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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4377-Insertion-2 (Length: 984)
Name: NF4377-Insertion-2
Description: NF4377
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4377-Insertion-2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 836; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 836; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 973
Target Start/End: Original strand, 757708 - 758676
Alignment:
| Q |
8 |
acttgacccacatggaatcccttagtaataatgcatgtgggtattatgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatca |
107 |
Q |
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| T |
757708 |
acttgacccacatggaatcccttagtaataatgcatgtgggtattatgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatca |
757807 |
T |
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| Q |
108 |
agcaaaaaccattgttgtgataggacaaataataacagtatacatggaaggcaaacaaaaacatgacttcatgtgacatatatacttacaccgtgatccc |
207 |
Q |
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| T |
757808 |
agcaaaaaccattgttgttataggacaaataataacagtatacatggaaggcaaacaaaaacatgacttcatgtgacatatatacttacaccgtgatccc |
757907 |
T |
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| Q |
208 |
ctaaaacaataaactctggaccaaatagcaataacagactcatagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataaa |
307 |
Q |
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| T |
757908 |
ttaaaacaataaactgtggaccaaatagtaataacagactcatagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataaa |
758007 |
T |
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| Q |
308 |
caaagttcaatgcaacattaatttgtcnnnnnnnnnnnnnnngaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttccaca |
407 |
Q |
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| T |
758008 |
caaagttcaatgcaacattaatttatcaaaaaaaaaaaaa--gaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttccaca |
758105 |
T |
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| Q |
408 |
agctattaatgtagattgaaattgaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtacctaaaat |
507 |
Q |
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| T |
758106 |
agctattaatgtagattgaaattgaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtacctaaaat |
758205 |
T |
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| Q |
508 |
tgaaatggaatcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggaggtcct |
607 |
Q |
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| T |
758206 |
tgaaatggaatcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggaggtcct |
758305 |
T |
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| Q |
608 |
tgtttgctactgttctttagtatttgtcctcttccattttgttctatttatcatcatgttgtgtttctcactttggtttcttaacaaaataaattagggg |
707 |
Q |
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| T |
758306 |
tgtttgctactgttctttagtatttgtcctcttccattctgttctatttatcatcatgttgtgtttctcactttggtttcttaacaaaataaattagggg |
758405 |
T |
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| Q |
708 |
gatgtgttgtagtatgttattggtaatgatatcacaaattgtaatgattaaggttgttgttaataattaatatattaattatgatgactcatggaggctg |
807 |
Q |
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| T |
758406 |
gatgtgttgtagtatgttattggtaatgatatcacaaattgtaatgattaaggttgttgttgataattaatatattaattatgatgactcatggaggcta |
758505 |
T |
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| Q |
808 |
gatcttagttatgctaatcaaattaattaattaatcaatcattccaacatgtatttatgctagaatcttaatgttcatgagaagaatgaaataagaagtg |
907 |
Q |
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| T |
758506 |
gatcttagttatgctaatcaaattaattaattaatcaatcattccaacatgtatttatgctagaatcttaatgttcatgagaagaatgaaataagaagtg |
758605 |
T |
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| Q |
908 |
ataaact-aaacagatcaacaggagggaatc--aaagaaa--gaaatatatattacttggta-gtgtgatct |
973 |
Q |
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| T |
758606 |
ataaactaaaacagatcaacaaga-ggaatcaaaaagaaaagaaaatatatattacttggtaggtgtgatct |
758676 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 815; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 815; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 965
Target Start/End: Complemental strand, 36989668 - 36988704
Alignment:
| Q |
8 |
acttgacccacatggaatcccttagtaataatgcatgtgggtattatgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatca |
107 |
Q |
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| T |
36989668 |
acttgacccacatggaatcccttagtaataatgcatgtgggtattatgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacatcactgaaatca |
36989569 |
T |
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| Q |
108 |
agcaaaaaccattgttgtgataggacaaataataacagtatacatggaaggcaaacaaaaacatgacttcatgtgacatatatacttacaccgtgatccc |
207 |
Q |
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| T |
36989568 |
