View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1711_low_14 (Length: 490)

Name: NF1711_low_14
Description: NF1711
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1711_low_14
NF1711_low_14
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (19-333)||(13244450-13244764)
chr1 (19-340)||(12963797-12964118)
chr1 (27-339)||(13080788-13081100)
chr1 (23-333)||(13271539-13271849)
chr1 (28-341)||(19279089-19279402)
chr1 (27-334)||(13094356-13094663)
chr1 (27-334)||(13129785-13130092)
chr1 (19-336)||(13086056-13086373)
chr1 (27-255)||(30368115-30368343)
chr1 (27-334)||(13204416-13204723)
chr1 (27-334)||(13070104-13070411)
chr1 (24-334)||(13007154-13007464)
chr1 (24-334)||(13100955-13101264)
chr1 (338-482)||(13244107-13244251)
chr1 (30-336)||(13065139-13065445)
chr1 (27-334)||(13161478-13161785)
chr1 (338-407)||(12963575-12963644)
chr1 (345-412)||(19278827-19278894)
chr1 (119-180)||(13895938-13895999)
chr1 (403-482)||(19278730-19278809)
chr1 (119-180)||(13888705-13888766)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (74-191)||(341825-341942)
chr6 (74-191)||(377541-377658)
chr6 (75-160)||(346845-346930)
chr6 (75-160)||(355504-355589)
chr6 (96-191)||(337787-337882)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (60-162)||(12164263-12164365)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (132-180)||(36668187-36668235)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (132-172)||(29669296-29669336)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 19 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 13244764 - 13244450
Alignment:
Q  19 gaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatat 118  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||| | |||||    
T  13244764 gaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctagctgatat 13244665  T
Q  119 ccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaaca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13244664 ccatctttcaggcttaaattccaagcaatcatctccccatatttgttgcatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaaca 13244565  T
Q  219 tggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggt 318  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13244564 tgttctccactaggtagtatatcagatttgatagcgcacttgtgctgaaatgccagaggaggatatagcctcaaggtttcacatatggctccatgaaggt 13244465  T
Q  319 aaacaagcttatcaa 333  Q
    |||||||||||||||    
T  13244464 aaacaagcttatcaa 13244450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 19 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 12964118 - 12963797
Alignment:
Q  19 gaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||| |||  ||||||||   |||||    
T  12964118 gaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaacttataagatggcacttgtataatttctcctctatttgatat 12964019  T
Q  119 ccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaaca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12964018 ccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggactaaca 12963919  T
Q  219 tggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggt 318  Q
    |||| ||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||| | |||||  | ||||||| | |||||||| | |||||| || ||||||||||| |    
T  12963918 tggtctccactaggtaatatatctgatttaattgcacacttgtgttcaaatggtataggaggataaagccttaaagcttcacaaatagctccatgaagat 12963819  T
Q  319 aaacaagcttatcaagctcttt 340  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  12963818 aaacaagcttatcaagcccttt 12963797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 27 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 13081100 - 13080788
Alignment:
Q  27 ctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatcttt 126  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||| |||   ||||||| | ||||||||||| |    
T  13081100 ctaatatctttcccaagacagcttcttggacctgcattaaacgctatgaacttataagacggcacttgtataatttgtcctctatctgatatccatctct 13081001  T
Q  127 caggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtcc 226  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  13081000 caggcttaaactccaagcaatcctctccccatatttgctccatccttcccattgcatacaaagaatatattaactttgtatttggactaacatggtctcc 13080901  T
Q  227 actaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagc 326  Q
    |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13080900 actaggaagtttatccgatttgatagcacacttgtgctgaaatgctacagaaggatatagccttaaggcttcacatatggctccatgaaggtaaactagc 13080801  T
Q  327 ttatcaagctctt 339  Q
    |||||||||||||    
T  13080800 ttatcaagctctt 13080788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 23 - 333
Target Start/End: Original strand, 13271539 - 13271849
Alignment:
Q  23 aaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccat 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||   |||| || | |||||||||    
T  13271539 aaagctaatatctttcccaagacagcttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagatggtacatgtataatttgtcctttatctgatatccat 13271638  T
Q  123 ctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggt 222  Q
    || ||||||||||| |||||||||||  | |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  13271639 ctctcaggcttaaactccaagcaatcaccaccccatacatgttccattcttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttggaccaacatggt 13271738  T
Q  223 gtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaac 322  Q
    |||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||| | |||||  | ||||||| | || || |||||||||||||| ||| ||||||||||||     
T  13271739 gtccactaggtagtatatcagaattaactgcacacttgtgatcaaatggtataggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctgcatgaaggtaaat 13271838  T
Q  323 aagcttatcaa 333  Q
     ||||||||||    
T  13271839 cagcttatcaa 13271849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 28 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 19279402 - 19279089
Alignment:
Q  28 taatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttc 127  Q
    |||||||||| || | ||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || || ||||||| |||   ||||||| ||||||||||||| ||    
