View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4377-Insertion-6 (Length: 637)

Name: NF4377-Insertion-6
Description: NF4377
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4377-Insertion-6
NF4377-Insertion-6
[»] chr1 (23 HSPs)
chr1 (6-637)||(19278738-19279369)
chr1 (14-505)||(13271585-13272082)
chr1 (14-548)||(13244177-13244714)
chr1 (6-510)||(13080562-13081066)
chr1 (6-463)||(13086098-13086555)
chr1 (14-285)||(12963797-12964068)
chr1 (14-429)||(13007199-13007611)
chr1 (14-429)||(30367889-30368301)
chr1 (14-279)||(13204458-13204723)
chr1 (14-423)||(13094398-13094804)
chr1 (14-476)||(13064947-13065406)
chr1 (338-629)||(12963489-12963780)
chr1 (14-416)||(13129827-13130226)
chr1 (14-279)||(13070104-13070369)
chr1 (14-279)||(13100999-13101264)
chr1 (16-416)||(13161522-13161919)
chr1 (326-512)||(19727461-19727647)
chr1 (341-513)||(13214142-13214314)
chr1 (341-470)||(13069916-13070045)
chr1 (325-512)||(13101307-13101494)
chr1 (325-412)||(13204766-13204853)
chr1 (558-631)||(13086656-13086732)
chr1 (566-637)||(13244115-13244186)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (338-429)||(31396456-31396548)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (221-258)||(36668331-36668368)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 584; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 584; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 19279369 - 19278738
Alignment:
Q  6 cattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatat 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19279369 cattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctatccgatatccatctctcaggccgaaattctaggcaatcatcaccccatat 19279270  T
Q  106 ttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttg 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19279269 ttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttagactaacatggtctccactaggtagtatatcggaattaactgcacacttg 19279170  T
Q  206 tgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtgatcg 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  19279169 tgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcacatatagctccatgaagataaactagcttatcaagctctttcacactaaaatttgtgatca 19279070  T
Q  306 aattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacc 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19279069 aattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacc 19278970  T
Q  406 cgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagt 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19278969 cgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacatctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagt 19278870  T
Q  506 tcttttaccaggcaataatgagattcatccgcatcttcatttctttcgagtattcttttctcttcatcgcctttgtaataagatatacatttgttcaaga 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19278869 tcttttaccaggcaataatgagattcatccgcgtcttcatttctttcgagtattcttttctcttcatcacctttgtaataagatatacatttgttcaaga 19278770  T
Q  606 attcgtgaagattttctttagctaccgtgccc 637  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19278769 attcgtgaagattttctttagctaccgtgccc 19278738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 14 - 505
Target Start/End: Original strand, 13271585 - 13272082
Alignment:
Q  14 gctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttcca 113  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| |||  ||| |||| ||||||| |||||||||  |||||||    
T  13271585 gctatgaacttgtaagatggtacatgtataatttgtcctttatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcaccaccccatacatgttcca 13271684  T
Q  114 tccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaa 213  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  13271685 ttcttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagaattaactgcacacttgtgatcaaa 13271784  T
Q  214 tggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtgatcgaattatcc 313  Q
    ||||| ||| |||||||| || |||| |||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||  | ||  ||| | |||||  ||||| |||| |||    
T  13271785 tggtataggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctgcatgaaggtaaatcagcttatcaatgttttcaacatttaaattattgatcaaattctcc 13271884  T
Q  314 tcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaa 413  Q
    |||| ||||| ||| | | | |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  13271885 tcttgtgttagacaatgatctttgatctcttgaataagttttgcttccacattaggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaa 13271984  T
Q  414 ttgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatac------gtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagt 505  Q
     ||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||       | |||||||||||  |||||||||| | |||||||||||||    
T  13271985 ctgttccatttcctgcagccaagagagtgaatgcagtgtctctaatatacttttcattttcattcgtttcttcctttcccaagccttccttcattagt 13272082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 14 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 13244714 - 13244177
Alignment:
Q  14 gctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttcca 113  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||||||   |||||||   ||||||||||| || |||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||    
T  13244714 gctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctagctgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcatctccccatatttgttgca 13244615  T
Q  114 tccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaa 213  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| || || |  || |||||||| | |||    
T  13244614 tccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatgttctccactaggtagtatatcagatttgatagcgcacttgtgctgaaa 13244515  T
Q  214 tggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtgatcgaattatcc 313  Q