agcaaaaaccattgttgttataggacaaataataacagtatacatggaaggcaaacaaaaacatgacttcatgtgacatatatacttacaccgtgatccc |
36989469 |
T |
|
| Q |
208 |
ctaaaacaataaactctggaccaaatagcaataacagactcatagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataaa |
307 |
Q |
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| T |
36989468 |
ttaaaacaataaactgtggaccaaatagtaataacagactcatagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataaa |
36989369 |
T |
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| Q |
308 |
caaagttcaatgcaacattaatttgtcnnnnnnnnnnnnnnn---gaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttcc |
404 |
Q |
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| T |
36989368 |
caaagttcaatgcaacattaatttgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttcc |
36989269 |
T |
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| Q |
405 |
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504 |
Q |
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| T |
36989268 |
acaagctattaatgtagattgaaattgaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtacctaa |
36989169 |
T |
|
| Q |
505 |
aattgaaatggaatcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggaggt |
604 |
Q |
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| T |
36989168 |
aattgaaatggaatcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggaggt |
36989069 |
T |
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| Q |
605 |
ccttgtttgctactgttctttagtatttgtcctcttccattttgttctatttatcatcatgttgtgtttctcactttggtttcttaacaaaataaattag |
704 |
Q |
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| T |
36989068 |
ccttgtttgctactgttctttagtatttgtcctcttccattctgttctatttatcatcatgttgtgtttctcactttggtttcttaacaaattaaattac |
36988969 |
T |
|
| Q |
705 |
ggggatgtgttgtagtatgttattggtaatgatatcacaaattgtaatgattaaggttgttgttaataattaatatattaattatgatgactcatggagg |
804 |
Q |
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| T |
36988968 |
ggggatgtgttgtagtatgttattggtaatgatatcacaaattgtaatgattaaggttgttgttaataattaatatattaattatgatgactcatggagg |
36988869 |
T |
|
| Q |
805 |
ctggatcttagttatgctaatcaaattaattaattaatcaatcattccaacatgtatttatgctagaatcttaatgttcatgagaagaatgaaataagaa |
904 |
Q |
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| T |
36988868 |
ctagatcttagttatgctaatcaaattaattaattaatcaattattccaacatgtatttatgctagaatcttaatgttcatgagaagaatgaaataagaa |
36988769 |
T |
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| Q |
905 |
gtgataaact-aaacagatcaacaggagggaat-caaagaaa--gaaatatatattacttggtag |
965 |
Q |
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| T |
36988768 |
gtgataaactaaaacagatcaacaagaggaattaaaaagaaaataaaatatatattacttggtag |
36988704 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 804; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 965
Target Start/End: Complemental strand, 37015108 - 37014143
Alignment:
| Q |
8 |
acttgacccacatggaatcccttagtaataatgcatgtgggtattatgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatca |
107 |
Q |
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| T |
37015108 |
acttgacccacatggaatcccttagtaataatgcatgtgggtattatgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacagcactgaaatca |
37015009 |
T |
|
| Q |
108 |
agcaaaaaccattgttgtgataggacaaataataacagtataca-tggaaggcaaacaaaaacatgacttcatgtgacatatatacttacaccgtgatcc |
206 |
Q |
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| T |
37015008 |
agcaaaaaccattgttgttataggacaaataataacagtatacaattgaaggcaaacaaaaacatgacttcatgtgacatatatacttacaccgtgatcc |
37014909 |
T |
|
| Q |
207 |
cctaaaacaataaactctggaccaaatagcaataacagactcatagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataa |
306 |
Q |
| |
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| T |
37014908 |
cctaaaacaataaactgtggaccaaatagtaataacagactcacagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataa |
37014809 |
T |
|
| Q |
307 |
acaaagttcaatgcaacattaatttgtcnnnnnnnnnnnnnnn---gaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttc |
403 |
Q |
| |
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|
| T |
37014808 |
acaaagttcaatgcaacattaatttgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttc |
37014709 |
T |
|
| Q |
404 |
cacaagctattaatgtagattgaaattgaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtaccta |
503 |
Q |
| |
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|
| T |
37014708 |
cacaagctattaatgtagattgaaattgaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtaccta |
37014609 |
T |
|
| Q |
504 |
aaattgaaatggaatcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggagg |
603 |
Q |
| |
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|
|
| T |
37014608 |
aaattgaaatggaatcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggagg |
37014509 |
T |
|
| Q |
604 |
tccttgtttgctactgttctttagtatttgtcctcttccattttgttctatttatcatcatgttgtgtttctcactttggtttcttaacaaaataaatta |
703 |
Q |
| |
