View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4383-Insertion-8 (Length: 824)

Name: NF4383-Insertion-8
Description: NF4383
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4383-Insertion-8
NF4383-Insertion-8
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (79-807)||(5476201-5476933)
chr2 (91-802)||(5495116-5495832)
chr2 (86-720)||(5484144-5484783)
chr2 (86-807)||(5489329-5490055)
chr2 (310-776)||(5481510-5481967)
chr2 (530-806)||(5467021-5467297)
chr2 (79-238)||(5481288-5481447)
chr2 (70-228)||(5466526-5466684)
chr2 (315-522)||(5466771-5466977)
chr2 (568-796)||(5500633-5500861)
chr2 (7-69)||(31331325-31331387)
chr2 (7-69)||(31338046-31338108)
chr2 (7-69)||(30269905-30269967)
chr2 (707-820)||(5484996-5485108)
chr2 (15-70)||(44924226-44924281)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (7-70)||(25641801-25641864)
chr8 (36-69)||(6634493-6634526)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (7-69)||(7400890-7400952)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-71)||(4682323-4682387)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (7-70)||(53303298-53303362)
chr4 (7-70)||(8239068-8239131)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (7-69)||(7413875-7413937)
chr5 (24-69)||(37191392-37191437)
chr5 (11-69)||(5075263-5075321)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 79 - 807
Target Start/End: Original strand, 5476201 - 5476933
Alignment:
Q  79 agttaagagccttaatgttagcactctttgcattaaggaagagagagtggcactccttaacatcaaaaaagatctcaaagatccttccaattgtctttct 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||     
T  5476201 agttaagagccttaatgttagcactctttgcattaaggaagagagagtggcactccttaacatcaaaaaagatctcaatgatccttccaattgcctttcg 5476300  T
Q  179 tcatgggttggggaagattgctgtgattggaagggtatagaatgtgacaaccaaactggtcatgttctaaagtttgagctcaatacctatgttatctgca 278  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5476301 tcatgggtcggggaagattgctgtaattggaagggtattgaatgtgacaaccaaactggtcatattctaaagtttgagctcaatacctatgttatctgca 5476400  T
Q  279 acaaaactgcaagtatattttcacgatttggcggtga--gataaatccttcattggctaacttgaaacacttgagtcacctggacctaagcaacaataac 376  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||    
T  5476401 acaaaactgtaagtatattttcactttttggcggtgaatattaaatccttcattggcttacttgaaacacttgagtcacttggacctgagttacaataac 5476500  T
Q  377 ttcaaaggaattccaaattccagaatttgttggttctctcaatatgttgaattaccttgacttatctaattcaatgttttctggaatggtccctcctcat 476  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||| | |||||||||||| || ||    
T  5476501 ttcaaaggaatttc-cattccagaatttattggttctctcaatatgctgaattatcttgacttatctaattcaaaatttacaggaatggtccctactgat 5476599  T
Q  477 cttggcaatttgtcaaatttgcactatcttgatatctctgacccaattgcgacactttgggtcagagatataagttggctctctaccttgtcttcgcttc 576  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    ||  | |  || |||||||||||||  |||| ||||| ||| |  ||||||| ||||    
T  5476600 cttggtaatttgtcaaatttgcaccatcttgatatctctagttcagattcttcagtttgggtcagagacttaagctggctttctgctctgtcttcacttc 5476699  T
Q  577 aacatcttaacatgaactttgttaacatcaccaacaagcccc---atgagttgtttcgagctgtgaataatatgccatctctgttaaagttgtatttatc 673  Q
    || |||||  |||| | | ||| ||  | ||||||  | |||   |   |||||||||||||||||| || ||| | ||||||||| ||||| ||||  |    
T  5476700 aatatcttggcatggattatgtcaatgttaccaactcgtccctctagttgttgtttcgagctgtgaaaaagatgtcttctctgttagagttgcatttggc 5476799  T
Q  674 ctcttgcaatcttgttaatctccctccatcttcaccctttttaaatattacatcactttctgtgcttgatctctctaaaaatccttttaattcctcaata 773  Q
     ||||||    ||  |  |||||||||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| |||||||     
T  5476800 ttcttgcggaatttcttctctccctccaacttcgccatttttaaatattacaccactttctgtgcttgatctctctggaaatcctttaaatacctcaatg 5476899  T
Q  774 cctacctggttgttcaatatgagtaccctcacag 807  Q
