View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2994-Insertion-8 (Length: 341)

Name: NF2994-Insertion-8
Description: NF2994
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2994-Insertion-8
NF2994-Insertion-8
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (8-341)||(4725494-4725827)
chr8 (8-334)||(4688230-4688556)
chr8 (8-337)||(4714062-4714391)
chr8 (8-337)||(4995523-4995852)
chr8 (8-322)||(4777121-4777435)
chr8 (8-341)||(4680596-4680929)
chr8 (8-337)||(4702726-4703055)
chr8 (8-336)||(4890905-4891236)
chr8 (8-341)||(4744970-4745298)
chr8 (7-308)||(21440144-21440448)
chr8 (8-302)||(4914096-4914390)
chr8 (70-329)||(4904954-4905213)
chr8 (8-337)||(10445977-10446309)
chr8 (14-307)||(4875927-4876220)
chr8 (9-322)||(4735967-4736283)
chr8 (14-301)||(4925826-4926113)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 302; Significance: 1e-171; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 8 - 341
Target Start/End: Original strand, 4725494 - 4725827
Alignment:
Q  8 gtgagaagctttccaaktggagtgagaaattgttacagaataaatataacrrgtggtwctaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatg 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4725494 gtgagaagctttccaagtggagtgagaaattgttacaaaataaatataacaagtggtactaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatg 4725593  T
Q  108 atggtttaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagat 207  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4725594 atgatctaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagat 4725693  T
Q  208 catttacactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggattttgaacaat 307  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4725694 catttacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacagacaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggactttgaacaat 4725793  T
Q  308 aaaacttatgtcacacactcagctaaatcatcag 341  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4725794 aaaacttatgtcacacactcagctaaatcatcag 4725827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 8 - 334
Target Start/End: Original strand, 4688230 - 4688556
Alignment:
Q  8 gtgagaagctttccaaktggagtgagaaattgttacagaataaatataacrrgtggtwctaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatg 107  Q
    ||||| || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  4688230 gtgaggagttttcctagtggagtgagaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactatg 4688329  T
Q  108 atggtttaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagat 207  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| | |||| |||||||||||||    
T  4688330 atgatttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcactcatcgcaaccagtgagat 4688429  T
Q  208 catttacactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggattttgaacaat 307  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  4688430 catttacactccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaacgggactccattcatttcatctatagaattgaggactttgaacaat 4688529  T
Q  308 aaaacttatgtcacacactcagctaaa 334  Q
    |   ||||||||||| ||||| |||||    
T  4688530 actgcttatgtcacaaactcaactaaa 4688556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 8 - 337
Target Start/End: Original strand, 4714062 - 4714391
Alignment:
Q  8 gtgagaagctttccaaktggagtgagaaattgttacagaataaatataacrrgtggtwctaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatg 107  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  4714062 gtgaggagctttccaagtggagtgagaaattgttacagaataaatgtaacaagtggtattaaatatttaatcagatcttctttctattacggaaactatg 4714161  T
Q  108 atggtttaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagat 207  Q
    ||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || || || ||| |||| | |||||||  |||||||||    
T  4714162 atgatttaaatgagccaccagaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagtgaagttaactaatatatcacacatcacagacagtgagat 4714261  T
Q  208 catttacactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggattttgaacaat 307  Q
    ||| |||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  4714262 catatacactccattattagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaat 4714361  T
Q  308 aaaacttatgtcacacactcagctaaatca 337  Q
     ||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  4714362 gaagtttatgtcacaaactcagctaaatca 4714391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 8 - 337
Target Start/End: Original strand, 4995523 - 4995852
Alignment:
Q  8 gtgagaagctttccaaktggagtgagaaattgttacagaataaatataacrrgtggtwctaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatg 107  Q
    ||||| |||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| || |  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4995523 gtgaggagctttccaattggaatgagaaactgttacagaataaatgtagcaagtggtactaaatatttaatcagagcatctttctattatggtaactatg 4995622  T
Q  108 atggtttaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagat 207  Q
    ||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||| ||| |||||| | |||||||  |||||||||    
T  4995623 ataatctaaacaagccaccagaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagtgaagttcgccagtctatcacacatcacagacagtgagat 4995722  T
