View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2100-Insertion-2 (Length: 1062)

Name: NF2100-Insertion-2
Description: NF2100
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2100-Insertion-2
NF2100-Insertion-2
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (8-1062)||(17820796-17821853)
chr7 (467-1004)||(17776388-17776925)
chr7 (511-1058)||(17807025-17807573)
chr7 (16-270)||(17776994-17777248)
chr7 (16-270)||(17807687-17807941)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 966; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 966; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1062
Target Start/End: Complemental strand, 17821853 - 17820796
Alignment:
Q  8 ccaccaacttgcacttctggaacacaacagctgcatttccaaagatgaagtcaatggtacctgtaatgacagagtcacggtaaaactgccggttggagtg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17821853 ccaccaacttgcacttctggaacacaacagctgcatttccaaagatgaagtcaatggtacctgtaatgacagagtcacggtaaaactgccggttggagtg 17821754  T
Q  108 tgcgtaaagagtgtcttgaaaggcgtcaatgcggcaacggttgatgacagattggtcagagccgacacggagagccactgcctggtgctttgctgcgcct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17821753 tgcgtaaagagtgtcttgaaaggcgtcaatgcggcaacggttgatgacagattggtcagagccgacacggagagccactgcctggtgctttgctgcgcct 17821654  T
Q  208 gccgtattttggaaccaaatatcttgtgctataaacccatccccaaccgcagctgcaaaaccagatttttatttggttagtgttgatatttgggtaggca 307  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17821653 gccatattttggaaccaaatatcttgtgctataaacccatccccaaccgcagctgcaaaaccagatttttatttggttagtgttgatatttgggtaggca 17821554  T
Q  308 ttccatacaattagagtatgaacttggtaaattaatttagatctaatacaaaagacaggagaagaatatgacttaga--aattgaagagagttcaagaaa 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  17821553 ttccatacaattagagtatgaacttggtaaattaatttagatctaatacaaaagacaggagaagaatattacttagagaaattgaagcgagttcaagaaa 17821454  T
Q  406 agaagacaaaatttataagtatacatgaaaatgaaatggtaattacaaaaagtgaaaggttcataccaacagttgaacctttgaaggtcgttgtcccatc 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17821453 agaagacaaaatttataagtatacatgaaaatgaaatggtaaatacaaaaagtggaaggttcataccaacagttgaacttttgaaggtcgttgtcccatc 17821354  T
Q  506 gataaaatttaagtttcctgtgattattgttgcatccattccatcaccaacgagcatcacgtttgnnnnnnncgaaccaatttctacgttctctttgtat 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||       ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17821353 gataaaatttaagtttcctgtgattattgttgcatccattccatcaccaacgagcatcacatttgtttttttcgaaccaatttctacgttctctttgtat 17821254  T
Q  606 gttccgtttttcacatagataacatactttgtcttacctttgtcaggtgcagatgccacagcctcagccacagtcttgaacttgccactcccatcctgag 705  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17821253 gttccctttttcacatagataacatactttgtcttaccgttgtcaggtgcagatgccacagcctcagccacagtcttgaacttgccactcccatcctgag 17821154  T
Q  706 ccacgacaacatttgcctctatgtccccaaccgcggtctccaaaagcctccgatctttgcttgtaacccacgatggaaattctccaatcaatgtttcatc 805  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17821153 ctacgacaacatttgcctttatgtccccaaccgcggtctccaaaagcctccgatctttgcttgtaacccacgatggaaattctccaatcaatgtttcatc 17821054  T
Q  806 aatgaattggtcacgatccttttgaggaaaaacaacaagaaacacagctagagaagatctagctcttgatatcaagtcctgaaggtcattttccataacg 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17821053 aatgaattggtcacgatccttttgaggaaaaacaacaagaaacacagctagagaagatctagctcttgatatcaagtcctgaaggtcattttccataacg 17820954  T