    ||| | ||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  5476900 ccttcttggctgttcaacatgagtacccttacag 5476933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 319; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 91 - 802
Target Start/End: Original strand, 5495116 - 5495832
Alignment:
Q  91 taatgttagcactctttgcattaaggaagagagagtggcactccttaacatcaaaaaagatctcaaagatccttccaattgtctttcttcatgggttggg 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  5495116 taatgttagcactctttgcattaaggaagagagagtggcactccttaaaatcaaaaaagatctcaaagatccatccaattgtctttcttcatgggtcggg 5495215  T
Q  191 gaagattgctgtgattggaagggtatagaatgtgacaaccaaactggtcatgttctaaagtttgagctcaatacctatgttatctgcaacaaaactgcaa 290  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||   ||||| ||||||||| |||||||| ||    
T  5495216 gaagattgctgtaattggaagggtatacaatgtaacaaccaaactggtcatgttttaaagcttaagctcaggccctatcttatctgcatcaaaactgtaa 5495315  T
Q  291 gtatattttcacgat------ttggcggtgagataaatccttcattggctaacttgaaacacttgagtcacctggacctaagcaacaataacttcaaagg 384  Q
    ||||||||||||  |      |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| | ||| ||||    
T  5495316 gtatattttcactgtctccctttggtggtaagataaatccttcattggctgacttgaaacacttgagtcacttggacctaagatataatgatttcgaagg 5495415  T
Q  385 aattccaaattccagaatttgttggttctctcaatatgttgaattaccttgacttatctaattcaatgttttctggaatggtccctcctcatcttggcaa 484  Q
    | |||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  |||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5495416 agttccca-ttccagaatttattggttccctcaatatgctcaattaccttgacttatcagattcatatttttctggaatggtcccccctcatcttggcaa 5495514  T
Q  485 tttgtcaaatttgcactatcttgatatctctgacccaattgcgacactttgggtcagagatataagttggctctctaccttgtcttcgcttcaacatctt 584  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||| || |  | ||||||||||||||  | |||||||||||| | |||||||| ||||||  ||||    
T  5495515 tttgtcaaacttgcattatcttgatatctctaccccattttcatccctttgggtcagagactttagttggctctctgctttgtcttcacttcaatttctt 5495614  T
Q  585 aacatgaactttgttaacatcaccaacaagccccatgagttgtttcgagctgtgaataatatgccatctctgttaaagttgtatttatcctcttgcaatc 684  Q
    | |||||| | ||| || || |||| |  ||||||||||| ||||| | || ||||||| || |||||||| ||| ||||| |||||   | ||||||||    
T  5495615 agcatgaattatgtaaatattaccacctcgccccatgagtggtttcaaactatgaataagataccatctctattagagttgcatttaatgtattgcaatc 5495714  T
Q  685 ttgttaatctccctccatcttcaccctttttaaatattacatcactttctgtgcttgatctctctaaaaatccttttaattcctcaatacctacctggtt 784  Q
    ||| |  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||| | |||||    
T  5495715 ttgcttttctcccaccatcttcaccatttttaaatattacatcactttctgtgcttgatctctctggaaatccttttaattcatctataccttcttggtt 5495814  T
Q  785 gttcaatatgagtaccct 802  Q
    ||| || || ||||||||    
T  5495815 gtttaacattagtaccct 5495832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 86 - 720
Target Start/End: Original strand, 5484144 - 5484783
Alignment:
Q  86 agccttaatgttagcactctttgcattaaggaagagagagtggcactccttaacatcaaaaaagatctcaaagatccttccaattgtctttcttcatggg 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  5484144 agccttaatgttagcactctttgcattaaggaagagagagtggcactccttaacatcaaaatagatctcaaagatccatccaattgcctttcttcatgag 5484243  T
Q  186 ttggggaagattgctgtgattggaagggtatagaatgtgacaaccaaactggtcatgttctaaagtttgagctcaatacctatgttatctgcaacaaaac 285  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| || |||    
T  5484244 ttggggaagattgctgtaattggaagggtattgaatgtgacaaccaaactggtcatgttctaaagtttgagctcaagccctatcttatctgcaccagaac 5484343  T
Q  286 tgcaagtatattttcac------gatttggcggtgagataaatccttcattggctaacttgaaacacttgagtcacctggacctaagcaacaataacttc 379  Q
      ||| |||| | ||||        || || |||||||||||||||||||| ||  |||||| ||||||||||||| ||||| |||||  |||| | |||    
T  5484344 cacaactatactgtcacagtcagccttcggtggtgagataaatccttcattcgccgacttgacacacttgagtcacttggacttaagcttcaatgatttc 5484443  T
