View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1735_high_2 (Length: 445)
Name: NF1735_high_2
Description: NF1735
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1735_high_2 |
 | |
|
| [»] scaffold0129 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0122 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0129 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 1)
Name: scaffold0129
Description:
Target: scaffold0129; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 38468 - 38148
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38468 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
38369 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38368 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
38269 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38268 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
38169 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38168 |
acggtgtctttggagcctgtt |
38148 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 32741617 - 32741297
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32741617 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
32741518 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32741517 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
32741418 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32741417 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
32741318 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32741317 |
acggtgtctttggagcctgtt |
32741297 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 35217233 - 35217553
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35217233 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
35217332 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35217333 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
35217432 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35217433 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
35217532 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35217533 |
acggtgtctttggagcctgtt |
35217553 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 42989769 - 42990089
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42989769 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcattcagctagtgacgttgtaggaa |
42989868 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42989869 |
atttggatgaatacacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
42989968 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42989969 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
42990068 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42990069 |
acggtgtctttggagcctgtt |
42990089 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 9312960 - 9312640
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9312960 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagtgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
9312861 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9312860 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
9312761 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9312760 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcatactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
9312661 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9312660 |
acagtgtctttggagcctgtt |
9312640 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 23716638 - 23716318
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23716638 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactataaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
23716539 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
23716538 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgaaaatctaatgaa |
23716439 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23716438 |
ctacctaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
23716339 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23716338 |
acggtgtctttggagcctgtt |
23716318 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 38223989 - 38224309
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38223989 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagtgaattgctttcgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
38224088 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38224089 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
38224188 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
38224189 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacaaagatgat |
38224288 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38224289 |
acggtgtctttggagcctgtt |
38224309 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 125 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 16727573 - 16727270
Alignment:
| Q |
125 |
ttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaaatttggatgaatccact |
224 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16727573 |
ttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcattcagctagtgacgttgtaggaaatttggatgaatccact |
16727474 |
T |
|
| Q |
225 |
tttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacccaagtgaaaatg |
324 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
16727473 |
tttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacccatgtgaaaatg |
16727374 |
T |
|
| Q |
325 |
aagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcc |
424 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16727373 |
aagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcatactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcc |
16727274 |
T |
|
| Q |
425 |
tgtt |
428 |
Q |
| |
|
|||| |
|
|
| T |
16727273 |
tgtt |
16727270 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 241 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 44501761 - 44501574
Alignment:
| Q |
241 |
aagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggt |
340 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44501761 |
aagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacctaggtgaaaatgaagcatgttcggaggt |
44501662 |
T |
|
| Q |
341 |
tcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44501661 |
tcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcaaaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
44501574 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 3523489 - 3523809
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3523489 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
3523588 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3523589 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
3523688 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3523689 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
3523788 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3523789 |
acggtgtctttggagcctgtt |
3523809 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 10268606 - 10268286
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10268606 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
10268507 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10268506 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
10268407 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10268406 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
10268307 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10268306 |
acggtgtctttggagcctgtt |
10268286 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 25519276 - 25519596
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25519276 |
aatttggcaatcccagcttggacgatggatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
25519375 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25519376 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
25519475 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
25519476 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacaaagatgat |
25519575 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25519576 |
acggtgtctttggagcctgtt |
