View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1390-INSERTION-9 (Length: 658)

Name: NF1390-INSERTION-9
Description: NF1390
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1390-INSERTION-9
NF1390-INSERTION-9
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (7-658)||(47291817-47292473)
chr7 (46-658)||(47298459-47299080)
chr7 (290-645)||(47267788-47268143)
chr7 (248-645)||(47283753-47284150)
chr7 (288-645)||(47242884-47243241)
chr7 (288-658)||(47279147-47279517)
chr7 (247-645)||(47257011-47257409)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (247-645)||(32731551-32731949)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (301-567)||(20519638-20519904)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 617; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 617; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 658
Target Start/End: Original strand, 47291817 - 47292473
Alignment:
Q  7 ataatcaactgggcttaagagactgaaacaaccaacttaactaaaacagatgcaaagcagcctaaggctaaa-----taaaacagctgataataataaaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||    
T  47291817 ataatcaactgggcttaagagactgaaacaaccaacttaactaaaacagatgcaaagcagcctaaggctaaattaaataaaacagctgataataataaaa 47291916  T
Q  102 acaaagaataggggctgatagaattataatattaaatcctagatactagttaatatatctcacaaacaataggcctttcattatcattatatagcacaca 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47291917 acaaagaataggggctgatagaattataatattaaatcctagatactagttaatatatctcacaaacaataggcctttcattatcattatatagcacaca 47292016  T
Q  202 agcccccaactttatttaacatgaatcacgacattacaaactacaacaaactataaggtagacatcgcaaaattatgagcactcggtgtaggataatttt 301  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292017 agcccccaactttatttaacaggaatcacgacattacaaactacaacaaactataaggtagacatcgcaaaattatgagcactcggtgtaggataatttt 47292116  T
Q  302 ggttaccaagcatctcatccaactcttttgcaaacctcttcatatcttcagagggcaaacaaattggtacattcaaagtttcttctccatttatattctt 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292117 ggttaccaagcatctcatccaactcttttgcaaacctcttcatatcttcagagggcaaacaaattggtaacatcaaagtttcttctccatttatattctt 47292216  T
Q  402 atatgggacgatataggttgatccaggaaatgttccagccccaccttttgcaactccaccatacaccccttcaccccaaccaaaattcacttctgagagc 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292217 atatgggacgatataggttgatccaggaaatgttccagccccaccttttgcaactccaccatacaccccttcaccccaaccaaaattcacttctgagagc 47292316  T
Q  502 ctagcacgagtcaaatctgagataacacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcct 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292317 ctagcacgagtcaaatctgagataacacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcct 47292416  T
Q  602 cagtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataagcaaatggatttc 658  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47292417 cagtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatggatttc 47292473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 658
Target Start/End: Original strand, 47298459 - 47299080
Alignment:
Q  46 actaaaacagatgcaaagcagcctaaggctaaataaaacagctgataataataaaaacaaagaataggggctgatagaattataatattaaatcctagat 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||    
T  47298459 actaaaacagatgcaaagcagcctaaggctaaataaaacagccgaaaataataaaaacaaagaataggggctgacagaattataatatgaaaacctatat 47298558  T
Q  146 actagttaatatatctcacaaacaat-aggcctttcattatcattatatagcacacaagcccccaactttatttaacatgaatcacgaca--------tt 236  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||        ||    
T  47298559 actagttaatatatcacaataacaaacaggtctttcattatcattatatagcacacaagcccccaactttatttaacagcaatcacgacagtacaatttt 47298658  T
Q  237 acaaactacaacaaactataaggtagacatcgcaaaattatgagcactcggtgtaggataattttggttaccaagcatctcatccaactcttttgcaaac 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47298659 acaaactacaacaaactataaggtagacatcgcaaaactaggagcactcaatgtaggatgattttggttaccaagcatctcatccaactcttttgcaaac 47298758  T