T  19279402 taatatcttttccgagacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctatccgatatccatctctc 19279303  T
Q  128 aggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtcca 227  Q
    ||||  |||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||    
T  19279302 aggccgaaattctaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttagactaacatggtctcca 19279203  T
Q  228 ctaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagct 327  Q
    |||||||||||||| || || |  ||||||||||| | |||||  | ||| ||| | |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  19279202 ctaggtagtatatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcacatatagctccatgaagataaactagct 19279103  T
Q  328 tatcaagctctttc 341  Q
    ||||||||||||||    
T  19279102 tatcaagctctttc 19279089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 27 - 334
Target Start/End: Original strand, 13094356 - 13094663
Alignment:
Q  27 ctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatcttt 126  Q
    ||||||||||| || |||||| |||| || ||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||  |||| ||  | ||||||||||| |    
T  13094356 ctaatatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctct 13094455  T
Q  127 caggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtcc 226  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || || ||  |||||||||||  |||||||| |||    
T  13094456 caggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagaatacaaagagtaaattaaagttgtatttggagtaacatggtatcc 13094555  T
Q  227 actaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagc 326  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  | |||| ||| |  | ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||    
T  13094556 actaggtagtatatcagatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagc 13094655  T
Q  327 ttatcaag 334  Q
    ||||||||    
T  13094656 ttatcaag 13094663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 27 - 334
Target Start/End: Original strand, 13129785 - 13130092
Alignment:
Q  27 ctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatcttt 126  Q
    |||| |||||| || |||||| |||| || ||||  |||||||||| |||||||||||| || ||||||| |||  |||| ||  | ||||||||||| |    
T  13129785 ctaagatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagctacgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctct 13129884  T
Q  127 caggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtcc 226  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||  |||||||||||| |||||||| |||    
T  13129885 caggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagaatacaaagagtaaatcaaagttgtatttggactaacatggtatcc 13129984  T
Q  227 actaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagc 326  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||  | |||| ||| |  | ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||    
T  13129985 actaggtagtatatcagatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagc 13130084  T
Q  327 ttatcaag 334  Q
    ||||||||    
T  13130085 ttatcaag 13130092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 336
Target Start/End: Original strand, 13086056 - 13086373
Alignment:
Q  19 gaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatat 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||||||| |||| || ||||| | |||   |||| || | |||||    
T  13086056 gaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattaaatgctatgaacttgcaagatggtacatgcaaaatatgtcctttatctgatat 13086155  T
Q  119 ccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaaca 218  Q
    |||||| || ||||||||||| |||| ||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||   ||||    
T  13086156 ccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcatacaaagagtatattaacttagtatttggtttaaca 13086255  T
Q  219 tggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggt 318  Q
    |  | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  | ||||||| | ||||| || | ||||||||| |||||||||||||    
T  13086256 taatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggt 13086355  T
Q  319 aaacaagcttatcaagct 336  Q
    | || || |||| |||||    
T  13086356 acactagtttattaagct 13086373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 27 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 30368343 - 30368115
Alignment:
Q  27 ctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatcttt 126  Q
    |||| |||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  ||||||  | |||| |||||| |    
T  30368343 ctaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgatacccatctct 30368244  T
Q  127 caggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtcc 226  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||| |||||  | |||    
T  30368243 caggcttaaattccatgcaatcttctccccatattttttccatccttcccatagcatacaaagagtaaattaacttggtatttggactaacattctctcc 30368144  T
Q  227 actaggtagtatatcagatttgatagcac 255  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30368143 actaggtagtatatcagatttgattgcac 30368115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 27 - 334
Target Start/End: Original strand, 13204416 - 13204723
Alignment:
Q  27 ctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatcttt 126  Q
    |||| |||||| || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  |||| |  | |||| |||||| |    
T  13204416 ctaagatctttacccaaacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctct 13204515  T
Q  127 caggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtcc 226  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |  ||| |||||||||||| |||| | | |||    
T  13204516 caggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctcc 13204615  T
Q  227 actaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagc 326  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||  | |||| ||| |  | ||||||| | || || |||| ||||||||| |||||||||||||| || |||    
T  13204616 actaggtagtatatcggatttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggcttcacatatagctccatgaaggtacactagc 13204715  T
Q  327 ttatcaag 334  Q
