View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4410_low_7 (Length: 422)

Name: NF4410_low_7
Description: NF4410
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4410_low_7
NF4410_low_7
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (18-412)||(52984671-52985065)
chr4 (42-355)||(55664435-55664748)
chr4 (45-381)||(55636232-55636565)
chr4 (51-389)||(55658214-55658557)
chr4 (79-330)||(54628043-54628288)
chr4 (51-375)||(55627168-55627497)
chr4 (119-315)||(54861354-54861547)
chr4 (51-375)||(55619864-55620193)
chr4 (110-347)||(51315974-51316208)
chr4 (235-295)||(3671556-3671616)
chr4 (159-208)||(3671486-3671535)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (131-376)||(9890561-9890804)
chr8 (51-103)||(9890802-9890854)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (48-352)||(13402638-13402939)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 412
Target Start/End: Original strand, 52984671 - 52985065
Alignment:
Q  18 aaccccccaataaaagttctaacaatacccaaacatcaaactagaagaaacgcataagcaataaagaaattaacattgcactttattaaacatgatattt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52984671 aaccccccaataaaagttctaacaatacccaaacatcaaactagaagaaacgcataagcaataaagaaattaacattgcactttattaaacatgatattt 52984770  T
Q  118 aacatcatttgagtatcaaaaacatgggatttgttagcttacctgtatcatctctcttttcccagctgttatgtttgatatagtccagcaaacttttctt 217  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52984771 aacatcatttgagtatcaaaaagatgggatttgttagcttacctgtatcatctctcttttcccagctgttatgtttgatatagtccagcaaacttttctt 52984870  T
Q  218 ttaatactattattattgtgattatgggtcagcaggctcaaaaggcatgagagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtcccaccaaatca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52984871 ttaatactattattattgtgattatgggtcagcaggctcaaaaggcatgagagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtcccaccaaatca 52984970  T
Q  318 ggtaattctcacaggtgacacattagatgaaaaaatacaaggggcgagaagagactagattcataataataataaatagtagtgactcacctatg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52984971 ggtaattctcacaggtgacacatgagatgaaaaaatacaaggggcgagaagagactagattcataataataataaatagtagtgactcacctatg 52985065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 42 - 355
Target Start/End: Original strand, 55664435 - 55664748
Alignment:
Q  42 atacccaaacatcaaactagaagaaacgcataagcaataaagaaattaacattgcactttattaaacatgatatttaacatcatttgagtatc-----aa 136  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||      ||    
T  55664435 atacccaaacatcaaacttgaagaaaagcatgagcaataaagaaatcgacattgcacttcattaaacatgatatttaacatcatttgagtatataataaa 55664534  T
Q  137 aaacatgggatttgttagcttacctgtatcatctctcttttcccagctgttatgtttgatatagtccagcaaacttttcttttaatactattattattgt 236  Q
    ||| ||| |||||  || | ||| ||||||  |||||| || |||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||| | | |||||||| ||||    ||    
T  55664535 aaagatgagatttagtaacctacttgtatctgctctctgtttccagctgtaatgttggatatagtcaagcaagcttctttcttaatacttttatc---gt 55664631  T
Q  237 gattatgggtcagcaggctcaaaaggcatgagagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtcccaccaaatcaggtaattctcacaggtgac 336  Q
    ||  ||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||  |||||    
T  55664632 gaaaatgtgtcaacagactcaaaaggcatgggagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtctcaccaaatcaagttattctcac--gtgac 55664729  T
Q  337 acattagatgaaaaaatac 355  Q
    |||| |||||| |||||||    
T  55664730 acatgagatgacaaaatac 55664748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 45 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 55636565 - 55636232
Alignment:
Q  45 cccaaacatcaaactagaagaaacgcataagcaataaagaaattaacattgcactttattaaacatgatatttaacatcatttgagtatcaaaaacatgg 144  Q
    ||||||||||||||  ||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||    
