View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1576_high_18 (Length: 448)

Name: NF1576_high_18
Description: NF1576
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1576_high_18
NF1576_high_18
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-438)||(29084037-29084473)
chr1 (3-438)||(29083112-29083551)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (10-440)||(34412346-34412776)
chr2 (1-372)||(34411775-34412142)
chr2 (1-422)||(32264336-32264757)
chr2 (370-438)||(34406940-34407008)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-422)||(24964188-24964609)
chr6 (1-422)||(20413908-20414329)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-422)||(23926459-23926880)
chr3 (165-422)||(23935719-23935976)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-422)||(27361634-27362055)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-350)||(22240348-22240697)
[»] scaffold0383 (1 HSPs)
scaffold0383 (65-422)||(12474-12831)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 438
Target Start/End: Original strand, 29084037 - 29084473
Alignment:
Q  1 taattctgctatttcatttctctttgggtaataaatttttcctatatcttcgaatagactagggacatctattctattattatttctaaaagtaatagta 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29084037 taattctgttatttcatttctctttgggtagtaaatttttcatatatcttcaaataaactaggaacatctattctattattatttctaaaagtaatacta 29084136  T
Q  101 tgatgagaatttgttaatgcataattaacacaataaatgatcgaaaatattttatcgcctggtctcattaaatttcctcttaaaaatttatgttcaatag 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  29084137 tgatgagaatttgttaatgtataattaacacaataagtgatagaaaatattttatcacctggtatcattaaatttcctattaaaaatctatgttcaagag 29084236  T
Q  201 tgagtgtttgatctaatctttgagtatctaaagggattcctatattaggatgtatttcaaattttagttttacatatgctagattaccttcaacaactcc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29084237 tgagtgtttgatctaatctttgagtatctaaagggtttcctatattaggatgtatttcaaa-tttaatttgacataggctagattaccttcaacaactcc 29084335  T
Q  301 gagtattttatcaaccggatatgtgattctatcgtcctttaatactagttgtaccagagaattaattccttcttgaaaagttgttttaattaaaacttgt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  29084336 gagtattttatcaaccggatatgtgattctattatcctttaatactagttctaccgtagaattcattccttcttaaaaagttgccttaattaaaacttgt 29084435  T
Q  401 attgctccaataagaatatatcatgtcttattcctatg 438  Q
    |||||||| ||| ||||||||  | || ||||||||||    
T  29084436 attgctcctatatgaatatatgttatcatattcctatg 29084473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 3 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 29083551 - 29083112
Alignment:
Q  3 attctgctatttcatttctctttgggtaataaatttttcctatatcttcgaatagactagggacatctattctattattatttctaaaagtaatagtatg 102  Q
    |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29083551 attctgttatttcatttctctttggatagtaaatttttcctatatcttctaatagactagggacatctattctattattatttctaaaagtaatattatg 29083452  T
Q  103 atgagaatttgttaatgcataattaacacaataaatgatcgaaaatattttatcgcctggtctcattaaatttcctcttaaaaatttatgttcaatagtg 202  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| || |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||    
T  29083451 ataagaatttgttaatgcataattaacacaataagtgatagaaaatattttatcacctggtttcgttaaattttctattaaaaatctatgttcaagagtg 29083352  T
Q  203 agtgtttgatctaatctttgagtatctaaagggattcc----tatattaggatgtatttcaaattttagttttacatatgctagattaccttcaacaact 298  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  29083351 agtgtttgatttaatctttgagtatctaaagggtttcctatatatattaagatgtatttcaaattttaatttgacataggctagattaccttcaacaact 29083252  T
Q  299 ccgagtattttatcaaccggatatgtgattctatcgtcctttaatactagttgtaccagagaattaattccttcttgaaaagttgttttaattaaaactt 398  Q