Q  380 aaaggaattccaaattccagaatttgttggttctctcaatatgttgaattaccttgacttatctaattcaatgttttctggaatggtccctcctcatctt 479  Q
     ||||||||||  |||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| |||  ||| ||||||| ||||||  |||||||    
T  5484444 gaaggaattcc-cattccagaacatattggttctctcaaaatgttgaattaccttgacctatcaaatgcaaattttactggaattgtccctaatcatctt 5484542  T
Q  480 ggcaatttgtcaaatttgcactatcttgatatctctgacccaattgcgacactttgggtcagagatataagttggctctctaccttgtcttcgcttcaac 579  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | |  || || ||  || ||||||  |||||||||||||| |  | |||||||||||      
T  5484543 ggcaatttgtcaaatttgcgctaccttgatatctctgaccaattctcgccaattatgggcagagacttaagttggctctctgctctatcttcgcttcact 5484642  T
Q  580 atcttaacatgaactttgttaacatcaccaacaagccccatgagttgtttcgagctgtgaataatatgccatctctgttaaagttgtatttatcctcttg 679  Q
    |||||  |||| | ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| |||| ||||||||    
T  5484643 atcttggcatggattttgtcaacatcaccaactcgccccatgagttgtttcgagctgtgaataagatgtcatctctattagagttgcatttgtcctcttg 5484742  T
Q  680 caatcttgttaatctccctccatcttcaccctttttaaata 720  Q
    |||||||| |  ||| || || |||||||| ||||||||||    
T  5484743 caatcttgcttctcttccaccgtcttcaccatttttaaata 5484783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 86 - 807
Target Start/End: Original strand, 5489329 - 5490055
Alignment:
Q  86 agccttaatgttagcactctttgcattaaggaagagagagtggcactccttaacatcaaaaaagatctcaaagatccttccaattgtctttcttcatggg 185  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  5489329 agccttaatgttagtactctttgcattaaggaagagagagtggcactccttaaaatcaaaaaagatctcaaggatccttcaaattgcctttcttcatggg 5489428  T
Q  186 ttggggaagattgctgtgattggaagggtatagaatgtgacaaccaaactggtcatgttctaaagtttgagctcaatacctatgttatctgcaacaaaac 285  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||      ||| ||||||||| ||||||    
T  5489429 ttggggaagattgttgtaattggaagggtatagaatgtgacaaccaaactggtcatgttcaaaagtttgagctccggcgttatcttatctgcaccaaaac 5489528  T
Q  286 tgcaagtatattttca-cg-----atttggcggtgagataaatccttcattggctaacttgaaacacttgagtcacctggacctaagcaacaataacttc 379  Q
    |   | |||| | ||| ||      ||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | | | ||||     
T  5489529 tattaatatactgtcatcgccttcctttggtggtaagataaatccttcattggctgacttgaaacacttgagtcacttggacctaagctatagtgacttt 5489628  T
Q  380 aaaggaattccaaattccagaatttgttggttctctcaatatgttgaattaccttgacttatctaattcaatgttttctggaatggtccctcctcatctt 479  Q
     |||||  |||  |||||||||||| |||||| |||||||||| | |||||||||||||| || ||| |||  ||  |||||||||||||  || |||||    
T  5489629 gaaggagctcc-cattccagaatttattggttatctcaatatgctcaattaccttgacttgtccaatgcaaatttcactggaatggtcccgactaatctt 5489727  T
Q  480 ggcaatttgtcaaatttgcactatcttgatatctctgacccaattgcgacactttgggtcagagatataagttggctctctaccttgtcttcgcttcaac 579  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||  | || |||||||||  |||||  |||| ||||| ||| |  |||||||||||| |     
T  5489728 ggcaatttatcaaatttacactatcttgatatctctagcccatattcgtcactttgggctagagacttaagctggctatctgctctgtcttcgcttcgat 5489827  T
Q  580 atcttaacatgaactttgttaacatcaccaacaagccccatgagttgtttcgagctgtgaataatatgccatctctgttaaagttgtatttatcctcttg 679  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||  ||| ||||||||||| | || ||||||||| ||| ||| | ||||| | ||| ||||  | |||||    
T  5489828 atcttgacatgaattttgtaaacattaccaactcgccacatgagttgttccaagttgtgaataagatgtcatatttgttagaattgcatttggcttcttg 5489927  T
Q  680 caatcttgttaatctccctccatcttcaccctttttaaatattacatcactttctgtgcttgatctctctaaaaatccttttaattcctcaatacctacc 779  Q
    ||||||||    |||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |     
T  5489928 caatcttggcgctctccctccatcgtcaccatttttaaattctacatcactttctgtgcttgatctctctggaaatcattttaattcctcaataccttct 5490027  T
Q  780 tggttgttcaatatgagtaccctcacag 807  Q
