View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3704-Insertion-1 (Length: 996)

Name: NF3704-Insertion-1
Description: NF3704
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3704-Insertion-1
NF3704-Insertion-1
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (7-988)||(39862857-39863844)
chr5 (159-919)||(39855810-39856569)
chr5 (161-780)||(39846097-39846713)
chr5 (159-905)||(39737542-39738266)
chr5 (258-905)||(38980388-38981036)
chr5 (253-435)||(39909924-39910101)
chr5 (16-95)||(39845942-39846022)
chr5 (17-95)||(39855659-39855738)
chr5 (855-926)||(39897078-39897150)
chr5 (855-905)||(39846756-39846806)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (477-824)||(53495249-53495602)
chr3 (190-403)||(53495633-53495836)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (710-905)||(32826843-32827036)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (264-358)||(14329318-14329413)
chr6 (264-358)||(14422328-14422423)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 877; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 877; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 988
Target Start/End: Original strand, 39862857 - 39863844
Alignment:
Q  7 aattacgtccaaaatactccatgtttgatagggcctagtattgtatcaaatcaaaatactacttgcatatactgtaaggtaccgataattatacnnnnnn 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||          
T  39862857 aattacgtccaaaatactccatgtttgatagggcctagtattgtattaaatcaaaatactacttgcatatactgtcaggtatcgataattatactttttt 39862956  T
Q  107 nnnacataaataattatacttgataatattaaattggaaagattagtcaaacaaggccaagcaaatacacaaatcaaaatggagggattgccctgaagat 206  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39862957 ttgacataaataattatacttgataatattaaattggaaagattagtcaaacaaggccaagcaaatacacaaatcaaaatggagggattgccctgaagat 39863056  T
Q  207 tctgtagaccttctcatgactttccaattcagtttgcgcctccgggattttatcttcaacacttttcaatttgatttgatcattagcaaggcgatggaaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39863057 tctgtagaccttctcatgactttccaattcagtttgcgcctccgggattttatcttcaacacttttcaatttgatttgatcattagcaaggcgatggaaa 39863156  T
Q  307 attgatttaacttctttgttaaaagatgtgatcttatctttctcttgatcttcaatctcatcaattttggctctgtcaccttgtagtttttcaagcttgg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39863157 attgatttaacttctttgttaaaagatgtgatcttatctttctcttgatcttcaatctcatcaattttggctctgtcaccttgtagtttttcaagcttgg 39863256  T
Q  407 ctttaagatcagcaatttgagcatcaagagaattgcgttgtgtttgatggtttgtgagggaagtcttcgaggtcaatattttttgtcttgtctccttcaa 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39863257 ctttaagatcagcaatttgagcatcaagagagttgcgttgtgtttgatggtttgtgagggaagtcttcgaggtcaatattttttgtcttgtctccttcaa 39863356  T
Q  507 tgcttcattatcttggtcagtgctttccttggttaaggctcgctcttttttcaaattttcgagtttctcaaacaccttcacaatggtgttgagaaggtta 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39863357 tgcttcattatcttggtcagtgctttccttggttaaggctcgctcttttttcaaattttcgagtttctcaaacaccttcacaatggtgttgagaaggtta 39863456  T
Q  607 acaaaaacaccaacttgttctaattgacgagacgtgaaagcgtcagcattagcatcaactttttccttgactgcattgaagttaactttaggagagatac 706  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39863457 acaacaacaccaacttgttctaattgacgagacgtgaaagcgtcagcattagcatcaattttttccttgactgtattgaagttaactttaggagagatac 39863556  T
Q  707 cttcttttaatttttcaaccaagtcttctttaaaggcaatatccctcaattcctgaagaagttgcttagggaggctgggatccagttttgcgacctcttc 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39863557 cttcttttaatttttcaaccaagtcttctttaaaggcaatatccctcaattcctgaagaagttgcttagggaggctgggatccagttttgcgacctcttc 39863656  T