      |||||||||| |||||||||   |||||||||| |||||||||||||||| |||  || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29083251 ttgagtattttaccaaccggatccatgattctatcatcctttaatactagttctactggaaaattaatttcttcttgaaaagttgatttaattaaaactt 29083152  T
Q  399 gtattgctccaataagaatatatcatgtcttattcctatg 438  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||    
T  29083151 gtattgctcctatatgaatatatcatatcttattcttatg 29083112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 10 - 440
Target Start/End: Original strand, 34412346 - 34412776
Alignment:
Q  10 tatttcatttctctttgggtaataaatttttcctatatcttcgaatagactagggacatctattctattattatttctaaaagtaatagtatgatgagaa 109  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  34412346 tatttcatttctctttggtcaataaacttttcttatatcttcaaatagactacggacatcaattctattattatttctgaaagtaatactatgatgagaa 34412445  T
Q  110 tttgttaatgcataattaacacaataaatgatcgaaaatattttatcgcctggtctcattaaatttcctcttaaaaatttatgttcaatagtgagtgttt 209  Q
    |  |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||| ||    
T  34412446 tgggttaatgcataattaacacaataagtgatagaaaatattttatcacctggtctcattaaatttccccttaaagatctatgttcaagagtgagtgctt 34412545  T
Q  210 gatctaatctttgagtatctaaagggattcctatattaggatgtatttcaaattttagttttacatatgctagattaccttcaacaactccgagtatttt 309  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34412546 gatctaatctttgaatatataaagggattcttatattatgatgtatttcaaattttagttttacataagctggattaccttcaacaactccgagtatttt 34412645  T
Q  310 atcaaccggatatgtgattctatcgtcctttaatactagttgtaccagagaattaattccttcttgaaaagttgttttaattaaaacttgtattgctcca 409  Q
    ||||| ||| | |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||      
T  34412646 atcaatcggttctgtgattctatcatcctttaatactagttctaccagagaattaattctttctttaaaagttgctttaattaaaacttgtattgctcgt 34412745  T
Q  410 ataagaatatatcatgtcttattcctatgct 440  Q
    ||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  34412746 atatgaatatatcctatcttattcctatgct 34412776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 34412142 - 34411775
Alignment:
Q  1 taattctgctatttcatttctctttgggtaataaatttttcctatatcttcgaatagactagggacatctattctattattatttctaaaagtaatagta 100  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  34412142 taattatgttatttcatttctctttggttaataaatttttcctatatcttcaaatagactacggacatctattctattattatttttaaaagtaatacta 34412043  T
Q  101 tgatgagaatttgttaatgcataattaacacaataaatgatcgaaaatattttatcgcctggtctcattaaatttcctcttaaaaatttatgttcaatag 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||        
T  34412042 tgatgtgaatttgttaatgcataattaacacaataagtgatggaaaatattttatcgcctggtctcattaaatttcccctaaaaaatctatgttca---- 34411947  T
Q  201 tgagtgtttgatctaatctttgagtatctaaagggattcctatattaggatgtatttcaaattttagttttacatatgctagattaccttcaacaactcc 300  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||| ||||||    
T  34411946 tgagtgcttggtctaatctttgagtatctaaaaggattcttatattaggatgtatttcaaattttagtttgatataggctggattaccttcaataactcc 34411847  T
Q  301 gagtattttatcaaccggatatgtgattctatcgtcctttaatactagttgtaccagagaattaattccttc 372  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34411846 gagtattttatcaatatgatatgtgattatatcatcctttaatactagttctaccagagaattaattccttc 34411775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 32264757 - 32264336
Alignment:
Q  1 taattctgctatttcatttctctttgggtaataaatttttcctatatcttcgaatagactagggacatctattctattattatttctaaaagtaatagta 100  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  32264757 taattccgttatttcatttctttttggatagtaaatttttcctatgtcttcgaatagactagggacatctattctattattatttctgaaagtaattcta 32264658  T
Q  101 tgatgagaatttgttaatgcataattaacacaataaatgatcgaaaatattttatcgcctggtctcattaaatttcctcttaaaaatttatgttcaatag 200  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || | ||    
