View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1576_high_2 (Length: 869)

Name: NF1576_high_2
Description: NF1576
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1576_high_2
NF1576_high_2
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (19-854)||(39456638-39457470)
chr5 (476-843)||(39463354-39463721)
chr5 (445-843)||(39476521-39476919)
chr5 (422-843)||(39452009-39452430)
chr5 (452-843)||(39484272-39484665)
chr5 (422-843)||(39455637-39456058)
chr5 (452-843)||(39487474-39487865)
chr5 (478-834)||(39461271-39461627)
chr5 (465-843)||(39473039-39473417)
chr5 (465-842)||(43311316-43311693)
chr5 (532-705)||(39452831-39453004)
chr5 (45-145)||(39452592-39452692)
chr5 (40-145)||(39485097-39485205)
chr5 (40-145)||(39477455-39477563)
chr5 (47-141)||(39488467-39488559)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 786; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 786; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 854
Target Start/End: Original strand, 39456638 - 39457470
Alignment:
Q  19 agcttgtgcacactcaacttattttgatttttgtatgtaaactcaatttggttaagaataaaattgtaacagtagcatagaagaagagtcaattttatca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  39456638 agcttgtgcacactcaacttattttgatttttgtatgtaaactcaatttggttaagaataaaattgtaacagtagcatagaa---gagtcaattttatca 39456734  T
Q  119 acactgtttttcttaatgatccaaaaagatgtagtacacaataaaaccaatgtaatacgaaatggtaaaattcccaaaccagaaaccaaagagcaatctt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39456735 acactgtttttcttaatgatccaaaaagatgtagtacacaataaaaccaatgtaatacgaaatggaaaaattcccaaaccagaaaccaaagagcaatctt 39456834  T
Q  219 aaacagaactacctgcatatacaaaatagaacgatttctaagtttgaattttgattgtcaaaaacaaatttgatcatcatcacttacgcattgcaattga 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39456835 aaacagaactacctgcatatacaaaacagaacgatttctaagtttgaattttgattgtcaaaaacaaatttgatcatcatcacttacgcattgcaattga 39456934  T
Q  319 ttagtcattggttgaaagcgttgaaatatactaaaatctttaatcaaagaaaagaaagaacaacaacttgttagattgacctatgttgataataaaacca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39456935 ttagtcattggttgaaagcgttgaaatatactaaaatctttaatcaaagaaaagaaagaacaacaacttgttagattgacctatgttgataataaaacca 39457034  T
Q  419 cagcctctaacctttttgaaagtgggtactagcataatttattttgatacctgatacataatataatcgatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39457035 cagcctctaacctttttgaaagtgggtactaccataatttattttgatacctgatacctaatataatcgatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatc 39457134  T
Q  519 ctccatctaacagagtcttcttacttgcttcactcatctctttcactttcttccttacctctccatccttatccaacacgctctttattcctctctcaat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39457135 ctccatctaacagagtcttcttacttgctgcactcatctctttcactttcttccttacctctccatccttatccaacacactctttattcctctctcaat 39457234  T
Q  619 cttgtcggcagttaaaagatagttagactcgccattaaactctaacctataatctaatgcgatctccacagccatcttcagctcacataccaattgaaat 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39457235 cttgtcggcagttaaaagatagttagactcgccattaaactctaacctataatctaatgcaatctccacagccatcttcagctcacataccaattgaaat 39457334  T
Q  719 gcatttgtctgctgatcagcaaagagcggccacgtggcaacaggcacaccaaaatatatgctctcgagtgtggaattccagccacaatgagaaacaaatc 818  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39457335 gcatttgtctgctgatcagcaaagagcggccacgtggcaacaggcacaccaaaatatatgttctcgagtgtggaattccagccacaatgagaaacaaatc 39457434  T
Q  819 ctcccgtggctgggtgagctagtatgtgcgtctgtg 854  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39457435 ctcccgtggctgggtgggctagtatgtgcgtctgtg 39457470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 476 - 843
Target Start/End: Original strand, 39463354 - 39463721
Alignment:
Q  476 ataatataatcgatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatcctccatctaacagagtcttcttacttgcttcactcatctctttcactttcttcctta 575  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39463354 ataatataatcaatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatcctccctctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcactttcttcctta 39463453  T
