View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1859C-Insertion-6 (Length: 940)
Name: NF1859C-Insertion-6
Description: NF1859C
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1859C-Insertion-6 |
 | |
|
| [»] chr2 (5 HSPs) |
| |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 896; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 896; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 940
Target Start/End: Original strand, 28464612 - 28465547
Alignment:
| Q |
8 |
acaaaatgatgccatcatttggtatgcaaatggagacaaccctgcacccaagggatcaagattggtattaaatgattttcaaggtttggttctcaccaac |
107 |
Q |
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| T |
28464612 |
acaaaatgatgccatcatttggtatgcaaatggagacaaccctgcacccaagggatcaagattggtattaaatgattttcaaggtttggttctcaccaac |
28464711 |
T |
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| Q |
108 |
cctcaaggtttagagttatggagatcagatttcacatcaggtaaaatttctaatggtctaatggatgatgatggaaactttcatttgcgagacaaaaata |
207 |
Q |
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| T |
28464712 |
cctcaaggtttagagttatggagatcagatttcacatcaggtaaaatttctaatggtctaatggatgatgatggaaactttcatttgcgagacaaaaata |
28464811 |
T |
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| Q |
208 |
atgcgacaatatgggacagtttcagtcatcctacggatacattagttcctaatcaagtaatggagttaaatgggaatcttttttcacggcaaggagcgtt |
307 |
Q |
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| T |
28464812 |
atgcgacaatatgggacagtttcagtcatcctacggatacattagttcctaatcaagtaatggagttaaatgggaatcttttttcacggcaaggagcgtt |
28464911 |
T |
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| Q |
308 |
aaacttctcacacggaaggttcaaatttcatctacaagaggatggaaatgttgtacttaacgttataaatttgccaagcaactatagttatgatccttac |
407 |
Q |
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| T |
28464912 |
aaacttctcacacggaaggttcaaatttcatctacaagaggatggaaatcttgtacttaacgttataaatctgccaagcaactatagttatgatccttac |
28465011 |
T |
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| Q |
408 |
tacacatctggcacaagtgatgatgagaatcaaacaaatgctggccaacgtttgatatttgacaaatcaggtttcttatacatagagaaaataggaggga |
507 |
Q |
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| T |
28465012 |
tacacatctggcacaagtgatgatgagaatcaaacaaatgctggccaacgtttgatatttgacaaatcaggtttcttatacatagagaaaataggaggga |
28465111 |
T |
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| Q |
508 |
ataacttttctattttcaaccagaatgtgagattctcaactgatgagttctactacaaagcaacaattaattatgatggagttttcaccatatcagttta |
607 |
Q |
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| T |
28465112 |
ataacttttctattttcaaccagaatgtgagattctcaactgatgagttctactacaaagcaacaattaattatgatggagttttcaccatatcagttta |
28465211 |
T |
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| Q |
608 |
ccctaaagatccaaaaagaggacaaaggtgggtcattgcaaagactataccagaaaacatatgcttgtactatacatccatatatggtgaaggtgtatgt |
707 |
Q |
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| T |
28465212 |
ccctaaagatccaaaaagaggacaaagttgggtcattgcaaagactataccagaaaacatatgcttgtactatacatccatatatggtgaaggtgtatgt |
28465311 |
T |
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| Q |
708 |
gggtttaatagtatgtgcaccattacaaatgaccaaaggccaaattgtacctgcccagacgaatattctccgattgattcaaataacatgtatgctggtt |
807 |
Q |
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| T |
28465312 |
gggtttaatagtatgtgcaccattacaaatgaccaaaggccaaattgtacctgcccagacgaatattctccgattgattcaaataacatgtatgctggtt |
28465411 |
T |
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| Q |
808 |
gcatacc-aattttcaagttatctgtcaggcaggtgggaatttgagttcacaagataatctatatacaatgaa-gagttaccaaatactgattggcctgg |
905 |
Q |
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| T |
28465412 |
gcataccaaattttcaagttatctgtcaagcaggtgggaatttgagttcacaagataatctatatacaatgaaggagttaccaaatactgattggcctgg |
28465511 |
T |
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| Q |
906 |
atctgattatg-aaaaatatctccatctaatttaca |
940 |
Q |
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| T |
28465512 |
atctgattatgaaaaaatatctccatctaatttaca |
28465547 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 713; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 918
Target Start/End: Original strand, 28486386 - 28487291
Alignment:
| Q |
8 |
acaaaatgatgccatcatttggtatgcaaatggagacaaccctgcacccaagggatcaagattggtattaaatgattttcaaggtttggttctcaccaac |
107 |
Q |
| |
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| T |
28486386 |
acaagatgataccatcatttggtatgcaaatggaaacaaacctgctct-aagggatcaagattggtattaaatgattctcgtggtttggttctcaccaac |