Q  807 ttgtccttgaacagaatgttgaaattgtaatgaaatggtattcccttc-gataaaactttgtcgattgcagcaataacatcctcatctatcatagcatc- 904  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  39863657 ttgtccttgaacagaatgctgaaattgtaatgaaatggtattcccttcggataaaactttgtcgattgcagcaataacatcctcacctatcatagcatca 39863756  T
Q  905 atatctttcaagtctaggctga-tttttgtgaagagct-gctttgctgg-accttcattgtgagt-gtctctatgtccactttttccg 988  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39863757 atatctttcaagtctaggctgattttttgtgaagagctggctttgctggaaccttcattgtgagtggtctctatgtccactttttccg 39863844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 159 - 919
Target Start/End: Original strand, 39855810 - 39856569
Alignment:
Q  159 aaggccaagcaaatacacaaatcaaaatggagggattgccctgaagattctgtagaccttctcatgactttccaattcagtttgcgcctccgggatttta 258  Q
    ||||||||| || ||||  |||||||||||||| ||| |||| |  |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  39855810 aaggccaagtaagtacattaatcaaaatggaggcattaccctcattatttggtagaccttctcatgcctttccaattcagtttgtgcctccaggatttta 39855909  T
Q  259 tcttcaacacttttcaatttgatttgatcattagcaaggcgatggaaaattgatttaacttctttgttaaaagatgtgatcttatctttctcttgatctt 358  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39855910 tcttcaacgctcttcaacttgatttgatcatcagcgaggcgatggaaaattgatttaacttcattgttaaaagatgtgatcttatctttctcttgatctt 39856009  T
Q  359 caatctcatcaattttggctctgtcaccttgtagtttttcaagcttggctttaagatcagcaatttgagcatcaagagaattgcgttgtgtttgatggtt 458  Q
     ||||||| | ||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  ||   |||||||| ||| |||||||||| ||||     
T  39856010 gaatctcagccattttagcccggtcgccttgtagtttttcaagcttggctttgatatcagcaatccgaatgtcaagagacttgagttgtgtttggtggtc 39856109  T
Q  459 tgtgagggaagtcttcgaggtcaatattttttgtcttgtctccttcaatgcttcattatcttggtcagtgctttccttggttaaggctcgctcttttttc 558  Q
    ||||||| | | ||| ||| |||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| || ||| || ||  |||||||    
T  39856110 tgtgaggcacgcctttgagatcaaaaaattttgtcttgcctccttcaatgcttcattattttggtcagtgctgttcttagtcaagtcttgcaattttttc 39856209  T
Q  559 aaattttcgagtttctcaaacaccttcacaatggtgttgagaaggttaacaaaaacaccaacttgttctaattgacgagacgtgaaagcgtcagcattag 658  Q
    |||||||  |||| |||||||| | || ||||| | |||| ||||||||||| |||||| |||||||||| |||  |||| | |||   |||| ||||||    
T  39856210 aaatttttaagttgctcaaacatcctcgcaatgttcttgacaaggttaacaacaacaccgacttgttctagttggtgagaagagaacatgtcaacattag 39856309  T
Q  659 catcaactttttccttgactgcattgaagttaactttaggagagataccttcttttaatttttcaaccaagtcttctttaaaggcaatatccctcaattc 758  Q
    | |||| ||||||| ||||||  |||||  |||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  39856310 cttcaattttttccatgactgtgttgaaactaactttaggagtgagaccttgtttaaatttttcaaccaagtcttctttaaaagcgatatccctcaattc 39856409  T
Q  759 ctgaagaagttgcttagggaggctgggatccagttttgcgacctcttcttgtccttgaacagaatgttgaaattgtaatgaaatggtattcccttc-gat 857  Q
    |  |||||||||||   ||| | |||||||||| || | ||   ||||||||  |||||||||||| ||| ||| ||| ||||  ||| ||||||| |||    
T  39856410 cataagaagttgctcttggaagttgggatccagcttcgaga---cttcttgtttttgaacagaatggtgagattttaaggaaagagtaatcccttctgat 39856506  T
Q  858 aaaactttgtcgattgcagcaataacatcctcatctatcatagcatc-atatctttcaagtct 919  Q
    || ||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  39856507 aacactctgtcgatcgcaccaatgacatcctcatctatcatagcatcaatttctttcaagtct 39856569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 161 - 780
Target Start/End: Original strand, 39846097 - 39846713
Alignment:
Q  161 ggccaagcaaatacacaaatcaaaatggagggattgccctgaagattctgtagaccttctcatgactttccaattcagtttgcgcctccgggattttatc 260  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||| |||    
T  39846097 ggccaagcaaatacatgaatcaaaatggagggattgccctcaaggttttgtagaccttctcatgaccttccaattcagtttcggcctccggaatttgatc 39846196  T
Q  261 ttcaacacttttcaatttgatttgatcattagcaaggcgatggaaaattgatttaacttctttgttaaaagatgtgatcttatctttctcttgatcttca 360  Q
      |||   ||||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||||    
T  39846197 agcaa---ttttcaacttgacttgatcaatagcgaggcgatggaaaattgatttaacttctttgttaagagacgtgatcttagctttctcttgagcttca 39846293  T
Q  361 atctcatcaattttggctctgtcaccttgtagtttttcaagcttggctttaagatcagcaatttgagcatcaagagaattgcgttgtgtttgatggtttg 460  Q
    |||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||| |||||| ||| |      
T  39846294 atctcaacaattttggctctttccccttgtagtttttcaagcatggctttaagatcagcaatctgagtatcaagagagttgagttctgtttggtggatgt 39846393  T
Q  461 tgagggaagtcttcgaggtcaatattttttgtcttgtctccttcaatgcttcattatcttggtcagtgctttccttggttaaggctcgctcttttttcaa 560  Q
     |||||||||||| ||   ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||| ||||| | |||  ||  |  ||||||||||| |||    
T  39846394 cgagggaagtctttgacaacaatattttttgtcttgtcgccttcaattcctcattatcctggtcggtgctcttcttaattgcgtatcgctctttttccaa 39846493  T
Q  561 attttcgagtttctcaaacaccttcacaatggtgttgagaaggttaacaaaaacaccaacttgttctaattgacgagacgtgaaagcgtcagcattagca 660  Q
     ||||||||||||||||||| |  | ||||  ||||||||| |||||||| ||||  |||||||| |||||  |||||    ||   ||||||||||||     
T  39846494 tttttcgagtttctcaaacatccactcaattttgttgagaaagttaacaacaacatgaacttgttttaattcgcgagaatataacatgtcagcattagct 39846593  T
Q  661 tcaactttttccttgactgcattgaagttaactttaggagagataccttcttttaatttttcaaccaagtcttctttaaaggcaatatccctcaattcct 760  Q
    || | ||| ||||||||| |||||||||| |||| | |||  | ||||  ||| |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  39846594 tcgattttatccttgactacattgaagtttacttcacgagcaagacctagtttaaattttacaaccaagtcttttttaaaggcgatatccctcaattcct 39846693  T
Q  761 gaagaagttgcttagggagg 780  Q
    |||||||||| | |||||||    
T  39846694 gaagaagttgatcagggagg 39846713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 227; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 159 - 905
Target Start/End: Complemental strand, 39738266 - 39737542
Alignment:
Q  159 aaggccaagcaaatacacaaatcaaaatggagggattgccctgaagattctgtagaccttctcatgactttccaattcagtttgcgcctccgggatttta 258  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||||    ||| |||||||| || ||||||||||| ||| |  ||||| |||| |    
T  39738266 aaggctaaccaaatacataaatcaaaatggagggattttcttgaagatttgaaagagcttctcataaccttccaattcagattgagtttccggaatttga 39738167  T
Q  259 tcttc-aacacttttcaatttgatttgatcattagcaaggcgatggaaaattgatttaacttctttgttaaaagatgtgatcttatctttctcttgatct 357  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||| | | ||| | ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39738166 tcttccaacacttttcaacttgatttgatcatcaacgaggtgctggaaaattgacttaacatctttattcaaagatgtaatcttatctttctcttgatct 39738067  T
Q  358 tcaatctcatcaattttggctctgtcaccttgtagtttttcaagcttggctttaagatcagcaatttgagcatcaagagaattgcgttgtgtttgatggt 457  Q
    | ||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||                     ||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||| | ||    
T  39738066 tgaatctcagcaattttggccctgtcttcttgtagtttt---------------------gcaatctgagcatcaagagagttgagttctgtttggtcgt 39737988  T
Q  458 ttgtgagggaagtcttcgaggtcaatattttttgtcttgtctccttcaatgcttcattatcttggtcagtgctttccttggttaaggctcgctctttttt 557  Q
