttccaatcactgtcattttcgtcaagaatgggccaatttttggctagaatt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46081515 gcggcgtttgatcaaatgaatagattgagctatagctgaggcatgactcttccaatcactgtcattttcgtcaagaatgggccaatttttggctagaatt 46081416  T
Q  209 cc 210  Q
    ||    
T  46081415 cc 46081414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 8191171 - 8190934
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacat 450  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8191171 atatacaaataatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaatttacttgacaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaatgaaaacat 8191072  T
Q  451 accctatttgaatgttcccttaatctatggc-aaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcag 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8191071 accctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacgatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcaa 8190972  T
Q  550 caaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  8190971 caaaaatgaactggattttgaaaaatttagggcgaatt 8190934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Original strand, 14289658 - 14289894
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacat 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  14289658 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaatttacttgacaaatgatgacctctacctttttctccccaacttgaataaaa-cat 14289756  T
Q  451 accctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaa-gggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcag 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14289757 accctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcaa 14289856  T
Q  550 caaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  14289857 caaaaatgaactggattttgaaaaatttagggcgaatt 14289894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Original strand, 1942575 - 1942812
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatga-catctacctttttctccccaacttgaataaaaaca 449  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1942575 atatacaaacaatgctgtcttgatcaaaatttctgattacaccaatttacttgacaaatgatgaacatcaacctttt-ctccccaacttgaataaaaaca 1942673  T
Q  450 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcag 549  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1942674 taccctatttgaatgttcgcttaatctgtggcaaaagggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcaa 1942773  T
Q  550 caaaaatgaactgg-attttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  1942774 caaaaatgaactggttttttggaaaatttaaggcgaatt 1942812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 48351757 - 48351520
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatga-catctacctttttctccccaacttgaataaaaaca 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  48351757 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaattcacttgacaaatgatgaacatctacctttt-ctccccaacttgaatgaaaaca 48351659  T
Q  450 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaa-gggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48351658 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 48351559  T
Q  549 gcaaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  48351558 acaaaaatgaactggattttgaaaaatatagggcgaatt 48351520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 354 - 587
Target Start/End: Original strand, 10831516 - 10831753
Alignment:
Q  354 tacaaacaatgttgtcttgatcaaa-acttctgattacaccaatttacttgccaaatgatg-acatctacctttttctccccaacttgaataaaaacata 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| | | ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10831516 tacaaacaatgttgtcttgatcaaacacttctaattacaccaatttacttgacgagtgatttacatctacctttt-ctccccaacttgaataaaaacata 10831614  T
Q  452 ccctatttgaatgttcccttaatctatgg--caaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaa-catatcaaggtccgatagtgca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  10831615 ccctatttgaatgttcccttaatctatggaaaaaaagggacaaataaaaatgaaggtttagggttcaacaattaaaaccatatcaaggtccaatagtgca 10831714  T
Q  549 gcaaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  10831715 acaaaaatgaactggattttgaaaaatttaaggcaaatt 10831753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 354 - 587
Target Start/End: Original strand, 11025308 - 11025545
Alignment:
Q  354 tacaaacaatgttgtcttgatcaaa-acttctgattacaccaatttacttgccaaatgatg-acatctacctttttctccccaacttgaataaaaacata 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| | | ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11025308 tacaaacaatgttgtcttgatcaaacacttctaattacaccaatttacttgacgagtgatttacatctacctttt-ctccccaacttgaataaaaacata 11025406  T
Q  452 ccctatttgaatgttcccttaatctatgg--caaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaa-catatcaaggtccgatagtgca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  11025407 ccctatttgaatgttcccttaatctatggaaaaaaagggacaaataaaaatgaaggtttagggttcaacaattaaaaccatatcaaggtccaatagtgca 11025506  T
Q  549 gcaaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  11025507 acaaaaatgaactggattttgaaaaatttaaggcaaatt 11025545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 354 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 10860444 - 10860207
Alignment:
Q  354 tacaaacaatgttgtcttgatcaaaa-cttctgattacaccaatttacttgccaaatgatg-acatctacctttttctccccaacttgaataaaaacata 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||   ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10860444 tacaaacaatgttgtcttgatcaaaaacttctaattacaccaatttacttgatgaatgatttacatctacctttt-ctccccaacttgaataaaaacata 10860346  T
Q  452 ccctatttgaatgttcccttaatctatggc--aaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaa-catatcaaggtccgatagtgca 548  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  10860345 ccctatttgaatgttcctttaatctattgcaaaaaagggacaaataaaaatgaaggtttagggttcaacaattaaaagcatatcaaggtccaatagtgca 10860246  T
Q  549 gcaaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  10860245 acaaaaatgaactggattttgaaaaatttaaggcaaatt 10860207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 354 - 534
Target Start/End: Original strand, 15942527 - 15942708
Alignment:
Q  354 tacaaacaatgttgtcttgatcaaaa-cttctgattacaccaatttacttgccaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacatac 452  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15942527 tacaaataatgttgtcttgatcaaaaacttctaattacaccaatttacttgacaaatgatgacatctacctttt-ctccccaacttgaataaaaacatac 15942625  T
