View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1631-INSERTION-9 (Length: 632)
Name: NF1631-INSERTION-9
Description: NF1631
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1631-INSERTION-9 |
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| [»] chr2 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 552; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 632
Target Start/End: Original strand, 33519772 - 33520395
Alignment:
| Q |
8 |
gatactgacacaccgacaccgctaataatccgaggagtatccgtgcttcatagtatatggttataacttgtaagtaatttgtcaattaatgtttgataat |
107 |
Q |
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| T |
33519772 |
gatactgacacaccgacaccgctaataatccgaggagtatccgtgcttcatagtatatggttataacttgtaagtaatttgtcaattaatgtttgataat |
33519871 |
T |
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| Q |
108 |
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207 |
Q |
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| T |
33519872 |
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33519971 |
T |
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| Q |
208 |
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307 |
Q |
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| T |
33519972 |
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33520071 |
T |
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| Q |
308 |
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407 |
Q |
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33520072 |
ctttattttgtgcagacaggaatgaaatggttctttgtagttccaaagggcatggagaagattgtagactacataaagataaaatatcataacatgccca |
33520171 |
T |
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| Q |
408 |
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507 |
Q |
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| T |
33520172 |
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33520270 |
T |
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| Q |
508 |
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607 |
Q |
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| T |
33520271 |
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33520370 |
T |
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608 |
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632 |
Q |
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| T |
33520371 |
ggatgactgctcaaaatttgttgca |
33520395 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 61 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 33496228 - 33495659
Alignment:
| Q |
61 |
tatatggttataacttgtaagtaatttgtcaattaatgtttgataatggannnnnnnaaagattgaggaatggctattatttattaaattgtgatattag |
160 |
Q |
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| T |
33496228 |
tatatggttataacttgcaagtaatttgtcaattaatgtttgataatggatttttttaaggattggagaatgaatattatttagtaaa--gtgacactaa |
33496131 |
T |
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| Q |
161 |
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260 |
Q |
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33496031 |
T |
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| Q |
261 |
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360 |
Q |
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33496030 |
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33495931 |
T |
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| Q |
361 |
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460 |
Q |
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| T |
33495930 |
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33495831 |
T |
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| Q |
461 |
tannnnnnnnatatgtttttgcttgatcacttgtgtgatatcaaacacttcaatatgaattaagagataaagaaaggagtgactatttgaaggtagtttt |
560 |
Q |
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| T |
33495830 |
t-ttctttttatatgtttttgcttgatcacttgtttaatatcaaacactttaatatgcattatgagacaaagaaaggagtgactctttgaaggtggtttt |
33495732 |
T |
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| Q |
561 |
ttggtatgtaaatttggg-ctggagttatggattggttaatatatcatggatgactgctcaaaatttgttgca |
632 |
Q |
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| T |
33495731 |
ttgttatgtaaatttgggtatggaagtttgaattggttaatatatgatggatggctatacaaaatttgttgca |
33495659 |
T |
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