Q  208 catttacactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggattttgaacaat 307  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||    
T  4995723 catatacactccatcactagattacattcaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttctgctattgaattgaggcctttgaacaat 4995822  T
Q  308 aaaacttatgtcacacactcagctaaatca 337  Q
    | | ||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  4995823 acagcttatatcacatactcacctaaatca 4995852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 8 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 4777435 - 4777121
Alignment:
Q  8 gtgagaagctttccaaktggagtgagaaattgttacagaataaatataacrrgtggtwctaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatg 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4777435 gtgagaagctttccaagtggagtgagaaattgttacagaataaatgtaacatctggtactaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatg 4777336  T
Q  108 atggtttaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagat 207  Q
    ||| ||||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||  ||| || || | |  || ||||||    
T  4777335 atgatttaaatgaccctccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtgaagttccccaatgcatcacgtatgagattcaatgagat 4777236  T
Q  208 catttacactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggattttgaacaat 307  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||    
T  4777235 catttacagtccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggccaagggactccattcatttcggctatagaattgaggcctttgaacaat 4777136  T
Q  308 aaaacttatgtcaca 322  Q
     ||||||| ||||||    
T  4777135 gaaacttacgtcaca 4777121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 192; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 8 - 341
Target Start/End: Original strand, 4680596 - 4680929
Alignment:
Q  8 gtgagaagctttccaaktggagtgagaaattgttacagaataaatataacrrgtggtwctaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatg 107  Q
    ||||| |||||||| | |||||||| ||||||||||| |||| || ||||   |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  4680596 gtgaggagctttcccagtggagtgaaaaattgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacg 4680695  T
Q  108 atggtttaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagat 207  Q
    ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||| |||| ||  |||||    
T  4680696 atgatttaaatgagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagat 4680795  T
Q  208 catttacactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggattttgaacaat 307  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| | |||    
T  4680796 catatacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccatagaattgaggactttggataat 4680895  T
Q  308 aaaacttatgtcacacactcagctaaatcatcag 341  Q
    ||| ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  4680896 aaagcttatgtcacatacgcagctaaatcatcag 4680929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 337
Target Start/End: Original strand, 4702726 - 4703055
Alignment:
Q  8 gtgagaagctttccaaktggagtgagaaattgttacagaataaatataacrrgtggtwctaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatg 107  Q
    ||||| || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4702726 gtgaggagttttcctaatggagtgagaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagctactttctattatggtaactatg 4702825  T
Q  108 atggtttaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagat 207  Q
    ||| ||||||  | || ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||| |||||  ||| | | |||||   |  |||||    
T  4702826 atgatttaaatgatcccccagaatttgatcttcattttggacctaatgtctgggatacagtgaacttccccaatgcatcactcgtcacatttatggagat 4702925  T
Q  208 catttacactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggattttgaacaat 307  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||    
T  4702926 catttacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttattgaattgaggactttgaacaat 4703025  T
Q  308 aaaacttatgtcacacactcagctaaatca 337  Q
    ||| ||||||||||| | ||| ||||||||    
T  4703026 aaagcttatgtcacatattcatctaaatca 4703055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 8 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 4891236 - 4890905
Alignment:
Q  8 gtgagaagctttccaaktggagtgagaaattgttacagaataaatataacrrgtggtwctaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatg 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||| | ||||  ||||| |||||||||| |||||| |||||||   |||||| |||||||    
T  4891236 gtgagaagctttccaagtggagtgagaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttcttttctttatggaaactatg 4891137  T
Q  108 atggtttaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaactt---caccaatctatcgcgcatcacaaccagtga 204  Q
    ||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||   | |||||  ||| | | |||||  ||| ||    
T  4891136 ataatctaaacaagccaccacaatttgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcactcttcacattcaggga 4891037  T
Q  205 gatcatttacactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggattttgaac 304  Q