Q  576 cctctccatccttatccaacacgctctttattcctctctcaatcttgtcggcagttaaaagatagttagactcgccattaaactctaacctataatctaa 675  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||||  |||||| |  || ||||| ||    
T  39463454 cttctccatccttatctaacacactccttattcctctctcaatcttatcagcagttacaagatagttaggctcgccaagaaactccactctgtaatccaa 39463553  T
Q  676 tgcgatctccacagccatcttcagctcacataccaattgaaatgcatttgtctgctgatcagcaaagagcggccacgtggcaacaggcacaccaaaatat 775  Q
    ||  |||||||| |||||||| | |||||| |||| || ||| ||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||  || ||||||||||||    
T  39463554 tgaaatctccaccgccatctttaactcacacaccagttcaaaagcatttgtctgttgttcagcaaagatcggccaagtggcaagtggaacaccaaaatat 39463653  T
Q  776 atgctctcgagtgtggaattccagccacaatgagaaacaaatcctcccgtggctgggtgagctagtat 843  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  39463654 atgctctccagtgtcgaattccagccacaatgtgagacaaatcctcccgtggccgggtgggctagtat 39463721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 445 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 39476919 - 39476521
Alignment:
Q  445 tactagcataatttattttgatacctgatacataatataatcgatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatcctccatctaacagagtcttcttactt 544  Q
    |||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||||| ||||||||||||     
T  39476919 tactaggataatttaatttcatacctcatacataatataatcaatcaaacgacctaaataattgtaagaagatccaccttctaacaaagtcttcttactc 39476820  T
Q  545 gcttcactcatctctttcactttcttccttacctctccatccttatccaacacgctctttattcctctctcaatcttgtcggcagttaaaagatagttag 644  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  39476819 ttttcactcatctctttcactttcttccttacatctgcatccttatccaacacactccttattcctcgctcaattttatcggcagttacaagatagttag 39476720  T
Q  645 actcgccattaaactctaacctataatctaatgcgatctccacagccatcttcagctcacataccaattgaaatgcatttgtctgctgatcagcaaagag 744  Q
     |   ||| | ||||| | ||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||| ||| ||||| | ||| || |||||||||||    
T  39476719 gcctaccacttaactccaccctataatccaatgcgatatccacacctatcttcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgttcagcaaagag 39476620  T
Q  745 cggccacgtggcaacaggcacaccaaaatatatgctctcgagtgtggaattccagccacaatgagaaacaaatcctcccgtggctgggtgagctagtat 843  Q
     ||||| | |||||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  39476619 tggccatgcggcaattggtacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtat 39476521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 422 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 39452430 - 39452009
Alignment:
Q  422 cctctaacctttttgaaagtgggtactagcataatttattttgatacctgatacataatataatcgatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatcctc 521  Q
    ||||| || |||||| |||| |||||||| ||| |||| ||| ||||||| | |||||||||||| || ||||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  39452430 cctcttacatttttgtaagtaggtactaggatagtttaatttcatacctggttcataatataatcaattaaacgacttaaataaatggaggaagatcctc 39452331  T
Q  522 catctaacagagtcttcttacttgcttcactcatctctttcactttcttccttacctctccatccttatccaacacgctctttattcctctctcaatctt 621  Q
    | ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||    
T  39452330 cttctaacagagtcttcttactcttttcactcatctctttcatttttttcctgaactctccatccttatccaacacactccttattcctttctcaatctt 39452231  T
Q  622 gtcggcagttaaaagatagttagactcgccattaaactctaacctataatctaatgcgatctccacagccatcttcagctcacataccaattgaaatgca 721  Q
    ||| ||||| |||||||||||||   | |  |||||||| | |||||||||||| || |||||||| |  ||||||| |||||| ||||||| ||| |||    
T  39452230 gtcagcagtcaaaagatagttaggaccactgttaaactccaccctataatctaacgcaatctccacggaaatcttcaactcacacaccaattcaaaagca 39452131  T
Q  722 tttgtctgctgatcagcaaagagcggccacgtggcaacaggcacaccaaaatatatgctctcgagtgtggaattccagccacaatgagaaacaaatcctc 821  Q
    ||   ||| || ||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39452130 ttaacctgttgctcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaaatatatgctctcgagtgtggaattccagccacaatgtgaaacaaatcctc 39452031  T
Q  822 ccgtggctgggtgagctagtat 843  Q
    |  ||||||| || ||||||||    
