View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4356-Insertion-3 (Length: 1018)

Name: NF4356-Insertion-3
Description: NF4356
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4356-Insertion-3
NF4356-Insertion-3
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (141-1016)||(31200355-31201237)
chr2 (141-1016)||(31181314-31182196)
chr2 (434-1016)||(31218982-31219563)
chr2 (141-456)||(31219618-31219933)
chr2 (888-1016)||(31192350-31192480)
chr2 (747-866)||(31246451-31246570)
chr2 (8-75)||(31182275-31182342)
chr2 (8-75)||(31201316-31201383)
chr2 (757-852)||(31234624-31234719)
chr2 (927-1017)||(31246282-31246373)
chr2 (918-1010)||(31234449-31234542)
chr2 (141-372)||(31247079-31247313)
chr2 (571-663)||(31234801-31234893)
chr2 (586-663)||(31246676-31246753)
chr2 (280-372)||(31235348-31235440)
chr2 (398-461)||(29378465-29378528)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (940-1013)||(20997725-20997799)
chr8 (940-1013)||(21013564-21013638)
chr8 (406-481)||(10372601-10372673)
chr8 (398-459)||(32616812-32616873)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (403-462)||(41304930-41304989)
chr7 (403-464)||(38622832-38622890)
chr7 (403-463)||(34925274-34925331)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 754; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 754; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 141 - 1016
Target Start/End: Complemental strand, 31201237 - 31200355
Alignment:
Q  141 gacagttcactcataggaaaccgattaacgggttcaatcccgaaagagcttggaaacatcagcactatgcaaaaattgtaagtaatttgcttatgtagat 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31201237 gacagttcactcataggaaaccgattaacgggttcaatcccgaaagagcttggaaacatcagcactatgcaaaaattgtaagtaatttgcctatgtagat 31201138  T
Q  241 tttatgaaaactttcaagtaacttaaagtttgatacactaaatgcataggattctgaagttcaatcagttatccggagagcttccaccagagcttgggaa 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31201137 tttatgaaaactttcaagtaacttaaagtttgatacactaaatgcataggattctgaagttcaatcagttatctggagagcttccaccagagcttgggaa 31201038  T
Q  341 tcttcaccagcttgaaagactgtaagcacctttgtagaattcacaatttctatattccagttttgtcaaatagcggctatagcaatgttatagtatagcg 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31201037 tcttcaccagcttgaaagactgtaagctcctttgtagaattcacaatttctgtattccagttttgtcaaatagcggctatagcaatgttatagtatagcg 31200938  T
Q  441 gaatttgaacaaattgctattttatgtgatccgcaagtgattacactgccattttctaaattgctacagctaaaaaattggtgaaattattcatttttac 540  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31200937 gaatttgaacaaattgctattttatgtgatctgcaagtgattacactgccattttctaaattgctacaactaaaaaattggtgaaattattcatttttac 31200838  T
Q  541 cgtacagagagttgcaatacctaattccaatttcaatgttgttgtaggcttcttacctcgaacttttttactggtaatttacctgcaacgtttgctaagc 640  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31200837 cgtactgagagttgcaatacctaattccaatttcaatgttgttgtaggcttcttacctcgaacttttttactggtaatttacctgcaacgtttgctaagc 31200738  T
Q  641 tcactaaactgaagcacatgtaacaaatccttcccttaattgtttttggtacacttaaaaacattcattctat---tgttcatatcaaccgtaatatcat 737  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||| |||||||||||| |    
T  31200737 tcactaaactgaagcacatgtaacaaatccttcccttaattgtttttggtacacttaaaaacattaattctattgatgttcatatgaaccgtaatatctt 31200638  T
Q  738 attcat--tgtttaccttctgaaaatgcagtcgactttgcgacaatcaattttctggaactatacctgatttcattcagagctggacaattcttgagagg 835  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31200637 attcattgtgtttaccttctgaaaatgcagtcgactttgtgacaatcaattttctggaactatacctgatttcattcagagctggacaattcttgagagg 31200538  T
Q  836 atgtgtgaaccttttctttcttcttgtgaaactctaaatcataannnnnnnncttagttaagctggtttgtc-aaataataacttttaattttgacaggg 934  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31200537 atgtgtgaaccttttctttcttcttgcgaaattctaaatcataattttttttcttagttaagctggtttgtcaaaataataacttttaattttgacaggg 31200438  T