T  32264657 tgatgtgaattcgttaatgcataattaacgcaataagtaatagaaaatattttatctcctggtttcattaaatttcctcttaataatttatgctctagag 32264558  T
Q  201 tgagtgtttgatctaatctttgagtatctaaagggattcctatattaggatgtatttcaaattttagttttacatatgctagattaccttcaacaactcc 300  Q
    | |||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| || || ||||| || ||||||||||||||    
T  32264557 taagtgcttgatctagtctttgagtgtctaatgggattcctatgttaggatgtatttcgaattttaatttgacgtacgctaggtttccttcaacaactcc 32264458  T
Q  301 gagtattttatcaaccggatatgtgattctatcgtcctttaatactagttgtaccagagaattaattccttcttgaaaagttgttttaattaaaacttgt 400  Q
     |||||||||||||| | || ||| |||||||| || ||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  32264457 tagtattttatcaactgaatctgtaattctatcatcttttaatattagttctaacggagaattaattccttcttgaaaagtagatttaattaatacttgt 32264358  T
Q  401 attgctccaataagaatatatc 422  Q
    || ||||| ||| |||||||||    
T  32264357 atagctcctatatgaatatatc 32264336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 370 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 34407008 - 34406940
Alignment:
Q  370 ttcttgaaaagttgttttaattaaaacttgtattgctccaataagaatatatcatgtcttattcctatg 438  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||    
T  34407008 ttcttgaaaagttgctttgattaaaacttttattgctcctatatgaatatatcctatcttattcctatg 34406940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 24964609 - 24964188
Alignment:
Q  1 taattctgctatttcatttctctttgggtaataaatttttcctatatcttcgaatagactagggacatctattctattattatttctaaaagtaatagta 100  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  24964609 taattccgttatttcatttctttttggatagtaaatttttcctatgtcttcgaatagactagggacatctattctattattaattctgaaagtaatacta 24964510  T
Q  101 tgatgagaatttgttaatgcataattaacacaataaatgatcgaaaatattttatcgcctggtctcattaaatttcctcttaaaaatttatgttcaatag 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  24964509 tgatgagaattcgttaatgcataattaacgcaataagtaatagaaaatattttatctcctggtttcattaaatttcctcttaaaaatttatgctctagag 24964410  T
Q  201 tgagtgtttgatctaatctttgagtatctaaagggattcctatattaggatgtatttcaaattttagttttacatatgctagattaccttcaacaactcc 300  Q
    | |||| |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  24964409 taagtgcttgatctagtctttgagtgtctaatgggattcctatattaggatgtatttcgaattttaatttaacgtatgctagatttccttcaacaactcc 24964310  T
Q  301 gagtattttatcaaccggatatgtgattctatcgtcctttaatactagttgtaccagagaattaattccttcttgaaaagttgttttaattaaaacttgt 400  Q
     |||||||||||||| | |||||| |||||||| || ||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  24964309 tagtattttatcaactgaatatgtaattctatcatcttttaatattagttctaacggagaattaattccttcttgaaaagtagatttaattaatacttgt 24964210  T
Q  401 attgctccaataagaatatatc 422  Q
    || ||||| ||| |||||||||    
T  24964209 atagctcctatatgaatatatc 24964188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 20414329 - 20413908
Alignment:
Q  1 taattctgctatttcatttctctttgggtaataaatttttcctatatcttcgaatagactagggacatctattctattattatttctaaaagtaatagta 100  Q
    |||||||  |||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  20414329 taattctattatttcatttctttttggatagtaaatttttccaatgtcttcaaatagactagggacatctattctattattatttctgaaagtaatacta 20414230  T
Q  101 tgatgagaatttgttaatgcataattaacacaataaatgatcgaaaatattttatcgcctggtctcattaaatttcctcttaaaaatttatgttcaatag 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  20414229 tgatgagaattcgttaatgcataattaacacaataagtgatagaaaatattttttctcctgatctcattaagtttcctcttaaaaatatatgttcaagag 20414130  T
Q  201 tgagtgtttgatctaatctttgagtatctaaagggattcctatattaggatgtatttcaaattttagttttacatatgctagattaccttcaacaactcc 300  Q
    | |||| ||||||||  |||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  20414129 taagtgcttgatctagcctttgactatctaatggtattcctatattaggatgtatttcatattttaatttgacatatgctagatttccttcgacaactcc 20414030  T
