View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4377-Insertion-3 (Length: 859)

Name: NF4377-Insertion-3
Description: NF4377
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4377-Insertion-3
NF4377-Insertion-3
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (8-859)||(14274613-14275475)
chr2 (190-594)||(14296820-14297213)
chr2 (155-491)||(14312943-14313279)
chr2 (687-844)||(14296493-14296650)
chr2 (687-830)||(14312622-14312765)
chr2 (713-859)||(14311256-14311400)
chr2 (694-844)||(14306895-14307039)
chr2 (337-484)||(14307270-14307417)
chr2 (8-67)||(14297283-14297342)
chr2 (278-314)||(14307422-14307458)
chr2 (110-149)||(14297227-14297266)
chr2 (599-628)||(14296727-14296756)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (163-478)||(25880066-25880384)
chr8 (703-827)||(25878838-25878962)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (235-467)||(39661151-39661383)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 712; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 712; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 14275475 - 14274613
Alignment:
Q  8 taaatttcatgttttagaagttttgttataaacaaatgttagtgattaatttgtcagcagtagagatcaatcgaatgttgaacctcttacataatattta 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14275475 taaatttcatgttttagaagttttgttataaacaaatgttagtgattaatttgtcagcagtagagatcgatcgaatgttgaacctcttacataatattta 14275376  T
Q  108 tccagcgtcccaacacacatcattggactactccttcatagattcattttttaatagtttaatcgaatgtgataagaaaatatgaactgaaatgtgttca 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14275375 tccagcgtcccaacacacatcattggactactccttcatagattcattttttaatagtttaatcgaatgtgataagaaaatatgaactgaaatgtgttca 14275276  T
Q  208 ttatactattttgtcagtggttgatggtggagacaattggagtgtggggcaaaggcaacttctgtgcttgggaaggatcatgctaaaacgcagcaaaata 307  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14275275 ttatactattttgttagtggttgatggtggagacaattggagtgtggggcaaaggcaacttctgtgcttgggaaggatcatgctaaaacgcagcaaaata 14275176  T
Q  308 ctattcatggatgaagcaacagcatcagttgattcgcaaactgatgctgtattacaaaagatcatcagagaaaactttgcagatcgtacaatcattagca 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14275175 ctattcatggatgaagcaacagcatcagttgattcgcaaactgatgctgtattacaaaagatcatcagagaaaactttgcagatcgtacaatcattagca 14275076  T
Q  408 ttgctcacaggatacctacagttatggactgtgatagggttttggtcatagatgaaggtatgtttatgttatatatccatatgtg---ctgagaaactnn 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||      
T  14275075 ttgctcacaggatacctacagttatggactgtgatagggttttggtcatagatgaaggtatgtttatgttatatatccatatgtgttcatgagaaactta 14274976  T
Q  505 nnnnnnnt-------tatgaaccacaaacacataccaggagatgacagttg-aaaaaacagaagttattgaacgtaatcgcatatgacagtgttttatcg 596  Q
           |        |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14274975 atggcaataataaaccatgaaccacaaacacataccaggagacgacagttgaaaaaaacagaagttattgaacgtaatcgcatatgacagtgttttatcg 14274876  T
Q  597 catgtagtttctactattaccaaaattttgacnnnnnnnnnnnctt-agtgtttatatccttcaagtttcaatcgctcaactattgtacgaaataatgaa 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||           ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14274875 catgtagtttctactattaccaaaattttgacaaaaaaaaaaacttaagtgtttatatctttcaagtttcaatcgctcaactattgtacgaaataatgaa 14274776  T
Q  696 ttatggggcatttgatgtttttggcaggatttgcaaaggaatatgacaagccatcacgtttgcttgaaaggcattcactttttgcagcattggttaagga 795  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14274775 ttatggggtatttgatgtttttggcaggatttgcaaaggaatatgacaagccatcacgtttgcttgaaaggcattcactttttgcagcattggttaagga 14274676  T
Q  796 gtattctaatagatcagcttaatgatagttatagttatttgccatttttatgatggtaggtcaa 859  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14274675 gtattctaatagatcagcttaatgatagttatagttatttgcca-ttttatgatggtaggtcaa 14274613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 190 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 14297213 - 14296820
Alignment:
Q  190 tgaactgaaatgtgttcattatactattttgtcagtggttgatggtggagacaattggagtgtggggcaaaggcaacttctgtgcttgggaaggatcatg 289  Q
    |||||||||||||| | | |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14297213 tgaactgaaatgtgcttactatattattttgttagtggttgatggtggagacaattggagtgtggggcaaaggcaacttctatgcttgggaaggatcatg 14297114  T
Q  290 ctaaaacgcagcaaaatactattcatggatgaagcaacagcatcagttgattcgcaaactgatgctgtattacaaaagatcatcagagaaaactttgcag 389  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |    
T  14297113 ctaaaacgcagcaaaatattattcatggatgaagcaacagcatcagttgattcgcaaactgatgttgtattacagaagatcatcagagaagactttgcgg 14297014  T