Q  935 tgatgcaagggagtggtttgagtggtccaattccttctggaattt-aaatctgaaaaacctcactgacttgtaagtatgatgt 1016  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  31200437 tgatgcaagggagtggtttgagtggtccaattccttctggaatttcatatctgaaaaacctcaatggcttgtaagtatgatgt 31200355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 711; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 141 - 1016
Target Start/End: Complemental strand, 31182196 - 31181314
Alignment:
Q  141 gacagttcactcataggaaaccgattaacgggttcaatcccgaaagagcttggaaacatcagcactatgcaaaaattgtaagtaatttgcttatgtagat 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31182196 gacagttcactcataggaaaccgattaacgggttcaatcccgaaagagcttggaaacatcagcactatgcaaaaattgtaagtaatttgcctatgtagat 31182097  T
Q  241 tttatgaaaactttcaagtaacttaaagtttgatacactaaatgcataggattctgaagttcaatcagttatccggagagcttccaccagagcttgggaa 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31182096 tttatgaaaactttcaagtaacttaaagtttgatacactaaatgcataggattctgaagttcaatcagttatctggagagcttccaccagagcttgggaa 31181997  T
Q  341 tcttcaccagcttgaaagactgtaagcacctttgtagaattcacaatttctatattccagttttgtcaaatagcggctatagcaatgttatagtatagcg 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31181996 tcttcaccagcttgaaagactgtaagctcctttgtagaattcacaatttctatattccagttttgtcaaatagcggctatagcaatgttatagtatagcc 31181897  T
Q  441 gaatttgaacaaattgctattttatgtgatccgcaagtgattacactgccattttctaaattgctacagctaaaaaattggtgaaattattcatttttac 540  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31181896 gaatttgaacaaactgctatgttatgtgatccgcaagtgattacactgccattttctaaattgctacaactaaaaaattggtgaaattattcatttttac 31181797  T
Q  541 cgtacagagagttgcaatacctaattccaatttcaatgttgttgtaggcttcttacctcgaacttttttactggtaatttacctgcaacgtttgctaagc 640  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31181796 cgtactgagagttgcaatacctaattccaatttcaatgttgttgtaggcttcttacctcgaacttttttactggtaatttacctgcaacgtttgctaagc 31181697  T
Q  641 tcactaaactgaagcacatgtaacaaatccttcccttaattgtttttggtacacttaaaaacattcattctat---tgttcatatcaaccgtaatatcat 737  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||| |    
T  31181696 tcactaaactgaagcacatgtaacaaatccttcccttaattgtttttggtacacttaaaaacattcattctattgatgttcatatgaaccgtaatatctt 31181597  T
Q  738 attcat--tgtttaccttctgaaaatgcagtcgactttgcgacaatcaattttctggaactatacctgatttcattcagagctggacaattcttgagagg 835  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31181596 attcattgtgtttaccttctgaaaatgcagtcgactttgtgacaatcaattttctggaactataccttatttcattcagagctggacaattcttgagaga 31181497  T
Q  836 atgtgtgaacc-ttttctttcttcttgtgaaactctaaatcataannnnnnnncttagttaagctggtttg-tcaaataataacttttaattttgacagg 933  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||        |||||||||||||||||| | ||| |||  ||||||| |||||||||    
T  31181496 atgtgtgaacctttttgtttcttctcgtgaaattctaaatcataattttttttcttagttaagctggtttgttgaaagaattgcttttaa-tttgacagg 31181398  T
Q  934 gtgatgcaagggagtggtttgagtggtccaattccttctggaattt-aaatctgaaaaacctcactgacttgtaagtatgatgt 1016  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31181397 gtgatgcaagggagtgggttgagtggtccaattccttctggaatttcatatctgaaaaacctcaatgacttgtaagtatgatgt 31181314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 434 - 1016
Target Start/End: Complemental strand, 31219563 - 31218982
Alignment:
Q  434 tatagcggaatttgaacaaattgctattttatgtgatccgcaagtgattacactgccattttctaaattgctacagctaaaaaattggtgaaattattca 533  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| || ||  |||| ||    
T  31219563 tataacggaatttgaacaaactgctattttatgtgatccacaattaactacactgccattttctagattgctacacctaaaaaataggcgattttatcca 31219464  T
Q  534 tttttaccgtacagagagttgcaatacctaattccaatttcaatgttgttgtaggcttcttacctcgaacttttttactggtaatttacctgcaacgttt 633  Q
    |||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||    
T  31219463 tttttactatacagagaattgcaatccctaattccaatttcaatgttgttgtaggcttcttacctcgaacttttttaccggtaatttacctccaacattt 31219364  T
