View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2994_low_1 (Length: 1491)

Name: NF2994_low_1
Description: NF2994
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2994_low_1
NF2994_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-1483)||(40241647-40243113)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (105-1192)||(47378639-47379725)
chr3 (227-884)||(47814310-47814973)
chr3 (992-1433)||(47815056-47815478)
chr3 (407-708)||(45110650-45110951)
chr3 (1248-1427)||(47379836-47380014)
chr3 (1265-1434)||(45112002-45112170)
chr3 (1028-1169)||(45111783-45111924)
chr3 (105-192)||(47814227-47814314)
chr3 (121-174)||(45110376-45110429)
chr3 (647-710)||(47371903-47371966)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (516-1176)||(34056475-34057131)
chr1 (121-177)||(34057135-34057191)
chr1 (1377-1468)||(34056334-34056424)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1254-1433)||(17717055-17717221)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 1419; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 1419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1483
Target Start/End: Original strand, 40241647 - 40243113
Alignment:
Q  18 gtttagggttagaaagcaagaacatatttagttttctgaatggagtatgtgaatttattgtctgctaatatgcttttttatggatgaaatgtagtgaaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40241647 gtttagggttagaaagcaagaacatatttagttttctgaatggagtatgtgaattaattgtctgctaatatgcttttttatggatgaaatgtagtgaaca 40241746  T
Q  118 atccaggaatcatgtctagggttttggcgcagtcgattaatgtccctggtctagtggctggtcgaaggcatgtcaataacaacaagggagcagctagatc 217  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40241747 atccaggaatcatgtctagggctttggcgcagtcgattaatgtccctggtctagtggctggtcgaaggcatgtcaataacaacaagggagcagctagatc 40241846  T
Q  218 aagaaggtctgtcagaatgatgtttaccacacgaactactgcacccagactgtccagttactcgggattacgtactttgaattctttggattcaatgttg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40241847 aagaaggtctgtcagaatgatgtttaccacacgaactgcttcacccagactgtccagttactcgggattacgtactttgaattctttggattcaatgttg 40241946  T
Q  318 agacctggccaagattttcattctaaggtgctcactcagattggtactaatcgagctaagggtggtagaggtagtagatgtgttactaaagccatgtttg 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40241947 agacctggccaagattttcattctaaggtgctcactcagattggtactaatcgagctaagggtggtagaggtagtagatgtgttactaaagccatgtttg 40242046  T
Q  418 agcgttttacggagaaagctatcaaagttattatgttggctcaggaggaagcaaggcggctgggacacaattttgttggaactgaacagattctattggg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40242047 agcgttttacggagaaagctatcaaagttattatgttggctcaggaggaagcaaggcggctgggacacaattttgttggaactgaacagattctattggg 40242146  T
Q  518 tcttattggtgaaggaactggtattgcggctaaggttttgaagtctatggggattaacctaaaagatgcacgtgtcgaggtagagaagataattggaagg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40242147 tcttattggtgaaggaactggtattgcggctaaggttttgaagtctatggggattaacctaaaagatgcacgtgtcgaggtagagaagataattggaagg 40242246  T
Q  618 ggcagtggttttgtcgctgttgagattccgtttactccgcgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcgtcaacttggtaaacaatagc 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40242247 ggcagtggttttgtcgctgttgagattccgtttactccgcgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcgtcaacttggtaaacaatagc 40242346  T
Q  718 atacttttataatgtcgttttgcatatctaatcaattatcttgtttacaaaaatgtgttcacgccttattatttgtatgatatattccaaacatgacttg 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40242347 atacttttataatgtcgttttgcatatctaatcaattatcttgtttacaaaaatgtgttcacgacttattatttgtatgatatattccaaacatgacttg 40242446  T
Q  818 atttttgctttgagtgatctgttggttcaccaatttgaattaaattcattcaaagtaagttgaaatttatctatgaattggcgtgatttattttttgtcc 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40242447 atttttgctttgagtgatctgttggttcaccaatttgaattaaattcattcaaagtaagttgaaatttatctatgaattggcgtgatttattttttgtcc 40242546  T