25519596 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 336345 - 336665
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
336345 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattacttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
336444 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
336445 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccaaactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
336544 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
336545 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
336644 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
336645 |
acagtgtctttggagcctgtt |
336665 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 164 - 428
Target Start/End: Original strand, 32591967 - 32592231
Alignment:
| Q |
164 |
cttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaaatttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaat |
263 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32591967 |
cttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaaatttggatgaattcacttttgatgaagaaactcaagacatccagactatgatcaat |
32592066 |
T |
|
| Q |
264 |
caatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgc |
363 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32592067 |
caatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgc |
32592166 |
T |
|
| Q |
364 |
gtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32592167 |
gtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
32592231 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 12 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 27308751 - 27308658
Alignment:
| Q |
12 |
atgaacagcaattacaggagatgtacagagcaaaaaacgagggcttatcacacggtctgcccgtcgcatagcataaagcagcaaaagaacatag |
105 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27308751 |
atgaacaacaattacaggaggtgtacagagcaaaaaacgaaggcttatcacacggtctgcccgtcgcatagcataaagcagcaaaagaacatag |
27308658 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 343 - 428
Target Start/End: Original strand, 11806013 - 11806098
Alignment:
| Q |
343 |
agagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11806013 |
agagtttagaagatattgtgaatactatcattgagaacaatgcagaggattacggcgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
11806098 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 1084991 - 1084671
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1084991 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
1084892 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1084891 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
1084792 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1084791 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
1084692 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1084691 |
acggtgtctttggagcctgtt |
1084671 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 45107716 - 45108036
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45107716 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
45107815 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45107816 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
45107915 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45107916 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
45108015 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45108016 |
acggtgtctttggagcctgtt |
45108036 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 5926666 - 5926986
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5926666 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
5926765 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5926766 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatgaatatcgacaatctaatgaa |
5926865 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
5926866 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacaacgaagatgat |
5926965 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5926966 |
acggtgtctttggagcctgtt |
5926986 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 27182456 - 27182135
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27182456 |
aatttggcaatcccaacttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
27182357 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27182356 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
27182257 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacg-acgaagatga |
406 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
27182256 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgtgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgaacgaagatga |
27182157 |
T |
|
| Q |
407 |
tacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27182156 |
tacggtgtctttggagcctgtt |
27182135 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 49546070 - 49545750
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
49546070 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgatgtaggaa |
49545971 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |
|
|
| T |
49545970 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgaaaatttaatgaa |
49545871 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49545870 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggtttagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
49545771 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49545770 |
acggtgtctttggagcctgtt |
49545750 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 135 - 428
Target Start/End: Original strand, 14677924 - 14678217
Alignment:
| Q |
135 |
gatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaaatttggatgaatccacttttgatgaag |
234 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14677924 |
gatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttaagctagtgacgttgtaggaaatttggatgaatccacttttgatgaag |
14678023 |
T |
|
| Q |
235 |
aaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacccaagtgaaaatgaagcatgttc |
334 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14678024 |
aaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacccaggtgaaaatgaagcatgttc |
14678123 |
T |
|
| Q |
335 |
ggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14678124 |
ggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacagtgtctttggagcctgtt |
14678217 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 108 - 368
Target Start/End: Original strand, 10486271 - 10486531
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
10486271 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagtgaatttcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgatgttgtaggaa |
10486370 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10486371 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
10486470 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtact |
368 |
Q |
| |
|
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10486471 |
ctacctaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtact |
10486531 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 233 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 17195206 - 17195011
Alignment:
| Q |
233 |
agaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacccaagtgaaaatgaagcatgt |
332 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17195206 |
agaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatatggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacccaggtgaaaatgaagcatgt |
17195107 |
T |
|
| Q |
333 |
tcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17195106 |
tcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
17195011 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 273 - 428
Target Start/End: Original strand, 21398221 - 21398376
Alignment:
| Q |
273 |
tatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatca |
372 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21398221 |
tatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatca |
21398320 |
T |
|
| Q |
373 |
ttgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21398321 |
ttgagaacaatgcagaggatgatgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
21398376 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 316 - 425
Target Start/End: Original strand, 54072266 - 54072375
Alignment:
| Q |
316 |
gtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtc |
415 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
54072266 |
gtgaaaatgaactatgttcagaggttcagagtttaaaagatattgtaggtactatcattgagaacaatgcagaggatgacagcgaagatgatacagtgtc |
54072365 |
T |
|
| Q |
416 |
tttggagcct |
425 |
Q |
| |
|
|||||||||| |
|
|
| T |
54072366 |
tttggagcct |
54072375 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 343 - 428
Target Start/End: Original strand, 15056005 - 15056090
Alignment:
| Q |
343 |
agagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
15056005 |
agagtttagaagatattgtgggtactatcattgacaacaatgcagaggatgacgacaaagatgatacggtgtctttggagtctgtt |
15056090 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 363 - 428
Target Start/End: Original strand, 10489439 - 10489504
Alignment:
| Q |
363 |
cgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10489439 |
cgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
10489504 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 44552699 - 44552379
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44552699 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
44552600 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44552599 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
44552500 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44552499 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
44552400 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44552399 |
acggtgtctttggagcctgtt |
44552379 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 38517561 - 38517241
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38517561 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgctttcgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
38517462 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38517461 |
atttggatgaatccacttttgatgacgaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
38517362 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38517361 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaataatgcagagaatgacgacgaagatgat |
38517262 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38517261 |
acggtgtctttggagcctgtt |
38517241 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 184 - 428
Target Start/End: Original strand, 34946421 - 34946665
Alignment:
| Q |
184 |
gttcagctagtgacgttgtaggaaatttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataa |
283 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34946421 |
gttcagctagtgaagttgtaggaaatttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataa |
34946520 |
T |
|
| Q |
284 |
gatggatatcgacaatctaatgaactacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaat |
383 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34946521 |
gatggatatcgacaatctaatgaactacccatgtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaat |
34946620 |
T |
|
| Q |
384 |
gcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34946621 |
gcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
34946665 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 29724674 - 29724608
Alignment:
| Q |
26 |
caggagatgtacagagcaaaaaacgagggcttatcacacggtctgcccgtcgcatagcataaagcag |
92 |
Q |
| |
|
|||||| ||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29724674 |
caggaggtgtgcagagcaaaaaaccaggacttataacacggtctgcccctcgcatagcataaagcag |
29724608 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 12533778 - 12534098
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12533778 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
12533877 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12533878 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
12533977 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12533978 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
12534077 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12534078 |
acggtgtctttggagcctgtt |
12534098 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 7355915 - 7355595
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7355915 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
7355816 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7355815 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
7355716 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
7355715 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacaaagatgat |
7355616 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7355615 |
acggtgtctttggagcctgtt |
7355595 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 3535716 - 3536036
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
3535716 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcattcagctagtgatgttgtaggaa |
3535815 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3535816 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
3535915 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3535916 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
3536015 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3536016 |
acggtgtctttggagcctgtt |
3536036 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 2273402 - 2273722
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2273402 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
2273501 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2273502 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
2273601 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
2273602 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttataagatattgtgcgtactattattgagaacaatgcagaggatggcgacgaagatgat |
2273701 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2273702 |
acggtgtctttggagcctgtt |
2273722 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 108 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 30898551 - 30898393
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30898551 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
30898452 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaa |
266 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30898451 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaa |
30898393 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 343 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 43380328 - 43380243
Alignment:
| Q |
343 |
agagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43380328 |
agagtttagaagatattgtgggtactatcattgagaacaatgcagaggattacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
43380243 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 16641223 - 16640903
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16641223 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
16641124 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16641123 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
16641024 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16641023 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
16640924 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16640923 |
acggtgtctttggagcctgtt |
16640903 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 41774730 - 41775050
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41774730 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagtgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
41774829 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41774830 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
41774929 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41774930 |
ctacctaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
41775029 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41775030 |
acggtgtctttggagcctgtt |
41775050 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 8363229 - 8363550
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8363229 |
aatttggcaatcccaacttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
8363328 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8363329 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
8363428 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacg-acgaagatga |
406 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
8363429 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgtgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgaacgaagatga |
8363528 |
T |
|
| Q |
407 |
tacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8363529 |
tacggtgtctttggagcctgtt |
8363550 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 238 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 22146983 - 22146793
Alignment:
| Q |
238 |
ctcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacccaagtgaaaatgaagcatgttcgga |
337 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
22146983 |
ctcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacccaggtgaaaatgaaacatgttcgga |
22146884 |
T |
|
| Q |
338 |
ggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22146883 |
ggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
22146793 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 343 - 428
Target Start/End: Original strand, 29650608 - 29650693
Alignment:
| Q |
343 |
agagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29650608 |
agagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
29650693 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 3616106 - 3616426
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3616106 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
3616205 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3616206 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgattaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
3616305 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3616306 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
3616405 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3616406 |
acggtgtctttggagcctgtt |
3616426 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 43488890 - 43489210
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43488890 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
43488989 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43488990 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
43489089 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43489090 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
43489189 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
43489190 |
acggtgtctttgaagcctgtt |
43489210 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 23416483 - 23416803
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
23416483 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcaaaaagaaacaatagcgaattgctcccgacactgtaaaatttgttcagctagcgacgttgtaggaa |
23416582 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
23416583 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatattgacaatctaatgaa |
23416682 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23416683 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggtttagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
23416782 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23416783 |
acggtgtctttggagcctgtt |
23416803 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 37827973 - 37827653
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37827973 |
aatttggcaaccccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgctttcgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
37827874 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37827873 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctattgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
37827774 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
37827773 |
ctacccaggtgcaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaatatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgatgaagatgat |
37827674 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37827673 |
acggtgtctttggagcctgtt |
37827653 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 37038158 - 37037854
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37038158 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagtgaattgcttccgaca----------------gctagtgacgttgtaggaa |
37038075 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37038074 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
37037975 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37037974 |
ctacccagatgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
37037875 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
37037874 |
acggtgtctttggagcatgtt |
37037854 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 231 - 428
Target Start/End: Original strand, 2027389 - 2027586
Alignment:
| Q |
231 |
gaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacccaagtgaaaatgaagcat |
330 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
2027389 |
gaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaactacccaggtgaaaatgaagcat |
2027488 |
T |
|
| Q |
331 |
gttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2027489 |
gtttggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
2027586 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 14219790 - 14220110
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14219790 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
14219889 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14219890 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
14219989 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14219990 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtacgtactatcattgagaacaaagcagaggatgacgacgaagatgat |
14220089 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
14220090 |
acggtgtctttgaagcctgtt |
14220110 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 30703504 - 30703184
Alignment:
| Q |
108 |
aatttggcaatcccagcttggacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactgtaaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30703504 |
aatttggcaatcccagcttgaacgatagatgttcgaaaagaaacaatagcgaattgcttccgacactataaaattcgttcagctagtgacgttgtaggaa |
30703405 |
T |
|
| Q |
208 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaatgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30703404 |
atttggatgaatccacttttgatgaagaaactcaagacctccagactatgatcaatcaacgtggctatcgtaataagatggatatcgacaatctaatgaa |
30703305 |
T |
|
| Q |
308 |
ctacccaagtgaaaatgaagcatgttcggaggttcagagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
407 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30703304 |
ctacccaggtgaaaatgaagcatgttcggaggttcggagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgat |
30703205 |
T |
|
| Q |
408 |
acggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30703204 |
acggtgtctttggagcctgtt |
30703184 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 343 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 5309503 - 5309418
Alignment:
| Q |
343 |
agagtttagaagatattgtgcgtactatcattgagaacaatgcagaggatgacgacgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5309503 |
agagtttagaagatattatgggtactatcattgagaacaatgcagaggattacggcgaagatgatacggtgtctttggagcctgtt |
5309418 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0122 (Bit Score: 51; Significance: 5e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0122
Description:
Target: scaffold0122; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 26 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 46818 - 46752
Alignment:
| Q |
26 |
caggagatgtacagagcaaaaaacgagggcttatcacacggtctgcccgtcgcatagcataaagcag |
92 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46818 |
caggaggtgtacagagcaaaaaaccagggcttataacacggtctgcccctcgcatagcataaagcag |
46752 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University
This website was viewed 13548 times since January 2019
Visitors: 8302