Q  634 gctaagctcactaaactgaagcacatgtaacaaatccttcccttaattgtttttggtacacttaaaaacattcattctat---tgttcatatcaaccgta 730  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||   ||||||||| || | ||    
T  31219363 gctaacctcactaaactgaagcacatgtaacaaatccttcccttaattgtttttgttacacttaataacattcattctattgatgttcatatgaatccta 31219264  T
Q  731 atatcatattcattgtttaccttctgaaaatgcagtcgactttgcgacaatcaattttctggaactatacctgatttcattcagagctggacaattcttg 830  Q
    |||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  31219263 atatcatat------tttaccttctgaaaatgcagtcgactttgcgacaatcaattttctggaactatacctcatttcattcagaactggacaattcttg 31219170  T
Q  831 agaggatgtgtgaaccttttctttcttcttgtgaaactctaaatcataannnnnnnncttagttaagctggtttgtc-aaataataacttttaattttga 929  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||        |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31219169 agaggatgtgtgaaccttttctttcttcttgtgaaattctaaatcataattttttttcttagttaagctggtttgtcaaaataataacttttaattttga 31219070  T
Q  930 cagggtgatgcaagggagtggtttgagtggtccaattccttctggaa-tttaaatctgaaaaacctcactgacttgtaagtatgatgt 1016  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31219069 cagggtgatgcaagggagtggtttgagtggtccaattccttctggaattttaaatctgaaaaacctcactgacttgtaagtatgatgt 31218982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 141 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 31219933 - 31219618
Alignment:
Q  141 gacagttcactcataggaaaccgattaacgggttcaatcccgaaagagcttggaaacatcagcactatgcaaaaattgtaagtaatttgcttatgtagat 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||| ||    
T  31219933 gacagttcactcataggaaaccgattaacgggttcaatcccgaaagagcttggaaacatcagcaccatgcaaaaattgtaagtaattttcccatgtaaat 31219834  T
Q  241 tttatgaaaactttcaagtaactt-aaagtttgatacactaaatgcataggattctgaagttcaatcagttatccggagagcttccaccagagcttggga 339  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||    
T  31219833 tttatgaaaattttcaaggaacttaaaagtttgaaaccctaaatgcataggattctgaagttcaatcagttatctggagatcttccaccggagcttggga 31219734  T
Q  340 atcttcaccagcttgaaagactgtaagcacctttgtagaattcacaatttctatattccagttttgtcaaatagcggctatagcaatgttatagtatagc 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||   | | ||||||| |||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||    
T  31219733 atcttcaccagcttgaaagactgtaagaccttttgtagaattca-tctatatatattcgagttttgtcaaatagcagttatagaagtgttatagtatagc 31219635  T
Q  440 ggaatttgaacaaattg 456  Q
    ||||||| |||||||||    
T  31219634 ggaattttaacaaattg 31219618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 888 - 1016
Target Start/End: Complemental strand, 31192480 - 31192350
Alignment:
Q  888 cttagttaagctggtttgtcaaa-taataacttttaattttgacagggtgatgcaagggagtggtttgagtggtccaattccttctggaattt-aaatct 985  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  31192480 cttagttaagctggtttgtcaaaataataacttttaattttgacagggtgatgcaagggagtggtttgagtggtccaattccttctggaatttcatatct 31192381  T
Q  986 gaaaaacctcactgacttgtaagtatgatgt 1016  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  31192380 gaaaaacctcaatggcttgtaagtatgatgt 31192350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 747 - 866
Target Start/End: Complemental strand, 31246570 - 31246451
Alignment:
Q  747 ttaccttctgaaaatgcagtcgactttgcgacaatcaattttctggaactatacctgatttcattcagagctggacaattcttgagaggatgtgtgaacc 846  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||  || |||||||||| ||| |||||     
T  31246570 ttaccgtctaaaaatgcagtcgacttggcgacaatcaattctctggaactttacctgatttcattcaaagctgggaaagtcttgagaggctgtatgaact 31246471  T
Q  847 ttttctttcttcttgtgaaa 866  Q
    |||| |||||| ||||||||    
T  31246470 ttttatttcttgttgtgaaa 31246451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 8 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 31182342 - 31182275
Alignment:
Q  8 aaccattcttttatttcctattcttattactattattagcaatagtaaataattctaagaagtaggta 75  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31182342 aaccattcttttatttcctattcttattactattattagaaatagtaaataattctaagaaataggta 31182275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 8 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 31201383 - 31201316
Alignment:
Q  8 aaccattcttttatttcctattcttattactattattagcaatagtaaataattctaagaagtaggta 75  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31201383 aaccattcttttatttcctattcttattactattattagaaatagtaaataattctaagaaataggta 31201316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 757 - 852
Target Start/End: Complemental strand, 31234719 - 31234624
Alignment:
Q  757 aaaatgcagtcgactttgcgacaatcaattttctggaactatacctgatttcattcagagctggacaattcttgagaggatgtgtgaaccttttct 852  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  31234719 aaaatgcagtcgacttggcgacaatcaattctctggaactatacctgatttgattcagaactgggcaagtcttgaaaggctgtatgaaccttttct 31234624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 927 - 1017
Target Start/End: Complemental strand, 31246373 - 31246282
Alignment:
Q  927 tgacagggtgatgcaagggagtggtttgagtggtccaattccttctggaattt-aaatctgaaaaacctcactgacttgtaagtatgatgtt 1017  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  31246373 tgacagggttatgcaagggagtggtttgagtggaccaattccttctggaatttcatatctaaaaaacctcaccgacttgtaagtaagatgtt 31246282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 918 - 1010
Target Start/End: Complemental strand, 31234542 - 31234449
Alignment:
Q  918 ttttaattttgacagggtgatgcaagggagtggtttgagtggtccaattccttctggaattt-aaatctgaaaaacctcactgacttgtaagta 1010  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | |||| ||||||||||| || |||||||||    
T  31234542 ttttaattgtgacagggttatgcaagggagtggtttgagtggcccagttccttcgggaatttcatatctaaaaaacctcaccgatttgtaagta 31234449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 141 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 31247313 - 31247079
Alignment:
Q  141 gacagttcactcataggaaaccgattaacgggttcaatcccgaaagagcttggaaacatcagcactatgcaaaaattgtaagtaatttgcttatgtagat 240  Q
    |||||||||||  ||||||| || ||||| ||| |||| || ||||| |||||||| |||| |||  || |||  ||||||||||||| ||||| | |||    
T  31247313 gacagttcactattaggaaatcgtttaactggtccaattccaaaagaacttggaaaaatcatcaccctgaaaagcttgtaagtaattttcttatttcgat 31247214  T
Q  241 tttatgaaaactt-tcaagtaacttaaagtt--tgatacactaaatgcataggattctgaagttcaatcagttatccggagagcttccaccagagcttgg 337  Q
    ||| |||||| |  ||||| |||||| | ||  ||| ||   ||||||||||| ||||  |||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||||||    
T  31247213 tttttgaaaattgctcaaggaacttataattattgaaacttgaaatgcatagggttctagagttcaatcaattatctggacagcttcctccggagcttgg 31247114  T
Q  338 gaatcttcaccagcttgaaagactgtaagcacctt 372  Q
     |||||||| |  ||||||||||||||||| ||||    
T  31247113 aaatcttcatcgacttgaaagactgtaagcccctt 31247079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 571 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 31234893 - 31234801
Alignment:
Q  571 tttcaatgttgttgtaggcttcttacctcgaacttttttactggtaatttacctgcaacgtttgctaagctcactaaactgaagcacatgtaa 663  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  31234893 tttcaatattgttgaaggcttcttacctccaacaattttactggaaatttaccagcaacattttctaagcttactaatctaaagcacatgtaa 31234801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 586 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 31246753 - 31246676
Alignment:
Q  586 aggcttcttacctcgaacttttttactggtaatttacctgcaacgtttgctaagctcactaaactgaagcacatgtaa 663  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||||    
T  31246753 aggcttcttacctccaacaattttactggaaatttaccagcaacatttgctaagctcgctaatctgaagcagatgtaa 31246676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 280 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 31235440 - 31235348
Alignment:
Q  280 aaatgcataggattctgaagttcaatcagttatccggagagcttccaccagagcttgggaatcttcaccagcttgaaagactgtaagcacctt 372  Q
