View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4547-Insertion-1 (Length: 1050)

Name: NF4547-Insertion-1
Description: NF4547
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4547-Insertion-1
NF4547-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-980)||(30916205-30917180)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 811; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 811; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 980
Target Start/End: Complemental strand, 30917180 - 30916205
Alignment:
Q  8 acttgttgtcgaggcattacataatggtaagcatccagagctagtcgttgaggcgttacagagtagtgaaagtataaggttgttcttcagtgtgattagg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30917180 acttgttgtcgaggcattacataatggtaagcatccagagctagtcgttgaggcgttacagagtagtgaaagtataaggttgttcttcagtgtgattagg 30917081  T
Q  108 ccttagacaatgaagattatgggtcttgatccagtttgtaatagttgcgcccaaggtcgtcatccgtagtctggagtgatgactttgcatgaggttaaac 207  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30917080 ccttacacaacgaagattatgggtcttgatccagtttgtaatagttgcgccctaggtcgtcatccgtagtctggagtgatgactttgcatgaggttaaac 30916981  T
Q  208 aagcagacaa-tgcattttgttggtaaatccaaagaggattcttttaaggaaaaatcccgaactcgtcattgatgatgataatcatatgatgaatagtct 306  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30916980 aagcagacaaatgcattttgttggtaaatccaaagaggattcttttaaggaaaaatcctgaactcgtcattgatgatgataatcatatgaagaatagtct 30916881  T
Q  307 tatgtttaaagaacaatattttgcgttcaattgttgatgaaatatgtattgcaacttgctatgaaatttgttgagcaatattgactttatctcgttatct 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30916880 tatgtttaaagaacaatattttgcgtttgattgttgatgaaatatgtattgcaacttgctatgaaattcgttgagcaatattgactttatcttgttatct 30916781  T
Q  407 taaaggtgaaattttttgtgttaatgatggatccttcaaacgatggcattttgatttagttcagctctattcttggttgagggaattcgttgatgagaag 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30916780 taaaggtgaaattttttgtgttaatgatggatccttcaaacgatggcattttgatttagttcggctctattcttggttgagggaattcgttgatgagaag 30916681  T
Q  507 cttttgctgaaaacggtgtgttttgtttggattttctggtcgattgggtagttaatgtttatgtgattgctctgatccctttcttcaagaaagtgacttg 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30916680 cttttgctgaaaacggtgtgttttgtttggattttctcgtcgatagggtagttgatgtttatgtgattgctctgatccctttcttcaagaaagtgacttg 30916581  T
Q  607 aaaagaccaaaatcttggccttgcggttcaacatgttgagtctacattatatgtgttgttttttcaaggatacttttgaattattgggtaagttccatgt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30916580 aaaagaccaaaatcttggccttgtggttccacatgttgagtctacattatatgtgttgttttttcaaggatacttttgaattattgggtaagttccatgt 30916481  T
Q  707 ttcatatgttatgttggtcggatttatggattgttgcatcatttcgtgacttgtaggttttgtatgttgatatctttgttgtaaaaggaggatttggagg 806  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30916480 ttcatatgttatgttggtcatttttatggattgttgcatcatttcgtgacttgtaggttttgtatgttgatatctttgttgtaaaaggaggatttggagg 30916381  T
Q  807 gacattcaaataattcattattcatgtttcaccannnnnnnnnnccttcattttaccttcaagttcatctatgcacttcgaagctttttcaa-aacctaa 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  30916380 gacattcaaataattcattattcatatttcacca--ttttttttccttcattttaccttcaagttcatctatgcacttcgaagctttttcaataacctga 30916283  T
Q  906 gtcgatg-tttttcattgttctcaagggtcaagc-ttttgtcgtcgtaacctcattcttttgttggtt-atacatgct 980  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  30916282 gtcgatgttttttcattgttctcaagtttcaagctttttgtcgtcgtaacctcattcctttgttggttaatacatgct 30916205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3112 times since January 2019
Visitors: 8656