    ||  | ||| ||||| ||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| || || |||  | |||||  ||||  |||| |||    
T  13244514 tgccagaggaggatatagcctcaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaatcttttccacgtttaaattattgattaaattctcc 13244415  T
Q  314 tcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaa 413  Q
    |||| ||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  13244414 tcttgtgttagacaattatctttgatctcttgaataattttcgcttccccaataggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaa 13244315  T
Q  414 ttgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcat---tcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttcttt 510  Q
    |||||||||| |||||| | |||||||| |  ||||||||||| |||||| ||||||   || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13244314 ttgttccatttcctgcaccgaagagatttaccgcagtgtctctgatatacttctcatcgatcatttccccctttcccaatctttccttcattagttcttt 13244215  T
Q  511 taccaggcaataatgagattcatccgcatcttcatttc 548  Q
    || |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  13244214 tagcaggcaataacgagattcatctacatcttcatttc 13244177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 6 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 13081066 - 13080562
Alignment:
Q  6 cattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatat 105  Q
    ||||||||||||||||||| || || || || |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||  ||| |||| |||||| || ||||||||    
T  13081066 cattaaacgctatgaacttataagacggcacttgtataatttgtcctctatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcctctccccatat 13080967  T
Q  106 ttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttg 205  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || || |  |||||||||    
T  13080966 ttgctccatccttcccattgcatacaaagaatatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggaagtttatccgatttgatagcacacttg 13080867  T
Q  206 tgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtgatcg 305  Q
    || | ||||| |||||  ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| | |||      
T  13080866 tgctgaaatgctacagaaggatatagccttaaggcttcacatatggctccatgaaggtaaactagcttatcaagctcttccacacctaaattagcgataa 13080767  T
Q  306 aattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacc 405  Q
    |||| || || | | ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||  | || ||  ||||||| ||||| || |||||||| |||||| |||||||    
T  13080766 aattctcatcgtgttttaaacaattatctttgatctcttgaataattttaccatctaccctaggatgcgttgaaaccagccaaaaaaaccaagtgagacc 13080667  T
Q  406 cgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagt 505  Q
     | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  | ||| |||||||||||| |||||  | |||| |||||| |||||| ||||| ||||||     
T  13080666 tgtactaattgttccatttcctgcaaccaagagattgattgtagtatctctaatatacctctcaaccatttcccccttttccaatccttcctccattaga 13080567  T
Q  506 tcttt 510  Q
    |||||    
T  13080566 tcttt 13080562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 6 - 463
Target Start/End: Original strand, 13086098 - 13086555
Alignment:
Q  6 cattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatat 105  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||||||||| | ||| |||||| |||  ||||||||||||||||||  |||||| | || ||| | |||||||||    
T  13086098 cattaaatgctatgaacttgcaagatggtacatgcaaaatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatat 13086197  T
Q  106 ttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttg 205  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||  ||||||||||||||| |||| |  || | ||||||||||    
T  13086198 ttgtttcatccttcccattgcatacaaagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttg 13086297  T
Q  206 tgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtgatcg 305  Q
    || | |||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||  || || ||||| |||| |     
T  13086298 tgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgacca 13086397  T
Q  306 aattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacc 405  Q
    |||||||||| | || || ||| ||| | || ||||||||||| ||||| ||||| || ||   ||||||||| || |||||| |||||||| | |||||    
T  13086398 aattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgaaatgagttgaaacaagccaagagaaccaacttagacc 13086497  T
Q  406 cgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatac 463  Q
     ||||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  13086498 tgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattgaatgcagtgtctctaatatac 13086555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 14 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 12964068 - 12963797
Alignment:
Q  14 gctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttcca 113  Q
    ||||||||||| || ||||| || |||||||||| ||||||||| ||||||||||| || |||  |||||||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  12964068 gctatgaacttataagatggcacttgtataatttctcctctatttgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttcca 12963969  T
Q  114 tccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaa 213  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  12963968 tccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtaatatatctgatttaattgcacacttgtgttcaaa 12963869  T
Q  214 tggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctcttt 285  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  12963868 tggtataggaggataaagccttaaagcttcacaaatagctccatgaagataaacaagcttatcaagcccttt 12963797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 14 - 429
Target Start/End: Original strand, 13007199 - 13007611
Alignment:
Q  14 gctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttcca 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  || | ||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||||||||||||||    
