View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2903-Insertion-2 (Length: 733)

Name: NF2903-Insertion-2
Description: NF2903
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2903-Insertion-2
NF2903-Insertion-2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-733)||(4367607-4368368)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 635; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 635; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 733
Target Start/End: Complemental strand, 4368368 - 4367607
Alignment:
Q  7 aaagacttcatacgccttgctcaagaaaccagatgtaattactcatttcaatacaatactgtttcaattct--------------atcctcagtaaaata 92  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||    
T  4368368 aaagacttcatacgccttgctcaagaaaccagatgtaattactcatttcaatacaatactgtttcaattcttactttttttttttatcctcagtaaaata 4368269  T
Q  93 gtaaacaatggcttagtgcattttcggattgactgttgaaaccggtgaaatcatggcaggttactgtgattctgt---------------------agac 171  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     ||||    
T  4368268 gtaaacaatggcttagtgcattttcggattgactgttgaaaccggtgaaatcatggcaggttactgtgattctgtcaaattcttgtgtgattctgtagac 4368169  T
Q  172 aagttatatccaacaatatgctgtaggtgtttgttgttatttgataatgatgatggtatgtgcaggttaatatcataaaataatatgaaccataataatt 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4368168 aagttatatccaacaatatgctgtaggtgtttgttgttatttgataatgatgatggtatgtgctggttaatatcataaaataatatgaaccataataatt 4368069  T
Q  272 gatcacgttggatacaactatataattaaagaatacatctaacataacagctgagtttgattgctctttatatttattattattgtttaataaactttat 371  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4368068 gatcacgttggatacaactatataattaaagaatacatctaacataacagctgagtttgattgctctttatatttattattattgtttaataaactttat 4367969  T
Q  372 gccagtggggtttgaagccagctttgatgtggtcctatggtctattaaattatcctaactgctcaactttattgtaaagctctgaatctaatacattaaa 471  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4367968 gccagtggggtttgaagccagctttgatgtggtcctatggtctattaaattatcctaactgctcaactttattgtaaagctctgaatctaatacattaaa 4367869  T
Q  472 ctaagtttttatttttatatacttttcttcctcttcaattactattttctctccccaaattacattttaaaggggtaaacttttcaatctcaagtcaaag 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4367868 ctaagtttttatttttatatacttttcttcctcttcaattactattttctctcctcaaattacattttaaaggggtaaacttttcaatctcaagtcaaag 4367769  T
Q  572 tgaactgttttgaagagtagagttaatgtacctctttaaaggccttgatttgtaagcttgtcctataattttatatgggatggaaactgaaatggaagtt 671  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4367768 tgaactgttttgaagagtagagttaatgtacctctttaaaggccttgatttgtaagcttgtcctatagttttatatgggatggaaactgaaatggaagtt 4367669  T
Q  672 attgtgcaatactagttttgcactttgtacttgcatatgaaagtcacacatgatataacttc 733  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4367668 attgtgcaatactagttttgcactttgtacttgcatatgaaagtcacacatgatataacttc 4367607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 13574 times since January 2019
Visitors: 8302