Q  337 ctcttcatatcttcagagggcaaacaaattggtacattcaaagtttcttctccatttatattcttatatgggacgatataggttgatccaggaaatgttc 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||    
T  47298759 ctcttcatatcttcagagggcaaacaaattggtaacatcaaagtttcttctccttttatattcttatatgggacgatataggttgctccaggaaaaggtc 47298858  T
Q  437 cagccccaccttttgcaactccaccatacaccccttcaccccaaccaaaattcacttctgagagcctagcacgagtcaaatctgagataacacaagacct 536  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  47298859 cagccccaccttttgcaactccaccatacaccccttcaccccatccgaaattcacttctgagagcctagcacgagtcaaatctgaaataatacaagacct 47298958  T
Q  537 tacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctcagtaacttcagcttttaattttcttaccaactcc 636  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47298959 tacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactcc 47299058  T
Q  637 actgcataagcaaatggatttc 658  Q
    ||||||||| ||||||| ||||    
T  47299059 actgcataaccaaatgggtttc 47299080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 9e-78
Query Start/End: Original strand, 290 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 47268143 - 47267788
Alignment:
Q  290 taggataattttggttaccaagcatctcatccaactcttttgcaaacctcttcatatcttcagagggcaaacaaattggtacattcaaagtttcttctcc 389  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| | |||   | |||  |||||||||    
T  47268143 taggttaattttgtttaccaagcatctcatctaactctttagcaaacctcttcatagcttcaaaggacaaacaaactagtaatatgaaaccttcttctcc 47268044  T
Q  390 atttatattcttatatgggacgatataggttgatccaggaaatgttccagccccaccttttgcaactccaccatacaccccttcaccccaaccaaaattc 489  Q
     | || |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||| |  |||||||||| ||||||| |||||||||||||  | |||||||| ||||||| |    
T  47268043 ttctacattcttatgtgggatgatataggctgctccaggaaaaggcccagccccactttttgcagctccaccatacacggcctcaccccatccaaaatcc 47267944  T
Q  490 acttctgagagcctagcacgagtcaaatctgagataacacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccacagaat 589  Q
    ||||||   | | |   |||||| | |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||    
T  47267943 acttctcttaactttatacgagttacatctgaaacaacacaagaccttatagttgtaaataaacaccgctctttaataaccataagatctgctacagaat 47267844  T
Q  590 gcatgtattcctcagtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataa 645  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  47267843 gcatatattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccacagcataa 47267788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 248 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 47284150 - 47283753
Alignment:
Q  248 caaactataaggtagacatcgcaaaattatgagcactcggtgtaggataattttggttaccaagcatctcatccaactcttttgcaaacctcttcatatc 347  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||| || || || ||| |||||| | |||||| ||||||| ||||| ||| |||||||  ||||||||||||||| |    
T  47284150 caaactataaggtagagatgacaaaactaggaccaatcgttgtaggttgattttgattaccaaacatcttatctaactcttcagcaaacctcttcataac 47284051  T
Q  348 ttcagagggcaaacaaattggtacattcaaagtttcttctccatttatattcttatatgggacgatataggttgatccaggaaatgttccagccccacct 447  Q
    ||||||||  ||  ||||| |||   | |||  ||||||||| | |  |||||||| |||||  ||||| |||| |||||| || | |||||||||||||    
T  47284050 ttcagaggttaagaaaattagtaatattaaaccttcttctccttctgcattcttatgtgggattatatacgttgctccaggtaaaggtccagccccacct 47283951  T
Q  448 tttgcaactccaccatacaccccttcaccccaaccaaaattcacttctgagagcctagcacgagtcaaatctgagataacacaagaccttacagttgtaa 547  Q
    ||| | ||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||| |  | ||||||||||||| ||||| | |||||| || ||||| |||||||    
T  47283950 tttaccactccaccatacaccgcctcaccccatccgaaattcacttctgcgtacttagcacgagtcaagtctgatacaacacacgatcttactgttgtaa 47283851  T
Q  548 ataaacaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctcagtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataa 645  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||| |||||||  |||||||| ||| ||||||||||||    