Q  453 cctatttgaatgttcccttaatctatggc-aaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaa 534  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15942626 cctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaa 15942708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 351 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 1947132 - 1946960
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatga-catctacctttttctccccaacttgaataaaaaca 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1947132 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaatttacttgacaaatgatgaacatctacctttt-ctccccaacttgaataaaaaca 1947034  T
Q  450 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaa 524  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  1947033 taccctatttaattgttcccttaatctatggcaaaagggac-aataacaatgaaggttttgggttcaacaattaa 1946960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 205 - 267
Target Start/End: Original strand, 1942441 - 1942503
Alignment:
Q  205 aattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1942441 aattccctaaacaaacccttggtgtttaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 1942503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 205 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 1947272 - 1947210
Alignment:
Q  205 aattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1947272 aattccctaaacaaacccttggtgtttaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 1947210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 205 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 8191318 - 8191256
Alignment:
Q  205 aattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8191318 aattccctaaacaaacccttggtgtttaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 8191256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Original strand, 14289509 - 14289574
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14289509 ctagaattccctaa-caaacccttggtgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 14289574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 48351904 - 48351839
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48351904 ctagaattccctaa-caaacccttggtgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 48351839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 526 - 587
Target Start/End: Original strand, 15943243 - 15943304
Alignment:
Q  526 acatatcaaggtccgatagtgcagcaaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15943243 acatatcaaggtccgatagtgcaacaaaaatgaactggattttgaaaaatttaaggcgaatt 15943304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 10860607 - 10860542
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10860607 ctagaattccctaaacaa-cccttgatgtttaaacatgatacaccttgatcttgacaacttattcta 10860542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 554 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 1946961 - 1946928
Alignment:
Q  554 aatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1946961 aatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 1946928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 41303813 - 41303577
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatga-catctacctttttctccccaacttgaataaaaaca 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  41303813 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaatttacttgacaaatgatgaacatctacctttt-ctccccaacttgaataaaaaca 41303715  T
Q  450 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcag 549  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41303714 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaaggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcaa 41303615  T
Q  550 caaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41303614 caaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 41303577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Original strand, 45017729 - 45017966
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatga-catctacctttttctccccaacttgaataaaaaca 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  45017729 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaattcacttgacaaatgatgaacatctacctttt-ctccccaacttgaatgaaaaca 45017827  T
Q  450 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaa-gggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45017828 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 45017927  T
Q  549 gcaaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  45017928 acaaaaatgaactggattttgaaaaatatagggcgaatt 45017966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 39057981 - 39057745
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacat 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  39057981 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttttgattacaccaatgtacttgacaagtgatgacctctacctttttctccccaacttgaataaaa-cat 39057883  T
Q  451 accctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaa-gggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcag 549  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39057882 actctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcaa 39057783  T
Q  550 caaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||| || ||||||||    
T  39057782 caaaaatgaactaaattttgaaaaatatagggcgaatt 39057745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Original strand, 45017582 - 45017647
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45017582 ctagaattccctaa-caaacccttggtgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 45017647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 205 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 41303959 - 41303897
Alignment:
Q  205 aattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41303959 aattccctaaacaaacccttggtgtttaaacatgatattccttgatcttgacaacttattcta 41303897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 211 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 39058109 - 39058053
Alignment:
Q  211 ctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39058109 ctaaacaaacccttggtgttaaatcatgatactccttgatcttgacaacttattcta 39058053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 8011594 - 8011357
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacat 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8011594 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaattcacttgacaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacat 8011495  T
