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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1735-Insertion-3 (Length: 226)
Name: NF1735-Insertion-3
Description: NF1735
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1735-Insertion-3 |
 | |
|
| [»] scaffold0129 (1 HSPs) |
| |
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| [»] chr8 (8 HSPs) |
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| [»] chr7 (8 HSPs) |
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| [»] chr5 (6 HSPs) |
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| [»] chr4 (11 HSPs) |
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|
| [»] chr3 (6 HSPs) |
| |
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| [»] chr1 (6 HSPs) |
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| [»] chr2 (7 HSPs) |
| |
|
| [»] chr6 (3 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: scaffold0129 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0129
Description:
Target: scaffold0129; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 38153 - 37935
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
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| T |
38153 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
38054 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
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|
|
| T |
38053 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttct |
37954 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
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| T |
37953 |
atgaattattaatttatga |
37935 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 9312645 - 9312427
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
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| T |
9312645 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
9312546 |
T |
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| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
9312545 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatattttttttttcagtttct |
9312446 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
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| T |
9312445 |
atgaattattaatttatga |
9312427 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 35217548 - 35217766
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35217548 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
35217647 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
35217648 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttct |
35217747 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35217748 |
atgaattattaatttatga |
35217766 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 8 - 189
Target Start/End: Original strand, 42990084 - 42990265
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42990084 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
42990183 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
189 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42990184 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
42990265 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 8 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 23716323 - 23716142
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
23716323 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
23716224 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
189 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23716223 |
aagttagagatgagctccaaacaaacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
23716142 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 8 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 32741302 - 32741121
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32741302 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
32741203 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
189 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32741202 |
aagttagagatgagctctaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
32741121 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 8 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 44501579 - 44501398
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44501579 |
cctgttacgcgaaaggaagcatttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
44501480 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
189 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44501479 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
44501398 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 16727275 - 16727058
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
16727275 |
cctgttacgcgaaagaaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctatttgatgcaataagaa |
16727176 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
16727175 |
aagttaaagatgagctccaaacagacttgaactttaaa-gaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttct |
16727077 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16727076 |
atgaattattaatttatga |
16727058 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 38224304 - 38224514
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38224304 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
38224403 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
38224404 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactt--------aacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttct |
38224495 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38224496 |
atgaattattaatttatga |
38224514 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 3523804 - 3524022
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3523804 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
3523903 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
3523904 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttct |
3524003 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3524004 |
atgaattattaatttatga |
3524022 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 10268291 - 10268073
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10268291 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
10268192 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
10268191 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatattttttttttcagtttct |
10268092 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10268091 |
atgaattattaatttatga |
10268073 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 32592226 - 32592444
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32592226 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
32592325 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
32592326 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatattttttttttcagtttct |
32592425 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32592426 |
atgaattattaatttatga |
32592444 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 25519591 - 25519809
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25519591 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
25519690 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
25519691 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattaaatcatatttcaacaaagtgtaatattttttttttcagtttct |
25519790 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25519791 |
atgaattattaatttatga |
25519809 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 8 - 189
Target Start/End: Original strand, 336660 - 336840
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
336660 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaa-acctcaactattggatgcaataagaa |
336758 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
189 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
336759 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
336840 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 11806093 - 11806309
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11806093 |
cctgttacacgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaatacctgagctattggatgcaataagaa |
11806192 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
11806193 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacagacaactattgaatcatatttca--atagtgtaatataatttttttcagtttct |
11806290 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11806291 |
atgaattattaatttatga |
11806309 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 102 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 43311401 - 43311277
Alignment:
| Q |
102 |
taagaaaagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnnca |
201 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
43311401 |
taagaaaagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttca |
43311302 |
T |
|
| Q |
202 |
gtttctatgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43311301 |
gtttctatgaattattaatttatga |
43311277 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 98 - 177
Target Start/End: Original strand, 4122131 - 4122210
Alignment:
| Q |
98 |
gcaataagaaaagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaa |
177 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4122131 |
gcaataagaaaagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacagacaactattgaatcatatttcaa |
4122210 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 3616421 - 3616639
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
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|
|
| T |
3616421 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
3616520 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
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|
| T |
3616521 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttct |
3616620 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3616621 |
atgaattattaatttatga |
3616639 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 43489205 - 43489423
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
43489205 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacaccttagctattggatgcaataagaa |
43489304 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
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|
|
| T |
43489305 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttct |
43489404 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43489405 |
atgaattattaatttatga |
43489423 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 2027581 - 2027799
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2027581 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
2027680 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
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|
| T |
2027681 |
aagttagagatgagctccaaatagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactactgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttct |
2027780 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
2027781 |
atgaattattaatttatga |
2027799 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 10 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 37037857 - 37037678
Alignment:
| Q |
10 |
tgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaaaa |
109 |
Q |
| |
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|
| T |
37037857 |
tgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaaaa |
37037758 |
T |
|
| Q |
110 |
gttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
189 |
Q |
| |
|
|||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37037757 |
gttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaagaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
37037678 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 8 - 189
Target Start/End: Original strand, 23416798 - 23416979
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
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|
| T |
23416798 |
cctgttacgcgaaagaaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagca |
23416897 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
189 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
23416898 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
23416979 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 8 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 37827658 - 37827485
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
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|
| T |
37827658 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
37827559 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaa |
181 |
Q |
| |
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|
|
| T |
37827558 |
aagttagagatgagctccaaatagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaa |
37827485 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 1084676 - 1084458
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
1084676 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
1084577 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
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|
| T |
1084576 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttct |
1084477 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1084476 |
atgaattattaatttatga |
1084458 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 21398371 - 21398589
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21398371 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
21398470 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
21398471 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttct |
21398570 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21398571 |
atgaattattaatttatga |
21398589 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 17195016 - 17194798
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17195016 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
17194917 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
17194916 |
aagttagagatgagctccaaacatacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatatattttttcagtttct |
17194817 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17194816 |
atgaattattaatttatga |
17194798 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 49545755 - 49545537
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49545755 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
49545656 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
49545655 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattggatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttct |
49545556 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49545555 |
atgaattattaatttatga |
49545537 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 8 - 189
Target Start/End: Original strand, 45108031 - 45108212
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45108031 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
45108130 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
189 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45108131 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
45108212 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 10489499 - 10489717
Alignment:
| Q |
8 |
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107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10489499 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaagactcttcaaaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
10489598 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
10489599 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttct |
10489698 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10489699 |
atgaattattaatttatga |
10489717 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 5926981 - 5927198
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107 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
5926981 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
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T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
5927081 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaattttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata-tttttttttcagtttct |
5927179 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5927180 |
atgaattattaatttatga |
5927198 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 8 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 27182140 - 27181959
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8 |
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107 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
27182140 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
27182041 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
189 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27182040 |
aagttagagatgagcttcaaacaaacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
27181959 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 14678212 - 14678430
Alignment:
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8 |
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Q |
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| T |
14678212 |
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14678311 |
T |
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14678411 |
T |
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226 |
Q |
| |
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|
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| T |
14678412 |
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14678430 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 12 - 226
Target Start/End: Original strand, 54072377 - 54072591
Alignment:
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111 |
Q |
| |
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|
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| T |
54072377 |
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54072476 |
T |
|
| Q |
112 |
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211 |
Q |
| |
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| T |
54072477 |
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54072576 |
T |
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226 |
Q |
| |
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|
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| T |
54072577 |
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54072591 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 177
Target Start/End: Original strand, 15056086 - 15056252
Alignment:
| Q |
9 |
ctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaaa |
108 |
Q |
| |
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||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15056086 |
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15056183 |
T |
|
| Q |
109 |
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177 |
Q |
| |
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||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
15056184 |
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15056252 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 34946660 - 34946878
Alignment:
| Q |
8 |
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107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
34946660 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
34946759 |
T |
|
| Q |
108 |
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207 |
Q |
| |
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| T |
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34946859 |
T |
|
| Q |
208 |
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226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
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| T |
34946860 |
atgaattattaatttatga |
34946878 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 44552384 - 44552166
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
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|
|
| T |
44552384 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
44552285 |
T |
|
| Q |
108 |
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207 |
Q |
| |
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|
| T |
44552284 |
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44552185 |
T |
|
| Q |
208 |
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226 |
Q |
| |
|
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| T |
44552184 |
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44552166 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 38517246 - 38517028
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| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38517246 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacaccttagctattggatgcaataagaa |
38517147 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
38517146 |
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38517047 |
T |
|
| Q |
208 |
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226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
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| T |
38517046 |
atgaattattaatttatga |
38517028 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 70 - 226
Target Start/End: Original strand, 3863610 - 3863766
Alignment:
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70 |
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169 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
3863610 |
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3863709 |
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| Q |
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226 |
Q |
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| T |
3863710 |
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3863766 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 125 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 27644505 - 27644404
Alignment:
| Q |
125 |
caaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttctatgaattattaatttat |
224 |
Q |
| |
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| T |
27644505 |
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27644406 |
T |
|
| Q |
225 |
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226 |
Q |
| |
|
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|
| T |
27644405 |
ga |
27644404 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 141 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 28392838 - 28392790
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| Q |
141 |
ttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
189 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |
|