T  39452030 ctatggctggatgtgctagtat 39452009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 452 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 39484665 - 39484272
Alignment:
Q  452 ataatttattttgatacctgatacataatataatcgatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatcctccatctaacagagtcttcttacttgcttcac 551  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| ||||    ||||    
T  39484665 ataatttaatttgatacctgattcataatataatcaatcagatgacctaaataagtgtaggaagatccaccctctaacaaagtcttcctactcttctcac 39484566  T
Q  552 tcatctctttcactttcttccttacctctccatccttatccaacacgctctttattcctctctcaatcttgtcggcagttaaaagatagttagactcgcc 651  Q
    |||| | ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||    
T  39484565 tcatttttttcactttcttcttaacctctccatccttatacaacacactccttattactctctcaatcttgtcggcacttacaagatagttagactcacc 39484466  T
Q  652 attaaactctaacctataatctaatgcgatctc--cacagccatcttcagctcacataccaattgaaatgcatttgtctgctgatcagcaaagagcggcc 749  Q
    | ||||||| | ||||||||| ||||| |||||  |||| | |||| ||||||||| ||||||| ||| ||||| | ||| || ||| ||||||| ||||    
T  39484465 actaaactccatcctataatccaatgcaatctccacacacctatctgcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgttcaacaaagagtggcc 39484366  T
Q  750 acgtggcaacaggcacaccaaaatatatgctctcgagtgtggaattccagccacaatgagaaacaaatcctcccgtggctgggtgagctagtat 843  Q
    | | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  39484365 atgcggcaataggcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccataatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtat 39484272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 422 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 39456058 - 39455637
Alignment:
Q  422 cctctaacctttttgaaagtgggtactagcataatttattttgatacctgatacataatataatcgatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatcctc 521  Q
    ||||| ||||||||| | |||| |||| | | |||||| ||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  39456058 cctctgacctttttgtatgtggatacttggacaatttaatttgatacctggttcataatataatcaattaaacgacctaaataagtggaagaagatcctc 39455959  T
Q  522 catctaacagagtcttcttacttgcttcactcatctctttcactttcttccttacctctccatccttatccaacacgctctttattcctctctcaatctt 621  Q
    | ||||||| ||||||||| ||   ||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  39455958 cctctaacaaagtcttcttgctcttttcactcatctctttcactgttttcctaaactctccatccttatccaatacactccttattcctctctcaatctt 39455859  T
Q  622 gtcggcagttaaaagatagttagactcgccattaaactctaacctataatctaatgcgatctccacagccatcttcagctcacataccaattgaaatgca 721  Q
    ||| | ||||||||||||||||| | | | | || |||| | |||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||    
T  39455858 gtccgaagttaaaagatagttaggcccactactatactccaccctataatctagcgcaatctccacagcaatcttcagctcacacaccaattcaaaagca 39455759  T
Q  722 tttgtctgctgatcagcaaagagcggccacgtggcaacaggcacaccaaaatatatgctctcgagtgtggaattccagccacaatgagaaacaaatcctc 821  Q
     |   ||| || ||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  39455758 gtaacctgttgttcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaagtatatgccctcgagtgtggaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctc 39455659  T
Q  822 ccgtggctgggtgagctagtat 843  Q
    | |||||||| || ||||||||    
T  39455658 ctgtggctggatgggctagtat 39455637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 452 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 39487865 - 39487474
Alignment:
Q  452 ataatttattttgatacctgatacataatataatcgatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatcctccatctaacagagtcttcttacttgcttcac 551  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||   |||||    
T  39487865 ataatttaatttgatacctgattcataatataatcaatcaaatgacctaaataagtgtaggaagatccaccctctaacaaagtcttcttactcttttcac 39487766  T
Q  552 tcatctctttcactttcttccttacctctccatccttatccaacacgctctttattcctctctcaatcttgtcggcagttaaaagatagttagactcgcc 651  Q
    |||||||| ||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||   || ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| | |  |    
T  39487765 tcatctctatcacttttttcctgaattctccatccttatccaacaaattccttattcctctctcaatcttatccgcagttacaagatagttaggcccttc 39487666  T