Q  451 accctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaa-gggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcag 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8011494 accctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaggggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcaa 8011395  T
Q  550 caaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  8011394 caaaaatgaactggattttgaaaaatatagggcgaatt 8011357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 8011741 - 8011676
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8011741 ctagaattccctaa-caaacccttggtgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 8011676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Original strand, 34650748 - 34650985
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacat 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34650748 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaattcacttgacaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacat 34650847  T
Q  451 accctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaa-gggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcag 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  34650848 accctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaggggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcaa 34650947  T
Q  550 caaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  34650948 caaaaatgaactggattttgaaaaatatagggcgaatt 34650985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 4024931 - 4024694
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacat 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4024931 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaatttacttgacaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaatgaaaacat 4024832  T
Q  451 accctatttgaatgttcccttaatctatggc-aaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcag 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4024831 accctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacgatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcaa 4024732  T
Q  550 caaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| || ||||||||    
T  4024731 caaaaatgaactggatttttaaaaatatagggcgaatt 4024694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 7067978 - 7067741
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacat 450  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7067978 atatacaaacaatgttgccttgatcaaaatttctgattacaccaatttacttgacaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaatgaaaacat 7067879  T
Q  451 accctatttgaatgttcccttaatctatggc-aaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcag 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7067878 accctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacgatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcaa 7067779  T
Q  550 caaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  7067778 caaaaatgaactggattttgaaaaatatagggcgaatt 7067741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 4736599 - 4736362
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacat 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4736599 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaatttacttgacaaatgatgacctctacctttttctccccaacttgaat-aaaacat 4736501  T
Q  451 accctatttgaatgttcccttaatctatggc-aaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcag 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  4736500 accctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaagatccgatagtgcaa 4736401  T
Q  550 c-aaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  4736400 caaaaaatgaactggattttgaaaaatttagggcgaatt 4736362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 4716814 - 4716577
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatga-catctacctttttctccccaacttgaataaaaaca 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  4716814 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaattcacttgacaaatgatgaacatctacctttt-ctccccaacttgaatgaaaaca 4716716  T
Q  450 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaa-gggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4716715 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 4716616  T
Q  549 gcaaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  4716615 acaaaaatgaactggattttgaaaaatatagggcgaatt 4716577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 354 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 21260810 - 21260577
Alignment:
Q  354 tacaaacaatgttgtcttgatcaaaa-cttctgattacaccaatttacttgccaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacatac 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21260810 tacaaacaatgttgtcttgatcaaaaacttctaattacaccaatttacttgacaaattatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaa-catac 21260712  T
Q  453 cctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaggg-acaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcagca 551  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21260711 cctatttaaatgttcccttaatctatggcaaaaaggtacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcaaca 21260612  T
Q  552 aaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  21260611 aaaatgaactggatttt-gaaaaattaaggcgaatt 21260577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 354 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 10805548 - 10805311
Alignment:
Q  354 tacaaacaatgttgtcttgatcaaaa-cttctgattacaccaatttacttgccaaatgatg-acatctacctttttctccccaacttgaataaaaacata 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10805548 tacaaacaatgttgtcttgatcaaaaacttctaattacaccaatttacttgacaaatgatttacatccacctttt-ctccccaacttgaataaaaacata 10805450  T
Q  452 ccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaagggacaaat-aacaatgaaagtttagggttcaacaatt-aaaacatatcaaggtccgatagtgcag 549  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||      
T  10805449 ccctatttgaatgttcccttattctatggcaaaagggacaaataaacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaaacatatcaggttccgatagtgcga 10805350  T
Q  550 caaaaatgaactggattttggaaaa-tttaaggcgaatt 587  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  10805349 caaaaatgaactggattttgaaaaactttaaggcaaatt 10805311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 4025082 - 4025017
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4025082 ctagaattccctaa-caaacccttggtgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 4025017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 4716961 - 4716896
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4716961 ctagaattccctaa-caaacccttggtgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 4716896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 4736748 - 4736683
