View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1859C-Insertion-3 (Length: 963)

Name: NF1859C-Insertion-3
Description: NF1859C
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1859C-Insertion-3
NF1859C-Insertion-3
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (42-963)||(43381864-43382767)
chr5 (895-953)||(25871589-25871647)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 690; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 690; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 963
Target Start/End: Complemental strand, 43382767 - 43381864
Alignment:
Q  42 atatatatatgattgttgtatttggtgtggttgtcaattgatgtacttcgatgtcaatggaaaatgctactaaaatttcgtgaagtacaagagatgagct 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43382767 atatatatatgattgttgtatttggtgtg-ttgtcaattgatgtacttcgatgtcaatggaagatgctactaaaatttcgtgaagtacaagagatgagct 43382669  T
Q  142 aagattgaatgagaatgagttaaatgaccaagtttagattttggtgaacgagaataaataa---acaaaacaattattatactaaaatttgtttatccnn 238  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  43382668 tatattgaatgagaatgagttaaatgaccaagtttagattttggtgaacgagaagaaataattaacaaaacaattattatactaaaatttgtttatccaa 43382569  T
Q  239 nnnnntgtaagatatgagaaaaatacagaataactagtatatgagtgtggtaaaatcttattctcaaacggggtagggtagggtcgtacagtcataccat 338  Q
         ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43382568 aaaaatgtaagatatgagaaaa-tacagaataactagtatatgagtgtggtaaaatcttattttcaaacgggatagggtagggtcgtacagtcataccat 43382470  T
Q  339 tttaagagtacaaatagttctacaatctatgtgttggtgtgaacaagtaatattcaaaagttatctacatttgtcaacatgctcaagttgaagttttatc 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  43382469 tttaagagtacaaatagttctacaatcaatgtgttggtgtgaacaagtaatattcaaaagttatctacatttgtcaacatgctcaagttga--------- 43382379  T
Q  439 cttcaaattgaagtttctacaaaatctgattaaaaatataataatgaccaaaagatataaaatgtttgatttgtttgtaattacagacaannnnnnnnaa 538  Q
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||        ||    
T  43382378 -----------agtttctacaaaatctgattaaaaatataataatgaccaaaagatataaaatgtctgatttgtttgtaattacagacaattttttttaa 43382290  T
Q  539 aatgttggggaatnnnnnnnn-tattattaattaaagtgacattaaagatcgttgaacaaacgactcaagaaatttgaaatttatcacttgagattaaga 637  Q
    |||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43382289 aatgttggggaattaaaaaaaatattattaattaaagtgacattaaagatcattgaacaaacgactcaagaaatttgaaatttatcacttcagattaaga 43382190  T
Q  638 catcaaactcttacaacttacgctgacattttatgacattgaaagatattgttagattagtgtataatgaatcttcaaaatttgtatagacatattttga 737  Q
    |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43382189 catcaaactcatacaacttatgccgacattttatgacactgaaagatattgttagattagtgtataatgaatcttcaaaatttgtatagacatattttga 43382090  T
Q  738 cccttaacatttgttttgcatcaaaagatttaacaaagttttcacatattgctaaattgagctacaaatgtgtttgtcaatgttgggaacaacaccttca 837  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43382089 cccttaacatttgttttgcatcaaaagatttaacaaagttttcacatattgctaaattgagctacaaatgtgtttgtctatgttgggaacaacaccttca 43381990  T
Q  838 tgaaacactctagtttggttgtttgatgagcttgtatcctactaagattaagttgttctgtcctgagtaaggtatttgagttgtaccataatctttgtag 937  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43381989 tgaaacactctagtttggttgtttgatgagcttgtatcctactaagattaagttgttctgtcctgagtaaggtatttgagttgtaccataatctttgtag 43381890  T
Q  938 tggcattgaggattccatagagttaa 963  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  43381889 tggcattgaggattccctagagttaa 43381864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 895 - 953
Target Start/End: Complemental strand, 25871647 - 25871589
Alignment:
Q  895 ctgtcctgagtaaggtatttgagttgtaccataatctttgtagtggcattgaggattcc 953  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25871647 ctgtcctgattaaggtatttgagttgtaccataatctttgtagtggcattgaggattcc 25871589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 11943 times since January 2019
Visitors: 8179