    ||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  5490028 tggatgttcaacatgagcaccctcacag 5490055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 310 - 776
Target Start/End: Original strand, 5481510 - 5481967
Alignment:
Q  310 cggtgagataaatccttcattggctaacttgaaacacttgagtcacctggacctaagcaacaataacttcaaaggaattccaaattccagaatttgttgg 409  Q
    |||| |||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||   ||| | ||||||||| |||| | ||||||||||| ||||    
T  5481510 cggtaagataaatccttcattagttaacttaaaacatttgagtcacttggacctaagctttaatgatttcaaaggagttccca-ttccagaatttattgg 5481608  T
Q  410 ttctctcaatatgttgaattaccttgacttatctaattcaatgttttctggaatggtccctcctcatcttggcaatttgtcaaatttgcactatcttgat 509  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||  ||| | |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  5481609 ttctctcaatatgctcaattaccttgacttatctaatgcaaattttacaggaatggtccttcctcatcttggcaatctgtcaaatttgcattatcttgat 5481708  T
Q  510 atctctgacccaattgcgacactttgggtcagagatataagttggctctctaccttgtcttcgcttcaacatcttaacatgaactttgttaacatcacca 609  Q
    |||||| || || || || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||  |||| | ||||  ||  | | ||    
T  5481709 atctctaactcattttcgtcactttgggtcagagacttaagttggctctctactctgtcttcgcttcaatatcttggcatggattttgccaaatttatca 5481808  T
Q  610 acaagccccatgagttgtttcgagctgtgaataatatgccatctctgttaaagttgtatttatcctcttgcaatcttgttaatctccctccatcttcacc 709  Q
    ||  |||||| |||||||||||| |||||||||| ||| | ||| ||||| ||||| | || |||        |||||||  ||||||| ||||||||||    
T  5481809 actcgccccacgagttgtttcgatctgtgaataagatgtcttctatgttagagttgcacttgtcc--------tcttgttgctctcccttcatcttcacc 5481900  T
Q  710 ctttttaaatattacatcactttctgtgcttgatctctctaaaaatccttttaattcctcaatacct 776  Q
     ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||    
T  5481901 gtttttaaatatgacatcactttctgtccttgatctctcaggaaatccttttcattcctcaatacct 5481967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 530 - 806
Target Start/End: Original strand, 5467021 - 5467297
Alignment:
Q  530 actttgggtcagagatataagttggctctctaccttgtcttcgcttcaacatcttaacatgaactttgttaacatcaccaacaagccccatgagttgttt 629  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||   |||| ||||||||||    
T  5467021 actttgggtcagagacataagctggctctataccttgtcttcgcttcaatatcttaacatggactttgttaacatcacagactcaccccgtgagttgttt 5467120  T
Q  630 cgagctgtgaataatatgccatctctgttaaagttgtatttatcctcttgcaatcttgttaatctccctccatcttcaccctttttaaatattacatcac 729  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5467121 cgagctgttaataagatgccatctctgttagagttgcatttgtccttttgcaatcttgctgcactccctccatcttcaccctttttaaatatttcatcac 5467220  T
Q  730 tttctgtgcttgatctctctaaaaatccttttaattcctcaatacctacctggttgttcaatatgagtaccctcaca 806  Q
    ||| ||||||||| |||||||| |||  || | |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||    
T  5467221 tttatgtgcttgacctctctaagaatatttatgattcctcaatacctccctggttgttcaacatcagtaccctcaca 5467297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 79 - 238
Target Start/End: Original strand, 5481288 - 5481447
Alignment:
Q  79 agttaagagccttaatgttagcactctttgcattaaggaagagagagtggcactccttaacatcaaaaaagatctcaaagatccttccaattgtctttct 178  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||    
T  5481288 agttaaaagccttaatgttagcactctttgcattaaggaagagagaatggcactccttaacgtcaaaaaagatctcaatgatccttacaattgcctttct 5481387  T
Q  179 tcatgggttggggaagattgctgtgattggaagggtatagaatgtgacaaccaaactggt 238  Q
    |||||||||||| ||||||| |||   ||||  ||||||||||||||| | |||||||||    
T  5481388 tcatgggttgggaaagattgttgtcgctggattggtatagaatgtgactatcaaactggt 5481447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 70 - 228
Target Start/End: Original strand, 5466526 - 5466684
Alignment:
Q  70 tcagtgtctagttaagagccttaatgttagcactctttgcattaaggaagagagagtggcactccttaacatcaaaaaagatctcaaagatccttccaat 169  Q
    ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||    
T  5466526 tcagtgtgtagttatgagccttgatgttagcactctttgcattaaagaagagagggtggcactccttaacataaaaaaagatctgaacgatccttccaat 5466625  T
Q  170 tgtctttcttcatgggttggggaagattgctgtgattggaagggtatagaatgtgacaa 228  Q
    || ||||| || ||||||||| | ||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||    
T  5466626 tgcctttcctcttgggttgggaaggattgctgtgactggattggtatacaatgtgacaa 5466684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 315 - 522
Target Start/End: Original strand, 5466771 - 5466977
Alignment:
Q  315 agataaatccttcattggctaacttgaaacacttgagtcacctggacctaagcaacaataacttcaaaggaattccaaattccagaatttgttggttctc 414  Q
    ||||||||||||||||   | |||| ||||| ||||||||| ||||| | ||| | ||| | ||||||||| |||| | |||| |||||| |||||||||    
T  5466771 agataaatccttcattacttgacttaaaacatttgagtcacttggacttgagctataatgatttcaaaggagttccca-ttcctgaatttattggttctc 5466869  T
Q  415 tcaatatgttgaattaccttgacttatctaattcaatgttttctggaatggtccctcctcatcttggcaatttgtcaaatttgcactatcttgatatctc 514  Q
    |||||| | | ||||||||||| |||||  || |||  |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  5466870 tcaatacgctcaattaccttgatttatcccatgcaaatttttctggaatggtccctcctcatctcggaaatttgtcaaatttgcatcatcttgatgtctc 5466969  T
Q  515 tgacccaa 522  Q
    || |||||    
T  5466970 tggcccaa 5466977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 568 - 796
Target Start/End: Original strand, 5500633 - 5500861
Alignment:
Q  568 cttcgcttcaacatcttaacatgaactttgttaacatcaccaacaagccccatgagttgtttcgagctgtgaataatatgccatctctgttaaagttgta 667  Q
    ||||||||||| |||||  |||| | ||| | ||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| |    
T  5500633 cttcgcttcaatatcttggcatggattttatcaacatcaccaactcgtcccgtgagttgtttcgagctgtgaataagatgtcatctctattagagttgca 5500732  T
Q  668 tttatcctcttgcaatcttgttaatctccctccatcttcaccctttttaaatattacatcactttctgtgcttgatctctctaaaaatccttttaattcc 767  Q
    ||| |||| ||||| ||||| |   ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||   |||| ||||| ||  ||||| ||||||||||    
T  5500733 tttgtccttttgcagtcttgcttcactccctccagcttcaccatttctaaatattacatctctttccaggctttatctcactggaaatctttttaattcc 5500832  T
Q  768 tcaatacctacctggttgttcaatatgag 796  Q
     | |||||| | ||| ||||||| |||||    
T  5500833 actataccttcttggctgttcaacatgag 5500861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 31331387 - 31331325
Alignment:
Q  7 attagtaactattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtg 69  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31331387 attagtaactattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtg 31331325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 31338108 - 31338046
Alignment:
Q  7 attagtaactattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtg 69  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31338108 attagtaactattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtg 31338046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 7 - 69
Target Start/End: Original strand, 30269905 - 30269967
Alignment:
Q  7 attagtaactattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtg 69  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30269905 attagtaactattaaacaagtgttgcaatatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtg 30269967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 707 - 820
Target Start/End: Original strand, 5484996 - 5485108
Alignment:
Q  707 accctttttaaatattacatcactttctgtgcttgatctctctaaaaatccttttaattcctcaatacctacctggttgttcaatatgagtaccctcaca 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||| ||||||||||| |||    
T  5484996 accctttttaaatattacatcactttatgtg-ttgatctctctggaaatccttttaattcctcattaccttcttggatgttcaacatgagtacccttaca 5485094  T
Q  807 gcacttcatctttc 820  Q
      ||||| ||||||    
T  5485095 aaacttcgtctttc 5485108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 15 - 70