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4736748 ctagaattccctaa-caaacccttggtgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 4736683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 205 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 7068122 - 7068060
Alignment:
Q  205 aattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7068122 aattccctaaacaaacccttggtgtttaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 7068060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Original strand, 34650601 - 34650666
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34650601 ctagaattccctaa-caaacccttggtgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 34650666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 21261003 - 21260938
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21261003 ctagaattccctaaacaa-cccttggtgtttaaacatgatacaccttgatcttgacaacttattcta 21260938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 216 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 14120914 - 14120863
Alignment:
Q  216 caaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    ||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14120914 caaacccgtggtgtttaaacatgatacaccttgatcttgacaacttattcta 14120863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 211 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 10805689 - 10805635
Alignment:
Q  211 ctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    ||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10805689 ctaaacaaacc-ttggtgttaaa-catgacactccttgatcttgacaacttattcta 10805635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Original strand, 2159559 - 2159796
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacat 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2159559 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaattcacttgacaaatgatgacatctacctttttctccccaactagaataaaaacat 2159658  T
Q  451 accctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaa-gggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcag 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2159659 accctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaggggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcaa 2159758  T
Q  550 caaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  2159759 caaaaatgaactggattttgaaaaatttagggcgaatt 2159796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 34839530 - 34839293
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatga-catctacctttttctccccaacttgaataaaaaca 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  34839530 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaattcacttgacaaatgatgaacatctacctttt-ctccccaacttgaatgaaaaca 34839432  T
Q  450 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaa-gggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34839431 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 34839332  T
Q  549 gcaaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  34839331 acaaaaatgaactggattttgaaaaatatagggcgaatt 34839293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Original strand, 2159412 - 2159477
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2159412 ctagaattccctaa-caaacccttggtgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 2159477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 34839677 - 34839612
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34839677 ctagaattccctaa-caaacccttggtgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 34839612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 180; Significance: 7e-97; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 354 - 587
Target Start/End: Original strand, 22315756 - 22315991
Alignment:
Q  354 tacaaacaatgttgtcttgatcaaaa-cttctgattacaccaatttacttgccaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacatac 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22315756 tacaaacaatgttgtcttgatcaaaaacttctaattacaccaatttacttgacaaattatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacatac 22315855  T
Q  453 cctatttgaatgttcccttaatctatggc-aaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcagca 551  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  22315856 cctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattgaaacatatcaaggtccgttagtgcaaca 22315955  T
Q  552 aaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  22315956 aaaatgaactggattttgaaaaaattaaggcaaatt 22315991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Original strand, 2961893 - 2962130
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatga-catctacctttttctccccaacttgaataaaaaca 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  2961893 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaattcacttgacaaatgatgaacatctacctttt-ctccccaacttgaatgaaaaca 2961991  T
Q  450 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaa-gggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2961992 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 2962091  T
Q  549 gcaaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  2962092 acaaaaatgaactggattttgaaaaatatagggcgaatt 2962130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Original strand, 29975907 - 29976144
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatga-catctacctttttctccccaacttgaataaaaaca 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  29975907 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaattcacttgacaaatgatgaacatctacctttt-ctccccaacttgaatgaaaaca 29976005  T
Q  450 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaa-gggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29976006 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 29976105  T
Q  549 gcaaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  29976106 acaaaaatgaactggattttgaaaaatatagggcgaatt 29976144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 30020735 - 30020498
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatga-catctacctttttctccccaacttgaataaaaaca 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  30020735 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaattcacttgacaaatgatgaacatctacctttt-ctccccaacttgaatgaaaaca 30020637  T
Q  450 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaa-gggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30020636 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 30020537  T
