View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3141A-Insertion-9 (Length: 807)

Name: NF3141A-Insertion-9
Description: NF3141A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3141A-Insertion-9
NF3141A-Insertion-9
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (45-807)||(17165501-17166267)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 624; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 807
Target Start/End: Original strand, 17165501 - 17166267
Alignment:
Q  45 tacatttctcatcttataaaccgattttgtaataatgaattacacatgatgttttttcctttctataggataactaactaactaataagcattttaagca 144  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  17165501 tacaattctcatcttacaaaccgattttgtaataatgaattacacaagatgttttttcctttctataggataactatctaactaataagtattttaagca 17165600  T
Q  145 atattcaactaattctaaaaattctcaaactatccataacaaactccttgttggtaaaataatt-accacaatgtataatactcaaattccattatcatt 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17165601 atattcaactaattctaaaaattctcaaactatccataacaaactcattgttggtaaaataatttaccaccatgtatattactcaaattccattatcatt 17165700  T
Q  244 aaattaaaaatgtgacatacaagaaaattcattacatcatgttaacattgctaaccataaaattaat---ccaagaaaaaactataaagaagtaaattta 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||  ||||  ||||||||||||||||||    
T  17165701 aaattaaaaatgtgacatacaagaaaattcattacatcatgttaacattgctaaccataaaattaataatccaa--aaaatgtataaagaagtaaattta 17165798  T
Q  341 catatgtatacataaacattaaatacctgtaccnnnnnnntaaatcaaaagcctttaggaccagattgattcaaaaccttagaattcttctccttcatag 440  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17165799 catatgtatacataaacattaaatacctgtaccaaaaaaataaatcaaaagcctttaggaccagattgatccaaacccttagaattcttctccttcatag 17165898  T
Q  441 acaaacaatacttggcaatttctctaaacttaggaacactcctaagatcaaccttagtaccatcttttaatgtaataacaatatcaccccattcaccaat 540  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17165899 acaaacaatacttggcaatttctctaaacttaggaacactcctaagatcaaccttagtaccatcttttaatgtaataacaatatcaccccattcaccaat 17165998  T
Q  541 aaacctaggaacaacctgaacatctttgataacactatatgaaaagtcacttctgtcctcacccgttaagcctgatataacactcactcttaggtttgtg 640  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17165999 aaaccttggaacaacctgaacatctttgataacactatatgaaaagtcacttctgtcctcacccgttaagcctgatataacactcactcttaggtttgtg 17166098  T
Q  641 aacctgtaacgtaggtaaagtgcacgtgaaactgctgctagtgttaaggggagccatacaagagtgaacccta-gagga-gttggtgatgaggtctccgt 738  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  17166099 aacctgtaacgtaggtaaagtgcacgtgaaactgctgctagtgttaaggggagccatacaagagtgaaccctaggaggaggttggtgatgaggtctccgt 17166198  T
Q  739 aatgagctccaccgtc-aaaaagatggttttctgcattgggcttttgaggtggtggttgtgtggatgtga 807  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17166199 aatgagctccaccgtcgaagaagatgg-tttctgcattgggcttttgaggtggtggttgtctggatgtga 17166267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 9007 times since January 2019
Visitors: 7893