T  55636565 cccaaacatcaaacatgaagaacaacataagcaataaagaaattaacattgcattttattaaatgtgatattcaacatcatttgagtttaaaaaagatgg 55636466  T
Q  145 gatttgttagcttacctgtatcatctctcttttcccagctgttatgtttgatatagtccagcaaacttttcttttaatactattattattgtgattatgg 244  Q
    ||||| |||| || |||||||   |||||| |  |||||||| |||  ||||||||| |  ||| ||| | | || ||  ||||  |   ||||||||      
T  55636465 gatttattagattgcctgtatttgctctctgtgtccagctgtaatgcatgatatagtacgacaagcttctttcttgatgatattcgt---gtgattattt 55636369  T
Q  245 gtcagcaggctcaaaaggcatgagagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtcccaccaaatcaggtaattctcacaggtgacacattaga 344  Q
    |||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||||| |||    
T  55636368 gtcaacaggctcaaaatgcacgggagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtcccacaaaatcaagttattctcacaggtggcacatgaga 55636269  T
Q  345 tgaaaaaatacaaggggcgagaagagactagattcat 381  Q
    ||| | ||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  55636268 tgacataatacaagcagtgagaagagactagattcat 55636232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 51 - 389
Target Start/End: Original strand, 55658214 - 55658557
Alignment:
Q  51 catcaaactagaagaaacgcataagcaataaagaaattaacattgcactttattaaacatgat----atttaacatcatttgagtatcaaaaacatggga 146  Q
    |||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||    || |||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  55658214 catctaacttgaagaaaagcataagcaatacagaaactaacattgcacattattatacatgatcgatatgtaacattatttgagtataaaaaagatggga 55658313  T
Q  147 tttgttagcttacctgtatcatctctcttttcccagctgttatgtttgatatagtccagcaaacttttcttttaatactattattattgtgattatgggt 246  Q
    ||| ||||||||| ||||||  ||| || || ||| ||   |||||||||||| |||||||| | |   | |||||||| |  ||   ||| || ||| |    
T  55658314 tttattagcttacttgtatccgctccctgtttccaactacaatgtttgatataatccagcaagcgtccttcttaatactttcctt---gtggttttggat 55658410  T
Q  247 cagcaggctcaaaaggcatgagagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtcccaccaaatcaggtaattctcacaggtgacaca---ttag 343  Q
    || ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||   | ||    
T  55658411 caacaggctcaaaaggaatgggagtaaaccatgattgataatagcctgacaaatagagtcctaccaaatcaagtaattctcacaggtgacacatattgag 55658510  T
Q  344 atga-aaaaatacaaggggcgagaagagactagattcataataataa 389  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  55658511 atgacaaaaagacaaggggtgagaagagactagattcataataataa 55658557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 79 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 54628288 - 54628043
Alignment:
Q  79 taaagaaattaacattgcactttattaaacatgatatttaacatcatttgagtatcaaaaacatgggatttgttagcttacctgtatcatctctcttttc 178  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||  |||||| ||     
T  54628288 taaagaaattaacattgtactttattaagcatgaaatttagcatcatttgagtatcaaaaagatgggatttataagcttacctgtatctgctctctgttt 54628189  T
Q  179 ccagctgttatgtttgatatagtccagcaaacttttcttttaatactattattattgtgattatgggtcagcaggctcaaaaggcatgagagtgaaccat 278  Q
    |||||||| |||||||| | ||||| |||| ||| | | |||||||   | || ||| |   |||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||||    
T  54628188 ccagctgtaatgtttgacaaagtcctgcaagcttctttcttaatac---ttttcttggg---atgggtcaacaggctcaaaagacatgggagtaaaccat 54628095  T
Q  279 gattgataatagcctgacaaaaagagtcccaccaaatcaggtaattctcaca 330  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  54628094 gattgacaatagcctgacaaaaagaatcctaccaaatcaggtaattctcaca 54628043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 51 - 375
Target Start/End: Original strand, 55627168 - 55627497
Alignment:
Q  51 catcaaactagaagaaacgcataagcaataaagaaattaacattgcactttattaaacatgat----atttaacatcatttgagtatcaaaaacatggga 146  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||    || |||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  55627168 catcaaacttgaagaaaagcataagcaatacagaaactaacattgcacattattatacatgatcgatatgtaacattatttgagtataaaaaagatggga 55627267  T