28486484 |
T |
|
| Q |
108 |
cctcaaggtttagagttatggagatcagatttcacatcaggtaaaatttctaatggtctaatggatgatgatggaaactttcatttgcgagacaaaaata |
207 |
Q |
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| T |
28486485 |
cctcaaggtttacagttatggagatccgattttaca---ggtacaatttctaatggtctaatgaatgatgatggaaactttcaattgcgagacaaaagta |
28486581 |
T |
|
| Q |
208 |
atgcgacaatatgggacagtttcagtcatcctacggatacattagttcctaatcaagtaatggagttaaatgggaatcttttttcacggcaaggagcgtt |
307 |
Q |
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| T |
28486582 |
atgtgacaatatgggacagtttcagtcatcctacggatacattagttcctaatcaggtaatggagttaaatgggaatcttttttcacggcaaggagcgtt |
28486681 |
T |
|
| Q |
308 |
aaacttctcacacggaaggttcaaatttcatctacaagaggatggaaatgttgtacttaacgttataaatttgccaagcaactatagttatgatccttac |
407 |
Q |
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| T |
28486682 |
aaacttctcacacggaaggttcaaatttcatctacaagaggatggaaatcttgtacttaacgttataaatttgccaagcaactatagttatgatccttac |
28486781 |
T |
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| Q |
408 |
tacacatctggcacaagtgatgatgagaatcaaacaaatgctggccaacgtttgatatttgacaaatcaggtttcttatacatagagaaaataggaggga |
507 |
Q |
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| T |
28486782 |
tacaaatctggcacaagtgatgatgagaatcaaacaaatgctggccaacgtttgatatttgacaaatcaggtttcttatacatagagaaaataggaggga |
28486881 |
T |
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| Q |
508 |
ataacttttctattttcaaccagaatgtgagattctcaactgatgagttctactacaaagcaacaattaattatgatggagttttcaccatatcagttta |
607 |
Q |
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| T |
28486882 |
ataacttttctattttcaacctgaatgtgagattctcaactgatgagttctactacaaagcaacaattaattatgatggagttttcaccatatcagttta |
28486981 |
T |
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| Q |
608 |
ccctaaagatccaaaaagaggacaaaggtgggtcattgcaaagactataccagaaaacatatgcttgtactatacatccatatatggtgaaggtgtatgt |
707 |
Q |
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| T |
28486982 |
ccctaaagatccaaaaagaggacaaaggtgggttattgcaaagactataccagaaaacatatgtttgtattctacattccga---ggtgaaggtgtatgt |
28487078 |
T |
|
| Q |
708 |
gggtttaatagtatgtgcaccattacaaatgaccaaaggccaaattgtacctgcccagacgaatattctccgattgattcaaataacatgtatgctggtt |
807 |
Q |
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| T |
28487079 |
gggtttaatagtatttgcaccattacaaatgaccaaaggccaaattgtacctgcccagacgaatattcaccgattgattcaaataacatgtatgctggtt |
28487178 |
T |
|
| Q |
808 |
gcatacc-aattttcaagttatctgtcaggcaggtgggaatttgagttcacaagataatctatatacaatgaa-gagttaccaaatactgattggcctgg |
905 |
Q |
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| T |
28487179 |
gcataccaaattttcaagttatttgtcaagcaggtgggaatttgggtccacaagataatctatatacaatgaaggatttactaaatactgattggcctgc |
28487278 |
T |
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| Q |
906 |
atctgattatgaa |
918 |
Q |
| |
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||||||||||||| |
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| T |
28487279 |
atctgattatgaa |
28487291 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 474; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 919
Target Start/End: Original strand, 28443763 - 28444676
Alignment:
| Q |
8 |
acaaaatgatgccatcatttggtatgcaaatggagacaaccctgcacccaagggatcaagattggtattaaatgattttcaaggtttggttctcaccaac |
107 |
Q |
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| T |
28443763 |
acaagatgatgccatcatttggtatgcaaatggaaacaaccctgctcctaagggatcaagattgatattaaatgattctcatggtttggtgctgaccaac |
28443862 |
T |
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| Q |
108 |
cctcaaggtttagagttatggagatcagatttcacatcaggtaaaatttctaatggtctaatggatgatgatggaaactttcatttgcgagacaaaaata |
207 |
Q |
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| T |
28443863 |
cctcaaggtttagagttatggagttcagatttcacatcaggtactatctctaatggtctaatgaatgatgatggaaactttcaattgcgagacaaaaata |
28443962 |
T |
|
| Q |
208 |
atgcgacaatatgggacagtttcagtcatcctacggatacattagttcctaatcaagtaatggagttaaatgggaatcttttttcacggcaaggagcgtt |
307 |
Q |
| |
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| T |
28443963 |
atgtgacaatatgggatagtttcagtcatcctactgacacattagtgccgaatcaagtaatggagttgaatggaaatctttcttcaagacaaggatcgtt |
28444062 |
T |
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| Q |
308 |
aaacttctcacacggaaggttcaaatttcatctacaagaggatggaaatgttgtacttaacgttataaatttgccaagcaactatagttatgatccttac |
407 |
Q |
| |
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| T |
28444063 |