     |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4891036 aatcatttacactccgtcgctagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggcctttgaac 4890937  T
Q  305 aataaaacttatgtcacacactcagctaaatc 336  Q
    |||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  4890936 aatacagcttatgtcacatactcagctaaatc 4890905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 153; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 8 - 341
Target Start/End: Original strand, 4744970 - 4745298
Alignment:
Q  8 gtgagaagctttccaaktggagtgagaaattgttacagaataaatataacrrgtggtwctaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatg 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||  |||   ||| | ||||  ||||   || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4744970 gtgagaagctttccaagtggagtgagaaactg--aca---taagtgtaacaagtggaaatatatatttaatcagagcttctttctattatggaaactatg 4745064  T
Q  108 atggtttaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagat 207  Q
    ||  | ||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||| ||||| ||||   || |||||| || |||||    
T  4745065 ataatctaaatcaaccaccacaatttgatcttcattttggtgctaatgtgtgggatacggtgaatttccccaatgtatcagtcaccacaacaagggagat 4745164  T
Q  208 catttacactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggattttgaacaat 307  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4745165 catttacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcagcaggactccattcatttcagctatagaattgaggagtttgaacaat 4745264  T
Q  308 aaaacttatgtcacacactcagctaaatcatcag 341  Q
    | | |||||| || | |||||| |||||||||||    
T  4745265 acagcttatggcaaatactcagataaatcatcag 4745298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 151; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 21440448 - 21440144
Alignment:
Q  7 agtgagaagctttccaaktggagtgagaaattgttacagaataaatataacrrgtggtwctaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactat 106  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  21440448 agtgaggagctttccaagtggagtgagaaactgttacaaaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaataagagcttctttctattatggaaactat 21440349  T
Q  107 gatggtttaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaa---cttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtg 203  Q
    |||  | ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||    ||| |||||  ||| | |||||| | ||  |    
T  21440348 gataatctaaatgaaccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgttctccaatgcatcacacatcactatcaagg 21440249  T
Q  204 agatcatttacactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggattttgaa 303  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||    
T  21440248 agattatttacactccatcagtagattacataaaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagccatagaattgagggctatgaa 21440149  T
Q  304 caata 308  Q
    |||||    
T  21440148 caata 21440144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 147; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 8 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 4914390 - 4914096
Alignment:
Q  8 gtgagaagctttccaaktggagtgagaaattgttacagaataaatataacrrgtggtwctaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatg 107  Q
    ||||| || ||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  4914390 gtgaggagttttcctagtggagttagaaactgttacagaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaatcagagcttctttttattatggaaactatg 4914291  T
Q  108 atggtttaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagat 207  Q
    ||  | ||||  | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| ||||  ||||||||  ||  |||||    
T  4914290 ataatctaaatcaaccaccagaatttgatctacattttggagctaatgtttgggaaacagtaaagttcactaatgtatcaggcatcacactcaaggagat 4914191  T
Q  208 catttacactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggattttga 302  Q
    ||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||    
T  4914190 catatacactccatcacaagatcacatacaaccatgtcttgttaacataggcaaagggactccattcatttcagttttagaattgaggactttga 4914096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 140; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 70 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 4905213 - 4904954
Alignment:
Q  70 atatttaatcagagcttctttctattatggtaactatgatggtttaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgta 169  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||  | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  4905213 atatttaattagagctactttctattatggtaattatgatgatttaaatgaccctccacaatttgatcttcattttggagcaaatgtttgggatacagta 4905114  T
Q  170 aacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagatcatttacactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactc 269  Q
    || ||||| | |  ||| | ||  |||| ||  ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4905113 aagttcacaattgcatcactcactacaatcaaggagatcatttacactccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactc 4905014  T
Q  270 cattcatttcagctatagaattgaggattttgaacaataaaacttatgtcacacactcag 329  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  4905013 cattcatttcagccatagaattgaggcctttgaacaatagagcttatgtcacaaactcag 4904954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 135; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 337