T  47283850 ataaacatcgttccttaataaccataagatctgccaaagaatgcatgtattcttctgtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactgcataa 47283753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 288 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 47243241 - 47242884
Alignment:
Q  288 tgtaggataattttggttaccaagcatctcatccaactcttttgcaaacctcttcatatcttcagagggcaaacaaattggtacattcaaagtttcttct 387  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||   | ||   |||||||    
T  47243241 tgtaggataattttggttaccaagcatatcatctaactctttagcaaacctcttcatatcttcagggggcaagcaaattggtaatattaacccttcttct 47243142  T
Q  388 ccatttatattcttatatgggacgatataggttgatccaggaaatgttccagccccaccttttgcaactccaccatacaccccttcaccccaaccaaaat 487  Q
    || |||  ||||||||  ||||| |||||||||  |||| || | | ||||   ||||||||| | ||||||||||| |    ||||||||| || ||||    
T  47243141 ccttttgcattcttatgcgggacaatataggttcctccaagataagatccaattccaccttttactactccaccatatattgtttcaccccatccgaaat 47243042  T
Q  488 tcacttctgagagcctagcacgagtcaaatctgagataacacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccacaga 587  Q
    ||||||||||||   ||||||||||| |||| || |  | |||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || | |||    
T  47243041 tcacttctgagaaattagcacgagtccaatccgacactatacaagttcttccagttgtaaataaacatcgttccttaataaccataaaatctgctaaaga 47242942  T
Q  588 atgcatgtattcctcagtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataa 645  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || ||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  47242941 atgcatgtattcctctgtaacttgagtttttgcttttcttatcaactccactgcataa 47242884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 288 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 47279517 - 47279147
Alignment:
Q  288 tgtaggataattttggttaccaagcatctcatccaactcttttgcaaacctcttcatatcttcagagggcaaacaaattggtacattcaaagtttcttct 387  Q
    |||||| | |||||||||||||| ||||| ||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||  ||  ||||| |||   |||||  |||||||    
T  47279517 tgtaggttgattttggttaccaaacatcttatctaactcttcagcaaacctcttcataacttcagaggttaagaaaattagtaatatcaaaccttcttct 47279418  T
Q  388 ccatttatattcttatatgggacgatataggttgatccaggaaatgttccagccccaccttttgcaactccaccatacaccccttcaccccaaccaaaat 487  Q
    || | |  |||||||| ||||| |||| | |||| || ||| || |  || ||| |||  ||| | || |||||||||||| | |||||||| |||||||    
T  47279417 ccttctgcattcttatgtgggatgataaacgttgctctaggtaaaggcccggccacacaatttaccaccccaccatacaccgcctcaccccatccaaaat 47279318  T
Q  488 tcacttctgagagcctagcacgagtcaaatctgagataacacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccacaga 587  Q
    ||||||||| |  | ||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  47279317 tcacttctgcgtacttagcacgagtcaagtctgatacaacacaagatcttattgttgtaaataaacatcgttccttaataaccataagatctgccaaaga 47279218  T
Q  588 atgcatgtattcctcagtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataagcaaatggatttc 658  Q
    |||||||||||| || ||||||| |||||||  |||||||| ||| |||||| ||||| | || |||||||    
T  47279217 atgcatgtattcttctgtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactccataacctaaaggatttc 47279147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 247 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 47257409 - 47257011
Alignment:
Q  247 acaaactataaggtagacatcgcaaaattatgagcactcggtgtaggataattttggttaccaagcatctcatccaactcttttgcaaacctcttcatat 346  Q
    |||||||||||||||||||     ||| || || |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||||    
T  47257409 acaaactataaggtagacaagatgaaactaggaccactcattgtaggataattttggttaccaagcatatcatctaactccttaacaaacctcttcatat 47257310  T
Q  347 cttcagagggcaaacaaattggtacattcaaagtttcttctccatttatattcttatatgggacgatataggttgatccaggaaatgttccagccccacc 446  Q