Target Start/End: Original strand, 44924226 - 44924281
Alignment:
Q  15 ctattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtgt 70  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924226 ctattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtgt 44924281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 64; Significance: 2e-27; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 70
Target Start/End: Original strand, 25641801 - 25641864
Alignment:
Q  7 attagtaactattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtgt 70  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25641801 attagtaactattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtgt 25641864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 36 - 69
Target Start/End: Original strand, 6634493 - 6634526
Alignment:
Q  36 atgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtg 69  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6634493 atgaatgttactaaaacacataagtgtagtagtg 6634526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 63; Significance: 6e-27; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 7400952 - 7400890
Alignment:
Q  7 attagtaactattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtg 69  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7400952 attagtaactattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtg 7400890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 61; Significance: 9e-26; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 4682387 - 4682323
Alignment:
Q  7 attagtaactattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtgtc 71  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4682387 attagtaactattaaacaagtgttgcaagataaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtgtc 4682323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 53; Significance: 6e-21; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 7 - 70
Target Start/End: Original strand, 53303298 - 53303362
Alignment:
Q  7 attagtaacta-ttaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtgt 70  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53303298 attagtaactacttaaacaagtgttgcaagataaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtgt 53303362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 7 - 70
Target Start/End: Original strand, 8239068 - 8239131
Alignment:
Q  7 attagtaactattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtgt 70  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||    
T  8239068 attagtaactattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacatatatatgtactagtgt 8239131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 69
Target Start/End: Original strand, 7413875 - 7413937
Alignment:
Q  7 attagtaactattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtg 69  Q
    |||| |||| |||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7413875 attaataaccattaagtaagtgttgtaaggtgaatgttactaaaacacataagtgtagtagtg 7413937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 69
Target Start/End: Original strand, 37191392 - 37191437
Alignment:
Q  24 aagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtg 69  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  37191392 aagtgttgcaaggtgaatgttacaaaaacacataagtgtagtagtg 37191437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 11 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 5075321 - 5075263
Alignment:
Q  11 gtaactattaaacaagtgttgcaagatgaatgttactaaaacacatatgtgtagtagtg 69  Q
    ||||| |||||  |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  5075321 gtaaccattaagtaagtgttgcaaggtgaatgttattaaaacacataagtgtaatagtg 5075263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3461 times since January 2019
Visitors: 7879