Q  301 gagtattttatcaaccggatatgtgattctatcgtcctttaatactagttgtaccagagaattaattccttcttgaaaagttgttttaattaaaacttgt 400  Q
     | || ||||||||| | || ||| |||||||| |||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  20414029 taatactttatcaactgaatttgtaattctatcttcctttaatattagttctaacggagaattaattccttcttgaaaagtagctttaattaatacttgt 20413930  T
Q  401 attgctccaataagaatatatc 422  Q
    || ||||| ||| |||||||||    
T  20413929 atagctcctatatgaatatatc 20413908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 422
Target Start/End: Original strand, 23926459 - 23926880
Alignment:
Q  1 taattctgctatttcatttctctttgggtaataaatttttcctatatcttcgaatagactagggacatctattctattattatttctaaaagtaatagta 100  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  23926459 taattatgttatttcatttctttttggatagtaaatttttcctatgtcttcaaatagactagggacatctattctattattatttctgaaagtaatacta 23926558  T
Q  101 tgatgagaatttgttaatgcataattaacacaataaatgatcgaaaatattttatcgcctggtctcattaaatttcctcttaaaaatttatgttcaatag 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  23926559 tgatgagaattcgttaatgcataattaacgcaataagtaatagaaaatattttatctcctggtctcattaaatttcctcttaaaaatttatgctctagag 23926658  T
Q  201 tgagtgtttgatctaatctttgagtatctaaagggattcctatattaggatgtatttcaaattttagttttacatatgctagattaccttcaacaactcc 300  Q
    | |||| |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  23926659 taagtgcttgatctagtctttgagtgtctaatgggattcctatattaggatgtatttcgaattttaatttaacgtatgctagatttccttcaacaactcc 23926758  T
Q  301 gagtattttatcaaccggatatgtgattctatcgtcctttaatactagttgtaccagagaattaattccttcttgaaaagttgttttaattaaaacttgt 400  Q
     |||||||||||||| | || ||| |||||||| || ||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  23926759 tagtattttatcaactgaatctgtaattctatcatcttttaatattagttctaacggagaattaattccttcttgaaaagtagatttaattaatacttgt 23926858  T
Q  401 attgctccaataagaatatatc 422  Q
    || ||||| ||| |||||||||    
T  23926859 atagctcctatatgaatatatc 23926880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 165 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 23935976 - 23935719
Alignment:
Q  165 tcattaaatttcctcttaaaaatttatgttcaatagtgagtgtttgatctaatctttgagtatctaaagggattcctatattaggatgtatttcaaattt 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || | ||| |||| |||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23935976 tcattaaatttcctcttaaaaatttatgctctagagtaagtgcttgatctagtctttgagtgtctaatgtgattcctatattaggatgtatttcgaattt 23935877  T
Q  265 tagttttacatatgctagattaccttcaacaactccgagtattttatcaaccggatatgtgattctatcgtcctttaatactagttgtaccagagaatta 364  Q
    || ||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | || ||| |||||||| || ||||||| ||||| || | ||||||||    
T  23935876 taatttaacgtatgctagatttccttcaacaactcctagtattttatcaactgaatttgtaattctatcatcttttaatattagttctaacggagaatta 23935777  T
Q  365 attccttcttgaaaagttgttttaattaaaacttgtattgctccaataagaatatatc 422  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  23935776 attccttcttgaaaagtagatttaattaatacttgtatagctcctatatgaatatatc 23935719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 27362055 - 27361634
Alignment:
Q  1 taattctgctatttcatttctctttgggtaataaatttttcctatatcttcgaatagactagggacatctattctattattatttctaaaagtaatagta 100  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  27362055 taattccgttatttcatttctttttggatagtaaatttttccgatgtcttcgaatagaccatggacatctattctattattatttctgaaagtaatgcta 27361956  T
Q  101 tgatgagaatttgttaatgcataattaacacaataaatgatcgaaaatattttatcgcctggtctcattaaatttcctcttaaaaatttatgttcaatag 200  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||||| || | ||    
