View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4565-Insertion-2 (Length: 1086)

Name: NF4565-Insertion-2
Description: NF4565
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4565-Insertion-2
NF4565-Insertion-2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-1086)||(32172661-32173741)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 980; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 980; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1086
Target Start/End: Original strand, 32172661 - 32173741
Alignment:
Q  7 aaaatcctcgtgtaaaagttccagcgaggtgacagtcaccagagggcaggatttgcataaacaccgatggtgcttcgcacggatagagcagagttgctgg 106  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  32172661 aaaatcctcgtgtaaaagttcaagtgaggtgacagtcaccagagggcaggatttgcataaacaccgatggttcttcacacggatagagcagagttgctgg 32172760  T
Q  107 ttgtggaagtgtgatgaaatgaatatgggaaatagttgggaggtttcactaaaattatcggttcagcggatgcttatacagctcgggctaaaagttacgc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32172761 ttgtggaagtgtgatgaaatgaatatgggaaatagttgggaggtttcactaaaactatcggttcagcggatgcttatacagctcgggctaaaagttacgc 32172860  T
Q  207 tattgtggaattgcatatgattcgttggtggtggttaaaagtctcggagggggagatactggaagcatgaatggtaggagtctgtctgattagaaagatt 306  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32172861 tattgtggaattgcatatgatttgttggtggtggttaaaagtctcggagggggagatactggaagcatgaatggtaggagtctgtctgattagaaagatt 32172960  T
Q  307 cggtgtctgcttcaagaggattggcaagttagaattcgtcacatttacaaagagtcaaacagggtatctgataccttggaatgcactttggatgggatta 406  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32172961 cagcgtctgcttcaagaggattggcaagttagaattcgtcacatttacaaagagtcaaacagggtatctgataccttggaatgcactttggatgggatta 32173060  T
Q  407 tcttcatggataatcctacttttcagattgagcagctgtgtattgttgatgctattggtgtctctactcctcgtgttatttccgcgtagataaaacccaa 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  32173061 tcttcatggataatcctacttttcagattgaacagctgtgtattgttgatgctattggtgtctctactcctcgtgttatttccgcatagttaaaacccaa 32173160  T
Q  507 tacaatagcaaatttccttttgtttttcttggagtctattagctttgcttcttgtaaccactgtctcgagttgtcctagaacatcttggaagttatcaca 606  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32173161 tacaataacaaatttccttttgtttttcttggagtctattagctttgcttcttgtaaccac--tctcgagttgtcctagaacatcttggaagttatcaca 32173258  T
Q  607 acaacattaagttaacttagcacccatattaactactcaagaaagaaatttttgattactttatgtggtccaacaatcatacttaatgtacgaaaagtta 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32173259 acaacattaagttaacttagcacccatattaactactcaagaaagaaatttttgattactttatgtggtccaacaatcatacttaatgtacgaaaagtta 32173358  T
Q  707 gctcaattatgaaactgtccatacttttacagagttgatgtttggtattcccaaaatatagtcgcctcggatgaagttgtatacgatgaatacacacaga 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32173359 gctcaattatgaaactgtccatacttttacagagtttatgtttggtattcccaaaatatagtcgcctcggatgaagttgtatacgatgaatacacacaga 32173458  T
Q  807 atcactcaataaaacgggcatatttcgcacatccacacaattgtttgtaaaggtggattcttgagcattcactcagaagacttgactaccggttttgcaa 906  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32173459 atcactcaataaaacgggcatatttcgcacatccacacaattgtttgtaaaggtggattcttaagcattcactcagaagacttgactaccggttttgcaa 32173558  T
Q  907 aagcaactgagtttgtgcttcatatgcttcagctcaacaaacaagatgaacagag-agatagaatagcattagagagcacttgcatcatcataggt-aaa 1004  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32173559 aagcaactgagttagtgcttcatatgcttcagctcaacaaacaagatgaacagagaagatagaatagcattagagagcacttgcatcatcataggtaaaa 32173658  T
Q  1005 agaacgcattgacatattaaagaagtgaaatggcgtctaatatttatgtataataaaaactagc-aagtgcaagaatacaaca 1086  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32173659 acaacgcattaacatattaaagaagtgaaatggcgtctaatatttatgtataataaaaactagcaaagtgcaagaatacaaca 32173741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 4246 times since January 2019
Visitors: 8757