T  13007199 gctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttcca 13007298  T
Q  114 tccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaa 213  Q
    |||||||||| || ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  | || |||||    
T  13007299 tccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggaattgattgcacagatatgctcaaa 13007398  T
Q  214 tggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtgatcgaattatcc 313  Q
     |||||||| ||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||     | || |||   |   ||  ||| |||    
T  13007399 aggtacaggaggataaagcctcatggcttcacatagagctccatggaggtacactagcttatcaagatccacatctctcaaa---ggagtctgattctcc 13007495  T
Q  314 tcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaa 413  Q
    |||| |||    |||||| | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||| ||||||| |||||||    
T  13007496 tcttgtgtgggccagttatctttgatttcttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaactgagacctgaactaa 13007595  T
Q  414 ttgttccattacctgc 429  Q
    |||| ||||| |||||    
T  13007596 ttgtgccatttcctgc 13007611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 14 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 30368301 - 30367889
Alignment:
Q  14 gctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttcca 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  |||| ||||||||| |||  |||||||| |||||| || |||||||||| |||||    
T  30368301 gctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatattttttcca 30368202  T
Q  114 tccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaa 213  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| || || | |||||   |  | |||||    
T  30368201 tccttcccatagcatacaaagagtaaattaacttggtatttggactaacattctctccactaggtagtatatcagatttgattgcactgataagctcaaa 30368102  T
Q  214 tggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttca-cactgaaatttgtgatcgaattatc 312  Q
     |||||||  ||||| | ||| | || |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||   || || || ||||    || ||| |||| ||    
T  30368101 aggtacagtaggatacaacctcatggattcacatatagctccatggaggtagactagcttatcaaggctttccaccattgaa----gttatccaattctc 30368006  T
Q  313 ctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaacta 412  Q
     | ||||| || ||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||| ||||||  ||||||    
T  30368005 atgttttgatacacaattatctttgatctcttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaactgagacttgaacta 30367906  T
Q  413 attgttccattacctgc 429  Q
    | ||| |||||||||||    
T  30367905 agtgtgccattacctgc 30367889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 14 - 279
Target Start/End: Original strand, 13204458 - 13204723
Alignment:
Q  14 gctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttcca 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |  |||| ||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||||||||||||||    
T  13204458 gctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttcca 13204557  T
Q  114 tccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaa 213  Q
    |||||||||| || ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| || | ||||||  | || |||||    
T  13204558 tccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacatatatgctcaaa 13204657  T
Q  214 tggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaag 279  Q
     |||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13204658 aggtacaggaggataaagtctcaaggcttcacatatagctccatgaaggtacactagcttatcaag 13204723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 14 - 423
Target Start/End: Original strand, 13094398 - 13094804
Alignment:
Q  14 gctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttcca 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| || |  |||||||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||||||||||||||    
T  13094398 gctatgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttcca 13094497  T
Q  114 tccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaa 213  Q
    |||||||||| | |||||||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| || || | ||||||  | || |||||    
T  13094498 tccttcccatagaatacaaagagtaaattaaagttgtatttggagtaacatggtatccactaggtagtatatcagatttgattgcacagatatgctcaaa 13094597  T
Q  214 tggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtgatcgaattatcc 313  Q
     |||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||     | || |||   || |||  || ||||    
T  13094598 aggtacaggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatccacatccctcaaa---gtaatccgataatcc 13094694  T
Q  314 tcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaa 413  Q
    |||  |||||| || ||| |  ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||| |  ||||| || |||||| ||||| | |||||||    
T  13094695 tctcgtgttaaccaattatctctgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaa 13094794  T
Q  414 ttgttccatt 423  Q
    |||| |||||    
T  13094795 ttgtaccatt 13094804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 14 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 13065406 - 13064947
Alignment:
Q  14 gctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttcca 113  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||||||||  ||||    
T  13065406 gctatgaacttgtaagacggtacatgtataatttgtccgctttttgatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatattttctcca 13065307  T
Q  114 tccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaa 213  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| || | ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||| |  || | |||| |||| || || |     
T  13065306 tccttcccattgaatacaaatagtataatatccttgtatttggacttacatggactccactaggaagtatatcagctttgattgcaaacttttgctcgat 13065207  T
Q  214 tggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtgatcgaattatcc 313  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| ||| |||||||||| || |||| |  ||   || ||| | || ||     