Q  652 attaaactctaacctataatctaatgcgatctccacagccatcttcagctcacataccaattgaaatgcatttgtctgctgatcagcaaagagcggccac 751  Q
    ||||||| | | | ||||||| || || || |||||| | || ||||| ||||| ||||||| ||| ||||| | ||| || |||||| |||| ||||||    
T  39487665 attaaaccccaccttataatccaaagcaatttccacacctattttcagttcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgctcagcatagagtggccac 39487566  T
Q  752 gtggcaacaggcacaccaaaatatatgctctcgagtgtggaattccagccacaatgagaaacaaatcctcccgtggctgggtgagctagtat 843  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  39487565 gcggcaataggcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgcgaaacaaatcctccagtggctggatgagctagtat 39487474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 478 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 39461627 - 39461271
Alignment:
Q  478 aatataatcgatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatcctccatctaacagagtcttcttacttgcttcactcatctctttcactttcttccttacc 577  Q
    |||| |||| || ||||||||||||| | |||| |||||||| || ||||||| ||| ||| ||||   |||||||||||||||||||||||| || |||    
T  39461627 aataaaatctattaaacgacctaaatgactgtaagaagatccaccctctaacaaagttttcctactcttttcactcatctctttcactttctttctgacc 39461528  T
Q  578 tctccatccttatccaacacgctctttattcctctctcaatcttgtcggcagttaaaagatagttagactcgccattaaactctaacctataatctaatg 677  Q
    ||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||| |  |||||||||||      
T  39461527 tctccatccttttccaacacattccttattcctctctcaatcttgtcagcagttacaagatagttaggctcaccattgaactccactctataatctaaca 39461428  T
Q  678 cgatctccacagccatcttcagctcacataccaattgaaatgcatttgtctgctgatcagcaaagagcggccacgtggcaacaggcacaccaaaatatat 777  Q
    | ||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||    
T  39461427 caatctccacagccatcttcagctcatgcaccaactgaaaagcattagtctgttgttcagcaaagagcggccacgtggcaatgggcacaccaaaatacat 39461328  T
Q  778 gctctcgagtgtggaattccagccacaatgagaaacaaatcctcccgtggctgggtg 834  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  39461327 gctctcgagtattgaattccagccacaatgggaaacgaatcctcccgtggctgggtg 39461271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 147; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 465 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 39473417 - 39473039
Alignment:
Q  465 atacctgatacataatataatcgatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatcctccatctaacagagtcttcttacttgcttcactcatctctttcac 564  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||||||| | ||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  39473417 atacctgattcataatataatcaaccaatcgacctaaatatgcgtaagaagatccaccttctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcac 39473318  T
Q  565 tttcttccttacctctccatccttatccaacacgctctttattcctctctcaatcttgtcggcagttaaaagatagttagactcgccattaaactctaac 664  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||   |    
T  39473317 tttcttccttacatctccatccttatccaacacactccttattcctctctcaatcttatcggcagttacaagatagttaggcgcaccattaaactccgcc 39473218  T
Q  665 ctataatctaatgcgatctccacagccatcttcagctcacataccaattgaaatgcatttgtctgctgatcagcaaagagcggccacgtggcaacaggca 764  Q
    |||||||| || |  || || ||  | || |||| |||||| ||||||| ||| ||||| ||||| || || ||| | || ||||| | ||| | |||||    
T  39473217 ctataatccaacgaaatttcaactcctattttcaactcacacaccaattcaaaagcattagtctgttgttctgcataaagtggccatgcggctataggca 39473118  T
Q  765 caccaaaatatatgctctcgagtgtggaattccagccacaatgagaaacaaatcctcccgtggctgggtgagctagtat 843  Q
    |||||||||| ||||||||||||   |||||||| |||||||| ||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  39473117 caccaaaataaatgctctcgagtactgaattccaaccacaatgcgaagcaaatcctccaatggctgggtgggctagtat 39473039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 465 - 842
Target Start/End: Original strand, 43311316 - 43311693
Alignment:
Q  465 atacctgatacataatataatcgatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatcctccatctaacagagtcttcttacttgcttcactcatctctttcac 564  Q
    |||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||| || |||||||  |||||| |||    ||||||||||||||||||    