Q  918 ggcctttccgctcttatgttttattttatttggagtgtttaaaaattagtattcacgtgcagtactttgctcgtgcttgctgaaagtttggcttacattt 1017  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40242547 ggtctttccgctcttatgttttattttatttggagtgtttaaaaattagtattcacgtgcaatactttgcttgtgcttgctgaaagtttggcttacattt 40242646  T
Q  1018 tggaatttctaggtcacaattatatcggatctgagcacttgcttttgggtcttcttcgagaaggtgaaggtgtggcagcacgtgttcttgaaaatttggg 1117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40242647 tggaatttctaggtcacaattatatcggatctgagcacttgcttttgggtcttcttcgagagggtgaaggtgtggcagcacgtgttcttgaaaatttggg 40242746  T
Q  1118 tgccgacccaactaatattcgcacccaggcaagtattatgtcatcatttattccttttatgtatttttattatataagaacatgctttcacttttcatct 1217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40242747 tgccgacccaactaatattcgcacccaggcaagtattatgtcatcatttattccttttatgtatttttattatataagaacatgctttcacttttcatct 40242846  T
Q  1218 gaatttatgtttttgtgtgttaatcttgtactccatttgatgggaacaggttattcgcatggttggtgagggtgctgatagtgttggggctactgttggc 1317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40242847 gaatttatgtttttgtgtgttaatcttgtactccatttgatgggaacaggttattcgcatggttggtgagggtgctgatagtgttggggctactgttggc 40242946  T
Q  1318 tctggaagtagtaacaataagatgccaactttggaggagtatggcaccaatttgaccaagctagcagaggaggtaacttaaaattcgtagttttcttcat 1417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40242947 tctggaagtagtaacaataagatgccaactttggaggagtatggcaccaatttgaccaagctagcagaggaggtaacttacaattcgtagttttcttcat 40243046  T
Q  1418 gacagattgtagatgatccctcattctgtgttgatgcttactaa-ttttctctttcgtgatgatgtc 1483  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40243047 gacagattgtagatgatccctcattctgtgttgatgcttactaatttttctctttcgtgatgatgtc 40243113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 484; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 105 - 1192
Target Start/End: Original strand, 47378639 - 47379725
Alignment:
Q  105 aatgtagtgaacaatccaggaatcatgtctagggttttggcgcagtcgattaatgtccctggtctagtggctggtcgaaggcatgtcaataacaacaagg 204  Q
    |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  47378639 aatgcagtgaacaattccggaatcatgtctagggttttggcacagtcgattaatgtccccggcctagtggctggtcgaaggcatgtcaataacaacaatg 47378738  T
Q  205 gagcagctagatcaaga---aggtctgtcagaatgatgtttaccacacgaactactgcacccagactgtccagttactcgggattacgtactttgaattc 301  Q
    || | |  |||||||||   ||||||||||||||||||| | | |||| |||| || ||    |||||||  ||| ||| ||||||||| ||||||| ||    
T  47378739 gatccgtgagatcaagacctaggtctgtcagaatgatgtatgctacacaaactgctacaatgcgactgtctggtttctctggattacgtcctttgaactc 47378838  T
Q  302 tttggattcaatgttgagacctggccaagattttcattctaaggtgctcactcagattggtactaatcgagctaagggtggtagaggtagtagatgtgtt 401  Q
    ||||||||| ||||| |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||     
T  47378839 tttggattctatgtttagacccagacaagattttcattctaaggtgctcactcagattggtactaatagagcaaggggtggtagaggtagcagatgtgta 47378938  T
Q  402 actaaagccatgtttgagcgttttacggagaaagctatcaaagttattatgttggctcaggaggaagcaaggcggctgggacacaattttgttggaactg 501  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |    
T  47378939 actagagccatgtttgagcgtttcacggagaaagcaatcaaagttattatgctggctcaagaggaagctaggcggcttggtcacaattttgtcggaacag 47379038  T
Q  502 aacagattctattgggtcttattggtgaaggaactggtattgcggctaaggttttgaagtctatggggattaacctaaaagatgcacgtgtcgaggtaga 601  Q
    |||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||  | || || || || ||    
T  47379039 aacaaattttgttgggtcttattggtgaaggcactggtattggtgctaaggttctaaagtctatgggaattaacctgaaagactctcgcgtggaagttga 47379138  T
Q  602 gaagataattggaaggggcagtggttttgtcgctgttgagattccgtttactccgcgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcgtcaa 701  Q
     ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  47379139 aaagataattggaaggggtagcggttttgttgctgttgagattccgtttactccgcgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcgccaa 47379238  T
Q  702 cttggtaaacaatagcatacttttataatgtcgttttgcatatctaatcaattat--cttgtttac---aaaaatgtgttcacgccttattatttgtatg 796  Q
    ||||||||   ||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||   ||||||||   |||| |||||||| | ||| |||||| ||||    
T  47379239 cttggtaagtgatagcatacctttat-atgtcgtttttcatatcaaatcaattatactttgtttacgagaaaattgtgttcatgacttgttatttatatg 47379337  T
Q  797 atatattccaaacatgacttgatttttgctttgagtgatctgttggttcaccaatttgaattaaattcattcaaagtaagttgaaatttatctatgaatt 896  Q
    || ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||| ||| ||||||| || ||    
T  47379338 atttattccaaacatgccttgattgttgctttgattgatctgatggttgaccaatttgaattaaatacattcaaactgagtttaaaattatctacgagtt 47379437  T
Q  897 ggcgtga-tttattttttgtccggcctttccgctc-ttatg--ttttattttatttggagtgt--ttaaaaattagtattcacgtgcagtactttgctcg 990  Q
    |  || | ||||||||||| || ||||||| || | || ||   ||| |||||||||||||||  ||||| ||| |||||    ||      ||| |       
T  47379438 gttgttagtttattttttgacccgcctttcagcgctttctgctctttcttttatttggagtgtggttaaatatttgtatt----tg------tttac--- 47379524  T
Q  991 tgcttgctgaaagtttggcttacattttggaatttctaggtcacaattatatcggatctgagcacttgcttttgggtcttcttcgagaaggtgaaggtgt 1090  Q
     | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  47379525 -gtttgctgaaattttggcttacattttggaatttctaggtcacaattatatcggatctgagcacctgcttttgggtcttcttcgagagggtgagggtgt 47379623  T
Q  1091 ggcagcacgtgttcttgaaaatttgggtgccgacccaactaatattcgcacccaggcaagtattatgtcatcatttattccttttatgtatttttattat 1190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47379624 ggccgcacgtgttcttgaaaatttgggtgctgatccaactaatattcgcacccaggctagtattatgttctcatttattccttttatgtatatttattat 47379723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 227 - 884
Target Start/End: Original strand, 47814310 - 47814973
Alignment:
Q  227 tgtcagaatgatgtttaccacacgaactactgcacccagactgtccagttactcgggattacgtactttgaattctttggattcaatgttgagacctggc 326  Q
    |||||||||||||| | |||||| |||| || ||  | |||||||| ||| ||| ||||||||| || |||| ||||||||||| |||||||||          
T  47814310 tgtcagaatgatgtatgccacacaaactgctacaatccgactgtccggtttctctggattacgtcctgtgaactctttggattctatgttgagatacaaa 47814409  T
Q  327 caagattttcattctaaggtgctcactcagattggtactaatcgagctaagggtggtagaggtagtagatgtgttactaaagccatgtttgagcgtttta 426  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||| | | |||      
T  47814410 caagattttcattctaaggtgctcactcagattggtactaatagagtaaggggtggtagaggtagcagatgtgtaactagagccatatttcatcatttct 47814509  T
Q  427 cggagaaagctatcaaagttattatgttggctcaggaggaagcaaggcggctgggacacaattttgttggaactgaacagattctattgggtcttattgg 526  Q
    |||||||| |  |||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| | |||||| ||||| |    
T  47814510 cggagaaaccagtcaaagttattatgctggctcaagatgaagctaggcggctgggacacaattttgtcggaacagaacaaattttgttgggtattattcg 47814609  T
Q  527 tgaaggaactggtattgcggctaaggttttgaagtctatggggattaacctaaaagatgcacgtgtcgaggtagagaagataattggaaggggcagtggt 626  Q
     ||||| ||||||||||  ||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||  | || || || || || ||||||||||||||||| ||||||    
T  47814610 cgaaggcactggtattggtgctaaggttctaaagtctatgggaattaacctgaaagactctcgcgtggaagtcgaaaagataattggaaggggtagtggt 47814709  T
Q  627 tttgtcgctgttgagattccgtttactccgcgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcgtcaacttggtaaacaatagcatactttta 726  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||    
T  47814710 tttgtcgctgttgagattccgtttactccgcgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcgccaacttggtaaacgatagcatatcttta 47814809  T