Q  549 gcaaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  30020536 acaaaaatgaactggattttgaaaaatatagggcgaatt 30020498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Original strand, 2961746 - 2961811
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2961746 ctagaattccctaa-caaacccttggtgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 2961811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Original strand, 29975760 - 29975825
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29975760 ctagaattccctaa-caaacccttggtgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 29975825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 30020882 - 30020817
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30020882 ctagaattccctaa-caaacccttggtgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 30020817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 232 - 267
Target Start/End: Original strand, 22315643 - 22315678
Alignment:
Q  232 aaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22315643 aaacatgatacaccttgatcttgacaacttattcta 22315678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0053 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 4)
Name: scaffold0053
Description:

Target: scaffold0053; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Original strand, 51638 - 51875
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatga-catctacctttttctccccaacttgaataaaaaca 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  51638 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaattcacttgacaaatgatgaacatctacctttt-ctccccaacttgaatgaaaaca 51736  T
Q  450 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaa-gggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51737 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaaagggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 51836  T
Q  549 gcaaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  51837 acaaaaatgaactggattttgaaaaatatagggcgaatt 51875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0053; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 354 - 587
Target Start/End: Original strand, 66711 - 66944
Alignment:
Q  354 tacaaacaatgttgtcttgatcaaaa-cttctgattacaccaatttacttgccaaatgatgacatctacctttttctccccaacttgaataaaaacatac 452  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  66711 tacaaataatgttgtcttaatcaaaaacatctaattacaccaatttacttgacaagtgatgacatccacctttttctccccaacttgaataaaa-catat 66809  T
Q  453 cctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcagcaa 552  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  66810 cctatttgaacgttcccttaatctatggaaaaagggacaaataacaatgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcaacaa 66909  T
Q  553 aaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  66910 aaatgaactggattttgaaaaatttagggcgaatt 66944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0053; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Original strand, 51491 - 51556
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51491 ctagaattccctaa-caaacccttggtgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 51556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0053; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 201 - 267
Target Start/End: Original strand, 66557 - 66623
Alignment:
Q  201 ctagaattccctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  66557 ctagaattccctgaacaaacccttggtgtttaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 66623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 163; Significance: 9e-87; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 351 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 9575279 - 9575042
Alignment:
Q  351 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaacttctgattacaccaatttacttgccaaatgatga-catctacctttttctccccaacttgaataaaaaca 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  9575279 atatacaaacaatgttgtcttgatcaaaatttctgattacaccaattcactttacaaatgatgaacatctacctttt-ctccccaacttgaatgaaaaca 9575181  T
Q  450 taccctatttgaatgttcccttaatctatggcaaaa-gggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgca 548  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9575180 taccctatttgaatgttcccttaatttatggcaaaaagggacaaataacgatgaatgtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgctagtgca 9575081  T
Q  549 gcaaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  9575080 acaaaaatgaactggattttgaaaaatatagggcgaatt 9575042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 211 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 9575423 - 9575367
Alignment:
Q  211 ctaaacaaacccttggcgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 267  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9575423 ctaaacaaacccttggtgttaaaacatgatactccttgatcttgacaacttattcta 9575367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 499 - 587
Target Start/End: Original strand, 2949954 - 2950042
Alignment:
Q  499 atgaaagtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcagcaaaaatgaactggattttggaaaatttaaggcgaatt 587  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  2949954 atgaaggtttagggttcaacaattaaaacatatcaaggtccgatagtgcaacaaaaatgaactggattttgaaaaatatagggcgaatt 2950042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 424 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 665814 - 665671
Alignment:
Q  424 ttttctccccaacttgaataaaaacata-ccctattt-gaatgttcccttaatctatggcaaaagggacaaataacaatgaaagtttagggttcaacaat 521  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| |||||| ||| ||  |||||||||  |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||    
T  665814 ttttctccccaacttgaacaaaaacacaaccctattttgaatgtaccccta--ctatggcaa--gggacaataaaca-tgaaagtttagggttcaacaat 665720  T
Q  522 t-aaaacatatcaaggtccgatagtgcagcaaaaatgaactggattttg 569  Q
    | |||||||||||  |||  |||||||  ||| ||||||||| ||||||    
T  665719 taaaaacatatcagagtctcatagtgcgtcaataatgaactgaattttg 665671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 499 - 569
Target Start/End: Original strand, 204068 - 204139
Alignment:
Q  499 atgaaagtttagggttcaacaatt-aaaacatatcaaggtccgatagtgcagcaaaaatgaactggattttg 569  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||  |||||||  ||| ||||||||| ||||||    
T  204068 atgaaagtttagggttcaacaattaaaaacatatcagagtctcatagtgcgtcaataatgaactgaattttg 204139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 797 times since January 2019
Visitors: 5583