    ||||||  ||||| ||||||||||   | ||   ||||||||| |||  ||||||||  | ||| | | |||||   ||| |||| | ||||   |||||    
T  47257309 cttcaggaggcaagcaaattggtaatattaacccttcttctccttttgcattcttatgcgtgacaagaaaggttcccccaagaaaagatccaattccacc 47257210  T
Q  447 ttttgcaactccaccatacaccccttcaccccaaccaaaattcacttctgagagcctagcacgagtcaaatctgagataacacaagaccttacagttgta 546  Q
    ||||||  |||||||||||||  |||||||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| |  | ||| |  ||| |  |||||    
T  47257209 ttttgctgctccaccatacacagcttcaccccatccgaaattcacttctgagaacttagcacgagtccaatctgacaccatacatgttcttccctttgta 47257110  T
Q  547 aataaacaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctcagtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataa 645  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||  || |||||||| | ||| ||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  47257109 aataaacatcgttccttaataaccataaaatctgccaatgagtgcatgtacttctctgtaacttgagcttttgcttttcttatcaactccactgcataa 47257011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 247 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 32731949 - 32731551
Alignment:
Q  247 acaaactataaggtagacatcgcaaaattatgagcactcggtgtaggataattttggttaccaagcatctcatccaactcttttgcaaacctcttcatat 346  Q
    |||||||||||||||||||     ||| || || |||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  32731949 acaaactataaggtagacaagatgaaactaggaccactcattgtaggacaattttggttaccaagcatatcatctaactctttagcaaacctcttcatat 32731850  T
Q  347 cttcagagggcaaacaaattggtacattcaaagtttcttctccatttatattcttatatgggacgatataggttgatccaggaaatgttccagccccacc 446  Q
    |||||| |||||| |||||||| |   | ||   ||||||||| |||  ||||||||  ||||| |||||||||  |||| || | | ||||   |||||    
T  32731849 cttcagggggcaagcaaattggaaatattaacccttcttctccttttgcattcttatgcgggacaatataggttcctccaagataagatccaattccacc 32731750  T
Q  447 ttttgcaactccaccatacaccccttcaccccaaccaaaattcacttctgagagcctagcacgagtcaaatctgagataacacaagaccttacagttgta 546  Q
    |||| | |||||||||||||    ||||||||| || |||||||||||||| |   ||||||||||| ||||||| |  | |||||  ||| | ||||||    
T  32731749 ttttactactccaccatacattgtttcaccccatccgaaattcacttctgataaattagcacgagtccaatctgacaccatacaagttcttccggttgta 32731650  T
Q  547 aataaacaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctcagtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataa 645  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  ||| || | |||||||||||||||||| ||||||| || ||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  32731649 aataaacatcgttccttaataaccatacaatctgctaaagaatgcatgtattcctctgtaacttgagtttttgcttttcttatcaactccactgcataa 32731551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 91; Significance: 9e-44; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 301 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 20519904 - 20519638
Alignment:
Q  301 tggttaccaagcatctcatccaactcttttgcaaacctcttcatatcttcagagggcaaacaaattggtacattcaaagtttcttctccatttatattct 400  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||   | |||  || ||||   |||  |||||    
T  20519904 tggttaccaagcatctcatctaactctttagcaaacctcttcatatcttcataaggcaaagaaattggtaatattaaacctttttcttgttttgaattct 20519805  T
Q  401 tatatgggacgatataggttgatccaggaaatgttccagccccaccttttgcaactccaccatacaccccttcaccccaaccaaaattcacttctgagag 500  Q
    ||| |||||| ||   ||||| |||| ||||    ||||||||| ||||||||||||||||||||  | | |||||||| |||||||||||||||  ||     
T  20519804 tatgtgggacaatgatggttgctccacgaaaacccccagccccagcttttgcaactccaccatacttcgcctcaccccatccaaaattcacttctctgaa 20519705  T
Q  501 cctagcacgagtcaaatctgagataacacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaata 567  Q
    | ||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  20519704 cttagcacgtgtcaaatctgacataacacaacaacttacagttgtaagtaaacatcgttccttaata 20519638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 11027 times since January 2019
Visitors: 8059