Q  147 tttgttagcttacctgtatcatctctcttttcccagctgttatgtttgatatagtccagcaaacttttcttttaatactattattattgtgattatgggt 246  Q
    ||| ||||||||| ||||||  ||| || || ||| ||   |||||||||||| |||||||| | |   | |||||||| |  ||   ||| || ||| |    
T  55627268 tttattagcttacttgtatccgctccctgtttccaactacaatgtttgatataatccagcaagcgtccttcttaatactttcctt---gtggttttggat 55627364  T
Q  247 cagcaggctcaaaaggcatgagagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtcccaccaaatcaggtaattctcacaggtgacaca---ttag 343  Q
    || ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||   | ||    
T  55627365 caacaggctcaaaaggaatgggagtaaaccatgattgataatagcctgacaaatagagtcctaccaaatcaagtaattctcacaggtgacacatattgag 55627464  T
Q  344 atga-aaaaatacaaggggcgagaagagactag 375  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  55627465 atgacaaaaagacaaggggtgagaagagactag 55627497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 119 - 315
Target Start/End: Original strand, 54861354 - 54861547
Alignment:
Q  119 acatcatttgagtatcaaaaacatgggatttgttagcttacctgtatcatctctcttttcccagctgttatgtttgatatagtccagcaaacttttcttt 218  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||  |||||| || |||||||| |||||||| | |||||||||||||| | | |    
T  54861354 acatcatttgagtatcaaaataatgggatttattagcttacctgtatctgctctctgtttccagctgtaatgtttgacacagtccagcaaacttctttct 54861453  T
Q  219 taatactattattattgtgattatgggtcagcaggctcaaaaggcatgagagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtcccaccaaat 315  Q
    ||||||| || ||   |||| ||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54861454 taatacttttctt---gtgactactggtcaacaggctcaaaaggcatgggagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtcccaccaaat 54861547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 51 - 375
Target Start/End: Original strand, 55619864 - 55620193
Alignment:
Q  51 catcaaactagaagaaacgcataagcaataaagaaattaacattgcactttattaaacatgat----atttaacatcatttgagtatcaaaaacatggga 146  Q
    |||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||    || |||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  55619864 catctaacttgaagaaaagcataagcaatacagaaactaacattgcacattattatacatgatcgatatgtaacattatttgagtataaaaaagatggga 55619963  T
Q  147 tttgttagcttacctgtatcatctctcttttcccagctgttatgtttgatatagtccagcaaacttttcttttaatactattattattgtgattatgggt 246  Q
    ||| ||||||||| ||||||  ||| || || ||| ||   |||||||||||| |||||||| | |   | |||||||| |  ||   ||| || ||| |    
T  55619964 tttattagcttacttgtatccgctccctgtttccaactacaatgtttgatataatccagcaagcgtccttcttaatactttcctt---gtggttttggat 55620060  T
Q  247 cagcaggctcaaaaggcatgagagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtcccaccaaatcaggtaattctcacaggtgacaca---ttag 343  Q
    || ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||   | ||    
T  55620061 caacaggctcaaaaggaatgggagtaaaccatgattgataatagcctgacaaatagagtcctaccaaatcaagtaattctcacaggtgacacatattgag 55620160  T
Q  344 atga-aaaaatacaaggggcgagaagagactag 375  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  55620161 atgacaaaaagacaaggggtgagaagagactag 55620193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 110 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 51316208 - 51315974
Alignment:
Q  110 tgatatttaacatcatttgagtatcaaaaacatgggatttgttagcttacctgtatcatctctcttttcccagctgttatgtttgatatagtccagcaaa 209  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| || || | |||||||||||  |||||| || |||||||| |||||||||| ||||| ||||     
T  51316208 tgatatttaacgtcatttgagtataaaaaagatgggaattatttgtttacctgtatctgctctctgttaccagctgtaatgtttgatacagtcctgcaag 51316109  T
Q  210 cttttcttttaatactattattattgtgattatgggtcagcaggctcaaaaggcatgagagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtccca 309  Q