    ||||||||    
T  13204716 ttatcaag 13204723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 27 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 13070411 - 13070104
Alignment:
Q  27 ctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatcttt 126  Q
    |||| |||||| || | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  |||| |  | |||| |||||| |    
T  13070411 ctaagatctttacccaaacaacttctcggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggaacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctct 13070312  T
Q  127 caggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtcc 226  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |  ||| |||||||||||| |||| | | |||    
T  13070311 caggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctcc 13070212  T
Q  227 actaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagc 326  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||  | |||| ||| |  | ||||||| | || || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||     
T  13070211 actaggtagtatatcggatttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctccatgaaggtacactaga 13070112  T
Q  327 ttatcaag 334  Q
    ||||||||    
T  13070111 ttatcaag 13070104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 24 - 334
Target Start/End: Original strand, 13007154 - 13007464
Alignment:
Q  24 aagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatc 123  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  ||||||  | || | |||||    
T  13007154 aagctaatatccttgcccatacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatc 13007253  T
Q  124 tttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtg 223  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |  ||| |||||||||||| |||| | |     
T  13007254 tctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctc 13007353  T
Q  224 tccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaaca 323  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||||  | |||| ||| |  | ||||||| | ||||| | || ||||||||  |||||||| ||||| ||     
T  13007354 tccactaggtagtatatcggaattgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcatggcttcacatagagctccatggaggtacact 13007453  T
Q  324 agcttatcaag 334  Q
    |||||||||||    
T  13007454 agcttatcaag 13007464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 334
Target Start/End: Original strand, 13100955 - 13101264
Alignment:
Q  24 aagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatc 123  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  ||||||  | || | |||||    
T  13100955 aagctaatatccttacccatacaacttctaggtcctg-attgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatc 13101053  T
Q  124 tttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtg 223  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |  ||| |||||||||||| || | | |     
T  13101054 tctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaaaacgctc 13101153  T
Q  224 tccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaaca 323  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| | |||  | |||| ||| |  | ||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||     
T  13101154 tccactaggaagtatatcggatttgattgaacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatggaggtacact 13101253  T
Q  324 agcttatcaag 334  Q
    |||||||||||    
T  13101254 agcttatcaag 13101264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 338 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 13244251 - 13244107
Alignment:
Q  338 tttccctctttcccaatccttctttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatctacatcttcatttcctttgtactcagttatacatttgtc 437  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  13244251 tttccccctttcccaatctttccttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatctacatcttcatttcctttgtaatcagttatacatttctc 13244152  T
Q  438 caagaagtggtgaagattttcttttgctgccttgcccttcatctc 482  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||    
T  13244151 caagaattggtgaagattttctctagctgccttgcccttcttctc 13244107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 30 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 13065445 - 13065139
Alignment:
Q  30 atatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcag 129  Q
    |||||||| || | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||   ||| ||    ||||||||||| ||||    
T  13065445 atatctttacccaaacaacttcttggccctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatgtataatttgtccgctttttgatatccatctctcag 13065346  T
Q  130 gcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccact 229  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| | ||||  | | ||||||||||||  ||||||  ||||||    
T  13065345 gcttaaattccatgcagtcttctccccatattttctccatccttcccattgaatacaaatagtataatatccttgtatttggacttacatggactccact 13065246  T
Q  230 aggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagctta 329  Q
    ||| |||||||||| |||||| ||| |||| ||||  |  |  | ||||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||  || |||    
T  13065245 aggaagtatatcagctttgattgcaaacttttgctcgataggtacaggaggataaagccttaaggcttcacatatagctccgtggaggtaaattagttta 13065146  T
Q  330 tcaagct 336  Q
    |||||||    
T  13065145 tcaagct 13065139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 27 - 334
Target Start/End: Original strand, 13161478 - 13161785
Alignment:
Q  27 ctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatcttt 126  Q
    |||| |||||| || |||||| |||| || ||||  ||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||  |||| ||  | ||||||||||| |    
T  13161478 ctaagatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagatatgaacttgtaagaaggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctct 13161577  T
Q  127 caggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtcc 226  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||| | ||||| ||| || || ||  |||||||||||| || | | | |||    
T  13161578 caggcttaaattccatgcagtcttccccccatagttgttccatcctgcccatagaatacatagagtacattaaacttgtatttggactaatacgttctcc 13161677  T