T  43311316 atacatgattcataatataatcaatcaaactacctaagcaagtgtaggaagatccaccctctaacaatgtcttcctacaatgttcactcatctctttcac 43311415  T
Q  565 tttcttccttacctctccatccttatccaacacgctctttattcctctctcaatcttgtcggcagttaaaagatagttagactcgccattaaactctaac 664  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||||| ||| |||||||| |||| |||||||| | || ||||||||| | |  | |  |||   |||| | |    
T  43311416 tttcttccttacctctccatctgtttccaacacactccttattcctttctcgatcttgtctgaagctaaaagataatcacgcccaacatcgtactccatc 43311515  T
Q  665 ctataatctaatgcgatctccacagccatcttcagctcacataccaattgaaatgcatttgtctgctgatcagcaaagagcggccacgtggcaacaggca 764  Q
    |||||||| | ||| ||||||||| |||||||||||||| | || | |||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||    
T  43311516 ctataatccactgcaatctccacacccatcttcagctcagacacaagttgaaaagcattggtttgttgatcagcaaagagtggccatgtggcaataggca 43311615  T
Q  765 caccaaaatatatgctctcgagtgtggaattccagccacaatgagaaacaaatcctcccgtggctgggtgagctagta 842  Q
    ||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||    
T  43311616 caccataatatatgctctcgagagtcgaattccaaccacaatgtgaaacaaagcctcctgttgctggatgagcgagta 43311693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 532 - 705
Target Start/End: Original strand, 39452831 - 39453004
Alignment:
Q  532 agtcttcttacttgcttcactcatctctttcactttcttccttacctctccatccttatccaacacgctctttattcctctctcaatcttgtcggcagtt 631  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  39452831 agtcttcttacatgtttcacttatctcttgcactttctttcttacctctccatccttatacaacacactctttattcctctctcaattttgtccgcagtt 39452930  T
Q  632 aaaagatagttagactcgccattaaactctaacctataatctaatgcgatctccacagccatcttcagctcaca 705  Q
    |||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||| |  ||||||||  ||||||||| ||||||    
T  39452931 aaaagagagttagactcaccaataaactccaacctctaatctaacgtaatctccacgaccatcttcaactcaca 39453004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 45 - 145
Target Start/End: Original strand, 39452592 - 39452692
Alignment:
Q  45 atttttgtatgtaaactcaatttggttaagaataaaattgtaacagtagcatagaagaagagtcaattttatcaacactgtttttcttaatgatccaaaa 144  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| | ||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  39452592 atttttttatgtaaacacaatttggttaagaataaaaatgtatcagtaacatacaggaagaatcaattctatcaaccctgctttttttaatgatccaaaa 39452691  T
Q  145 a 145  Q
    |    
T  39452692 a 39452692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 39485205 - 39485097
Alignment:
Q  40 ttttgatttttgtatgtaaactcaatttggttaagaataaaattgtaacagtagc---atagaagaagagtcaattttatcaacactgtttttcttaatg 136  Q
    |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| | |   | ||||| ||| |||||||| |||  |||| |||||||||||    
T  39485205 ttttaatttttgtgtgtatactcaatttggttaagaatgaaaatgtaacagcaccaaaaaagaagcagaatcaattttgtcagtactgcttttcttaatg 39485106  T
Q  137 atccaaaaa 145  Q
    |||||||||    
T  39485105 atccaaaaa 39485097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 40 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 39477563 - 39477455
Alignment:
Q  40 ttttgatttttgtatgtaaactcaatttggttaagaataaaattgtaacagtagcata---gaagaagagtcaattttatcaacactgtttttcttaatg 136  Q
    |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||| | || |   |||| ||| |||||||| |||  |||| |||||||||||    
T  39477563 ttttaatttttgtatgtataatcaatttggttaagaatgaaaatgtaacagcaacaaaaatgaagcagaatcaattttgtcagtactgcttttcttaatg 39477464  T
Q  137 atccaaaaa 145  Q
    || ||||||    
T  39477463 attcaaaaa 39477455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 39488559 - 39488467
Alignment:
Q  47 ttttgtatgtaaactcaatttggttaagaataaaattgtaacagtagcatagaagaagagtcaattttatcaacactgtttttcttaatgatcca 141  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||| || ||  | | ||| ||| ||||||||||||| | || ||||||||||||||||    
T  39488559 ttttgtatgcaaactcaatttggttaggaatagaaatgtagcacta--acaaaagcagattcaattttatcaatattgcttttcttaatgatcca 39488467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 18854 times since January 2019
Visitors: 3804