Q  906 acccgagatgaaccttctaatccatccaagcaagttgcatggttagtgagcacactgcttagccatgtatgtgcatcttgctgtgagtcaatattatttg 1005  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17820953 acccgagatgaaccttctaatccatccaagcaagttgcatggttagtgagcacactgcttagccatgtatgtgcatcttgctgtgagtcaatattatttt 17820854  T
Q  1006 ttg-tagctttaacatcgtgtcccaaattctgttcatggacaagtccataagttgttc 1062  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17820853 ttgttagctttaacatcgtgtcccaaattctgttcatggacaagtccattagttgttc 17820796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 467 - 1004
Target Start/End: Complemental strand, 17776925 - 17776388
Alignment:
Q  467 cataccaacagttgaacctttgaaggtcgttgtcccatcgataaaatttaagtttcctgtgattattgttgcatccattccatcaccaacgagcatcacg 566  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||     
T  17776925 cataccaacagttgcacttttgaaggtggttgttccatcgatgaaatttaagctgcctgtgattattgttgcatccataccatcacccacaagcatcaca 17776826  T
Q  567 tttgnnnnnnncgaaccaatttctacgttctctttgtatgttccgtttttcacatagataacatactttgtcttacctttgtcaggtgcagatgccacag 666  Q
    ||||       |   |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  17776825 tttgtctttttcttgccaatttcaatgttctctttgtatgttccctttttcacatatataacataccttgtcttaccgttgtctggtgcagatgctacag 17776726  T
Q  667 cctcagccacagtcttgaacttgccactcccatcctgagccacgacaacatttgcctctatgtccccaaccgcggtctccaaaagcctccgatctttgct 766  Q
    | | ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||| |  |  |||||||| || ||||| || ||    
T  17776725 cttgagccacagtcttgaacttgccgctgccgtcctgagccaccacaacattggcctttatatccccaactgaagattccaaaagtcttcgatccttact 17776626  T
Q  767 tgtaacccacgatggaaattctccaatcaatgtttcatcaatgaattggtcacgatccttttgaggaaaaacaacaagaaacacagctagagaagatcta 866  Q
    ||| ||||| || ||||| || ||| ||||| ||||||||||||||  |||   | ||||| |||| || |||  || || ||| || ||||||||||||    
T  17776625 tgtcacccaagagggaaagtcaccattcaatttttcatcaatgaatccgtcgttagcctttggaggcaagacagaaacaagcacggcaagagaagatcta 17776526  T
Q  867 gctcttgatatcaagtcctgaaggtcattttccataacgacccgagatgaaccttctaatccatccaagcaagttgcatggttagtgagcacactgctta 966  Q
    ||||| || |||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17776525 gctctggagatcaagtcatgaagatcactctccataacgacccgagatgaaccttctaatccatccaaacaagttgcatggttagtgagcacactactta 17776426  T
Q  967 gccatgtatgtgcatcttgctgtgagtcaatattattt 1004  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  17776425 gccatgtgtgtgcatcatgctgtgagtcaatgttattt 17776388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 511 - 1058
Target Start/End: Complemental strand, 17807573 - 17807025
Alignment:
Q  511 aatttaagtttcctgtgattattgttgcatccattccatcaccaacgagcatcacgtttgnnnnnnncgaaccaatttctacgttctctttgtatgttcc 610  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||||||||||| || ||||| | |||||||||||| |          | | |||||||| |||||||||||  ||||    
T  17807573 aatttaagctgcctgtgattatcgttgcatccataccgtcacccaagagcatcacgttcgtctttgaactagcgatttctacattctctttgtagattcc 17807474  T
Q  611 gtttttcacatagataacatactttgtcttacctttgtcaggtgcagatgccacagcctcagccacagtcttgaacttgccactcccatcctgagccacg 710  Q
     |||||||| |||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||     
T  17807473 ctttttcacgtagataacataccttgccgtacctttgttaggtgcagatgcaacagcctcagcaacagtcttgaacttgccactcccgtctttagccacc 17807374  T
