View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2332_low_7 (Length: 474)

Name: NF2332_low_7
Description: NF2332
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2332_low_7
NF2332_low_7
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (20-464)||(53562112-53562552)
chr4 (43-345)||(38185268-38185570)
chr4 (29-345)||(34821223-34821540)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (31-345)||(4903679-4903993)
chr8 (43-323)||(1557167-1557447)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (31-345)||(22153564-22153878)
chr7 (31-345)||(22209479-22209793)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 464
Target Start/End: Original strand, 53562112 - 53562552
Alignment:
Q  20 tgaaggtggtttggtgtaagatcatggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttattttgtgggaatgttggaatggagctgtttt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53562112 tgaaggtggtttggtgtaagatcatggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttattttgtgggaatgttggaatggagctgtttt 53562211  T
Q  120 aaataataagatccgtaaaggtgttggaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgaggaacgacagaattttcaataatgctgttatt 219  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53562212 aaataataagacccgtaaaggtgttagaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgaggaacgacagaattttcaataatgctgttatt 53562311  T
Q  220 gaggttgaggatctgttggaatctgtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgccggcgtttttgttctacgagtggacgtgga 319  Q
    |||||||||||||||||| |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  53562312 gaggttgaggatctgttgca----gtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgccggcgtttttgttctacgagtggaagtgga 53562407  T
Q  320 atcccaaggactgtttgatgcggtgaggttgttttgtttgggagagctgctgctgcgtggtgtctggctgtgttcattgaggttgtgcagttctgttgtg 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  53562408 atcccaaggactgtttgatgcggtgaggttgttttgtttgggagagctgctgctgcgtggtgtctggctgtgttcattgaggctgtgcagttctgttgtg 53562507  T
Q  420 gtgctgctggtttttctgtttgcagcagctcttatgctttctgtg 464  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53562508 gtgctgctggtttttctgtttgcagcagctcttatgctttctgtg 53562552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 43 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 38185570 - 38185268
Alignment:
Q  43 atggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttattttgtgggaatgttggaatggagctgttttaaataataagatccgtaaaggtg 142  Q
    ||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||| |||| ||||  ||||| |||||  |||| || |    
T  38185570 atggagtggctggaattcaattttataattccaccgaatctgtttatcacgtgggaatgttggaattgagcggtttataataaaaagatttgtaagggag 38185471  T
Q  143 ttggaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgaggaacgacagaattttcaataatgctgttattgaggttgaggatctgttggaatc 242  Q
    |  |  ||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||| || | || ||| |||||||| ||  | ||   |||||   || |||||||    
T  38185470 tgaggcttatttggcatgccgccatttggagcatatggaaagctaggaatgatataacttttaataatgcagtgttggattgtgaggcattgctggaatc 38185371  T
Q  243 tgtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgccggcgtttttgttctacgagtggacgtggaatcccaaggactgtttgatgcgg 342  Q
    | | ||||| ||| | ||||||||| |||| || ||| |||| |||||||| | |||||| ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| |||||    
T  38185370 tattaaggtgttggcctggaggtggtgttttggtagaataaacttgccggcatgtttgttttacgagtggaattggaatccgaaggaatgcttgttgcgg 38185271  T
Q  343 tga 345  Q
    |||    
T  38185270 tga 38185268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 29 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 34821540 - 34821223
Alignment:
Q  29 tttggtgtaagatcatggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttattttgtgggaatgttggaatggagctgttttaaataataa 128  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||| ||| ||||| ||||||| || |||||| | |||||  ||||| | ||||||||||| || |||   ||||| ||    
T  34821540 tttggagtaagctcatggagtggttagacattaatattataatccctccgaatttgtttatcatgtggaattgttggaatggtgcggttcacaataaaaa 34821441  T
Q  129 gatccgtaaaggtgttggaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgaggaacgacagaattttcaataatgctgttattgaggttgag 228  Q
    ||| ||||| || ||  |  |||||||||| || |  |||||||| ||||||||||||||||| || |  ||||| || ||||||||| | ||  |||||    
T  34821440 gattcgtaagggagtgaggcttatttggcacgccgcgatttggagcatatggaaagcgaggaatgatattatttttaacaatgctgttttagattttgag 34821341  T
Q  229 gatctgttggaatctgtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgccggcgtttttgttctacgagtggacgtggaatcccaagg 328  Q
    |  |||||||||||  | ||||||||||  ||||||||| |||| ||  ||||  |  ||||| | | |||||| ||||| ||||  |||||||| ||||    
T  34821340 gcactgttggaatcaataaaggttttgtggtggaggtggtgtttaggtcgattggatgtgccgtcttgtttgttttacgaatggagctggaatccaaagg 34821241  T
Q  329 a-ctgtttgatgcggtga 345  Q
    |  |||||||||||||||    
T  34821240 atttgtttgatgcggtga 34821223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 31 - 345
Target Start/End: Original strand, 4903679 - 4903993
Alignment:
Q  31 tggtgtaagatcatggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttattttgtgggaatgttggaatggagctgttttaaataataaga 130  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||| ||||||| || ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| |   |||| || || |||     
