View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1576_high_3 (Length: 781)

Name: NF1576_high_3
Description: NF1576
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1576_high_3
NF1576_high_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-775)||(40103717-40104468)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 600; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 600; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 775
Target Start/End: Complemental strand, 40104468 - 40103717
Alignment:
Q  18 tcaacatatataatgatattatacattgattcaatgcatctttggaagcggcgaatcaagttcaattctgatggtgtacataaaaatttagttaaacttt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  40104468 tcaacatatataatgatattatacattgattcaaggcatctttggaagcggcgaatcaagttcaattctgatggtgtacatacaaatttagttaaaattt 40104369  T
Q  118 tcacgttatgggagtctcctccgaaataataatggtacttgtttgagagatatgcataaaggatttgttcttgtgatgtagtccatgctgagatgtggga 217  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  40104368 tcacgtaatgggagtctcctccgaaataataatggtacttgtttgagagatatgcatgaaggattggttcttgcgatgtagtccatgctgagatgtggta 40104269  T
Q  218 catgtatatcaagatagctatggattaatcgcctctaagttaacagtatctcaaggtgttagttgacatggtaagatagcactttaaaacgaacgagaat 317  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||    
T  40104268 catgtatatcaagattgatatggattagtcgcctctaagttaacagtatctcaaggtgttagttgacatggtaagatagcactttaaaacgaa-----at 40104174  T
Q  318 attcctactctagttcgtcacatttgtgaccttatgaacatgagtaaacaagtttaaatcaaccatacaaatatatcaaccaattagtgattcaatttta 417  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  40104173 attcctactctggttcgtcacatttgtgaccttatgaacatgagtaaacaagtttaaaacaaccatacaaatatatcaaccaattagtgatttaatttta 40104074  T
Q  418 gttttgatttatactctcttgtttatgatatataagagattacttttataaaacctcatagtctcctttttgggtaatttctcataattttgacagaaaa 517  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40104073 gttttgatttatactcttttgtttatgatatataagagattacttttataaaacctcatagtctcctttttgggtaatttgtcataattttgacagaaaa 40103974  T
Q  518 tctctgctttgaccaaggtatggatgtgggtgtgtgtgggttttacttgattatttaaagtcgagctcgagtgttgatatcgtccccaccccaccacgtt 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  40103973 tctctgctttgaccaaggtatggatgtgagtgtgtgtgagttttacttgattatttaaagtcgaggtcgagtgttgatatcgtccccaccctaccatgtt 40103874  T
Q  618 agtattatatatgtgtgttctttgtctttaatattcgagaaagtatttgatagatacatatctaaattaatattatttgaacacgttcacataaaatcaa 717  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||    
T  40103873 agtattatatat--gtgttctttgtctttaatattcgagaaagtagttgatagatacatacctaaattaatattatttggacacgttgacatgaaatcaa 40103776  T
Q  718 caaaattagacaaaaataa-taagtcacaccaactaatatcatttaattcttcttctct 775  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  40103775 caaaattagacaacaataattcagtcacaccaactgatatcatttaatttttcttctct 40103717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 17912 times since January 2019
Visitors: 3788