View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0304-Insertion-1 (Length: 1078)

Name: NF0304-Insertion-1
Description: NF0304
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0304-Insertion-1
NF0304-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-1045)||(53055088-53056132)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 961; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 961; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1045
Target Start/End: Original strand, 53055088 - 53056132
Alignment:
Q  7 atattcctggcttcaagttactactacgtcacattatatataatgcatcaaccttttagaggcattgataatt-gatttggtccatatgattgcttcaaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  53055088 atattcctggcttcaagttactactacgtcacattatatataatgcatcaaccttttagaggcattgataatttgatttggtccatatgattgcttcaaa 53055187  T
Q  106 tgacaccaaaagcaaaacataaaacaagttaaatatggaaccaattctatatataaatatttattacatctgatgtgatataacttataagaattggaaa 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53055188 tgacaccaaaagcaaaacataaaacaagttaaatatggaaccaattctatatataaatatttattacatctgatgtgatataacttataagaattggaaa 53055287  T
Q  206 agatatatatctgatagtggtattttaccatttattggtgtaacttttattaatagtaccgtattggataggatatgaattgcaaaggtgtttataagtg 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53055288 agatatatatctgatagtggtattttaccatttattggtgtaacttttattaatagtaccgtattggataggatatgaattgcaaaggtgtttataagtg 53055387  T
Q  306 atggagataatcctcgcattacaaattagttttgtaagatttgagttacgctcaacccaaattctaaaacaacaagcctgtctaaaatccattggacaaa 405  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  53055388 atggagataatcctcacattacaaattagttttgtaagatttgagttacgctcaacccaaattctaaaacattaagcctgtctaaaatccattggacaaa 53055487  T
Q  406 ccactattggattataaatttttaatgttgagtgatgaaattatgaaacagaaatgagaacacattgtcattcagagcttctgaacaggcaaaactgtgt 505  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53055488 ccgctattgaattataaatttttaatgttgagtgatgaaattatgaaacagaaatgagaacacattgtcattcagagcttctgaacaggcaaaactgtgt 53055587  T
Q  506 aatttgtgacagtttaggaaataatgtaagtactgcaaatcaagtcaactatctaggagtgcacagaaaatgcacttggttatagatctatgtgtatcaa 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53055588 aatttgtgacagtttaggaaataatgtaagtactgcaaatcaagtcaactatctaggagtgcacagaaaatgcacttggttatagatctatgtgtatcaa 53055687  T
Q  606 cttttcattttattattagaataaagtagaaactaatctaagaatgtgagtacatgaaccatctaaattcagtggtccatgtagagttgaaaggttacaa 705  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53055688 cttttcattatattattagaataaagtagaaactaatctaagaatgtgaatacatgaaccatctaaattcagtggtccatgtagagttgaaaggttacaa 53055787  T
Q  706 atacaaagaaacaaacaagttaataaacttctatttaagctgtaaaccttgagtaaatgtcacactgttgctcctaatggggttggttgtgtcactgcat 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53055788 atacaaagaaacaaacaagttaataaacttctatttaagctgtaaaccttgagtaaatgtcacactgttactcctaatggggttggttgtgtcactgcat 53055887  T
Q  806 tctcctaattgaagtttcatattagaattcttaagctggctacctcctatgcttagtgtcaaatctacttccaattcttcattaaaatcatcaaaagtgc 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53055888 tctcctaattgaagtttcatattagaattcttaagctggctacctcctatgcttagtgtcaaatctacttccaattcttcattaaaatcatcaaaagtgc 53055987  T
Q  906 ttaatttacagctctgaaatgcagcagtgttgg-actagtccctaactcaccttcatcaatgccaagtgatgatccaat-aaagtgttttccacagctgg 1003  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  53055988 ttaatttacagctctgaaatgcagcagtgttggaactagtccctacctcaccttcatcaatgccaagtgatgatccaataaaagtgttttccacagctgg 53056087  T
Q  1004 cttttc-agatc-aaacctcttg-aaattgtttttctatgtcatc 1045  Q
    |||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  53056088 cttttcaagatcaaaacctcttgaaaattgtttttctatgtcatc 53056132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 19238 times since January 2019
Visitors: 3808