    |||| | ||||||| | ||| |||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| || |  ||||||||||||    
T  39737987 ttgtaaaggaagtcattgagttcaatattttctgtctggtttccttcaatgcttcactatcttggtcagtgctcttcttggctatgtttcgctctttttt 39737888  T
Q  558 caaattttcgagtttctcaaacaccttcacaatggtgttgagaaggttaacaaaaacaccaacttgttctaattgacgagacgtgaaagcgtcagcatta 657  Q
    ||||||||| | ||| |||| || | |||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||  |||| |  || || |||||||||    
T  39737887 caaattttcaattttttcaagcatcctcacaatgttgttgagaaggttaacaacagcaccgacttgttctaattggagagaggaaaatgcatcagcatta 39737788  T
Q  658 gcatcaactttttccttgactgcattgaagttaactttaggagagataccttcttttaatttttcaaccaagtcttctttaaaggcaatatccctcaatt 757  Q
    || |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| || || ||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  39737787 gcgtcaattttttccttgactgcgttgaaattaactttagaagtgagaccttctttaagtttttcaaccaagtctcctttaaaagcaatatcccttaatt 39737688  T
Q  758 cctgaagaagttgcttagggaggctgggatccagttttgcgacctcttcttgtccttgaacagaatgttgaaattgtaatgaaatggtattccctt-cga 856  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||| |   | |||| ||||||| |||||||| ||  ||| ||| ||||  ||| |||||| |||    
T  39737687 cctgaagaagttgctcagggagattgggatcccgttttgag---tattctcgtccttggacagaatgctgggattttaaggaaagagtaatcccttccga 39737591  T
Q  857 taaaactttgtcgattgcagcaataacatcctcatctatcatagcatca 905  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  39737590 taaaactctgtcaattgccgcaatgacatcctcatctaccatagcatca 39737542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 258 - 905
Target Start/End: Complemental strand, 38981036 - 38980388
Alignment:
Q  258 atcttcaacacttttcaatttgatttgatcattagcaaggcgatggaaaattgatttaacttctttgttaaaagatgtgatcttatctttctcttgatct 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  38981036 atcttcaacacttttcaatttgatttgatcatcagcgaggcgatggaaaattgatttaacttctttgtttaaagatgcgatcttatctttctctttatct 38980937  T
Q  358 tcaatctcatcaattttggctctgtcaccttgtagtttttcaagcttggc---tttaagatcagcaatttgagcatcaagagaattgcgttgtgtttgat 454  Q
    | |  ||||  || |||||| || ||| ||||||||||||||||||||||    |||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||  ||||||    
T  38980936 tgaccctcagtaactttggccctctcaacttgtagtttttcaagcttggcattattaagatcagcaatctgagcatcaagaaagttgagttggttttgat 38980837  T
Q  455 ggtttgtgagggaagtcttcgaggtcaatattttttgtcttgtctccttcaatgcttcattatcttggtcagtgctttccttggttaaggctcgctcttt 554  Q
    ||||||||| | ||||| | ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||    ||||| | ||||| | || || |||| ||    
T  38980836 ggtttgtgaagaaagtccttgagatcaatattttttgtcttgtttctttcaatgctttattatcttgacgggtgctcttcttggctgagtctagctcctt 38980737  T
Q  555 tttcaaattttcgagtttctcaaacaccttcacaatggtgttgagaaggttaacaaaaacaccaacttgttctaattgacgagacgtgaaagcgtcagca 654  Q
    | ||||| ||| |  ||||||  |||   |||||||| |||||| ||||| |||||| ||||  |||||||||| |||   ||| |  ||   |||||||    
T  38980736 tgtcaaaattttgcatttctctgacattctcacaatgttgttgacaaggtcaacaaagacactgacttgttctagttggttagaggaaaacaagtcagca 38980637  T
Q  655 ttagcatcaactttttccttgactgcattgaagttaactttaggagagataccttcttttaatttttcaaccaagtcttctttaaaggcaatatccctca 754  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| | ||| ||||||   |||||||||||||||||||  || |||| ||||||||| ||    
T  38980636 ttagcgtcaaatttttccttgactgcattgaagttgtctttagtaaagagaccttcaaataatttttcaaccaagtctcattcaaagacaatatcccaca 38980537  T
Q  755 attcctgaagaagttgcttagggaggctgggatccagttttgcgacctcttcttgtccttgaacagaatgttgaaattgtaatgaaatggtattcccttc 854  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||| ||   |||||||| |||| |||||||| ||| ||| ||  ||||||||| |||||||    