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| T |
28392838 |
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28392790 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 16640908 - 16640690
Alignment:
| Q |
8 |
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107 |
Q |
| |
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| T |
16640908 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
16640809 |
T |
|
| Q |
108 |
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207 |
Q |
| |
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| T |
16640808 |
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16640709 |
T |
|
| Q |
208 |
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226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
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| T |
16640708 |
atgaattattaatttatga |
16640690 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 41775045 - 41775263
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41775045 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
41775144 |
T |
|
| Q |
108 |
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207 |
Q |
| |
|
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|
| T |
41775145 |
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41775244 |
T |
|
| Q |
208 |
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226 |
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| |
|
||||||||||||||||||| |
|
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| T |
41775245 |
atgaattattaatttatga |
41775263 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 29650688 - 29650906
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| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
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|
| T |
29650688 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
29650787 |
T |
|
| Q |
108 |
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207 |
Q |
| |
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|||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
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|
| T |
29650788 |
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29650887 |
T |
|
| Q |
208 |
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226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
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|
| T |
29650888 |
atgaattattaatttatga |
29650906 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 8 - 189
Target Start/End: Original strand, 8363545 - 8363726
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
8363545 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
8363644 |
T |
|
| Q |
108 |
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189 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8363645 |
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8363726 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 22146798 - 22146580
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22146798 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatatgacacctcagctattggatgcaataagaa |
22146699 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
22146698 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtataatatatttttttttagtttct |
22146599 |
T |
|
| Q |
208 |
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226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22146598 |
atgaattattaatttatga |
22146580 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 62 - 226
Target Start/End: Original strand, 7391002 - 7391166
Alignment:
| Q |
62 |
atacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaaaagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaacta |
161 |
Q |
| |
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| T |
7391002 |
atacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaaaagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaacta |
7391101 |
T |
|
| Q |
162 |
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226 |
Q |
| |
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|
| T |
7391102 |
ttgaatcatatttcaacaaagtgtaatattttttttttcagtttctatgaattattaatttatga |
7391166 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 177; Significance: 1e-95; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 2273717 - 2273935
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8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
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| T |
2273717 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
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T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
| |
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|
| T |
2273817 |
aagttagagatgagctccaaactgacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttct |
2273916 |
T |
|
| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
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| T |
2273917 |
atgaattattaatttatga |
2273935 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 8 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 7355600 - 7355419
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
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| T |
7355600 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
7355501 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
189 |
Q |
| |
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| T |
7355500 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaata |
7355419 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 12534093 - 12534311
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
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| T |
12534093 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
12534192 |
T |
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| Q |
108 |
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207 |
Q |
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| T |
12534193 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcatcaaagtgtaatatattttttttaagtttct |
12534292 |
T |
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| Q |
208 |
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226 |
Q |
| |
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| T |
12534293 |
atgaattattaatttatga |
12534311 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 3536031 - 3536250
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
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| T |
3536031 |
cctgttacgcgaaaggaaacacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
3536130 |
T |
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| Q |
108 |
aagttaaaga-tgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttc |
206 |
Q |
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| T |
3536131 |
aagttagagattgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttc |
3536230 |
T |
|
| Q |
207 |
tatgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
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| T |
3536231 |
tatgaattattaatttatga |
3536250 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 8 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 43380248 - 43380080
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
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| T |
43380248 |
cctgttacacgaaaggaaacacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctgagctattggatgcaataagaa |
43380149 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttca |
176 |
Q |
| |
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|
| T |
43380148 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacagacaactattgaatcatatttca |
43380080 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 136 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 30112145 - 30112055
Alignment:
| Q |
136 |
gaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttctatgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
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| T |
30112145 |
gaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttctatgaattattaatttatga |
30112055 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 136 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 30123432 - 30123342
Alignment:
| Q |
136 |
gaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttctatgaattattaatttatga |
226 |
Q |
| |
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| T |
30123432 |
gaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttctatgaattattaatttatga |
30123342 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 30703189 - 30702971
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
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| T |
30703189 |
cctgttacgcgaaaggaagcatttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
30703090 |
T |
|
| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
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| T |
30703089 |
aagttagagatgagctctaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttct |
30702990 |
T |
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| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
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| T |
30702989 |
atgaattattaatttatga |
30702971 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Original strand, 14220105 - 14220323
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
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| T |
14220105 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaaaactcttcaaaactttataatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
14220204 |
T |
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| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
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| T |
14220205 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatatattttttttcagtttct |
14220304 |
T |
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| Q |
208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
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| T |
14220305 |
atgaattattaatttatga |
14220323 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 8 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 5309423 - 5309207
Alignment:
| Q |
8 |
cctgttacgcgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatacaatacaaaaatacaacacctcagctattggatgcaataagaa |
107 |
Q |
| |
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| T |
5309423 |
cctgttacacgaaaggaagcacttatggcgtcgaacactcttcacaactttatgatataatacaaaaatacaacacctgagctattggatgcaataagaa |
5309324 |
T |
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| Q |
108 |
aagttaaagatgaactccaaacagacttgaactttaaaggaaaacaaacaactattgaatcatatttcaacaaagtgtaatannnnnnnnnncagtttct |
207 |
Q |
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| T |
5309323 |
aagttagagatgagctccaaacagacttgaactttaaaggaaaacagacaactattgaatcatatttca--atagtgtaatataatttttttcagtttct |
5309226 |
T |
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208 |
atgaattattaatttatga |
226 |
Q |
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5309225 |
atgaattattaatttatga |
5309207 |
T |
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