T  27361955 tgatgtgaattcgttaatgcataattaacgcaataagtaatagaaaatattttatctccgggtttcattaaatttcctcttaagaatttatgctctagag 27361856  T
Q  201 tgagtgtttgatctaatctttgagtatctaaagggattcctatattaggatgtatttcaaattttagttttacatatgctagattaccttcaacaactcc 300  Q
    | |||| |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || ||||||||||||||    
T  27361855 taagtgcttgatctagtctttgagtgtctaatgggattcctatattaggatgtatttcaaattttaatttaacgtatgctaggtttccttcaacaactcc 27361756  T
Q  301 gagtattttatcaaccggatatgtgattctatcgtcctttaatactagttgtaccagagaattaattccttcttgaaaagttgttttaattaaaacttgt 400  Q
     |||||||||||||| | || ||| |||||||| || ||||||| ||||| || | ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  27361755 tagtattttatcaactgaatctgtaattctatcatcttttaatattagttctaacggagaattaactccttcttgaaaagtagatttaattaatacttgt 27361656  T
Q  401 attgctccaataagaatatatc 422  Q
    || ||||| ||| |||||||||    
T  27361655 atagctcctatatgaatatatc 27361634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Original strand, 22240348 - 22240697
Alignment:
Q  1 taattctgctatttcatttctctttgggtaataaatttttcctatatcttcgaatagactagggacatctattctattattatttctaaaagtaatagta 100  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  22240348 taattctgttatttcatttctttttggatagtaaatttttcctatgtcttcaaatcgactagggacatcaattctattattatttctgaaagtaatacta 22240447  T
Q  101 tgatgagaatttgttaatgcataattaacacaataaatgatcgaaaatattttatcgcctggtctcattaaatttcctcttaaaaatttatgttcaatag 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22240448 tgatgagaattcgttaatgcataattaacacaataagtgatagaaaatattttgtctcctggtctcattaagtttcctcttaaaaatttatgttcaagag 22240547  T
Q  201 tgagtgtttgatctaatctttgagtatctaaagggattcctatattaggatgtatttcaaattttagttttacatatgctagattaccttcaacaactcc 300  Q
    | |||| |||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  22240548 taagtgcttgatctagtctttgagtatctaatgatattcctatattaggatgtatttcatattttaatttgacatatgctagatttccttcgacaactcc 22240647  T
Q  301 gagtattttatcaaccggatatgtgattctatcgtcctttaatactagtt 350  Q
     |||| ||||||| | | || ||| |||||||| |||||||||| |||||    
T  22240648 tagtactttatcagctgaatttgtaattctatcatcctttaatattagtt 22240697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0383 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: scaffold0383
Description:

Target: scaffold0383; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 65 - 422
Target Start/End: Original strand, 12474 - 12831
Alignment:
Q  65 acatctattctattattatttctaaaagtaatagtatgatgagaatttgttaatgcataattaacacaataaatgatcgaaaatattttatcgcctggtc 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| | || |||||||||||||| ||||||     
T  12474 acatctattctattattatttctaaaagtaatactatgatgagaattcgttaatgcataattagcgcaataagtaatagaaaatattttatctcctggtt 12573  T
Q  165 tcattaaatttcctcttaaaaatttatgttcaatagtgagtgtttgatctaatctttgagtatctaaagggattcctatattaggatgtatttcaaattt 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || | ||| || |||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12574 tcattaaatttcctcttaaaaatttatgctctagagtaagggtttgatctagtctttgagtgtctaatgagattcctatattaggatgtatttcgaattt 12673  T
Q  265 tagttttacatatgctagattaccttcaacaactccgagtattttatcaaccggatatgtgattctatcgtcctttaatactagttgtaccagagaatta 364  Q
    || ||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | || ||| |||||||| || ||||||| ||||| || | ||||||||    
T  12674 taatttaacgtatgctagatttccttcaacaactcctagtattttatcaactgaatctgtaattctatcatcttttaatattagttctaacggagaatta 12773  T
Q  365 attccttcttgaaaagttgttttaattaaaacttgtattgctccaataagaatatatc 422  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  12774 attccttcttgaaaagtagatttaattaatacttgtatagctcctatatgaatatatc 12831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 16891 times since January 2019
Visitors: 3777