T  13065206 aggtacaggaggataaagccttaaggcttcacatatagctccgtggaggtaaattagtttatcaagcttttccacaattgaa---gtaatcaagttttca 13065110  T
Q  314 tcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaa 413  Q
    || |  | || ||| ||| | || |||||||||||||| || ||||| |||| |||||||  ||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  13065109 tcatcagatagacaattatctttcatctcttgaataatcttggcttccacaacaggatgacatgaaacaagccaaaagaaccaactgagacctgaactaa 13065010  T
Q  414 ttgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgttt 476  Q
     ||| || || || ||   ||| |||||||  ||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  13065009 ctgtgccgtttcccgctaacaatagattgactgcagtgtctctaagatacttctcactcgttt 13064947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 338 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 12963780 - 12963489
Alignment:
Q  338 atctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaaga 437  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||| | |||||||| ||||    
T  12963780 atctcttgaataattttagtttccacaataggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaaga 12963681  T
Q  438 gattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttcttttaccaggcaataatgagattcatccgc 537  Q
    ||||||| |  |||| | |||||||  |||||  | |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| |    
T  12963680 gattgagtgttgtgtttataatatatttctcagccatttccccctttcccaatccttccttcattagatcttttagcaggcaagaatgagattcatccac 12963581  T
Q  538 atcttcatttctttcgagtattcttttctcttcatcgcctttgtaataagatatacatttgttcaagaattcgtgaagattttctttagcta 629  Q
     ||||| || ||||  | | ||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||| |||||||| |||||    
T  12963580 gtcttcgttgcttttaaatgttcgtttctcttcaccgtctttgtaataagatatacaattgtacaagaatttatgaatattttcttgagcta 12963489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 416
Target Start/End: Original strand, 13129827 - 13130226
Alignment:
Q  14 gctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttcca 113  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||| || |  |||||||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||||||||||||||    
T  13129827 gctacgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttcca 13129926  T
Q  114 tccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaa 213  Q
    |||||||||| | |||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| || || | || |||  | || |||||    
T  13129927 tccttcccatagaatacaaagagtaaatcaaagttgtatttggactaacatggtatccactaggtagtatatcagatttgattgaacagatatgctcaaa 13130026  T
Q  214 tggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcaca---ctgaaatttgtgatcgaatta 310  Q
     |||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||   ||||   || |||   || |||  ||||    
T  13130027 aggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatc---cacatgcctcaaa---gtaatccgatta 13130120  T
Q  311 tcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaac 410  Q
     |||||| |||||| || ||| | |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||| |  ||||| || |||||| ||||| | ||||    
T  13130121 ccctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctgaac 13130220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 14 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 13070369 - 13070104
Alignment:
Q  14 gctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttcca 113  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| | |  |||| ||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||||||||||||||    
T  13070369 gctatgaacttgtaagatggaacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttcca 13070270  T
Q  114 tccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaa 213  Q
    |||||||||| || ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| || | ||||||  | || |||||    
T  13070269 tccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacatatatgctcaaa 13070170  T
Q  214 tggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaag 279  Q
     |||||||| |||||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  13070169 aggtacaggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctccatgaaggtacactagattatcaag 13070104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 14 - 279
Target Start/End: Original strand, 13100999 - 13101264
Alignment:
Q  14 gctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttcca 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  || | ||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||||||||||||||    
T  13100999 gctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttcca 13101098  T
Q  114 tccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaa 213  Q
    |||||||||| || ||||||||||| | |||| ||||||||||||||| | | ||||||||||| ||| ||||||| || | || |||  | || |||||    
T  13101099 tccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaaaacgctctccactaggaagtatatcggatttgattgaacatatatgctcaaa 13101198  T
Q  214 tggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaag 279  Q
     |||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  13101199 aggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatggaggtacactagcttatcaag 13101264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 416
Target Start/End: Original strand, 13161522 - 13161919
Alignment:
Q  16 tatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttccatc 115  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| | ||| || |  |||||||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||||| ||||||||||    
T  13161522 tatgaacttgtaagaaggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttccccccatagttgttccatc 13161621  T
Q  116 cttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatg 215  Q