Q  727 taatgtcgttttgcatatctaatcaattat--cttgttta-caaaaatgtgttcacgcc----ttattatttgtatgatatattccaaacatgacttgat 819  Q
    | |||||||||| |||||| ||||||||||   |||||||  |||| |||||||| | |    ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  47814810 t-atgtcgtttttcatatcaaatcaattatactttgtttatgaaaattgtgttcatgacttatttattatttatatgatttattccaaacatgccttgat 47814908  T
Q  820 ttttgctttgagtgatctgttggttcaccaatttgaattaaattcattcaaagtaagttgaaatt 884  Q
    | ||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||    
T  47814909 tgttgctatgattgatctgatggttgaccaatttgaattaaatacattcaaagtgagtttaaatt 47814973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 992 - 1433
Target Start/End: Original strand, 47815056 - 47815478
Alignment:
Q  992 gcttgctgaaagtttggcttacattttggaatttctaggtcacaattatatcggatctgagcacttgcttttgggtcttcttcgagaaggtgaaggtgtg 1091  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  47815056 gcttgctgaaattttgccttacattttggaatttctaggtcacaattatattggaactgagaacctgcttttggatcttcttcgagagggtgaaggtgtg 47815155  T
Q  1092 gcagcacgtgttcttgaaaatttgggtgccgacccaactaatattcgcacccaggcaagtattatgtcatcatttattccttttatgtatttttattata 1191  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  47815156 gcagcacgtgttcttgaaaatttgggcgatgatccaactaatattcgcacccaggctagtattatgttctcatttattccttttacgtatatttactata 47815255  T
Q  1192 taagaacatgctttcacttttcatctgaatttatgtttttgtgtgttaatcttgtactccatttgatgggaacaggttattcgcatggttggtgagggtg 1291  Q
    |||||||||||       |||||||| ||||||||||| |||||       |||| || || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47815256 taagaacatgc-------tttcatcttaatttatgtttgtgtgt-------ttgtgcttcacttgaggggaacaggttattcgcatggttggtgagggtg 47815341  T
Q  1292 ctgatagtgttggggctactgttggctctggaagtagtaacaataagatgccaactttggagg--------agtatggcaccaatttgaccaagctagca 1383  Q
     ||| | |||||| |            ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47815342 gtgacaatgttggtg------------ctggaagtagtaatagcaagatgccaactttggaggaatatggcagtatggcaccaatttgaccaagctagca 47815429  T
Q  1384 gaggaggtaacttaaaattcgtagttttcttcatgacagattgtagatga 1433  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||| |||||||||||| |||||    
T  47815430 gaggaggtaacttacaa-tcctagttttcttaatgacagattgttgatga 47815478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 407 - 708
Target Start/End: Original strand, 45110650 - 45110951
Alignment:
Q  407 agccatgtttgagcgttttacggagaaagctatcaaagttattatgttggctcaggaggaagcaaggcggctgggacacaattttgttggaactgaacag 506  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || |||    
T  45110650 agccatgtttgagcgtttcacagagaaagcaatcaaagtgataatgttagctcaagaggaagcaaggcgtcttggtcacaattttgttggaacagagcag 45110749  T
Q  507 attctattgggtcttattggtgaaggaactggtattgcggctaaggttttgaagtctatggggattaacctaaaagatgcacgtgtcgaggtagagaaga 606  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||||||||    
T  45110750 attctactgggtcttattggtgaaggcactggtatcgccgccaaggttttaaagtctatgggaatcaaccttaaagatgcacgggtggaagtagagaaga 45110849  T
Q  607 taattggaaggggcagtggttttgtcgctgttgagattccgtttactccgcgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcgtcaacttgg 706  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | || |||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||    
T  45110850 taattggaaggggtagtggatttgttgctgttgagattccgtttactcctcgtgcaaagcgtgtattggaactttcactcgaggaagctcgccaacttgg 45110949  T
Q  707 ta 708  Q
    ||    
T  45110950 ta 45110951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 1248 - 1427
Target Start/End: Original strand, 47379836 - 47380014
Alignment:
Q  1248 ctccatttgatgggaacaggttattcgcatggttggtgagggtgctgatagtgttggggctactgttggctctggaagtagtaacaataagatgccaact 1347  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  47379836 ctccacttgaggggaacaggttattcgcatggttggtgagggtgctgacaatgttggggctactgttggctctggaagtagtaatagcaagatgccaact 47379935  T
Q  1348 ttggaggagtatggcaccaatttgaccaagctagcagaggaggtaacttaaaattcgtagttttcttcatgacagattgt 1427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||  ||||||||||||    
T  47379936 ttggaggagtatggcaccaatttgaccaagctagcagaggaggtaacttacaa-tcctagttttctcaatgacagattgt 47380014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 1265 - 1434
Target Start/End: Original strand, 45112002 - 45112170
Alignment:
Q  1265 aggttattcgcatggttggtgagggtgctgatagtgttggggctactgttggctctggaagtagtaacaataagatgccaactttggaggagtatggcac 1364  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||    
T  45112002 aggttattcgcatggtgggtgagagtgctgacaatgttactgctactgttggctcaggaagtagtaacaataaaacgccaactttggaggagtatggaac 45112101  T
Q  1365 caatttgaccaagctagcagaggaggtaacttaaaattcgtagttttcttcatgacagattgtagatgat 1434  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||| |||||  || |||||||||    
T  45112102 caatttgaccaagctagcagaagaggtaa-tgacagttcctagttttcttaatgaccaatggtagatgat 45112170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 1028 - 1169
Target Start/End: Original strand, 45111783 - 45111924
Alignment:
Q  1028 aggtcacaattatatcggatctgagcacttgcttttgggtcttcttcgagaaggtgaaggtgtggcagcacgtgttcttgaaaatttgggtgccgaccca 1127  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||  | || || || ||     
T  45111783 aggtcacaattatattggatcggagcacttgcttctaggtcttcttcgagagggtgagggagtagcagcacgtgttcttgaaaacctaggcgctgatcct 45111882  T
Q  1128 actaatattcgcacccaggcaagtattatgtcatcatttatt 1169  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||| | |||||||||    
T  45111883 actaatattcgcacacaggctcgtattatgccttcatttatt 45111924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 105 - 192
Target Start/End: Original strand, 47814227 - 47814314
Alignment:
Q  105 aatgtagtgaacaatccaggaatcatgtctagggttttggcgcagtcgattaatgtccctggtctagtggctggtcgaaggcatgtca 192  Q
    |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  47814227 aatgcagtgaacaatctaagaatcatgtctagggttttggcacagtcgattaacatccccggcctagtggctggtcgaaggcatgtca 47814314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 121 - 174
Target Start/End: Original strand, 45110376 - 45110429
Alignment:
Q  121 caggaatcatgtctagggttttggcgcagtcgattaatgtccctggtctagtgg 174  Q
    ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  45110376 caggaatcatggctcgggttttggctcagtcgattaatgttcctggcctagtgg 45110429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 647 - 710
Target Start/End: Original strand, 47371903 - 47371966
Alignment:
Q  647 gtttactccgcgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcgtcaacttggtaaa 710  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  47371903 gtttactatgcgtgccaagagagttttgaaattttcattgaaggaagctcaccaacttggtaaa 47371966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 205; Significance: 1e-111; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 516 - 1176
Target Start/End: Complemental strand, 34057131 - 34056475
Alignment:
Q  516 ggtcttattggtgaaggaactggtattgcggctaaggttttgaagtctatggggattaacctaaaagatgcacgtgtcgaggtagagaagataattggaa 615  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| | | ||||||| | |||| |||||| |||||| | |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||    
T  34057131 ggtcttattggtgaaggcactagtatttctgttaaggttctaaagtgtatgggaattaacttgaaagatgcgcgtgtggaagtagaaaagataattggaa 34057032  T
Q  616 ggggcagtggttttgtcgctgttgagattccgtttactccgcgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcgtcaacttggtaaacaata 715  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||| || |||    