Q  711 acaacatttgcctctatgtccccaaccgcggtctccaaaagcctccgatctttgcttgtaacccacgatggaaattctccaatcaatgtttcatcaatga 810  Q
    |||||||| |||| || ||| ||||| |  | |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||| |||||| |||||||||||    
T  17807373 acaacattggcctttacgtctccaactgaagactccaaaagccttcgatctttacttgttacccaagagggaaagtcaccattcaatgattcatcaatga 17807274  T
Q  811 attggtcacgatccttttgaggaaaaacaacaagaaacacagctagagaagatctagctcttgatatcaagtcctgaaggtcattttccataacgacccg 910  Q
    ||| |||  |||||||| |||| |||||  ||| || ||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||  ||||    
T  17807273 attcgtcgtgatcctttggaggtaaaacggcaacaagcacggctagagatgatctagctcttgctattaagtcctgaatgtcattttccataacagcccg 17807174  T
Q  911 agatgaaccttctaatccatccaagcaagttgcatggttagtgagcacactgcttagccatgtatgtgcatcttgctgtgagtcaatattatttgttgt- 1009  Q
    ||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||     
T  17807173 agacgtaccttctaatccatccaaacaagttgcatggtttgtgagcacactacttagccaagtgtgtgcatcttgctgtgagtccatattatcttttgtg 17807074  T
Q  1010 agctttaacatcgtgtcccaaattctgttcatggacaagtccataagtt 1058  Q
    ||  ||||||  | |||||||| ||| | ||||||||||| ||| ||||    
T  17807073 agagttaacactgagtcccaaactctttccatggacaagttcattagtt 17807025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 17777248 - 17776994
Alignment:
Q  16 ttgcacttctggaacacaacagctgcatttccaaagatgaagtcaatggtacctgtaatgacagagtcacggtaaaactgccggttggagtgtgcgtaaa 115  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||   |||||||||||||| || |||||||||||||| || |    
T  17777248 ttgctcttctggaaaacaacagctgcgtttccaaagataaagtcaacggtaccggtaatgtatgagtcacggtaaaattgtcggttggagtgtgcataga 17777149  T
Q  116 gagtgtcttgaaaggcgtcaatgcggcaacggttgatgacagattggtcagagccgacacggagagccactgcctggtgctttgctgcgcctgccgtatt 215  Q
    ||||||||||||| || |||||   ||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||   || |||||| || ||    
T  17777148 gagtgtcttgaaatgcatcaattttgcagcggttgatgacggattgatcagcgccgacacgaagagcaactgcctggtgcttctgtgggcctgctgtgtt 17777049  T
Q  216 ttggaaccaaatatcttgtgctataaacccatccccaaccgcagctgcaaaacca 270  Q
    |||||||| ||| || || |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  17777048 ttggaacctaatgtcctgagctataaacccatctccaacagcagctacaaaacca 17776994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 17807941 - 17807687
Alignment:
Q  16 ttgcacttctggaacacaacagctgcatttccaaagatgaagtcaatggtacctgtaatgacagagtcacggtaaaactgccggttggagtgtgcgtaaa 115  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| || ||||||| ||||||||| |    
T  17807941 ttgcacttctgcaacacaacagctgcgtctccaaagataaagtcaatggtaccggtaatgaaggagtcacggtaaaattgtcggttggtgtgtgcgtata 17807842  T
Q  116 gagtgtcttgaaaggcgtcaatgcggcaacggttgatgacagattggtcagagccgacacggagagccactgcctggtgctttgctgcgcctgccgtatt 215  Q
    ||||||||||||| || |||||   ||||||||| ||||||||| | ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||   ||  |||||||| ||    
T  17807841 gagtgtcttgaaatgcatcaattttgcaacggttaatgacagatcgatcagagccgacgcgcagagcaactgcctgatgcttctgtggacctgccgtgtt 17807742  T
Q  216 ttggaaccaaatatcttgtgctataaacccatccccaaccgcagctgcaaaacca 270  Q
    |||||| | ||| || || |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||    
T  17807741 ttggaatccaatgtcctgagctataaaccaatccccaacagcagctacaaaacca 17807687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 16227 times since January 2019
Visitors: 3768