T  38980536 attcctgaagaagtttctcagggaggttgggatacagttttgaga---cttcttgttcttggacagaatgctgagattttacggaaatggtaatcccttc 38980440  T
Q  855 -gataaaactttgtcgattgcagcaataacatcctcatctatcatagcatca 905  Q
     ||||||||| ||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38980439 tgataaaactctgttgatagaagcaatgacatcctcatctatcatagcatca 38980388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 253 - 435
Target Start/End: Original strand, 39909924 - 39910101
Alignment:
Q  253 attttatcttcaacacttttcaatttgatttgatcattagcaaggcgatggaaaattgatttaacttctttgttaaaagatgtgatcttatctttctctt 352  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||    
T  39909924 atttgatcttcaacactttccaatttgatttgatcatcagagaggcgatggaaaattgatttaacttctttgttcaaagatgcgatcctatctttctctt 39910023  T
Q  353 gatcttcaatctcatcaattttggctctgtcaccttgtagtttttcaagcttggctttaagatcagcaatttgagcatcaaga 435  Q
    |||||| ||||| | | ||  |     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  39910024 gatcttgaatcttaacgatgat-----tgtcaccttgtagtttttcaagcttggcattaagatcagcaatctgagcatcaaga 39910101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 95
Target Start/End: Original strand, 39845942 - 39846022
Alignment:
Q  16 caaaatactccatgtttgat-agggcctagtattgtatcaaatcaaaatactacttgcatatactgtaaggtaccgataat 95  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39845942 caaaatactccatgtttgattaggccctagtttcgaatcaaatcaaaatactacttgcatatactgtaaggtaacgataat 39846022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 95
Target Start/End: Original strand, 39855659 - 39855738
Alignment:
Q  17 aaaatactccatgtttgat-agggcctagtattgtatcaaatcaaaatactacttgcatatactgtaaggtaccgataat 95  Q
    |||||||| ||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  39855659 aaaatacttcatatttgattagggcccagttttgtatcaaatcaaaatactacttgcatatactataaggtaccaataat 39855738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 855 - 926
Target Start/End: Original strand, 39897078 - 39897150
Alignment:
Q  855 gataaaactttgtcgattgcagcaataacatcctcatctatcatagcatc-atatctttcaagtctaggctga 926  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||    
T  39897078 gataaaactctgtcgattgcagcaatgacatcctcatctatcatagcatcaatttcttccaagtctatgctga 39897150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 855 - 905
Target Start/End: Original strand, 39846756 - 39846806
Alignment:
Q  855 gataaaactttgtcgattgcagcaataacatcctcatctatcatagcatca 905  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  39846756 gatataactttgtcgattgcaccaataacatccacatctaccatatcatca 39846806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 138; Significance: 1e-71; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 477 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 53495602 - 53495249
Alignment:
Q  477 ggtcaatattttttgtcttgtctccttcaatgcttcattatcttggtcagtgctttccttggttaa--------ggctcgctcttttttcaaattttcga 568  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| |   ||| ||| |        | || ||||||||||||||||||  |    
T  53495602 ggtcaatattttttgtcttgtcacctacaatgcttcattatcttggccagtgttgctcttagttgatacttgcagacttgctcttttttcaaattttaaa 53495503  T
Q  569 gtttctcaaacaccttcacaatggtgttgagaaggttaacaaaaacaccaacttgttctaattgacgagacgtgaaagcgtcagcattagcatcaacttt 668  Q
     ||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||| | ||| || ||||||||||| |||| |||    
T  53495502 ttttttcaaacatcctcacaatgttgttgagaaggttaacaacaacaccaatttgttctaattgctgagaggagaacgcatcagcattagcgtcaatttt 53495403  T