    ||| |   |||||||| || ||   ||||| |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  51316108 cttcttgcttaatacttttgtt---gtgatcatgggtcaacaggctcaaaaggcattggagtgaaccatgattgataacaacctgacaaaaagagcccca 51316012  T
Q  310 ccaaatcaggtaattctcacaggtgacacattagatga 347  Q
    ||||||||||| ||||  ||||||||||||| ||||||    
T  51316011 ccaaatcaggttattcaaacaggtgacacatgagatga 51315974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 235 - 295
Target Start/End: Original strand, 3671556 - 3671616
Alignment:
Q  235 gtgattatgggtcagcaggctcaaaaggcatgagagtgaaccatgattgataatagcctga 295  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  3671556 gtgattatgggtcaacaggctcaaaaggcatgggagtgaaccatgatcgacaatagcctga 3671616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 159 - 208
Target Start/End: Original strand, 3671486 - 3671535
Alignment:
Q  159 cctgtatcatctctcttttcccagctgttatgtttgatatagtccagcaa 208  Q
    ||||||||  |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3671486 cctgtatctactctctgtttccagctgtaatgtttgatatagtccagcaa 3671535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 113; Significance: 4e-57; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 131 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 9890804 - 9890561
Alignment:
Q  131 tatcaaaaacatgggatttgttagcttacctgtatcatctctcttttcccagctgttatgtttgatatagtccagcaaacttttcttttaatactattat 230  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||  |||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | |  ||||| | |  |    
T  9890804 tatcaaaaagatgggatttattagattacctgtatctgctctctgtttccagctgtaatgtttgatatagtccagcaagcttctttcctaatagtttcct 9890705  T
Q  231 tattgtgattatgggtcagcaggctcaaaaggcatgagagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtcccaccaaatcaggtaattctcaca 330  Q
        |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9890704 c---gtgattatgggtcaacaggctcaaaaggcatgggagtgaaccatgatcgagaatagcctgacaaaaagagtcccacaaaatcaggtaattctcaca 9890608  T
Q  331 ggtgacacattaga-tgaaaaaatacaaggggcgagaagagactaga 376  Q
     ||||||||| ||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  9890607 agtgacacatgagattgacataatacaaggggtgagaagagactaga 9890561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 51 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 9890854 - 9890802
Alignment:
Q  51 catcaaactagaagaaacgcataagcaataaagaaattaacattgcactttat 103  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  9890854 catcaaacttgaagaaaagcataagcaataaagaaaataacattgcaccttat 9890802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 101; Significance: 6e-50; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 13402939 - 13402638
Alignment:
Q  48 aaacatcaaactagaagaaacgcataagcaataaagaaattaacattgcactttattaaacatgatatttaacatcatttgagt-atcaaaaacatggga 146  Q
    |||||||||| | ||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||    
T  13402939 aaacatcaaaattgaataaaagcataaacaataa-gatattaacattgcatttaattagacatgatatttaacatcaattgagttattataaacatggga 13402841  T
Q  147 tttgttagcttacctgtatcatctctcttttcccagctgttatgtttgatatagtccagcaaacttttcttttaatactattattattgtgattatgggt 246  Q
    ||||  || |||||||||||  |||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||| || ||   ||||||||||||    
T  13402840 tttgc-aggttacctgtatctgctctttgtttccagctgtaatgtttgatatagtccagcaagcttctttcttaatacttttctt---gtgattatgggt 13402745  T
Q  247 cagcaggctcaaaaggcatgagagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtccc-accaaatcaggtaattctcacaggtgacacattagat 345  Q
    || |||||||||||| |||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||| ||||||  ||| ||||    
T  13402744 caacaggctcaaaagacatgggagtgaaccatgaccaataatagcctgacaaaaagagtcccaacaaaatcagataactctcaaaggtgatgcatgagat 13402645  T
Q  346 gaaaaaa 352  Q
    || ||||    
T  13402644 gacaaaa 13402638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 4251 times since January 2019
Visitors: 8757