Target Start/End: Original strand, 10445977 - 10446309
Alignment:
Q  8 gtgagaagctttccaaktggagtgagaaattgttacagaataaatataacrrgtggtwctaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatg 107  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  10445977 gtgaggagctttcctagtggagtgagaaattgttacagaataaatgttacaagtggtattcaatatttaatcagagtttctttctattatggaaactatg 10446076  T
Q  108 atggtttaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcacc---aatctatcgcgcatcacaaccagtga 204  Q
    ||  | ||||  |  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || |  ||| ||   |||   |   |  || ||  ||  ||    
T  10446077 ataatctaaatgaaacaccacagtttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgacgttctcctccaatgatttagggttcgcattcaagga 10446176  T
Q  205 gatcatttacactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggattttgaac 304  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10446177 gatcatatacactccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggattccattcatttcagctatagaattgaggactttgaac 10446276  T
Q  305 aataaaacttatgtcacacactcagctaaatca 337  Q
    ||||| ||||||  |||||||||||||||||||    
T  10446277 aataatacttataccacacactcagctaaatca 10446309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 132; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 14 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 4876220 - 4875927
Alignment:
Q  14 agctttccaaktggagtgagaaattgttacagaataaatataacrrgtggtwctaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatgatggtt 113  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||     | |  | ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  |     
T  4876220 agctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaatgtaaacatggatattcaatatttaatcagagctactttctattatggaaactatgataatc 4876121  T
Q  114 taaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagatcattta 213  Q
    ||||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || || ||||| ||| |||| |||| ||||| ||  |||||||| ||    
T  4876120 taaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagttcacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcatata 4876021  T
Q  214 cactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggattttgaacaat 307  Q
    |||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  4876020 cactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaat 4875927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 131; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 9 - 322
Target Start/End: Original strand, 4735967 - 4736283
Alignment:
Q  9 tgagaagctttccaaktggagtgagaaattgttacagaataaatataacrrgtggtwctaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatga 108  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||   |||||| | ||||||    
T  4735967 tgaggagctttccaagtggagtgagaaattgttacaaaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaatcagagctacttttctttatggaagctatga 4736066  T
Q  109 tggtttaaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcacca---atctatcgcgcatcacaaccagtgag 205  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   || ||| || |  ||| |||   ||  ||| | | |||||  ||| ||     
T  4736067 tggtttagacaagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtggtggctacagtgaggttctccaaccatacatcacacttcacatacagggaa 4736166  T
Q  206 atcatttacactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggattttgaaca 305  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4736167 atcatttatactccatcacaagattacatacaaccatgttttgttaacacaggaaacggaactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaaca 4736266  T
Q  306 ataaaacttatgtcaca 322  Q
    | | | |||||||||||    
T  4736267 acacagcttatgtcaca 4736283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 108; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 14 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 4926113 - 4925826
Alignment:
Q  14 agctttccaaktggagtgagaaattgttacagaataaatataacrrgtggtwctaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatgatggtt 113  Q
    |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| |||     |||  | ||||||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||  |     
T  4926113 agctttccaagtggagttagaaactgttacagaataaatgtaaacatgggtgttcaatatttaatcagagctactttcctttatggaaactatgataata 4926014  T
Q  114 taaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagatcattta 213  Q
    ||||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||    ||  |||||  ||| |||  ||||| ||  |||||||||||    
T  4926013 taaatgaaccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacggtgttgttatccaatgcatcacgccccacaatcaaggagatcattta 4925914  T
Q  214 cactccatcacttgattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggattttg 301  Q
    || |||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  4925913 cattccatcaaaagattacatacaaccatgtcttgttaaaacaggcaaagggactccattcatttcaactatagaattgaggactttg 4925826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 18131 times since January 2019
Visitors: 3794