Q  227 actaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagc 326  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||  | |||| ||| |  | ||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||    
T  13161678 actaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtataggtggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagc 13161777  T
Q  327 ttatcaag 334  Q
    ||||||||    
T  13161778 ttatcaag 13161785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 338 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 12963644 - 12963575
Alignment:
Q  338 tttccctctttcccaatccttctttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatctacatcttc 407  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| || |||||    
T  12963644 tttccccctttcccaatccttccttcattagatcttttagcaggcaagaatgagattcatccacgtcttc 12963575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 345 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 19278894 - 19278827
Alignment:
Q  345 ctttcccaatccttctttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatctacatcttcatttc 412  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  | ||||||||||    
T  19278894 ctttcccaatctttccttcattagttcttttaccaggcaataatgagattcatccgcgtcttcatttc 19278827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 119 - 180
Target Start/End: Original strand, 13895938 - 13895999
Alignment:
Q  119 ccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattg 180  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  13895938 ccatctttctggcttgaactccaagcaatcttttccccatatgttttccattcttcccattg 13895999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 403 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 19278809 - 19278730
Alignment:
Q  403 tcttcatttcctttgtactcagttatacatttgtccaagaagtggtgaagattttcttttgctgccttgcccttcatctc 482  Q
    |||||||  |||||||| | || ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||    
T  19278809 tcttcatcacctttgtaataagatatacatttgttcaagaattcgtgaagattttctttagctaccgtgcccttcttctc 19278730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 13888766 - 13888705
Alignment:
Q  119 ccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattg 180  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||   |||||| ||||||||||    
T  13888766 ccatctttctggcttgaactccaagcaatcttttccccatatgctttccattcttcccattg 13888705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 74 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 341942 - 341825
Alignment:
Q  74 gaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatcctt 173  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||||||  | || ||||| || || |||||||| ||||||||||||| |||||| || | |||   ||||    
T  341942 gaacttgtaagacggcgcataaacaatgcctcctctctcagaaatccacctctctggcttaaactccaagcaatcttttccccaaatattttcatccctt 341843  T
Q  174 cccattgcatacaaagaa 191  Q
    ||||||||||||||||||    
T  341842 cccattgcatacaaagaa 341825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 74 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 377658 - 377541
Alignment:
Q  74 gaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatcctt 173  Q
    |||||| ||||||||  |||| |||||||  |||||  | ||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||| |  ||     
T  377658 gaacttataagacggttcatgaacaatgctacctctctcagatatccatctctctggcttgaactccaagcaatcttctccccatatctcttcaaatctc 377559  T
Q  174 cccattgcatacaaagaa 191  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  377558 cccattgaatacaaagaa 377541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 160
Target Start/End: Original strand, 346845 - 346930
Alignment:
Q  75 aacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatat 160  Q
    ||||||||||| ||   ||| ||||||||||||||  | ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||| |||||||||    
T  346845 aacttgtaagatggtgtatgaacaatgcctcctctctcagatatccatctctctggcttgaactccaaacaatcttttccccatat 346930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 160
Target Start/End: Original strand, 355504 - 355589
Alignment:
Q  75 aacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatat 160  Q
    ||||||||||| ||   ||| ||||||||||||||  | ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||| |||||||||    
T  355504 aacttgtaagatggtgtatgaacaatgcctcctctctcagatatccatctctctggcttgaactccaaacaatcttttccccatat 355589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 96 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 337882 - 337787
Alignment:
Q  96 acaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccat-ccttcccattgcatacaaagaa 191  Q
    ||||||||||||||  | || ||||| || || ||||| || |||||||||||||||||||| || | || ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  337882 acaatgcctcctctctcagaaatccacctctctggcttgaactccaagcaatcttctccccaaatat-ttgcatcccttcccattgaatacaaagaa 337787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 162
Target Start/End: Original strand, 12164263 - 12164365
Alignment:
Q  60 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 159  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||  || || |||||| |    || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12164263 gcattaaaagcaatgaacttgtaagaaggaacataaactatccctcctttttgagaaatccacctctctggcttaaattccaagcaatcttctccccata 12164362  T
Q  160 ttt 162  Q
    |||    
T  12164363 ttt 12164365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 180
Target Start/End: Original strand, 36668187 - 36668235
Alignment:
Q  132 ttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattg 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||||    
T  36668187 ttaaattccaagcaatcttctccccatatttcctccacccttccaattg 36668235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 29669336 - 29669296
Alignment:
Q  132 ttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatcct 172  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  29669336 ttaaattccaagcaatcttccccccatattttctccatcct 29669296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 10459 times since January 2019
Visitors: 7978