Q  669 ttccttgactgcattgaagttaactttaggagagataccttctttta-atttttcaaccaagtcttctttaaaggcaatatccctcaattcctgaagaag 767  Q
    | |||||| |||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |  |||||||||||||   ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  53495402 taccttgattgcattgaagttaacttttggagtgagaccttctttaatttttttcaaccaag---tctttaaaggtgatatccctcaattcctgaagaag 53495306  T
Q  768 ttgcttagggaggctgggatccagttttgcgacctcttcttgtccttgaacagaatg 824  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||||||||    
T  53495305 ttgcttagggaggttgggatccagttttgtgacttcttcttgtccttcgacagaatg 53495249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 190 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 53495836 - 53495633
Alignment:
Q  190 gggattgccctgaagattctgtagaccttctcatgactttccaattcagtttgcgcctccgggattttatcttcaacacttttcaatttgatttgatcat 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||| | |||||| | |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  53495836 gggattgccctgaagattctgtagaccttctcgtgactttccaatttagtttcggcctcagagattttgtattcaacac-tttcaacttgatttgatcat 53495738  T
Q  290 tagcaaggcgatggaaaattgatttaacttctttgttaaaagatgtgatcttatctttctcttgatcttcaatctcatcaattttggctctgtcaccttg 389  Q
     | |||| ||||||||         |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || | | |||||| || ||||||||    
T  53495737 caacaagacgatggaa---------aacttctttgttcaaagatgtgatcttatctttttcttgatcttgaatcacagccagtttggccctttcaccttg 53495647  T
Q  390 tagtttttcaagct 403  Q
    ||||||||||||||    
T  53495646 tagtttttcaagct 53495633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 63; Significance: 7e-27; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 710 - 905
Target Start/End: Original strand, 32826843 - 32827036
Alignment:
Q  710 cttttaatttttcaaccaagtcttctttaaaggcaatatccctcaattcctgaagaagttgcttagggaggctgggatccagttttgcgacctcttcttg 809  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |  |||| ||||||| ||||| | |    ||| |||    
T  32826843 ctttaaatttttcaaccaagtcctctttaaaggcgatatccctcaattcctgaaaaagttgctcaaagaggttgggatctagtttcgag---gcttgttg 32826939  T
Q  810 tccttgaacagaatgttgaaattgtaatgaaatggtattcccttc-gataaaactttgtcgattgcagcaataacatcctcatctatcatagcatca 905  Q
    |||||| ||||||||  || ||| ||| | ||  ||| |||||||  |||||||| |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  32826940 tccttgtacagaatgccgagattttaagggaaaagtaatcccttctaataaaactctgtcaattgcagcaacaacgtcctcatctatcatagcatca 32827036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000009; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 264 - 358
Target Start/End: Original strand, 14329318 - 14329413
Alignment:
Q  264 aacacttttcaatttgatttgatcattagcaaggcgatggaaaattgatttaacttctttgttaaaagatgtgatcttatctt-tctcttgatctt 358  Q
    ||||||||| || || |||||||||| | | ||| ||||  | ||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14329318 aacactttttaactttatttgatcatcaacgaggtgatgatatattgatttaacttttatgttgaaagatgtgatcttatcttgtctcttgatctt 14329413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 264 - 358
Target Start/End: Original strand, 14422328 - 14422423
Alignment:
Q  264 aacacttttcaatttgatttgatcattagcaaggcgatggaaaattgatttaacttctttgttaaaagatgtgatcttatctt-tctcttgatctt 358  Q
    ||||||||| || || |||||||||| | | ||| ||||  | ||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14422328 aacactttttaactttatttgatcatcaacgaggtgatgatatattgatttaacttttatgttgaaagatgtgatcttatcttgtctcttgatctt 14422423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2294 times since January 2019
Visitors: 8690