View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1859C-Insertion-5 (Length: 942)

Name: NF1859C-Insertion-5
Description: NF1859C
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1859C-Insertion-5
NF1859C-Insertion-5
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (7-942)||(45514161-45515101)
chr1 (761-942)||(45514017-45514203)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 885; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 885; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 942
Target Start/End: Complemental strand, 45515101 - 45514161
Alignment:
Q  7 aggccaatcaaccggagtactaggaggtaatgcattgacatctgtaagaaactcatttgaccatgtctgaggagcatctgctattaaattgtatgactgc 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45515101 aggccaatcaaccggagtactaggaggtaatgcattgacatctgtaagaaactcatttgaccatgtctgaggagcatctgctattaaattgtatgactgc 45515002  T
Q  107 atatgaactgatgatgatgttgattttcccaatgtcattccttcaaggtttcctatgcatcgaggtattgaaccttgcaatttgtttctagagaggtcca 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45515001 atatgaactgatgatgatgttgattttcccaatgtcattccttcaaggtttcctatgcatcgaggtattgaaccttgcaatttgtttctagagaggtcca 45514902  T
Q  207 gaatttggagtgatttgagttgacatagttgtgaaggaatactagcgctaaacatattttgtcgcaatataagaatttgcaatgaagggaaggtgtttgc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45514901 gaatttggagtgatttgagttgacatagttgtgaaggaatactagcgctaaacatattttgtcgcaatataagaatttgcaatgaagggaaggtgtttgc 45514802  T
Q  307 tgtccatgatgatggtatacttccagatagttgattgttaccaagatccaaaatcaacaatttcttcaaatttctaaaagaccctggaagctctccttga 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45514801 tgtccatgatgatggtatacttccagatagttgattgttaccaagatccaaaatcaacaatttcttcaaatttctaaaagaccctggaagctctccttga 45514702  T
Q  407 aggttgttatctttcaaatgcaaccaatacagtgaggaaagattcccgaatgagcttggaaatgctccagttagtttgttggatgacaaatttatctcag 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45514701 aggttgttatctttcaaatgcaaccaatacagtgaggaaagattcccgaatgagcttggaaatgctccagttagtttgttggatgacaaatttatctcag 45514602  T
Q  507 accatacttgattattctcccaacaatttggaatttctccggataaattgttctttgaaagatcaaggttgctcagtcgaaattgacacaaagagattgg 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  45514601 accatacttgattattctcccaacaatttggaatttctccggataaattgttctttgaaagatcaaggttgctcagttgaaattgacacaaagagattgg 45514502  T
Q  607 tattgaaccatttaagcggttatttcttagaaacaagttttccaaagacaacattgtatggccaatattttttggaattgaaccgcttatttgattatgg 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45514501 tattgaaccatttaagcggttatttcttagaaacaagttttccaaagacaacattatatggccaatattttttggaattgaaccgcttatttgattatgg 45514402  T
Q  707 gagagattcaaatacctcaagtttaaatgccatcctttttccatagacattattccattcaacttgtttgaagaaatatctaaatattccaaattgacaa 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45514401 gagagattcaaatacctcaagtttaaatgccatcctttttccatagacattattccattcaacttgtttgaagaaatatctaaatattccaaattgacaa 45514302  T
Q  807 gttgaccgagactttca-gaatgaacccatt-aaagaattgtttgaaagatc-agataatctatatgtgtaagttt-cctagactttgagggatggaacc 902  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45514301 gttgaccaaaactttcaggaatgaacccattaaaagaattgtttgaaagatcaagataatctatatgtgtaagtttccctagactttgagggatggaacc 45514202  T
Q  903 atccaacttattagaagaaagatct-agtaagctaaattga 942  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45514201 atccaacttattagaagaaagatctaagtaagctaaattga 45514161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 761 - 942
Target Start/End: Complemental strand, 45514203 - 45514017
Alignment:
Q  761 ccattcaacttgtttgaagaaatatctaaatattccaaattgacaagttgaccgagactttcag-aatgaacccattaaag-aattgtttgaaagatca- 857  Q
    |||| |||||| || ||||||| |||||| ||  | ||||||||||||||||||| ||||| || ||| | |||||||||| |||||| ||||||||||     
T  45514203 ccatccaacttattagaagaaagatctaagtaagctaaattgacaagttgaccgatactttgaggaataatcccattaaaggaattgtctgaaagatcaa 45514104  T
Q  858 gataatctatatgtgtaagtttcct-agactttgagggatggaaccatccaacttattagaagaaagatct-agtaagctaaattga 942  Q
    || ||| ||  | || ||||||||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  45514103 gagaatttagttttgcaagtttcccgagactttgagggatggaaccatcaaatttattagaagaaagatctaagtaagttaaattga 45514017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 9901 times since January 2019
Visitors: 7932