T  34057031 ggggtggtggttttgtcgctgttgagattccgtttacttcttgtgtcaagagagttttgaaactctcattggaggaatctcgccaacttggtatacgata 34056932  T
Q  716 gcatacttttataatgtcgttttgcatatctaatcaattat--cttgttta-caaaaatgtgttcacgccttattatttgtatgatatattccaaacatg 812  Q
     ||||  || ||  |||| ||||||||||| ||||||||||   ||||||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||||| |||| ||  ||||    
T  34056931 acatagcttcat-gtgtcattttgcatatcaaatcaattatactttgtttaccaaaattgtgttcataacttattatttgtatgatttatttcatgcatg 34056833  T
Q  813 acttgatttttgctttgagtgatctgttggttcaccaatttgaattaaattcattcaaagtaagttgaaatttatctatgaattggcgtga-tttatttt 911  Q
    |||||||| ||||||||| ||||  | ||||| | |||| |||||||||| |||||||| | |||  ||||||||||||||||||  || | || |||||    
T  34056832 acttgattgttgctttgattgatacgatggttgagcaatatgaattaaatacattcaaaatgagtctaaatttatctatgaattgttgttagttcatttt 34056733  T
Q  912 ttgtccggcctttccgctcttatgttttattttatttggagtgt-ttaaaaattagtattcacgtgcagtactttgctcgtgcttgctgaaagtttggct 1010  Q
    ||| |  |||||| ||||||| | |||||||       ||||||  | |||||| |||||||||| || ||||||| | ||||||||||||| ||| |||    
T  34056732 ttggcttgccttttcgctctt-tcttttatt-------gagtgtagttaaaatttgtattcacgttcaatactttgtttgtgcttgctgaaattttagct 34056641  T
Q  1011 tacattttggaatttctaggtcacaattatatcggatctgagcacttgcttttgggtcttcttcgagaaggtgaaggtgtggcagcacgtgttcttgaaa 1110  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| || | |||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  34056640 tacattatggaatttctagatcataattatatccgatctgagcacctgttattgggttttcttcgcgagggtgagggtgtggcagcacctgttcttgaaa 34056541  T
Q  1111 atttgggtgccgacccaactaatattcgcacccaggcaagtattatgtcatcatttattcctttta 1176  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| || |||   | ||||||||  |||||||||| |||||    
T  34056540 atttgggtgctgatccaactaatattcgtactcagcttaatattatgttctcatttattcatttta 34056475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 121 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 34057191 - 34057135
Alignment:
Q  121 caggaatcatgtctagggttttggcgcagtcgattaatgtccctggtctagtggctg 177  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34057191 caggaatcatgtctagggttttgtggcagtcgattaatgtccctggtctattggctg 34057135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1377 - 1468
Target Start/End: Complemental strand, 34056424 - 34056334
Alignment:
Q  1377 gctagcagaggaggtaacttaaaattcgtagttttcttcatgacagattgtagatgatccctcattctgtgttgatgcttactaattttctc 1468  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||| | |||||||||| ||||||  |||||| |||||||| || | || ||||||||    
T  34056424 gctagcagaggaggtaacttacaa-tccaagttttcttaacgacagattgttgatgatgtctcattatgtgttgaagcatgcttattttctc 34056334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 71; Significance: 2e-31; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 1254 - 1433
Target Start/End: Original strand, 17717055 - 17717221
Alignment:
Q  1254 ttgatgggaacaggttattcgcatggttggtgagggtgctgatagtgttggggctactgttggctctggaagtagtaacaataagatgccaactttggag 1353  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||            ||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  17717055 ttgaggggaacaggttattcgcatggttggtgagggtggtgacaatgttggtgct------------ggaagtagtaatagcaagatgccaactttggag 17717142  T
Q  1354 gagtatggcaccaatttgaccaagctagcagaggaggtaacttaaaattcgtagttttcttcatgacagattgtagatga 1433  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || || |||||||||| |||||||||||| |||||    
T  17717143 gaatatggcaccaatttgatcaagctagcggaggaggtaacttacaa-tcctagttttcttaatgacagattgttgatga 17717221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 18120 times since January 2019
Visitors: 3794