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| T |
37014508 |
tccttgtttgctactgttctttagtatttgtcctcttccattctgttctatttatcatcatgttgtgtttctcactttggtttcttaacaaattaaatta |
37014409 |
T |
|
| Q |
704 |
gggggatgtgttgtagtatgttattggtaatgatatcacaaattgtaatgattaaggttgttgttaataattaatatattaattatgatgactcatggag |
803 |
Q |
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| T |
37014408 |
cggggatgtgttgtagtatgttattggtaatgatatcacaaattgtaatgattaaggttgttgttaataattaatatattaattatgatgactcatggag |
37014309 |
T |
|
| Q |
804 |
gctggatcttagttatgctaatcaaattaattaattaatcaatcattccaacatgtatttatgctagaatcttaatgttcatgagaagaatgaaataaga |
903 |
Q |
| |
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|
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| T |
37014308 |
gctagatcttagttatgctaatcaaattaattaattaatcaattattccaacatgtatttatgctagaatcttaatgttcatgagaagaatgaaataaga |
37014209 |
T |
|
| Q |
904 |
agtgataaact-aaacagatcaacaggagggaat-caaagaaa--gaaatatatattacttggtag |
965 |
Q |
| |
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|
|
| T |
37014208 |
agtgataaactaaaacagatcaacaagaggaattaaaaagaaaataaaatatatattacttggtag |
37014143 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 724 - 778
Target Start/End: Original strand, 36443639 - 36443693
Alignment:
| Q |
724 |
ttattggtaatgatatcacaaattgtaatgattaaggttgttgttaataattaat |
778 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36443639 |
ttattggtaatgatatcacaaattgtaataactaaggttgttgttaataattaat |
36443693 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 39160937 - 39160861
Alignment:
| Q |
59 |
tagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatcaagcaaaaaccattgttgtgataggacaa |
135 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||| |
|
|
| T |
39160937 |
tagatttgtgctaagaccaaaaaacgtgttgaaaatgacactgaaatcaagcaaacaacattgttgttacaggacaa |
39160861 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 59 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 27006625 - 27006559
Alignment:
| Q |
59 |
tagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatcaagcaaaaaccattgttgt |
125 |
Q |
| |
|
|||||||||||| | |||||||||| || |||||| || ||||||||||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
27006625 |
tagatttgtgctgataccaaacaatgtgatgaaaacgacgctgaaatcaagcaaacaccaatgttgt |
27006559 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 95; Significance: 6e-46; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 53 - 231
Target Start/End: Original strand, 19179948 - 19180126
Alignment:
| Q |
53 |
atgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatcaagcaaaaaccattgttgtgataggacaaataataacagtatacat |
152 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| | |
|
|
| T |
19179948 |
atgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgttgaaaacgacgctgaaatcaagcaaaaaccattgttgttattggagaaataataacagtatagtt |
19180047 |
T |
|
| Q |
153 |
ggaaggcaaacaaaaacatgacttcatgtgacatatatacttacaccgtgatcccctaaaacaataaactctggaccaa |
231 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||| || | ||||| |||||||| |
|
|
| T |
19180048 |
tgaaggcaaagaaaaacacgacctcatgcgacatatatagttacatcgtgatctcctataaaatgaaactgtggaccaa |
19180126 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 486 - 579
Target Start/End: Original strand, 19180800 - 19180896
Alignment:
| Q |
486 |
ggcacattttggtacctaaaattgaaat---ggaatcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgat |
579 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||||| |
|
|
| T |
19180800 |
ggcacattttggtaactaagattgaaatattggaagcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaattgtgcttaagactttgaatttgat |
19180896 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 856 - 965
Target Start/End: Original strand, 19180933 - 19181046
Alignment:
| Q |
856 |
atgtatttatgctagaatcttaatgttcatgagaagaatgaaataagaagtgataaact-aaacagatcaacaggagggaat-caaagaaa--gaaatat |
951 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||| |||| | | ||||||| |||||| |
|
|
| T |
19180933 |
atgtatgtatgctagaatcttagtgttcatgagaagaatgaagtaagaagtgataatctaaaacagatcaacaagaggaattaaaaagaaaagaaaatat |
19181032 |
T |
|
| Q |
952 |
atattacttggtag |
965 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
19181033 |
atattacttggtag |
19181046 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 245 - 296
Target Start/End: Original strand, 19180180 - 19180230
Alignment:
| Q |
245 |
actcatagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacat |
296 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| |
|
|
| T |
19180180 |
actcacagtatataaatcaaa-tgattaaatgtttgatatgataaagtacat |
19180230 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 31824792 - 31824739
Alignment:
| Q |
59 |
tagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatcaagcaa |
112 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |
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