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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1681_low_4 (Length: 510)
Name: NF1681_low_4
Description: NF1681
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1681_low_4 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 396; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 8856083 - 8855606
Alignment:
| Q |
18 |
ttaagatgcttcagtcgcccttgtttacgcaacagctaccataaaatataggataaaagatcatactgtttgatggctttaatgaaaactaatttaaaga |
117 |
Q |
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| T |
8856083 |
ttaagatgcttcagtcgcctttgtttatgcaatagctaccataaaatatagggtaaaagatcatactgtttgatg-ctttcatgaaaactaatttaaaga |
8855985 |
T |
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| Q |
118 |
ttttcctatccctcccatcacatgattttggagcacggttgttatatgcgtcgaatggataatccttttatattattataaggtctgagatattcttagc |
217 |
Q |
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| T |
8855984 |
tttacctatccctcccatcacatgattttggagcacggttgttatatgcgtcgaatggataatccttttatattattataaggtctgagatattcttagc |
8855885 |
T |
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| Q |
218 |
atatggttattgactctcaagttcatgtagtaca-tacttaaaatgtttattactatatataagaagttgctttctgttacaagcaggttttgttttttg |
316 |
Q |
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| T |
8855884 |
atatggttattgactctcaagttcatgtagtattgtacttaaaatgtttattactatatataagaagttgctttctgttaca-gcaagttttgttttttg |
8855786 |
T |
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| Q |
317 |
cttattcaaatactcaagtcgtataactatccgagtgattaactcttttttgcttgatgtggtcgattaactaccaccaatactgatcatattgatactt |
416 |
Q |
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| T |
8855785 |
tttattcaaatactcaagtcgtataactatccgagtgattaactcttttttgcttgatgtggtcgattaactaccaccaatactgatcatattggtacct |
8855686 |
T |
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| Q |
417 |
attttcattttctcttctgctttcgagggacatatggtgatcatcccggggatttcaaacctgatcggtacccatctctg |
496 |
Q |
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| T |
8855685 |
gttttcattttctcttctgcttttgagggacatatggtgatcatcccggggatttcaaacctgatcagtacccatctctg |
8855606 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 18 - 496
Target Start/End: Original strand, 14367076 - 14367553
Alignment:
| Q |
18 |
ttaagatgcttcagtcgcccttgtttacgcaacagctaccataaaatataggataaaagatcatactgtttgatggctttaatgaaaactaatttaaaga |
117 |
Q |
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| T |
14367076 |
ttaagatgcttcagttgcctttgtttatgcaatagctaccataaaatatagggtaaaagatcatactgtttgatg-ctttcatgaaaacaaatttaaaga |
14367174 |
T |
|
| Q |
118 |
ttttcctatccctcccatcacatgattttggagcacggttgttatatgcgtcgaatggataatccttttatattattataaggtctgagatattcttagc |
217 |
Q |
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| T |
14367175 |
tttgtctatccctcccatcacatgattttggagcacagttgttatatgcgtcgaatggataatcc-tttatatttttataaggtctgagatattcttagc |
14367273 |
T |
|
| Q |
218 |
atatggttattgactctcaagttcatgtagta-catacttaaa-atgtttattactatatataagaagttgctttctgttacaagcaggttttgtttttt |
315 |
Q |
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| T |
14367274 |
atatggttattgactctcaagttcatgtagtattgtgcttaaagatgtttattacaatatataagaagttgcttcctgttacaa-caagttttgtttttt |
14367372 |
T |
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| Q |
316 |
gcttattcaaatactcaagtcgtataactatccgagtgattaactcttttttgcttgatgtggtcgattaactaccaccaatactgatcatattgatact |
415 |
Q |
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| T |
14367373 |
gtttattcaaatactcaagtcgtataactatctgagtgattaactcttttttgcttgatgtggacgattgactaccaccaatactgatcatattggtacc |
14367472 |
T |
|
| Q |
416 |
tattttcattttctcttctgctttcgagggacatatggtgatcatcccggggatttcaaacctgatcggtacccatctctg |
496 |
Q |
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|
| T |
14367473 |
ttgtttcattttcccttcttcttttgagggacatatggtgatcatcccggggatttcaaacgtgagcagtacccatctctg |
14367553 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 190 - 489
Target Start/End: Original strand, 25556015 - 25556309