    ||||||||||| ||||  |||||||||| || || ||| ||||||| || |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  31235440 aaatgcatagggttctagagttcaatcaattttctggacagcttcctccggagcttggaaatcttcatcaacttgaaagactgtaagcccctt 31235348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 398 - 461
Target Start/End: Original strand, 29378465 - 29378528
Alignment:
Q  398 cagttttgtcaaatagcggctatagcaatgttatagtatagcggaatttgaacaaattgctatt 461  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |   ||||||||||||||||||||| ||||    
T  29378465 cagtgttgtcaaatagcggctatagcagtgttacaacgtagcggaatttgaacaaattgatatt 29378528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 47; Significance: 3e-17; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 940 - 1013
Target Start/End: Original strand, 20997725 - 20997799
Alignment:
Q  940 caagggagtggtttgagtggtccaattccttctggaattt-aaatctgaaaaacctcactgacttgtaagtatga 1013  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  | |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20997725 caagggagtggtttgagtgggccaattccttctggaatttcacttttgaagaacctcactgacttgtaagtatga 20997799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 940 - 1013
Target Start/End: Complemental strand, 21013638 - 21013564
Alignment:
Q  940 caagggagtggtttgagtggtccaattccttctggaattt-aaatctgaaaaacctcactgacttgtaagtatga 1013  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  | |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21013638 caagggagtggtttgagtgggccaattccttctggaatttcacttttgaagaacctcactgacttgtaagtatga 21013564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 406 - 481
Target Start/End: Original strand, 10372601 - 10372673
Alignment:
Q  406 tcaaatagcggctatagcaatgttatagtatagcggaatttgaacaaattgctattttatgtgatccgcaagtgat 481  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||| |||||  |||||||||||| || |||||| || ||||||||| ||||    
T  10372601 tcaaatagcggctatagcaa---tatagcatagccaaatttgaacaaactgttattttctgggatccgcaattgat 10372673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 398 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 32616873 - 32616812
Alignment:
Q  398 cagttttgtcaaatagcggctatagcaatgttatagtatagcggaatttgaacaaattgcta 459  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||  | ||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  32616873 cagtgttgttaaatagcggctatagcagcgctatagcatagcaggatttgaacaaattgcta 32616812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 36; Significance: 0.0000000001; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 403 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 41304989 - 41304930
Alignment:
Q  403 ttgtcaaatagcggctatagcaatgttatagtatagcggaatttgaacaaattgctattt 462  Q
    ||||||||| |||||||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||| |||||    
T  41304989 ttgtcaaatggcggctatagcagtattatagtatatcagaatttgaacaaattgttattt 41304930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 403 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 38622890 - 38622832
Alignment:
Q  403 ttgtcaaatagcggctatagcaatgttatagtatagcggaatttgaacaaattgctatttta 464  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||   |||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  38622890 ttgtcaaatagcggctatagcattgtt---gtatagcgaaatttgaacaaactgttatttta 38622832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 403 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 34925331 - 34925274
Alignment:
Q  403 ttgtcaaatagcggctatagcaatgttatagtatagcggaatttgaacaaattgctatttt 463  Q
    ||||||||||||||||||||||   || ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  34925331 ttgtcaaatagcggctatagca---ttgtagcatagcagaatttgaacaaactgctatttt 34925274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 4163 times since January 2019
Visitors: 8754