Q  390 atcgtacaatcattagcattgctcacaggatacctacagttatggactgtgatagggttttggtcatagatgaaggtatgtttatgttatatatccatat 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14297013 atcgtacaatcattagcattgctcatagaataccaacagttatggattgtgacaaggttttggtcatagatgaaggtatgtttatgctatatatccatat 14296914  T
Q  490 gtgctgagaaactnnnnnnnnnttatgaaccacaaacacataccaggagatgacagttgaaaaaa-cagaagttattgaacgtaatcgcatatgacagtg 588  Q
    ||| |||||||||            | || |||| |||||||||||||||  ||| || |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14296913 gtgttgagaaact------------tcaaacacatacacataccaggagacaacaatttaaaaaatcagaagttattgaacataatcgcatatgacagtg 14296826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 155 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 14313279 - 14312943
Alignment:
Q  155 tttttaatagtttaatcgaatgtgataagaaaatatgaactgaaatgtgttcattatactattttgtcagtggttgatggtggagacaattggagtgtgg 254  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14313279 ttttaaatagtttaatcgaatgttataagaatgtatgagctgaaatgtgtttattatactattttgttagtggttgatggtggagacaattggagtgtgg 14313180  T
Q  255 ggcaaaggcaacttctgtgcttgggaaggatcatgctaaaacgcagcaaaatactattcatggatgaagcaacagcatcagttgattcgcaaactgatgc 354  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14313179 ggcaaaggcaacttctatgcttgggaaggatcatgttaaaacgcagcaaaatattattcatggatgaagcaacagcatcagttgattcgcaaactgatgc 14313080  T
Q  355 tgtattacaaaagatcatcagagaaaactttgcagatcgtacaatcattagcattgctcacaggatacctacagttatggactgtgatagggttttggtc 454  Q
    |||| |||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  14313079 tgtaatacaaaagatcatcagagaggattttgcagatcgtacaattattagcattgctcacagaataccaacagttatggattgtgacagggttttggtc 14312980  T
Q  455 atagatgaaggtatgtttatgttatatatccatatgt 491  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  14312979 atagatgcaggtatctttatgttatatatctatatgt 14312943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 687 - 844
Target Start/End: Complemental strand, 14296650 - 14296493
Alignment:
Q  687 aataatgaattatggggcatttgatgtttttggcaggatttgcaaaggaatatgacaagccatcacgtttgcttgaaaggcattcactttttgcagcatt 786  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14296650 aataatgaattgtggggtatttgatgtttttggcaggttatgcaaaggaatatgacaagccatcacgtttgcttgaaaggccttcactttttgcagcatt 14296551  T
Q  787 ggttaaggagtattctaatagatcagcttaatgatagttatagttatttgccattttt 844  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||    
T  14296550 ggttaaggagtattctaatagatcagcttaatgatagttatagttctctgtcattttt 14296493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 687 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 14312765 - 14312622
Alignment:
Q  687 aataatgaattatggggcatttgatgtttttggcaggatttgcaaaggaatatgacaagccatcacgtttgcttgaaaggcattcactttttgcagcatt 786  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14312765 aataatgaattgtggggtatttgatatttttggcaggttttgcaaaggaatatgacaagccatcacgtttgcttgaaaggccttcactttttgcagcatt 14312666  T
Q  787 ggttaaggagtattctaatagatcagcttaatgatagttatagt 830  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14312665 ggttaaggagtattctaatagatcagcttaatgatggttatagt 14312622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 713 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 14311400 - 14311256
Alignment:
Q  713 tttttggcaggatttgcaaaggaatatgacaagccatcacgtttgcttgaaaggcattcactttttgcagcattggttaaggagtattctaatagatcag 812  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14311400 tttttggcaggttttgcaaaggaatatgactaggcatcatgtttgcttgaaaggccttcactttttgcagcagtggttaaggagtattctaatagatcag 14311301  T
Q  813 cttaatgatagttatagttatttgccatttttatgatggtaggtcaa 859  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||| ||||||||    
T  14311300 cttaatgatagttatagttgttttcca--tttatgatgttaggtcaa 14311256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 694 - 844
Target Start/End: Complemental strand, 14307039 - 14306895
Alignment:
Q  694 aattatggggcatttgatgtttttggcaggatttgcaaaggaatatgacaagccatcacgtttgcttgaaaggcattcactttttgcagcattggttaag 793  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||       
T  14307039 aattgtggggtatttgacgtttttgctaggttttgcaaaggaatttgacaagccatcacgtttgcttgaaaagcattcactttttgcagcattggtt--- 14306943  T
Q  794 gagtattctaatagatcagcttaatgatagttatagttatttgccattttt 844  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  14306942 ---tattctaatagatcagcttaatgatagttatagttgtttgtcattttt 14306895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 337 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 14307417 - 14307270
Alignment:
Q  337 tgattcgcaaactgatgctgtattacaaaagatcatcagagaaaactttgcagatcgtacaatcattagcattgctcacaggatacctacagttatggac 436  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  | |||| |||||||||  |  ||| ||||| |||||| ||||  ||||||||||||    
T  14307417 tgattcgcaaactgatgctgtaatacaaaagatcatcagggaggattttgtagatcgtacggttgttaacattgttcacagaatacaaacagttatggac 14307318  T
Q  437 tgtgatagggttttggtcatagatgaaggtatgtttatgttatatatc 484  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  14307317 tgtgacagggttttggtcatagatgcaggcatgtttatgttatatatc 14307270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 8 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 14297342 - 14297283
Alignment:
Q  8 taaatttcatgttttagaagttttgttataaacaaatgttagtgattaatttgtcagcag 67  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||| ||||    
T  14297342 taaatctcatgttttagaagtttttttatagataaatgttggtgattaatttgtcggcag 14297283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 278 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 14307458 - 14307422
Alignment:
Q  278 ggaaggatcatgctaaaacgcagcaaaatactattca 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14307458 ggaaggatcatgctaaaacgcagcaaaatattattca 14307422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 14297266 - 14297227
Alignment:
Q  110 cagcgtcccaacacacatcattggactactccttcataga 149  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14297266 cagcgtcccgacacacatcactggactactccttcataga 14297227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 599 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 14296756 - 14296727
Alignment:
Q  599 tgtagtttctactattaccaaaattttgac 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14296756 tgtagtttctactattaccaaaattttgac 14296727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 163 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 25880384 - 25880066
Alignment:
Q  163 agtttaatcgaatgtgataagaaaatatgaac--tgaaatgt-gttcattatactattttgtcagtggttgatggtggagacaattggagtgtggggcaa 259  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||   | | |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  25880384 agtttaattcaatgtgataagaaaatatgaataataacatgttgtttattatactattttgttagtggttgatggtggagataattggagtgtgggacaa 25880285  T
Q  260 aggcaacttctgtgcttgggaaggatcatgctaaaacgcagcaaaatactattcatggatgaagcaacagcatcagttgattcgcaaactgatgctgtat 359  Q
    || |||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||     
T  25880284 agacaacttctatgcttaggaagaatcatgttaaaacgtagcaaaatattattcatggatgaagcaacagcatcagttgattcacaaactgatgttgtag 25880185  T
Q  360 tacaaaagatcatcagagaaaactttgcagatcgtacaatcattagcattgctcacaggatacctacagttatggactgtgatagggttttggtcataga 459  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  25880184 tacaaaagatcatcagagaggactttgcagatcgtacaattgttagcattgctcacagaatacctacagttatggattgtgacaaggttttggtcataga 25880085  T
Q  460 tgaaggtatgtttatgtta 478  Q
    || ||||||||||||||||    
T  25880084 tgcaggtatgtttatgtta 25880066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 703 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 25878962 - 25878838
Alignment:
Q  703 gcatttgatgtttttggcaggatttgcaaaggaatatgacaagccatcacgtttgcttgaaaggcattcactttttgcagcattggttaaggagtattct 802  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  25878962 gcatttgatgtttttggcaggttttgcaaaggaatatgataagccatcacgtttgcttgaaagaccttcaatttttgcagcattggttaaggagtattca 25878863  T
Q  803 aatagatcagcttaatgatagttat 827  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||    
T  25878862 aatagatcaacttaatcatagttat 25878838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 235 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 39661383 - 39661151
Alignment:
Q  235 tggagacaattggagtgtggggcaaaggcaacttctgtgcttgggaaggatcatgctaaaacgcagcaaaatactattcatggatgaagcaacagcatca 334  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||  | ||||| || || ||| | ||||| || |  |||| | | ||||| ||||| || || ||||| ||     
T  39661383 tggagataactggagtgtggggcagaggcagttgctgtgtttagggagggttatgcttaagcaaagcagactgctatttatggacgaggctacagcttct 39661284  T
Q  335 gttgattcgcaaactgatgctgtattacaaaagatcatcagagaaaactttgcagatcgtacaatcattagcattgctcacaggatacctacagttatgg 434  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||| | |||||| ||||| || |||||||| |||||||| || || ||||    
T  39661283 gttgattctcaaaccgatgctgtaattcagaagatcatcagagaagactttgcggctcgtaccatcatcagtattgctcataggataccaacggtcatgg 39661184  T
Q  435 actgtgatagggttttggtcatagatgaaggta 467  Q
    |||| ||| | || |||||  |||||| |||||    
T  39661183 actgcgatcgagtgttggttgtagatgcaggta 39661151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 6059 times since January 2019
Visitors: 5065