Alignment:
| Q |
190 |
ttattataaggtctgagatattcttagcatatggttattgactctcaagttcatgtagtaca-tacttaaaatgtttattactatatataagaagttgct |
288 |
Q |
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| T |
25556015 |
ttattataaggtctgagatattcttagcatatggttattgactctcaagttcatgtaggattgtacttaaaatgtttattactacatataagaagttgct |
25556114 |
T |
|
| Q |
289 |
ttctgttacaagcaggttttgttttttgcttattcaaatactcaa-gtcgtataactatccgagtgattaactcttttttgcttgatgtggtcgattaac |
387 |
Q |
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|
| T |
25556115 |
ttctgttacaagcaggttttgttt-------attcaaatactcaatgtcgtataactatcagagtgattaactcgtttttgcttgatgtggtcgattaac |
25556207 |
T |
|
| Q |
388 |
taccaccaatactgatcatattgatacttattttcattttctcttctgctttcgagggacatatggtgatcatcccggggatttcaaacctgatcggtac |
487 |
Q |
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| T |
25556208 |
taccaccaatactgatcatattgggacttgttttcattttctcttctgctttcgagggacatatggtgatcatcccggggatttcaaacctgatcggtac |
25556307 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 18 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 19576469 - 19576033
Alignment:
| Q |
18 |
ttaagatgcttcagtcgcccttgtttacgcaacagctaccataaaatataggataaaagatcatactgtttgatggctttaatgaaaactaatttaaaga |
117 |
Q |
| |
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|
| T |
19576469 |
ttaagatgcttcagttgcctttgtttatgcaatagctaccataaaatatagggtaaaagatcatactgtttgatg-ctttcatgaaaactaatttaaaga |
19576371 |
T |
|
| Q |
118 |
ttttcctatccctcccatcacatgattttggagcacggttgttatatgcgtcgaatggataatccttttatattattataaggtctgagatattcttagc |
217 |
Q |
| |
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|
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| T |
19576370 |
tttgtctatccctcccatcacatgattttggagcacagttgttatatgcgtcgaatggataatcc-tttatatttttataaggtctgagatattcttagc |
19576272 |
T |
|
| Q |
218 |
atatggttattgactctcaagttcatgtagta-catacttaaa-atgtttattactatatataagaagttgctttctgttacaagcaggttttgtttttt |
315 |
Q |
| |
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| T |
19576271 |
atatggttattgactctcaagttcatgtagtattgtgcttaaagatgtttattactatatataagaagttgcttcctgttacaa-caagttttgtttttt |
19576173 |
T |
|
| Q |
316 |
gcttattcaaatactcaagtcgtataactatccgagtgattaactcttttttgcttgatgtggtcgattaactaccaccaatactgatcatattgatact |
415 |
Q |
| |
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| T |
19576172 |
gtttattcaaatactcaagtcgtataactatctgaatgattaactcttttttgcttgatgtggtcgattgactaccaccaatactgatcatattggtacc |
19576073 |
T |
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| Q |
416 |
tattttcattttctcttctgctttcgagggacatatggtg |
455 |
Q |
| |
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| T |
19576072 |
ttgtttcattttctcttcttcttttgagggacatatggtg |
19576033 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 180; Significance: 6e-97; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 106 - 386
Target Start/End: Original strand, 26383272 - 26383562
Alignment:
| Q |
106 |
ctaatttaaagattttcctatccctc---ccatcacatgattttggagcacggttgttatatgcgtcgaatggataatccttttatattattataaggtc |
202 |
Q |
| |
|
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|
| T |
26383272 |
ctaatttaaagatttgtctatccctcctcccatcacatgattttggagcacggttgttatatgcgtcgaatggataatccttttatattattatacggtc |
26383371 |
T |
|
| Q |
203 |
tgagatattcttagcatatggttattgactctcaagttcatgtagta-catacttaaaatgtttattac-------tatatataagaagttgctttctgt |
294 |
Q |
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|
| T |
26383372 |
tgagatattcttagcatatggttattgagtctcaagttcatgtagtattgcacttgaaatgtttattactactatttatatataagaagttgcttcctgt |
26383471 |
T |
|
| Q |
295 |
tacaagcaggttttgttttttgcttattcaaatactcaagtcgtataactatccgagtgattaactcttttttgcttgatgtggtcgattaa |
386 |
Q |
| |
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| T |
26383472 |
tac-agcaagttttgttttttgtttattcaaatactcaagttgtataactatccaagtcattaactcttttttgcttgatgtggtcgattaa |
26383562 |
T |
|
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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