    || ||||| | ||||| |||||| |||||  ||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||| || | ||||||  | || ||||| |    
T  13161622 ctgcccatagaatacatagagtacattaaacttgtatttggactaatacgttctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaag 13161721  T
Q  216 gtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtgatcgaattatcctc 315  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |     | || |||    | |||  |||||||||    
T  13161722 gtataggtggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagaaccacatccctcaaa---ataatccgattatcctc 13161818  T
Q  316 ttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaatt 415  Q
    || |||||  || ||| | |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||| | |||||| || |||||| ||||| | |||||||||    
T  13161819 ttgtgttagccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaaggagccagaaaaaccaactgagagctgaactaatt 13161918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 326 - 512
Target Start/End: Original strand, 19727461 - 19727647
Alignment:
Q  326 cagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattac 425  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||| ||||||| | ||||| ||  ||||| |    
T  19727461 cagttatctttgatttcttgaataattttggcttcgacaataggatgagtcgaaacaagccaaaaaaaccaactgagacctgtactaactgggccatttc 19727560  T
Q  426 ctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttctttta 512  Q
    ||||    |||||| ||||   | ||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||    
T  19727561 ctgctaaaaagagagtgagtaaattgtctctaagatacttctcattcatttccccctttccagatccttccttcattagtgctttta 19727647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 341 - 513
Target Start/End: Original strand, 13214142 - 13214314
Alignment:
Q  341 tcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagat 440  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| || ||||| || |||||| ||||||| |||| || ||  ||||| |||||    ||||||     
T  13214142 tcttgaataattttagcttccacaataagatgagttgaaacaagccagaaaaaccaaatgagacctgaacgaactgggccatttcctgctaaaaagagag 13214241  T
Q  441 tgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttcttttac 513  Q
    |||  ||| ||||||||| |||| |||||| | |||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||    
T  13214242 tgatcgcattgtctctaagatacttctcatccatttccccctttccaaatccttccttcattagtgcttttac 13214314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 341 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 13070045 - 13069916
Alignment:
Q  341 tcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagat 440  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||| ||||||| ||| ||| ||| ||||| |||||    ||||||     
T  13070045 tcttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaactgagacctgaagtaactgtgccatttcctgctaaaaagagag 13069946  T
Q  441 tgagagcagtgtctctaatatacgtctcat 470  Q
     ||| ||| ||||||||| |||| ||||||    
T  13069945 agagtgcattgtctctaagatacttctcat 13069916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 325 - 512
Target Start/End: Original strand, 13101307 - 13101494
Alignment:
Q  325 acagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccatta 424  Q
    ||||||| | ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||| || |||||| ||||| | ||||||| ||  |||||     
T  13101307 acagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccattt 13101406  T
Q  425 cctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttctttta 512  Q
    |||||    |||||| |||   || ||||||||| |||| |||||| | |||| ||||||||  ||| ||||||| ||||| ||||||    
T  13101407 cctgctaaaaagagagtgattacattgtctctaagatacttctcatccatttccccctttccagatccttccttcgttagtgctttta 13101494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 325 - 412
Target Start/End: Original strand, 13204766 - 13204853
Alignment:
Q  325 acagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaacta 412  Q
    ||||||| | ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||| |||||| | ||||| ||||||    
T  13204766 acagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaacaagccaaaaaaaccaacttagacctgaacta 13204853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 558 - 631
Target Start/End: Original strand, 13086656 - 13086732
Alignment:
Q  558 ttcttttctcttcatcgcctttg---taataagatatacatttgttcaagaattcgtgaagattttctttagctacc 631  Q
    ||||| |||||||||| ||||||   ||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  13086656 ttcttctctcttcatcacctttggaataataagttatacatttggacaagaattggtgaagattttcttgagctacc 13086732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 566 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 13244186 - 13244115
Alignment:
Q  566 tcttcatcgcctttgtaataagatatacatttgttcaagaattcgtgaagattttctttagctaccgtgccc 637  Q
    |||||||  |||||||||| || ||||||||| | |||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||    
T  13244186 tcttcatttcctttgtaatcagttatacatttctccaagaattggtgaagattttctctagctgccttgccc 13244115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 338 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 31396548 - 31396456
Alignment:
Q  338 atctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttg-atacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgc 429  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| | || ||||| || ||||||  |||||  ||||||||||| ||||| |||||    
T  31396548 atctcttgaataattttggcttccacattaggatgagttgaaaacaagccagaaaaaccaaccgagacttgaactaattgtgccatttcctgc 31396456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 221 - 258
Target Start/End: Original strand, 36668331 - 36668368
Alignment:
Q  221 ggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatg 258  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  36668331 ggtggataaagccttaaggcttcacataaagctccatg 36668368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3255 times since January 2019
Visitors: 6230