T  4903679 tggtgtaagcttatggagtggttggaatttaattttttaattcctcctaatctgtttattatgtggcaatgttggaatggtgagtttttgaacaaaaagc 4903778  T
Q  131 tccgtaaaggtgttggaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgaggaacgacagaattttcaataatgctgttattgaggttgagga 230  Q
    | || |  |||| | || | |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |  || || |||||    
T  4903779 tgcgcaggggtggtagattaatttggcatgctgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgacagaattttcaacaatgttgtgacagatgtggagga 4903878  T
Q  231 tctgttggaatctgtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgccggcgtttttgttctacgagtggacgtggaatcccaaggac 330  Q
     |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  |||||| || || || | |   ||||||||||| || |||||||  |||||||  |||||     
T  4903879 gctgttggaatctgttaaggtgttgtcttggagatggtttttgggtaggttgaattcgtacgcgtttttgttttatgagtggaattggaatctgaaggat 4903978  T
Q  331 tgtttgatgcggtga 345  Q
    |||||| ||||||||    
T  4903979 tgtttgttgcggtga 4903993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 43 - 323
Target Start/End: Original strand, 1557167 - 1557447
Alignment:
Q  43 atggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttattttgtgggaatgttggaatggagctgttttaaataataagatccgtaaaggtg 142  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| |||| || || ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||| || || ||||    
T  1557167 atggactggctggactttaattttttaatccccccaaatctgtttattatgtgggaatgttggattggagctgttgtcaataaaaagattcggaagggtg 1557266  T
Q  143 ttggaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgaggaacgacagaattttcaataatgctgttattgaggttgaggatctgttggaatc 242  Q
    |  |  |||||||||||||    |||||||  || |||||||| ||||| ||||   | |||||||||||   | | ||  |||| | ||| ||||||||    
T  1557267 tgaggcttatttggcatgccaccatttggaacatttggaaagcaaggaatgacattgtgttcaataatgcgactttagaccttgaagctctcttggaatc 1557366  T
Q  243 tgtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgccggcgtttttgttctacgagtggacgtggaatcc 323  Q
      | ||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||| |  ||||| || | |||||| ||||| ||||  ||||||||    
T  1557367 aattaaggtattgtcgtggaggtggtgtttgggtagattgagcttgccagcttgtttgttttacgaatggaattggaatcc 1557447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 31 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 22153878 - 22153564
Alignment:
Q  31 tggtgtaagatcatggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttattttgtgggaatgttggaatggagctgttttaaataataaga 130  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||| |||| || |  ||||| |||||| || |||||||||||||||| |   |||| || || |||     
T  22153878 tggtgtaagcttatggagtggttggaatttaattttttaatccctcttaatctgtttattatgcgggaatgttggaatggtgagtttttgaacaaaaagc 22153779  T
Q  131 tccgtaaaggtgttggaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgaggaacgacagaattttcaataatgctgttattgaggttgagga 230  Q
    | ||    |||| | || | ||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||  ||| |  || || ||| |    
T  22153778 tgcgctggggtggtagattaatttggcatgccgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgacataattttcaacaatattgtgacagatgtggagaa 22153679  T
Q  231 tctgttggaatctgtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgccggcgtttttgttctacgagtggacgtggaatcccaaggac 330  Q
     |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||   |||||| || || || | ||  |||| |||||| || |||||||  |||||||| ||||      
T  22153678 gctgttggaatcttttaaggtgttgtcttggaggtgatttttgggtaggttgaattcgcacgcgtgtttgttttatgagtggaattggaatccgaaggtt 22153579  T
Q  331 tgtttgatgcggtga 345  Q
    |||||| ||||||||    
T  22153578 tgtttgttgcggtga 22153564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 31 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 22209793 - 22209479
Alignment:
Q  31 tggtgtaagatcatggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttattttgtgggaatgttggaatggagctgttttaaataataaga 130  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||| |||| || |  ||||| |||||| || |||||||||||||||| |   |||| || || |||     
T  22209793 tggtgtaagcttatggagtggttggaatttaattttttaatccctcttaatctgtttattatgcgggaatgttggaatggtgagtttttgaacaaaaagc 22209694  T
Q  131 tccgtaaaggtgttggaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgaggaacgacagaattttcaataatgctgttattgaggttgagga 230  Q
    | ||    |||| | || | ||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||  ||| |  || || ||| |    
T  22209693 tgcgctggggtggtagattaatttggcatgccgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgacataattttcaacaatattgtgacagatgtggagaa 22209594  T
Q  231 tctgttggaatctgtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgccggcgtttttgttctacgagtggacgtggaatcccaaggac 330  Q
     |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||   |||||| || || || | ||  |||| |||||| || |||||||  |||||||| ||||      
T  22209593 gctgttggaatcttttaaggtgttgtcttggaggtgatttttgggtaggttgaattcgcacgcgtgtttgttttatgagtggaattggaatccgaaggtt 22209494  T
Q  331 tgtttgatgcggtga 345  Q
    |||||| ||||||||    
T  22209493 tgtttgttgcggtga 22209479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 9215 times since January 2019
Visitors: 7893