caacttctcacaaggaaggtttaaacttcatctacaagaggatgggaatcttgtgctcaaccttgtaaatttgccaagcaattacagttacaaaccttac |
28444162 |
T |
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| Q |
408 |
tacacatctggcacaagtgatgatgagaatcaaacaaatgctggccaacgtttgatatttgacaaatcaggtttcttatacatagagaaaataggaggga |
507 |
Q |
| |
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| T |
28444163 |
tacagtgctcgcaccagtgattctaagaatcaaacaaacattggtcagcgtttgatatttgacgaatcaggtttattatacattgagaaaaaaggagggg |
28444262 |
T |
|
| Q |
508 |
ataacttttctattttcaaccagaatgtgagattctcaactgatgagttctactacaaagcaacaattaattatgatggagttttcaccatatcagttta |
607 |
Q |
| |
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||||||||||||| ||| | |||| || ||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||| |
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| T |
28444263 |
ataacttttctatcagcaatccaaatgggacattctcaacagacgacttctactacaaagcaacaattaattttgatggagttttcaccatagcatttta |
28444362 |
T |
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| Q |
608 |
ccctaaagatccaaaaagaggacaaaggtgggtcattgcaaagactataccagaaaacatatgcttgtactatacatccatatatggtgaaggtgtatgt |
707 |
Q |
| |
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| T |
28444363 |
ccctaaagatccaaagagaggacaaagttgggtcattgcaaagactatcccagaaaacatatgcttgtactctacatacacaaatggtgaaggtgtatgt |
28444462 |
T |
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| Q |
708 |
gggtttaatagtatgtgcaccattacaaatgaccaaaggccaaattgtacctgcccagacgaatattctccgattgattcaaataacatgtatgctggtt |
807 |
Q |
| |
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| T |
28444463 |
ggctttaatagcatttgcactcttacaaatgaccaaaggcctaattgtacctgcccagttggatattctccgattgattcaaataacatgtatcttggtt |
28444562 |
T |
|
| Q |
808 |
gcatacc-aattttcaagttatctgtcaggcaggtgggaatttgagttcacaagataatctatatacaatgaa-gagttaccaaatactgattggcctgg |
905 |
Q |
| |
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||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||| | ||||||| | |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| | |
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| T |
28444563 |
gcataccgaatttccaagttatttgtcaagcaggtggaaattgggattcacaaaaagatctatatacaatgaaggaattgccaaatactgattggccaga |
28444662 |
T |
|
| Q |
906 |
atctgattatgaaa |
919 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |
|
|
| T |
28444663 |
atctgattatgaaa |
28444676 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 8 - 134
Target Start/End: Original strand, 28436530 - 28436656
Alignment:
| Q |
8 |
acaaaatgatgccatcatttggtatgcaaatggagacaaccctgcacccaagggatcaagattggtattaaatgattttcaaggtttggttctcaccaac |
107 |
Q |
| |
|
||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||| | ||||||||| |
|
|
| T |
28436530 |
acaaactgattccatcatttggtatgcaaatggtgacaaccctgttcctaagggatcaacattggtattaaatgattctcatgggttgatgctcaccaac |
28436629 |
T |
|
| Q |
108 |
cctcaaggtttagagttatggagatca |
134 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||| |
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|
| T |
28436630 |
cctcaaggtttagagctatggagatca |
28436656 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 555 - 816
Target Start/End: Original strand, 28437101 - 28437362
Alignment:
| Q |
555 |
ttctactacaaagcaacaattaattatgatggagttttcaccatatcagtttaccctaaagatccaaaaagaggacaaaggtgggtcattgcaaagacta |
654 |
Q |
| |
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||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||| | | |||||||||| || || || ||||| ||| || | |||||||| | |
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|
| T |
28437101 |
ttctactccaaagcaacaatcaattatgatggagtttttaccctctcatatcatcctaaagatctaagaaacggtcaaagatggatcgtggcaaagacaa |
28437200 |
T |
|
| Q |
655 |
taccagaaaacatatgcttgtactatacatccatatatggtgaaggtgtatgtgggtttaatagtatgtgcaccattacaaatgaccaaaggccaaattg |
754 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || || | | ||||| | ||||| || || | |||||||| ||||| | || ||| ||| | ||||||||||||||| || |
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| T |
28437201 |
taccagaaaacatttgtttaaattctacatttaacaatggtcaaagtatttgtgggttgaatagcaattgtacccttagagatgaccaaaggccaatgtg |
28437300 |
T |
|
| Q |
755 |
tacctgcccagacgaatattctccgattgattcaaataacatgtatgctggttgcataccaa |
816 |
Q |
| |
|
||| || | ||| | |||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||||||||||| |
|
|
| T |
28437301 |
tacttgtctagaaggatattctctaattgattcaaacaacatgtatggggattgcataccaa |
28437362 |
T |
|
Back To:
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